Pärast Rootsi sissetungi Poolale 1655. aastal Teise Põhja sõja ajal alustas Czerniecki oma sõjaväe karjääri Jan "Sobiepan" Zamoyski juhtimisel. Ta osales Gołąbi ja Varssavi lahingutes.
1656. aastal. Pärast sõda Rootsiga jätkas ta sõjaväeteenistust, võitles 1660 aastal Moskva vägede vastu Tsudnovi lahingus ja 1666. aastal Brayilivi lahingus Krimmi tatarite ja kosakide vastu (Poola-Kosakkide-Tatarite sõda).