Ta külastas ka konfliktialasid, et aidata haavatute hooldamisel. Ta sai Seitsme Pini lahingus kaks puusarvamust.
31. mail 1862. aastal, mis jättis ta püsivalt kõndima. Selle tegevuse eest nomineeriti ta ja sai hiljem üle sajandi hiljem Konföderatsiooni austusmedali. Sel ajal sai ta hüüdnime "Lõuna Florence Nightingale". Samal aastal ühendas Konföderatsioon väikeste haiglate patsientide koormuse suurematesse rajatistesse mujal. Wilsoni rünnakud Alabama territooriumil märtsis ja aprillis 1865 sundisid Hopkinsid põgenema ja leidma varjupaika Newmanis, Georgias.