1569 sai Fleming Privy Council'i liikmeks, 1571. aastal sai ta Lord High Admiral'iks ja 1590. aastal Lord High Constable'iks. Soome ja Eesti kubernerina kandis ta Soome ja Eesti kõrgeima võimu kohustusi Rootsi kuningriigi jaoks, järgnes ainult kuningale. Ta oli Rootsi ja Poola seadusliku kuninga Sigismund Vasa tugev toetaja ja seega Sigismundi isapoolse onu, Südermaania hertsogi Karl, kes oli ka Rootsi troonile nõudnud, vaenlane.
Soome ja Eesti