Enne nende saabumist saatis Obote oma kaitseministri Felix Onama mässulistega läbirääkimisi pidama. Onama peeti pantvangis ja nõustus paljude nõudmistega, sealhulgas armee märkimisväärse palga suurendamisega ja paljude ohvitseride, sealhulgas tulevase presidendi kiire edutamisega. 1965. aastal oli keenialastele keelatud valitsuse juhtivatel ametikohtadel ja sellele järgnes 1969 Ugandast massiliselt keenialaste eemaldamine Obote juhtimisel. Peaminister Obote oli seotud föderaalse pagulaste salakaubaveo vandenõuga koos Idi Aminga, kes oli relvastatud Ugandast; kõik kolm riiki taotlesid Briti sõjaväe toetust.
peatas põhiseaduse ja kuulutas end 1966. aasta märtsis presidendiks.