Teise koalitsiooni sõja alguses aastal 1799 oli ta Cisalpine Vabariigi ohvitser, kes tegutses Põhja-Itaalia kampaania ajal Jean Victor Marie Moreau, seejärel Barthélemy Catherine Jouberti Aide de Camp'ina (ADC). Pärast Jouberti surma katastroofilises Novi lahingus
, Balabio põgenes koos oma vägedega ja ühines André Masséna vägedega, eristades end ADC-na Genova piiramisel 1800, mille eest ta edutati kolonelliks.