26. juunil 1861 astus Baxter Ameerika kodusõja, ühinedes 12. Massachusetts'i vabatahtliku jalaväega. Ta teenis kuni 1862. aasta aprillini, kui ta määrati brigadi kirurgiks Potomaci armee. Ta osales poolsaare kampaanias, sealhulgas Yorktownis, Hannoveri kohtumajas ja Seitsmes Pines
- Jah.