Murray oli algselt Lord Lauderdale'i tugeva poliitika toetaja, võttes osa 1678. aasta rünnakust Covenanters'i vastu, kuid ta kaotas seejärel ajutiselt kuningliku soosingu, nõustades mõõdukust nende vastu võetud meetmete osas. Kuid aastal 1679 oli ta Bothwelli silla lahingus kohal.
1680. aasta juulis sai ta Šotimaa aseadmiraliks ja 1681. aastal parlamendi esimehe.