1798. aasta lõpp ja 1799. aasta algus tähistas Teise Koalitsiooni sõja algust. Umbes aasta pärast asutamist oli leegionist saanud umbes 10 000. Kuid uus võitlusreegel osutus palju raskemaks, kuna Prantsuse-vastane koalitsioon ründas Itaaliat, mis oli nüüd kaotanud Prantsuse eliitüksused, mis olid Napoleoniga Egiptuses. Üldiselt oli 1799. aastal leegionidel märkimisväärsed kaotused. 1799. aasta keskel võitles esimene leegion kindral Dąbrowski juhtimisel venelaste vastu Trebbia lahingus (17.-19. juuni 1799), kus ta kannatas raskeid kaotusi (võitlusest jäid ellu vaid kaks viiest pataljonist ja Dąbrowski sai haavata). Poola leegionid võitlesid ka Novi lahingus (15. juuli 1799) ja Teises Tšürichi lahingus.
26. september.