9. veebruaril 1995. aastal vahetati Desjardins koos John LeClair'iga ja Gilbert Dionne'iga Philadelphia Flyers'ile vahetuseks Mark Recchi ja 3. raundi valikuga 1995. aasta NHL Entry Draftis.
(Martin Hohenberger) Ta võitis esimese seitsmest Barry Ashbee trofeest, mis antakse iga-aastaselt Flyers'i parimatele mängijatele. Ta mängis ülejäänud karjääri Flyersis, saavutas kaks NHL teise meeskonna All-Star valikut (1999, 2000) ja veel kaks All-Star mängu (1996, 2000). Tema 396 punkti Flyersis on teisel kohal kaitsjate seas ainult Mark Howe 480-le meeskonna ajaloos. 1999.-2000. aasta hooaja jooksul sai Desjardins Flyers'i kapteniks, kui Eric Lindros võeti kaptenist tema kaebuste pärast Flyers'i meditsiinipersonali kohta.