1796. aasta septembris määrati Johnston kuberner John Hunteri aide-de-camp'iks ja 1800. aastal sai ta brevetit majorina. Samal aastal vahistati Johnston aseguva kuberneri William Patersoni poolt süüdistusega "sellises, et ta maksis seersantile osa oma palgast ja ei täitnud käske". Johnston keeldus kolonia sõjaväekohtu kohtumõistmisest ja Hunter saatis ta Inglismaale. Seal viisid Austraalias tunnistajatega kohtuprotsessi läbiviimise raskused menetluse lõpetamiseni ja Johnston naasis aastal 1802 Uus-Lõuna-Walesesse. Aastal 1803 võttis Johnston ajutiselt üle New South Walesi korpuse juhtimise Patersoni haiguse ajal ja osales konfliktis kuninga ja sõjaväe vahel. 1804. aasta märtsis tegutses ta otsustavalt, kui ta oli sõjaväe juhataja, kes oli saadetud mõnede vangide vastu, kes olid mässunud Castle Hillis.
- Jah. Kui Patersoni saadeti Port Dalrymple'i, sai Johnston New South Walesi korpuse komandöriks.