1885-1888 õppis Du Bois Fisk'i ülikoolis, ajalooliselt mustanahalises kolledžis Nashville'is, Tennessee osariigis. Tema reis ja elukoht lõunaosas oli Du Boise'i esimene kogemus lõuna rassismiga, mis sel ajal hõlmas Jim Crow'i seadusi, eelarvamust, mustanahaliste hääletamise allasurumist ja lintshinguid; viimane saavutas tipptaseme järgmisel kümnendil. Pärast Fisk'i bakalaureusekraadi saamist õppis ta Harvardi kolledžis (mis ei võtnud Fiskilt kursuste krediite vastu) 1888-1890, kus teda tugevalt mõjutas tema professor William James, kes oli Ameerika filosoofias silmapaistev.
Gustav von Schmoller, Adolph Wagner ja Heinrich von Treitschke