Protestantsus on Algeriis olnud alates Prantsuse valitsemise algusaegadest. 1843. aastal toimus reformistlike kirikute esimene sinod ja prantsuse metodistid alustasid Béjaïa misjonitööd umbes 1883. aastal. Aastaks 1914 olid Alžeerias ka Ameerika metodistide misjonärid tugevalt levinud. Pärast traumaatilist
Alžeeria iseseisvumise järel põgenesid paljud kohalikud kristlased riigist ja 1970. aastaks natsionaliseeriti misjonite juhitud koolid ja kinnisvara.