Kui Teise Koalitsiooni sõda algas 1799. aasta alguses, võitles Nauendorf Austria võidul Ostrachis.
21. märtsil ja seejärel Stockachis 25. märtsil. Märtsi alguses juhtis ta 17.000-meelise eelvardi üle Lechi jõe Augsburgi kaudu, et paigutada Ostrachi, küla umbes Doonau jõe ääres ja vähem kui Pfullendorfi vabast keiserlikust linnast. Jourdan'i Doonau armee oli 1. märtsil ületanud Reini ja liikunud itta, et katkestada side Augsburgi lähedal asuva Austria peamise jõu ja Põhja-Itaalia Austria vägede vahel. Ostrah'is kestis tema eelvarda kohene kokkupuute šokk, kuid sõjaväe peamine jõud oli vähem kui päev tema taga ja Austria väe komandör, aartshertsog Karl, jagas oma sõjaväe kolmeks rünnakukolonnaks, et rünnata samaaegselt kolme punkti peal Prantsuse liinil; pärast ühe päeva vastikut võitlust külgitasid austerlased prantslased põhja ja lõuna poole ja ähvardasid läbi murda keskjoonest. Prantslased taandusid Mösskirchi ja seejärel Engeni ja Stockachi, kus 25. märtsil lahingud taas algavad. Stockachis juhtis Nauendorf taas Austria eelvarti, mis koosnes vägedest, kes olid kogenud, nagu tema, Habsburgide piiri sõdades. Eelvarda, või "Vorhut", paigutati enne lahingut ümber Austria peamise rinde keskmesse ja võttis esialgse võitluse raskemad osad.