Seán Patrick O'Malley sündis Patrick O'Malley'ina 29. juunil 1944 Lakewoodis, Ohio osariigis, Theodore ja Mary Louise (sündinud Reidy) O'Malley'i pojana. Mõlemad vanemad olid iiri päritoluga. O'Malley, tema õde ja vanem vend kasvasid üles Pittsburghis South Hills'is ja Readingis, Pennsylvania osariigis. 12-aastaselt astus ta Hermanis asuvasse St. Fidelis'i väikesesse seminari, mis oli internaatkooli üliõpilastele, kes mõtlesid frantsiskaani ordenile ühineda. Seal õppides õppis ta lisaks tavalistele keskkooliõppeainetele ka hispaania, portugali, kreeka, saksa ja heebrea keelt, olles samal ajal aktiivne ka teatris.
29. juuni 1944