James Conner osales Fort Sumteri pommitamises Lõuna-Carolina miliisi üksuse Montgomery Gardesi kaptenina. Kodusõja alguses keeldus ta Konföderatsiooni ringkonnaprokuröri ametist. Selle asemel sai temast Hamptoni leegioni kapten ja võitles Esimese Bull Runi lahingus (Esimene Manassas), võttes leegioni ajutise juhtimise peale kolonel Wade Hamptoni haavatut. 21. juulil 1861 määrati Conner Hamptoni leegioni majoriks. Pärast Seitsme Pini lahingut
Peninsula kampaania ajal võttis ta üle 22. Põhja-Carolina vabatahtlike jalaväerügemendi. Seitsmepäevase lahingu ajal murdis ta jala Gaines Mill'i lahingus. Pärast kahe kuu pikka taastumisperioodi naasis ta oma rügemendi juhtimiseks Chancellorsville'i lahingus ja Gettysburgi lahingus.