Iiri parlament kuulutas Jaakobuse kuningaseks ja andis talle vastu mässunute vastu massiivse seaduse. Jaakobuse nõudmisel võttis Iiri parlament vastu südametunnistuse vabaduse seaduse, mis andis Iirimaal kõigile katoliiklastele ja protestantidele usuvabaduse. Jaakobus töötas Iirimaal sõjaväe loomisel, kuid sai lõpuks lüüa Boyne'i lahingus 1. juulil 1690, kui William saabus, juhtides isiklikult sõjaväe Jaakobuse alistamiseks ja inglaste kontrolli taastamiseks. Jaakobus põgenes Prantsusmaale, lahkus Kinsale'st, et mitte kunagi tagasi pöörduda oma endistele kuningriikidele.
Iiri parlament