Kuigi raha oli 1989. aasta jaoks kitsas, kandideeris Coloni Roberto Moreno ja Prantsuse uustulnuka Pierre-Henri Raphanel'i kahe autoga. FC188B-d olid 1987. aasta auto järjekordne uuendus, kuid neid oli raske juhtida ja umbes 20 km/h aeglasem kui ülejäänud võrgustiku. Sellegipoolest suutsid mõlemad sõitjad kvalifitseeruda Monaco Grand Prix'le. See oli ainus võistlus, kus Coloni osales hooaja esimesel poolel. Kanadas esitles Coloni uut autot (Coloni C3), mille disainer oli endine AGSi insener Christian Vanderpleyn. C3 oli põhimõtteliselt hea disain, kuid meeskond kannatas uuesti testimise täieliku puuduse tõttu. See tähendas, et meeskonnal ei õnnestunud sageli leida õiget seadistust võistlustele. Meeskond ei kvalifitseerunud enamiku hooaja ülejäänud osa <unk> ainult kolmel juhul, Coloni C3 debüüdi, 1989. aasta Kanada Grand Prix, 1989. aasta Briti Grand Prix
ja Portugali Grand Prix's kvalifitseeriti Moreno vastavalt 26., 23. ja 15. kohaga, pärast seda, kui Estoril oli paigaldatud arendusliku eesmise tiiva. Kahjuks sõitis ta Eddie Cheever'iga soojendamisel kokku ja pidi kasutama varuautot. Ta ei lõpetanud võistlust, sest mootor plahvatas pärast mõnda ringi. Kuna tulemusi ei saadud, vähendati meeskonda aasta jooksul. Pärast seda, kui Vanderpleyn oli meeskonnast septembris lahkunud, võttis Enzo Coloni ise üle inseneri töö, kuid see ei toonud mingit parendust; seda ei teinud ka uus sõitja Enrico Bertaggia, kes asendas Raphaneli viimastel võistlustel. Meeskond lõpetas Zakspeediga võrdselt 18. ja viimasena, sest EuroBrun meeskond ei kvalifitseerunud sel aastal. Portugali Grand Prix osutus Coloni auto viimaseks kvalifikatsiooniks.