1810 sai Boyen sõjaväekabineti direktoriks. Preisi sõjaväe taasloomisel oli ta Scharnhorst'i kõige hoolikam abiline, kuid pärast Preisi ja Prantsusmaa vahelise liitluse sõlmimist aastal 1812 loobus ta kolonelist ja külastas Viini ja Peterburgi. 1813. aasta sündmuste tõttu kutsuti ta tagasi Preisi teenistusse: kolonelena saatis ta Vene armeed oma baasist Kaliszis Saksamaale. Pärast Lutzeni lahingut
2. mail 1813 oli ta vastutav piirivalvurite ja lõpuks Berliini kaitse eest. Kuid relvarahu ajal nimetas kuningas Frederick William III ta 3. armee korpuse peastaabis. Boyen osales nii 1813. kui 1814. aasta lahingutes ja kokkupõrgetes ning sai edutamise kindralmajoriks.