805. aastal annetas Karl Suur saar Tre Fontane'i kloostrile Roomas ja see oli hiljem järjestikku Aldobrandeschi, Pannocchieschi, Caetani ja Orsini perekondade ja Perugia omavalitsuse valduses. Aastal 1241 hävitasid keisri Friedrich II Sitsiilia ja Pisa laevastikud Genova laevastiku Giglio lahingus
- Jah. Alates 1264. aastast oli Isola del Giglio Pisa dominion, kust see läks Medici perekonnale. See kannatas mitu Saracen rünnakut, mis lõppes alles aastal 1799.