Ajaloolane Nick Cullather kirjutas, et vallandades Árbenzi, õõnestas CIA oma esialgse eesmärgi - stabiilse Guatemala valitsuse. Ajaloolane Stephen Streeter märkis, et kuigi USA saavutas teatud strateegilisi eesmärke, paigaldades "mõõdukaks" Castillo Armas'i presidendi ametisse, tegi ta seda Guatemala demokraatlike institutsioonide arvelt. Ta märgib lisaks, et kuigi Castillo Armas oleks tõenäoliselt toime pannud inimõiguste rikkumised, mida ta tegi isegi ilma USA kohalolekuteta, oli USA välisministeerium kindlasti protsessi abistanud ja toetanud. Varasemate tsiviilvalitsuste progressiivse poliitika tagasilükkamine põhjustas 1960. aastast alates mitmesuguseid vasakpoolsete mässumeid maapiirkondades. See käivitas Guatemalas kodusõja.
Ameerika Ühendriikide toetatud Guatemala sõjalise valitsuse ja vasakpoolsete mässuliste vahel, kes sageli uhkustasid suurte järgijatega kodanike seas. Aastatel 1960-1996 kestnud konfliktis hukkus 200 000 tsiviilisikut. Kuigi mõlema poole poolt sooriti kuritegusid tsiviilisikute vastu, sooritasid 93% sellistest julmustest USA toetatud sõjavägi. Need rikkumised hõlmasid genotsiidilist põletatud maa kampaaniat põliselanike Maya elanikkonna vastu 1980. aastatel. Ajaloolased on seostanud kodusõja vägivalla 1954. aasta riigipöördega ja selle tekitatud "kommunismivastase paranoiaga".