1587 Pariisis arreteeriti ta bordellis, kus ta leiti voodis naise ja Essexi krahvliku teenijaga. Alguses viidi ta piiskopi vanglasse, kuid tema vangistajad mõtlesid ta Walsinghami tagasi saata. Lõpuks viidi ta kohtu ootamiseks Bastille'i. Tema ülekuulamise protokollid näitavad, et ta üritas Morganit ja Paget'i kahekordse tehinguga siduda. 1589. aasta augustis toodi ta kohtu ette ja mõisteti katoliku kiriku huvide vastu tegutsemise eest kakskümmend aastat vanglasse. Sel ajal valitses Pariisi Katoliku Liit, kes oli tõstnud mässu Prantsuse kuninga vastu. Vanglas halvenes tema tervis. Ivry lahingus
1590. aasta märtsis hävitati Liiga armee ja kuningas marssis Pariisi suunas, otsustades pealinna näljutada. Piiramine kestis augustini ja põhjustas nälja. Gifford suri mõned kuud hiljem, novembris 1590.