Ta jätkas oma ulatuslikke kraadiõpinguid Louis Agassiz's Anderson School of Natural History Penikese saarel, Buzzard's Bay, MA aastal 1874. Ta võttis vastu Agassiz'i ütluse "Uurige loodust, mitte raamatuid!" ja rakendas seda oma õpetamisele. Ta tutvustas oma teadmisi Mount Holyoke'i embriooloogia kursuse kaudu, mille asendasid välismaalt pärit tudengite näidised. Koos teiste New England'i putukateadlastega kogus Clapp 1872. aasta suvel New Hampshire'i White Mountains'ist ja 1877. aastal kesk-Atlantika riikidest putukaid (Stops sisaldas Johns Hopkins'i merejaama Beaufort'is ja Smithsonian Institution'i Washingtoni DC-s).
New Hampshire