Zersenay ei jõudnud 2006. aasta Maailma Cross Country meistrivõistlustel teist korda poodiumile
, kuid tema neljas koht viis Eritrea meeskonna meeskonnavõistlustel hõbedamedaali poole. Järgmisel kuul võitis Zersenay nii Fabiano Joseph'i kui ka Boniface Kiprop'i, võites Great Manchester Run'i. Ta jooksis joonele 27:36 ajaga, mis on Eritrea rekord ja selle aasta teine kiireim. Selle aasta augustis parandas ta oluliselt oma 10 000 m parimat tulemust Memorial Van Damme'is; tema aeg 26:37.25 lõi peaaegu kolmekümne sekundi võrra eelmise märgi maha, muutes ta 8. kõige kiiremaks inimeseks, kuid ta lõpetas ikka veel välja kujunenud Micah Kogo taga, kes jooksis kümnes kõige kiirem aeg. Zersenay uus rekord 59:16 Rotterdamis võrdus Samuel Wanjiru rekordit ja oli hea ettekujutus tulevaseks meistrivõistluseks.