1990ndatel aastatel, pärast Läänemere sõda, olid terrorirünnakud CENTCOM-i jõududele suur mõju. Seistes silmitsi selliste rünnakutega nagu 1996. aasta Khobari tornide pommitamine, milles hukkus 19 Ameerika lennumeest, käivitas juhtkond operatsiooni Desert Focus, mille eesmärk oli ümberpaigutada USA rajatised kaitsetavamatesse kohtadesse (näiteks Prince Sultani lennubaasi), vähendada USA edasist "jalajälge" ebaoluliste korterite kõrvaldamise kaudu ja tagastada sõltuvad Ameerika Ühendriikidesse. 1998. aastal ründasid terroristid USA saatkonnad Kenias ja Tansaanias, tappes 250 inimest, sealhulgas 12 ameeriklast. 2000. aasta oktoobris toimunud rünnak USS Cole'ile
, mille tagajärjel hukkus 17 USA meremeest, oli seotud Osama bin Ladeni Al Qaida organisatsiooniga.