Viirused (eriti rotaviirused) ja bakterid Escherichia coli ja Campylobacter liigid on gastroenteriidi peamised põhjused. Siiski on palju muid nakkusohtlikke aineid, mis võivad põhjustada seda sündroomi, sealhulgas parasiidid ja seened. Mitte-nakkusohtlikke põhjuseid esineb aeg-ajalt, kuid need on vähem tõenäolised kui viiruse või bakterite põhjus. Infektsiooni oht on suurem lastel nende immuunsuse puudumise tõttu. Lapsed on ka suurema riski all, sest nad on vähem tõenäoline, et harjutavad häid hügieeni harjumusi. Lapsed, kes elavad piirkondades, kus pole kerget juurdepääsu veele ja seebile, on eriti haavatavad. Küsimus: Milline põhjus on vähem tõenäoline, et aktiveerib viirust?
Ei nakka