Ta naasis Inglismaale 1642. aastal ja teenis lühikest aega parlamendi armees, kus ta juhtis oma haige isa hobuste vägesid. Aprillis 1643, pärast isa surma, lahkus ta Oxfordi kuninga juurde. Nüüd Peterborough' krahv, liitus ta Cavaliers'iga ja võitles Bristoli, Gloucesteri ja Newbury lahingutes.
1643. aastal. Newbury's sai ta haavata käe ja reie ning tema hobust tulistati allapoole. Järgmise suve ja talve jooksul teenis ta oma kulul loodud rügemendi juhtimisel läänes, 1644. aastal Cropredy sillal ja Lostwithiel'is. Umbes 1644. aasta detsembris abiellus ta leedi Penelope O'Brieniga (Thomondi viienda krahvi ainus tütar) ja neil oli kaks tütart. Ta oli Prantsusmaal võitluse hilisemates etappides. Aastal 1646 naasis ta Inglismaale ja asutas oma valdusi. Üks privaatne intervjuu Charles I-ga, kui ta 1647. aasta suvel läbi Ampthilli Hampton Courtisse läks, ajendas teda tegema viimast pingutust kuninga nimel ja juulis 1648 ühines ta George Villiers'iga, 2. Buckinghami hertsog ja Henry Rich'iga, 1. Hollandi krahv, tõstmas kuninglikku standardit Dorkingis. Plaan oli vallutada Reigate, kuid see ei õnnestunud, mässulised tõrjutati tagasi Kingstoni ja lõpuks hajutati parlamendijõud Harrowi naabruskonnas (7 juuli). Mordaunt sai raskelt haavatud, kuid põgenes Antwerpeni ning järgmisel aastal naasis ta Inglismaale ja taastas oma valdused (1649. aasta mai).