1798. aastal sai Barron komandöriks ja osales Prantsusmaaga toimunud kuvasõjas. Esimese Barbarite sõja ajal
, ta juhtis ja vabastas Edward Preble lähedal Tripoli. Suurema osa 1804.-1805. aasta talvest oli Barron valusate maksahaigustega, mis olid kollase palaviku tagajärg. Eskadroni ohvitseride jaoks oli Barroni tervis pidev mure ja pettumuse teema... ja novembri alguses 1804 kolis ta kaldale - kuid ta keeldus komandodelt loobumast ja ei lõpetanud kunagi lootust, et ta paraneks. Aastal 1805 andis ta oma eskadrilli juhtimise üle John Rodgersile ja naasis tervisliku halvenemise tõttu Ameerika Ühendriikidesse. Seejärel määrati ta Gosporti laevatehase juhiks Virginias. Tema tervis ei taastunud kunagi täielikult ja 29. oktoobril 1810 teatas tema tegevohvitser leitnant Robert Henley mereväe sekretärile: "Mul on valus kohustus teatada teile kommodor Samuel Barroni surmast. Ilmselgelt hea tervise juures rünnati teda eile Hamptonis õhtusöögi ajal apoplektilise kriisiga ja ta suri umbes kell 10 täna hommikul". Kommodor Barron maeti 45-aastaselt Hamptoni, Virginia.