Pärast Nõukogude okupatsiooni Leedu juunis 1940, Šliūpas kutsuti (peamiselt kaudu Mečislovas Gedvilas kes oli liige Society of Ethical Culture) Rahvavalitsus Leedu, kuid keeldus. Endine peaminister Antanas Merkys käis Šliūpa kodus Palangas, kui ta üritas välismaale põgeneda. Erinevalt paljudest Leedu perioodilistest ajalehtedest ei lõpetanud uus kommunistlik režiim "Laisvoji mintis", vaid Šliūpas asendati toimetajana. Šliūpas'i investeeringud ja muu vara natsionaliseeriti, kuid uus valitsus tegi erilise erandi, mis lubas tal hoida oma maja Palangas. Juuni deporteerimise ajal
, Šliūpa naise õde saadeti Siberisse ja ta sai hoiatuse, et tema enda perekond oli väljasaatjate nimekirjas.