Ernst August Hagen sündis Königsbergis, mis oli tol ajal Ida-Preisi halduspealinn (ja peaaegu kümme aastat pärast 1806
kui kuningas põgenes Berliinist, Preisimaa õukonna kodust). Tema isa, Karl Gottfried Hagen (1749-1829) oli tuntud keemik ja õukonna apteekar.