Kui nad 1781. aasta oktoobris York Townis alla andsid, läks Johnson koju tagasi ja jäi töötuks kuni rahu sõlmimiseni. Seejärel juhtis ta 17. jalaväge Nova Scotias ja Newfoundlandis. Sõja alguses Prantsusmaaga
Ta määrati Inglismaa Iirimaa asutuse värbamise peasekretäriks ja hoidis seda ametikohta kuni 1798. aastani. Selle aasta mässu ajal saadeti ta koos kolme tuhande mehega New Rossi okupeerima ja alistas mässajad, kui nad ründasid seda kohta 5. juunil 1798. See oli ülestõusu kõige raskem võitlus. Lord Cornwallisil oli Johnsonist ükskõiksed arvamused ja ta kirjutas temast kui "vales peas olevast lollipeast".