2. juunil 2008 teatas Inter oma ametlikul veebilehel, et ta on määranud Porto ja Chelsea endise juhi José Mourinho uueks peatreeneriks, kelle abiliseks on Giuseppe Baresi. See tegi Mourinhost ainsa välismaa treeneri Itaalias 2008.-2009. aasta hooaja alguses. Mourinho tegi 2008. aasta suveülekandeaknas meeskonda ainult kolm uut mängijat Mancini, Sulley Muntari ja Ricardo Quaresma kujul. Mourinho esimesel hooajal Interi peatreenerina võitis "Nerazzurri" Itaalia Superkupi
ja neljas järjestikune tiitel, kuid kaotati ka Meistrite Liigist esimeses nokautide voorus kolmandat korda järjest, kaotades Manchester Unitedile. Inter võitis neljandat korda järjest liigavõitluse, ühinedes Torino ja Juventusega, mis on ainsad meeskonnad, kes on seda teinud, ja esimene, kes on seda saavutanud viimase 60 aasta jooksul.