1811. aastal, pärast Hollandi kuningriigi annekteerimist Prantsusmaale Napoleoni sõjas, ei olnud Rafflesil muud valikut kui riigist lahkuda. Ta korraldas sõjalise ekspeditsiooni.
Hollandi ja prantsuse vastu Javas, Hollandi Ida-Indias. Sõda juhtisid kiiresti admiral Robert Stopford, kindral Frederick Augustus Wetherall ja kolonel Robert Rollo Gillespie, kes juhtis hästi organiseeritud armeed, mis võitlesid enamasti prantsuse värvatud sõjaväelastega, kellel polnud piisavalt juhtimist.