Selle sündmuse järel sai Guatemala inimõiguste ombudsman Ramiro de León Carpio presidendiks vastavalt põhiseadusele. Ta nimetas Pérez'i oma presidendi personaliülemaks, ametikohale, mida ta hoidis kuni 1995. aastani. Peetakse Guatemala sõjaväe fraktsiooni juhiks, kes toetas 30 aastat kestnud Guatemala kodusõja läbirääkimiste teel lahendamist.
, Pérez esindas sõjaväge läbirääkimistel sissikonna jõududega. Nad saavutasid 1996. aasta rahulepingud.