Alustades 1926. aastal, saavutas klubi oma algusaastatel suhteliselt vähe edu, võites ühe Coppa Italia 1962. aastal. Napoli saavutas 1980. aastatel edusamme, kui klubi omandas Diego Maradonat. Maradona aitas meeskonnal Napoli ajal võita mitu trofeed, mis viis klubi pensionile tema number 10 trikoot. Selle perioodi jooksul võitis Napoli oma ainsad liiga tiitlid 1987. aastal.
ja 1990. aastal. Pärast tema lahkumist oli Napoliil aga rahalisi raskusi ja kestis mitut langust, enne kui filmiprodutsent Aurelio De Laurentiis taastati 2004. aastal. Tema juhtimisel on klubi stabiliseerunud, mis on toonud kaasa uued edusammud väljakul, võites 2012., 2014. ja 2020. aasta Coppa Italia tiitlid.