Pärast kuningas Henry surma (31. jaanuar 1580) oli Portugali Franciscus üks väheseid ülemaristokraatia liikmeid, kes toetasid aktiivselt "Dom" Antóniot Portugali kuningana. Uus kuningas määras ta oma konstaabliks ja nad osalesid koos Alcántara lahingus (1580)
, kaitses Lissabonit Hispaania armee eest, mida juhtis Alba hertsog.