Fenati alustas 2016. aasta hooaega pole positsiooniga Kataris. Siiski õnnestus tal võistlusel ainult neljas olla. Ta lõpetas 20. kohaga Argentinas, enne oma esimest hooaja võitu Ameerika Ühendriikides. Ta oli Jerezis seitsmes, enne Le Mansis teise koha saavutamist, kaotades Brad Binderile 0,099 sekundiga. Fenati kvalifitseerus Mugello pole'l, kuid ei suutnud võistlust lõpule viia. Ta oli nii Kataloonias kui ka Madalmaades neljas.
, enne mõttetu 18 positsiooni Saksamaal. Fenati lahkus Sky Racing VR46-st Austrias distsiplinaarmeetmena, kuna ta oli Uccio Salucciga eriarvamusel. 16. augustil lõpetas VR46-meeskond Romanoga 2016. ja 2017. aasta hooajal sõlmitud lepingu, väites, et lahkumise põhjuseks on meeskonna poliitikaga vastuolus olevad käitumisprobleemid.