Werknesh alustas oma 2003. aasta hooaega võiduga Antrimi rahvusvahelises maastikuvõistlusel ja võitis seejärel 2003. aasta IAAF maastikuvõistluste naiste pikkjooksu tiitli. 2003. aasta Aafrika Mängudel võitis ta hõbemedaali 10 000 meetri jooksus, lõpetades Ejegayehu Dibaba eest. Tema hooaeg saavutas tipptaseme 2003. aasta kergejõustiku maailmameistrivõistlustel, kus ta seadis 10 000 meetri isikliku parima tulemuse 30:07.15 minutiga, et kindlustada teise koha Etioopia veteran Berhane Adere'i taga, kes purustas selle ürituse Aafrika rekordi. Järgmisel aastal sai ta 2004. aasta Ateena olümpiamängudel neljandaks. Ta võitis ka 2004. aasta IAAF Maailmas Cross Country meistrivõistlustel pikajooksu pronssmedali.
, samuti võttes neljas lühikese võistluse.