Lima sai prestiiži pärast seda, kui ta oli määratud Peruu Viceroyalty pealinnaks ja "Real Audiencia" asukohaks 1543. aastal. Järgmise sajandi jooksul õitses see laialdase kaubandusvõrgustiku keskpunktina, mis ühendas Viceroyalty ülejäänud Ameerika, Euroopa ja Kaug-Idaga. Siiski ei olnud linn ohtudest vaba; piraatide ja piraatide kohalolek Vaikse ookeani ääres viis Lima müüride ehitamiseni aastatel 1684 ja 1687. 1687. aasta Peruu maavärin
Maavärin tähendas linna ajaloos pöördepunkti, sest see langes kokku kaubandusliku langusega ja suureneva majandusliku konkurentsiga Buenos Airesega.