Kui Barmakididid vallutati ja arreteeriti kaliif Harun al-Rashid 803. aastal, vangistati ka Musa koos oma isaga ja vendadega kuni al-Amini troonile tõusmiseni, kes vabastas nad ja näitas neile uuesti mõningast soosingut. Neljanda Fitna ajal
Musa astus al-Amini poolele, võitles al-Ma'mun'i vastu, kuid hiljem astus ta viimase teenistusse. Al-Ma'mun nimetas ta Sindhi kuberneri. Musa suri ametis aastal 835 ja tema järeltulijaks sai tema poeg Imran.