Hannigani esimene suur filmiroll oli 1988. aastal ilmunud teadusliku komöödia "My Stepmother Is an Alien", kus üks tema kaasstaaridest oli näitleja Seth Green, kes hiljem ühines temaga Buffy lavastuses kui tema ekraanil olev poiss-sõber. 1989. aastal tuli tema esimene regulaarne roll telesaates, kui ta võeti lühiajalise ABC sitcom Free Spirit.
11