Võib-olla oli kõige kuulsam ja tõhusam salafistlik džihadistlik rühm Al-Qaeda. Al-Qaeda on arenenud Maktab al-Khidamat'ist (MAK) või "teenuste büroost", moslemite organisatsioonist, mis asutati 1984. aastal, et koguda ja suunata vahendeid ning värvata välismaiseid "mujahideene" sõjaks Nõukogude Liidu vastu Afganistanis. Selle asutasid Peshawaris, Pakistanis Osama bin Laden ja Abdullah Yusuf Azzam. Kui sai selgeks, et džihaad oli sunninud Nõukogude sõjaväe loobuma oma missioonist Afganistanis, kutsusid mõned "mujahideenid" üles laiendama oma operatsioone, et hõlmata islamistlikke võitlusi teistes maailma osades, ja bin Laden asutas 11. augustil 1988 Al Qaeda. Liikmed pidid andma tõotuse ("bayat"), et nad järgivad oma ülemusi. Al-Qaeda rõhutas džihadi "kaugema vaenlase" vastu, mille all ta mõtles Ameerika Ühendriike. 1996. aastal kuulutati välja džihad välismaiste vägede ja huvide väljatõstmiseks, mida nad pidasid islami maaks, ja 1998. aastal avaldati fetva, kutsudes moslemeid tapma ameeriklasi ja nende liitlasi igal ajal ja igal pool, kus nad saavad. Kõige tähelepanuväärsemate vägivallaaktide hulgas olid 1998. aasta USA saatkondade pommitamised
Dar es Salaamis ja Nairobis, kus hukkus üle 200 inimese; ja 2001. aasta 11. septembri rünnakud, kus hukkus peaaegu 3000 inimest ja põhjustas palju miljardeid dollareid kahju.