Aastal 1969 naasis ta Nairobisse, et jätkata õpinguid Nairobise ülikooli kolledžis assistent-õpetajana. Maikuus abiellus ta Mwangi Mathaiga. Hiljem sel aastal sai ta rasedaks oma esimese lapsega ja tema abikaasa kandideeris parlamendis, kaotades kitsalt. Valimiste käigus mõrvati Tom Mboya, kes oli olnud oluline selle programmi rajamisel, mis saatis ta välismaale. See viis president Kenyatta tõhusalt lõpetama mitmeparteide demokraatia Kenias. Peagi pärast seda sündis tema esimene poeg Waweru. Aastal 1971 sai ta esimeseks Ida-Aafrika naiseks, kes sai doktorikraadi veterinaaranatomias Nairobise ülikoolist, mis sai järgmisel aastal Nairobise ülikooliks. Ta lõpetas väitekirja veiste suguelundite arengule ja diferentseerimisele. Tema tütar Wanjira sündis 1971. aasta detsembris.
Ta oli esimene Ida-Aafrika naine, kes sai doktorikraadi.