1862. aasta juunis liitus Jewett liidu armeega, et sõdida kodusõjas ja sai 9. Vermonti jalaväe teise leitnandina. 3. augustil vangistati ta ja ta jäi Konföderatsiooni vangiks 25 päeva. Jewettit edutati esimeseks leitnandiks 1863. aasta mais. Oma teenistuses osales ta Harper's Ferry (13. ja 15. september 1862), Newporti kasarmide (2. veebruar 1864), Chaffini talu (29. september 1864) ja Fair Oaksi lahingutes.
(27. oktoober 1864). Ta lahkus novembris 1864 ja naasis Vermonti.