Pärast vabastamist naasis Allen New Hampshire'i Grantidele, mis kuulutasid 1777. aastal välja iseseisvuse, ja ta jätkas poliitilist tegevust territooriumil, jätkates vastupanu New Yorgi katsetele territooriumi üle kontrolli kehtestada. Allen lobistas Kongressis
Vermonti ametliku riigi tunnustamise eest ja ta osales Briti vastuolulistes läbirääkimistes Vermonti eraldiseisva Briti provintsi muutmise võimalusest.