Shorten sündis 12. mail 1967 St. Vincenti haiglas, Melbourne'is, Ann Rosemary (n. McGrath) ja William Robert Shorten'i pojana. Tal on kaksikvend, Robert. Vastavalt avaldusele, mis anti 2017.-2018. aasta kahekordse kodakondsuse skandaali ajal
, Shorten omas Briti kodakondsust kuni 2006. aastani, mil ta loobus sellest, et kandideerida parlamendile.