Kui 1896. aastal algavad tänapäeva olümpiamängud, otsisid algatajad ja korraldajad suurt populaarset sündmust, mis meenutaks iidse Kreeka hiilgust. Maratonijooksu idee tuli Michel Bréal'ilt, kes tahtis, et see üritus oleks osa esimesest kaasaegsest olümpiamängudest 1896. aastal Ateenas. Seda ideed toetasid tugevalt nii tänapäeva olümpiamängude asutaja Pierre de Coubertin kui ka kreeklased. Kreeklased korraldasid 22. märtsil 1896 olümpiamaratoni valimisjooksu, mille võitis Charilaos Vasilakos 3 tunni ja 18 minutiga (olümpiamaratoni tulevane võitja Spyridon "Spyros" Louis tuli kahe nädala pärast teisel võistlusel viiendaks). Esimese olümpiamaratoni võitjaks oli 10. aprillil 1896 Spyridon Louis, Kreeka veekandja, 2 tunni 58 minuti ja 50 sekundiga. 2004. aasta suveolümpiamängude maraton
võidusõit kulges traditsioonilisel marsruudil Maratonist Ateenasse ja lõppes Panathinaiko staadionil, mis oli 1896. aasta suveolümpiamängude koht. Meeste maratoni võitis itaallane Stefano Baldini 2 tunniga 10 minutiga ja 55 sekundit, mis oli selle marsruudi rekordiks kuni 2014. aasta mitte-olümpiamängude Ateena klassikalisele maratonile, kui Felix Kandie vähendas distsipliini rekordit 2 tunni 10 minutiga ja 37 sekundini.