Pärast Saksa sissetungi Poolale, mis alustas Teist maailmasõda 1939. aasta septembris, sisenesid "SS-Totenkopf-Standarte Brandenburg" linna, et toime panna erinevaid kuritegusid elanike vastu. Juba 1939. aasta septembri lõpus mõrvasid sakslased lähedal asuvas Rzuchowi metsas Kłodava poola pantvangid ja üks sõjaeelse linnapead, Władysław Zalewski, mõrvati 1939. aasta novembris Środa Wielkopolska linnas. Natsi-Saksamaa okupatsiooni ajal
, linna ümbernimetati "Tonningen" (1940<unk>1945). Juba 1940. aastal moodustati linnas Poola maa-alune vastupanuliikumine ning korraldati ka salajane Poola koolitus. 1941. aastal tapeti Chełmno hävituslaagris natside poolt üle 1500 Kłodawi juudi. 1943. aastal arreteerisid sakslased mõned kohalikud Poola vastupanuliikmed, keda siis mõisteti surmanuhtluseks või vanglasse. Kłodawa koguduse preester, isa Teofil Choynowski, tapeti 1943. aastal Dachau koonduslaagris. Kłodawa vabastati lõpuks 19. jaanuaril 1945 Punase Armee poolt ja taastati Poolale.