1876. aastal kirjutas ta de Candolle'i, Humboldti ja Darwini varasemate tööde järel suuremat panust zoogeograafiale. Oma huvi tõttu transmutaatiooni hüpoteesi vastu pööras ta oma välitöö ajal erilist tähelepanu tihedalt seotud liikide geograafilisele levikule esmalt Lõuna-Ameerikas ja seejärel Malaisia saartel. Saartel olles tuvastas ta Wallace'i liini, mis kulgeb läbi Spice'i saarte, jagades saarte faunast Aasia tsooni ja Uus-Guinea / Austraalia tsooni vahel. Tema peamine küsimus, miks saarte faunad selliste sarnaste kliimadega peaksid nii erinevad olema, võiks olla ainult nende päritolu arvesse võttes. 1876. aastal kirjutas ta The Geographical Distribution of Animals, mis oli standardteos üle poole sajandi ja selle järeltulija, 1880 Life Island, keskendunud sellele saarele.
Ernst Haeckel