1779. aastal võttis kapten Jones juhtimise üle 42-kaunilise kaubalaeva, mis oli ümber ehitatud ja antud Ameerikale Prantsuse laevandusmagnaadi Jacques-Donatien Le Ray poolt. 14. augustil, kui suur Prantsuse ja Hispaania sissetungi laevastiku
Inglismaale lähenedes andis ta Iirimaale suunatud viie laeva eskadrilli, sealhulgas 36-kanuliku, 32-kanuliku USS "Pallas", 12-kanuliku ja "Le Cerfi", samuti kaasas ka kaks kaaperi ja "Granville". Kui eskadril oli vaid paar päeva Groixist eemal, lahkus "Monsieur" oma kaptenist ja Jonesist. Mitmed kuningliku mereväe sõjalaevad saadeti Iirimaale, et jälitada Jonesit, kuid sel korral jätkas ta Põhja-Meresse Šotimaa põhjas. Jones'i peamised probleemid, nagu ka eelmisel reisil, olid tingitud allumatusest, eriti "Alliansi" kapteni Pierre Landais'i poolt. 23. septembril 1779 kohtus eskadril suur kaupmeeste konvoi Flamborough Headi rannikul Ida-Yorkshire'is. 50-kauniline Briti fregat ja 22-kauniline relvastatud laev asusid konvoi ja Jones'i eskadrilli vahele, võimaldades kaupmeestel põgeneda.