Täitke järgmine lause: Hoolimata väga heast 89 väravat 165 mängus "Bianconeri", Inzaghi varsti bench David Trezeguet ja 2. juulil 2001 allkirjastatud AC Milan teatas 70 miljardit liiri, või 45 miljardit liiri sularahas pluss Cristian Zenoni. (Sky Sports teatas väiksemast kogusummast, 17 miljonit naela) treeneri Fatih Terimi 2001.-2002. aasta kampaaniaks. Juventus teatas, et Inzaghi müük tõi klubile 31,1 miljoni euro suuruse kapitali kasumi, mistõttu tegelik ülekandemaksu ületab seda summat. Inzaghi sai aga põlve vigastuse ja jäi hooajal esimesest poolt ilma. Pärast tagasitulekut suutis ta luua Andriy Shevchenkoga tugeva väravate partnerluse ja varsti kogus ta uue treeneri Carlo Ancelotti juhtimisel "Rossoneridega" muljetavaldavate trofeede arvu, sealhulgas 2002.-2003. aasta Meistrite Liiga (kus Milan võitis oma eelmise meeskonna, Juventus, finalis karistusotsuste abil), koos 2002.-2003. aasta Coppa Italiaga (saavutades 2-2 võrdluses teises mängus), 2003. aasta UEFA Superkupp,
2004. aasta Supercoppa Italiana ja 2003.-2004. aasta "Scudetto". 2002.-2003. aasta Meistrite Liigas tegi ta oma kolmanda rekordilise Meistrite Liiga hattriigi Deportivo de La Coruña vastu rühmade etapis ja otsustava eesmärgi veerandfinaalis Ajaxi vastu, kokku 12 Euroopa eesmärki sel hooajal. 2004. aasta novembris allkirjastas ta klubiga lepingu pikendamise.