Nukleaasid on ensüümid, mis lõikavad DNA-mõõdu, katalüseerides fosfodiesterse sidemete hüdrolüüsi. Nukleaasid, mis hüdrolüüsivad nukleotiide DNA-mõõdude otsadest, nimetatakse eksonukleaasideks, samas kui endonukleaasid lõikavad rida sees. Molekulaarbioloogias kõige sagedamini kasutatavad nukleaasid on piiranguendonukleaasid, mis lõikavad DNA-d konkreetses järjestuses. Näiteks EcoRV ensüüm, mis on näidatud vasakul, tunneb ära 6-baasilise järjestuse 5′-GATC-3′ ja teeb lõikuse horisontaaljoonel. Loodusel kaitsevad need ensüümid baktereid fagi infektsiooni eest, töötades fagi DNA modifitseerimist, kui see siseneb bakteriaalsele rakku, kui see on osa piiramise süsteemist. Tehnoloogias kasutatakse neid molekulaarse kroonimise ja DNA sõrmejälgede kloonimisel.
6-alune järjekord 5′-GATATC-3