1862. aasta augusti lõpus juhtis kindral Kearny oma diviisi katastroofilises Teises Bull Runi lahingus, kus liidu armee oli sõitnud ja peaaegu hävitatud kindral Robert E. Lee Põhja-Virginia Konföderatsiooni armee poolt. Liidu armee taandus Washingtoni suunas ja võitles 1. septembril 1862. aasta Chantilly lahingus Stonewall Jacksoni juhitud Konföderatsiooni korpusega.
- Jah. Tormi ja välgudega koosneva tormi ajal otsustas Kearny uurida lõhet liidu liinil. Vastates alluva hoiatustele, ütles ta: "Mind tappa suudav mässuliste kuuli pole veel vormitud". Kohtumisel Konföderatsiooni vägedega ignoreeris Kearny alistumise nõudmist ja kui ta üritas hobuse seljas põgeneda, tulistati " pool tosinat musketit " ja teda tulistati Minié palliga, mis sisestus tema puus ja tuli välja tema õla, tappes ta koheselt. Konföderatsiooni kindralmajor A.P. Hill, kuules tulistamist, jooksis illustreeritud sõduri surnukeha juurde ja hüüdis: "Te tapsite Phil Kearny, ta vääris paremat saatust kui muda surra". Kindral Lee saatis tema surnukeha tagasi liidu vägedele koos kaastunde kirjaga. Sel ajal olid Washingtonis kuulujutud, et president Abraham Lincoln mõtles välja vahetada George B. McClellan "Kearny the Magnificent". Laip kandti tagapoole pärast seda, kui konföderatsioon mõistis, et kindral on tapetud. Konföderatsiooni sõdurid võtsid Kearnylt kiiresti mantli, saapad, taskukella, paberid ja muud väärtuslikud esemed. Kui aga sai teada, kes surnu oli, käskis Robert E. Lee kõik tema asjad tagasi anda, vaatamata halvasti riietatud sõdurite vastuväitele, kes väitsid, et surnud mees ei vaja enam sooja mantlit ja saapaid. Kearny paberid anti Lee'le läbivaatamiseks, kuid need koosnesid vaid isiklikest kirjadest tema naisele ja ei sisaldanud mingeid kasulikke sõjalisi dokumente; Lee põletas need kiiresti.