Igal juhul lahkus "Zafiro" Dewey eskadrilliga aprillis 1898 Hong Kongist ja teenis koos sellega Manila lahe lahingus ja sellele järgnenud Filipiinide kampaanias söe- ja varustuslaevaga. Dokumentide puudumine, mis hõlmavad tema tegevust 1898. aastal ja 1899. aasta esimesel poolel, välistab selle perioodi üksikasjaliku narratiivi. Arvatavasti sõitis see Filipiinide saarte vetes sõdurite, varude ja saadetistega arhipelaagi punktide vahel. Laeva asukoht oli Cavite Luzonis. Laev on osalenud sellistes missioonides ajavahemikul juulist 1899 kuni juunini 1904. Need liikumised, mis toetavad Ameerika Ühendriikide armee Filipiinide ülestõusu alistamist
Ja sõjakäigud moslemite Moro hõimude vastu viisid ta mitmetesse eksootilistesse kohtadesse ja saarte pikkusesse ja laiusesse.