Malaika abiellus 1998. aastal Bollywood'i näitleja-režissööri-produtseri Arbaaz Khan'iga, kellega ta kohtus kohvi reklaami pildistamise ajal. 28. märtsil 2016. aastal teatasid nad lahusolu kohta. Paar lahutas ametlikult 11. mail 2017. aastal. Neil on poeg Arhaan, kes sündis 9. novembril 2002. Poeg lahutas. Poja hooldusõigus on Malaika käes.
11. mai 2017