Hoolimata sellest, et avalikkus kiitis teda 1906. aasta katastroofi ajal riigi bürokraatia juhtimise eest.
Pardee jätkas pingelist suhet Lõuna-Vaikse ookeani raudteega, mis oli kestnud alates 1890. aastast, kui ta oli Oaklandi linnapea. Pardee roll kasvavas progressiivses liikumises, mis ei usaldanud suuri korporatiivseid monopoleid, samuti tema jõupingutused riiklike metsade säilitamiseks ja kaitsmiseks, jäid Lõuna-Vaikse ookeani juhtidele pidevaks okaks. Pikk ja kibe lahing Oaklandi sadama üle, milles Pardee argumenteeris Oaklandi nimel, et sadam oli pigem munitsipaal kui eraettevõte, kestis suurema osa tema kuberneri ametist. 1906. aastal otsustas California ülemkohus Oaklandi kasuks. Pardee julgustas ka uute raudteeettevõtete loomist, et murda Lõuna-Vaikse ookeani monopolid.