14. jaanuaril 2012 võitis Flanagan Houstonis USA olümpiamängude maratonivõistluse, tehes rekordilise aja 2:25:38. Ta esindas USA meeskondit Londoni olümpiamaratonis, lõpetades 10. kohaga 2:25:51. Ta võitis märtsis Lissaboni poolamaratoonis kõrgklassi väljakut, registreerides aja 1:08:52. 2012. aasta IAAF-i poolmaratoni maailmameistrivõistlustel sai ta 25. koha.
- Jah.