Täitke järgmine lause: Bayern täitis Guardiola soovi saada Thiago Alcântara FC Barcelonast ja Guardiola esimene hooaeg alustas hästi, Bayern pikendas võitmatu liigasõidu järjekorda eelmisest hooajast 53 mängu. Viimase kaotuse eest Augsburgile toimus kaks mängu päeva pärast seda, kui Bayern oli juba võitnud liiga tiitli. Hooaja jooksul võitis Bayern ka kaks teist tiitlit, FIFA Klubi maailmameistrivõistlused ja
UEFA Supercup oli viimane suur trofee, mida klubi veel ei võitnud. Bayern võitis ka karika, et täita oma kümnes kodumaine topel, kuid kaotas Meistrite Liiga poolfinaalis Real Madridi vastu. Bayern Müncheni president Uli Hoeneß mõisteti 13. märtsil 2014 maksupettuse eest süüdi ja mõisteti kolm ja pool aastat vanglasse. Hoeneß lahkus järgmisel päeval. 2. mail valiti asepresident Karl Hopfner presidendiks. Enne 2014/2015 hooaega ostis Bayern Robert Lewandowskit pärast Borussia Dortmundis lõppenud lepingu lõppemist ja laenas Real Madridilt Xabi Alonsot. Bayern lasi ka Toni Kroosil Realisse minna. Klubi ikoonid Bastian Schweinsteiger ja Claudio Pizarro lahkusid enne 2015.-2016. aasta hooaega. Nendel kahel hooajal kaitses Bayern oma liigititlit, sealhulgas veel ühe topeltvõistluse 2015.-2016. aastal, kuid ei jõudnud Meistrite liiga poolfinaali. Kuigi klubi juhtkond püüdis veenda Guardiola jääma, otsustas treener oma kolmeaastast lepingut mitte pikendada.