26. juunil 2018 sõlmis Nainggolan lepingu Milani Interiga 38 miljoni euro eest (24 miljonit eurot pluss Davide Santon ja Nicolò Zaniolo, hinnanguliselt 14 miljonit eurot) kuni 2022. aasta juunini. Ta tegi oma debüüdi 1. septembril, aidates külalistel võita Bolognat 3<unk>0. 3. oktoobril 2018 tegi Nainggolan võrdlusvõidu 2<unk>1 tagasipöördumises PSV Eindhoveni vastu Meistrite Liiga rühmade etapis, muutudes esimeseks Belgia mängijaks, kes saavutas selle saavutuse Interis.
26. juuni 2018