Märja poeg Darnley, James, sündis 19. juunil 1566 Edinburghi lossis, kuid Rizzio mõrv viis paratamatult tema abielu lagunemiseni. 1566. aasta oktoobris, olles Šotimaa piiril Jedburghis, tegi Maarja vähemalt nelja tunni pikkune reis hobuse seljas, et külastada Bothwelli krahvi Hermitage'i lossis, kus ta lebas haigeks haavade tõttu, mis tekkisid relvadest reiveritega. Mary vaenlased kasutasid hiljem sõitu tõendina, et kaks olid armukesed, kuigi tol ajal ei olnud kahtlusi ja Maarja kaasas tema nõunikud ja valvurid.
9. ja 10. veebruari öö 1567