Empedokles määratles neli ülimat elementi, millest koosnevad kõik maailma struktuurid: tuli, õhk, vesi, maa. Empedokles kutsus neid nelja elementi "juureks", mida ta ka Zeusi, Hera, Nestis ja Aidoneuse müütiliste nimedega identifitseeris (nt "Nüüd kuule kõik neljakordse juure: elustades Hera, Hades, särav Zeus. Ja Nestis, niisutavad surelike allikad pisaratega. ") Empedokles ei kasutanud kunagi terminit "element" (στοιχεῖον, stoicheion), mida näib olevat esmakordselt kasutanud Platon. Vastavalt erinevatele proportsioonidele, milles need neli hävimatut ja muutumatut elementi üksteisega kombineeritakse, tekib järgmiste struktuuride erinevus. See on nelja elemendi segregatsioon ja seega segregeerimine, mis Empedokles nimetab aatomiteks, mida ta samuti identifitseeris müütiliste nimedega Zeus, Hera, Nestis ja Aidoneus.
Tuli, õhk, vesi, maa.