Arhipelaag asub Nazca plaadil (tektoniline plaat), mis liigub itta/lõunaosas, sukeldudes Lõuna-Ameerika plaadi alla kiirusega umbes 6,4 cm aastas. See on ka Galápagos'i kuumpunkt, koht, kus maapinna pind on allapoole sulatatud mantli pluumi poolt, tekitades vulkaane. Esimesed saared moodustusid siin vähemalt 8 miljonit ja võib-olla kuni 90 miljonit aastat tagasi. Kuigi vanemad saared on kadunud mere all, kui nad liikusid mantli pluumist eemale, moodustasid nooremad saared Isabela, Fernandina ja Fernandina veel vulkaanilised lavad.
18 peamist saart