Teine maailmasõda tõi taas Bogatyretsi rahvuslikule kuuluvusele väljakutse, mis viis teda toetama taasühinemist Vene õigeusu kirikuga. Ta jäi Nõukogude territooriumile pärast Bukoviina okupatsiooni.
Aga lõpuks oli ta sunnitud põgenema. Ta elas natside Saksamaal ja Rumeenias kuni 1941. aastani, kui Saksa juhitud sissetung lubas tal Cernăuți (Chernivtsi) tagasi minna. Kolme aasta jooksul aitas ta metropoliit Tit Simedrea ja võttis üle piiskopkonna tegeliku juhtimise, kui Simedrea lahkus Bukovinnast. Ta liitus Ukraina eksarhaadiga 1944. aasta lõpus, tervitades tagasi Nõukogude Liitu, kuid oli alates 1949. aastast marginaliseeritud. Tema viimane töö oli regionaalse kiriku ajaloo kirjutaja erinevate haldusasutuste kaudu.