Nelson jäi Vahemere laevastiku juurde mitu aastat; ta võitles "Agamemnonis" Genova lahingus
1795. aastal mängis ta olulist rolli Hispaania laevastiku alistamises 1797. aastal Cape St Vincent'i lahingus ja 1798. aastal juhtis ta Briti laevastiku, mis hävitas Prantsuse Vahemere laevastiku Niiluse lahingus. Aastal 1800, Malta piiramise ajal, kohtus ta Perrée'ga uuesti Malta konvoi lahingus, kus Perrée hukkus lahingus ja tema laev vangistati Nelsoni poolt. Viis aastat hiljem hukkus Nelson ise Trafalgari lahingus, kus hävitati Prantsusmaa ja Hispaania ühine laevastik. Teda mäletatakse kui ühte Suurbritannia suurimatest ja edukamatest mereväejuhtidest.