Villalobos oli üks peamistest rahva revolutsioonilise armee juhtidest või "Ejército Revolucionario del Pueblo", rühmitus, mis tekkis El Salvadoris 1970. aastate alguses kui lahtine rakkude föderatsioon, mille juured olid mitmesugustes marksistlikes ja vasakpoolsetes katoliku rühmitustes. ERP oli üks viiest organisatsioonist, mis ühinesid 1980. aastal Salvadori kodusõja ajal Farabundo Martí Rahvusliku Vabastamisrinde moodustamiseks.
, kus vasakpoolsed sissetungijad võitlesid El Salvadori sõjaväe-domineeritud ja USA toetatud parempoolse valitsusega. Villalobos, kes oli majandusteaduse üliõpilane ja vasakpoolne aktivist, liitus ERP-ga 1971. aastal 19-aastaselt. Sellest ajast alates on teda süüdistatud 1975. aastal toimunud revolutsioonilise luuletaja ja ERP liidri Roque Daltoni mõrvas, kelle tulistasid tema kaaslased pärast võimuvõitlust rühmas, mis viis süüdistustesse, et ta oli CIA spioon. Tol ajal põhjustas mõrv ERP-s lõhenemise ja vastastikuse süüdistamise ning teiste vasakpoolsete kriitika, kuid pärast 1980. aastat tõusis Villalobos üheks FMLNi peamiseks sõjaliseks strateegiks. Tema juhitud ERP-d on kirjeldatud kui "kõige efektiivsemat sõjalist organisatsiooni Salvadori vasakpoolsete seas" kodusõja ajal, kus Villalobos arendas välja "reputatsiooni julge strateegilise geniaalsuse" poolest. Ajakiri Financial Times kirjeldas Villalobost kui "20. sajandi Ladina-Ameerika gerillavõitluse tõelist meistrit" üle Che Guevara.