1941. aasta detsembris peatati kool Jaapani sissetungi tõttu Malaiale.
Ja avati uuesti 1945. aastal pärast Jaapani okupatsiooni Malaia. Sel ajal töötavad institutsioonid tervikuna ((统筹统办). Jit Sini algkool ja mitmed teised koolid olid Chung Hwa kooli (中华学校) all, millel oli mitmed koolid piirkonna teistes kohtades. Jit Sin'i algkool asus Aston Road'i piimapakendite tehases, mis asus Han Chiang'i assotsiatsiooni hoone taga. Sõja ajal hariduse puudumise tõttu oli hariduse andmine tasuta ja üliõpilaste arv oli tohutu. Jit Sin'i filiaali ülikoolil oli üle 1000 üliõpilase. 1945. aasta lõpus läksid koolid tagasi oma algsetesse vormidesse. Jit Sin'i algkool avati ametlikult 1946. aastal.