Juunis 1861 sai O'Neal kapteniks ja juhtis kolme kompanii sõdureid. Richmondisse jõudmisel määrati ta 9. Alabama jalaväe rügemendi majoriks ja autunnis edutati ta kolonellileitnantiks. 1862. aasta märtsis määrati ta 26. Alabama jalaväe polkovnikuks ja juhtis seda rügementi poolsaare kampaania ajal. Seitsme Pini lahingus tapeti tema hobune tema all ja ta sai raskelt haavata kuulipeenest. Ta sai suure kiituse oma esinemise eest Chancellorsville'i lahingus. 1863. aastal oli ta kindralmajor Robert E. Rodes'i diviisi brigadi komandör ja juhtis seda Gettysburgi lahingus, Manassas Gap'i lahingus ja Mine Runi lahingus.
- Jah. 1864. aasta alguses saadeti tema rügement tagasi Alabamasse, et värvata oma ammendunud järjed, kuid ta saadeti kiiresti Daltoni, Georgiasse, kus O'Neal võttis üle komandör-generaal James Cantey brigaadi Tennessee armee. O'Neal juhtis seda brigaadi Atlanta kampaania ülejäänud osa. Pärast seda, kui leitnant-generaal John Bell Hood sai Tennessee armee juhtimise, vabastati O'Neal ja ta teenis sõja lõpuni. Ta nimetati 6. juunil 1863 brigadigeneraliks, kuid seda ametikohta hoidis kinni kindral Robert E. Lee ja edutamine tühistati Konföderatsiooni presidendi Jefferson Davise poolt.