Indoneesia suurus, troopiline kliima ja arhipelaagiline geograafia toetavad kõrge bioloogilise mitmekesisuse taset. Selle taimestik ja loomad on Aasia ja Austraalia liikide segu. Sunda šelf'i saared (Sumatra, Java, Borneo ja Bali) olid kunagi seotud Aasia mandriosaga ja neil on Aasia loomastiku rikkus. Suured liigid nagu Sranumateri tiiger, ninasarvik, orangutan, Aasia elevant ja leopard olid kunagi külluslikud nii kaugele ida poole kui Bali, kuid nende arv ja levik on drastiliselt vähenenud. Sulawesi, Nusa Tenggara ja Maluku <unk> olles pikka aega eraldatud maismaadest <unk> on arendanud oma ainulaadse taime ja loomastiku. Papua oli osa Austraalia maismaast ja on koduks unikaalsele taime ja loomadele, mis on tihedalt seotud Austraalia mandriosaga, sealhulgas üle 600 linnuliigi liikidega.
70%