1999. aasta juulis määrati Jacoby ühise staabi luurejuht J2. Tema ametiaeg algas luurekogemuse juhtimisest, et uurida operatsioone Balkanil ja Kosovos. Operatsioonid "Northern" ja "Southern Watch" jätkasid lennukeelutsoonide ja sanktsioonide kehtestamist Iraagi vastu. Peale selle, USA mereväe EP-3 luurelennukid konfiskeeriti hiinlaste poolt Hainan saarel pärast kokkupõrget Hiina hävitajaga Lõuna-Hiina merel toimunud operatsioonide ajal ja rünnakut USS "Cole"
toimus Adenis, Jeemenis. Viimane sündmus põhjustas terrorismianalüüsi ja operatiivvägede toetamise põhimõttelise muutuse, mis sisaldas kavandatud terrorismivastase võitluse ühist luureüksust (JITF-CT), mis tegutses kaitse luureagentuuri osana ühise staabi J-2 juhtimisel. Jacoby propageeris 10. septembri 2001. aasta pärastlõunal JITF-CT-le suuremat rahastamist koos kõrgemate töötajatega kodukonna alalises luurekomitees. Ta oli Pentagonis, kui see rünnati 11. septembril 2001. Ta juhtis JITF-CT-d, oli aktiivne terrorismivastase globaalse sõja ja Afganistani sõjaliste operatsioonide luureplaneerimisel, jälgis J-2 tegevusi Afganistani lahingute algfaasis ja oli oluline operatiivkonseptsiooni "2 Plus 7" arendamisel ja toetamisel, mis sai USA operatsioonide keskpunktiks, et lammutada Al-Qaeda organisatsioon ja rünnata selle tsentraliseeritud juhtimis- ja planeerimisfunktsioone. Operatsioonid olid suunatud kahe juhti ja seitsme juhtiva operatiivplaneerija vastu. Tulemuseks oli organisatsiooni võimete märkimisväärne langus. Jacoby lõpetas üheaastase pikendamise ühise staabi J-2 ametikohal 2002. aasta juulis.