Kui Nõukogude Liit lagunes kaks aastat pärast Sahharovi surma 1989. aastal, jätkas Bonner oma inimõiguste ja poliitilist tegevust. Ta toetas esialgu president Boris Jeltsini valitsust ja töötas tema riiklikus inimõiguste komisjonis, kuid hakkas kritiseerima tema valitsust Tšetšeenia sõja alguses.
- Jah. Ta oli ka kriitiline Jeltiini järeltulija Vladimir Putini suhtes ja oli esimene, kes allkirjastas märtsis 2010 tema vastu petitsiooni.