Aastal 1102 astusid Horvaatia Kuningriik ja Ungari Kuningriik isiklikku liitu ja neid valitses sama kuningas, Ladislaus I. Pärast Osmanite vallutusi ja katastroofilist lüüasaamist Mohaci lahingus aastal 1527 valiti Horvaatia aadellikond Püha Rooma keisri Ferdinand I Horvaatia uueks kuningaks. Ungari aadel jagunes, kuid Habsburgid annekteerisid Ungari kuningriigi, hoides Horvaatiat ja Ungarit ühe kroonina. 1848. aasta Ungari revolutsiooni ajal
Horvaatia asus Austria poolele, nii et Horvaatia pank Josip Jelačić aitas Austrial võita 1849. aastal Ungari väed ja alustada germaniseerimise perioodi. 1860ndatel aastatel sai selgeks selle poliitika ebaõnnestumine, mis viis 1867. aasta Austria-Ungari kompromissini ja Austria impeeriumi ja Ungari kuningriigi kroonide vahelise isikliku liidu loomiseni. Horvaatia staatuse küsimus lahendati 1868. aasta Horvaatia-Ungari kokkuleppega, kui Horvaatia ja Slavonia kuningriigid ühendati Horvaatia-Slavonia kuningriigiks. Pärast Austria-Ungari lagunemist pärast tema lüüasaamist Esimese maailmasõjas kuulutas Horvaatia parlament 29. oktoobril 1918 iseseisvuse ja otsustas liituda hiljuti moodustatud sloveenlaste, horvate ja serblaste riigiga, lõpetades Habsburgide valitsuse ja Ungariga 816 aasta pärast toimunud isikliku liidu. Trianoni lepinguga kaotas Ungari Međimurje maakonna ja Baranyi lõunaosa Horvaatiale. Alates Teisest maailmasõjast on kahe riigi vahelisi suhteid defineerinud koostöö natsidega, Nõukogude Liiduga ja Jugoslaaviaga kuni 1989. aasta revolutsioonideni ja Jugoslaavia lagunemiseni. Ungari tunnustas Horvaatia iseseisvust koos ülejäänud Euroopa Majandusühendusega 1992. aastal ja toetas Horvaatiat Horvaatia iseseisvusõja ajal.