Kingsley oli reverend Charles Kingsley ja tema abikaasa Mary viiest lapsest neljas. Ta sündis 14. veebruaril 1826 Barnackis, Northamptonshire'is. Charles Kingsley ja romaanikirjanik Henry Kingsley olid tema vennad ja kirjanik Charlotte Chanter oli tema õde. Ta õppis Londonis King's College School'is, Edinburgh'i ülikoolis, kus ta lõpetas meditsiiniõppe 1846. aastal, ja Pariisis, kus ta sai kergelt haavata 1848. aasta barrikaadide ajal.
- Jah. Hiljem aastal 1848 mälestas tema tegevust kolera puhangu vastu võitlemisel Inglismaal tema vend Charles Tom Thurnalli portreedil "Kaks aastat tagasi".