Brescia võitis Inglise-Itaalia karika 1994. aastal, mis on suurim saavutus kogu nende ajaloos. Brescia tõusis jalgpalli esirinnas alles 2000. aastal, kui varem unfancied klubi allkirjastas endise FIFA Maailma aasta mängija Roberto Baggio, kes viis Brescia seitsmendale kohale 2000-01 hooaja, seega kvalifitseerudes UEFA Intertoto karika. Järjestikku jõudis Brescia Intertoto karika finaali, kaotades seejärel Paris Saint-Germainile vastavalt võõraste eesmärkide reeglile pärast 0<unk>0 võõrasvõistlust esimeses etapis ja 1<unk>1 kodus võõrasvõistlust teises etapis. Baggio töötas Brescias neli aastat enne pensionile jäämist 2004. aastal ja nende ajalooliste nelja aasta jooksul sai Brescia laialdaselt tuntud kui "Baggi Brescia". Baggio nelja-aastase aja jooksul Bresciaga registreeris klubi Serie A-s püsimise parimate tulemuste. Järgmisel hooajal, mis järgnes Baggio pensionile jäämisele (2004-05), langes Brescia Serie A-st viimasel päeval, lõpetades madala 19. kohaga. Brescia võitles pärast langemist tippliigile naasmise eest ja lõpuks naasis ta Serie A-sse pärast Torino võitu 2<unk>1 agregadiga 2009<unk>10 hooajas. 2010.-2011. aasta hooaja
2014.-2015. aasta hooajal langesid nad Lega Pro'sse, olles lõpetanud viimasest teisena. Pärast Parma pankrotistumist ja allaastumist Serie D-sse oli Brescia üks meeskonnadest, kes valiti nende asemele Serie B-s. Uus edutamine Serie A-sse tagati 2018./2019. aasta hooaja jooksul, kaks mängu veel.