Wembanyama esindas Prantsusmaad 2019. aasta FIBA U16 Euroopa meistrivõistlustel Itaalias Udines. 80-78 veerandfinaalis võitis ta Horvaatia vastu, saades 12 punkti, 21 taganemist ja kaheksa blokki. Wembanyama tegi keskmiselt üheksa punkti, 9,6 rebaundi ja turniiri juhtival tasemel 5,3 blokki mängu kohta, juhtides Prantsusmaad hõbemedaalile ja teenides kõigi turniiride meeskonna auhindu. Ta võistles 2021. aasta FIBA U-19 korvpalli maailmameistrivõistlustel.
Lätis. Wembanyama keskmiselt 14 punkti, 7,4 rebaaundi ja 5,7 bloki mängu kohta ja nimetati kõigi turniiride meeskonda pärast Prantsusmaa hõbemedaali võitmist. Ta kogus 22 punkti, kaheksa taganemist ja kaheksa blokki USA-le finaalis 83/81 kaotuses. Wembanyama seadis FIBA rekordi ühe turniiri blokaadide arvu kohta.