2014. aasta juunis keelas FIFA eetikakomitee Beckenbaueril 90 päeva jooksul igasugust jalgpalliga seotud tegevust, kuna ta väidetavalt keeldus koostööst 2018. ja 2022. aasta maailmameistrivõistluste jaotamisega seotud korruptsioonijuurdlusega.
Venemaa ja Katari. Ta protesteeris keelu vastu, kuna oli palunud, et talle esitatavad küsimused oleksid saksa keeles ja kirjalikult. Keeld tühistati pärast seda, kui Beckenbauer nõustus osalema FIFA uurimises. 2016. aasta veebruaris trahvitati Beckenbauerit 7000 Šveitsi franki ja hoiatas FIFA eetikakomitee, kuna ta ei teinud 2014. aastal uurimisega koostööd.