Aastal 1946 oli ta araabia rahvuslane ja hakkas hankima relvi, mis pidi salakaubaveeta endisse Briti Mandati Palestiinasse, et kasutada araablaste kõrgemas komitees ja Püha sõja sõjaväe militsides. 1948. aasta Araabia-Iisraeli sõja ajal lahkus Arafat ülikoolist ja koos teiste araablastega püüdis siseneda Palestiinasse, et liituda araablaste vägedega võitlemisel ja Iisraeli riigi loomisel. Kuid selle asemel, et liituda palestiinlaste ridadega, võitles Arafat koos moslemite vennaskonnaga, kuigi ta ei ühinenud organisatsiooniga.
1949. aasta