1955 astus ta Prantsuse sõjaväkke ja saadeti Alžeeriasse iseseisvusõja ajal.
1957. aastal. Pärast teenistust Prantsuse armee, Conté naasis Guinea, mis sai iseseisvaks Prantsusmaalt 2. oktoobril 1958, ja integreeriti uue armee sergeendi auastmega. 1962. aastal käis ta Conakrys Alpha laagri ohvitseride koolis. Varsti pärast seda viidi ta üle Kindia 2. pataljoni suurtükiväe koolituskeskusesse. 1. juulil 1963 edutati ta teiseks leitnantiks. Sellele järgnes kaks aastat hiljem teine edutamine teisest leitnantist leitnandiks. 22. novembril 1970 tungisid Portugali sõjaväelased koos Guineast pärit dissidentitega Portugali Guineast (nüüd Guinea-Bissau) riigi sisse, et ilmselt kukutada president Ahmed Sékou Touré valitsus ja hävitada PAIGC-i sissetungijad. Oma teenistuse eest rahvale edutati ta 27. veebruaril 1971 kapteniks. 1973. aastal nimetati ta Boké operatiivpiirkonna (Loode-Guineas) komandöriks, et aidata naaberriigi Portugali-Guineas iseseisvuse eest võitleval guerillaliikumisel, Aafrika parteil Guinea ja Cabo Verde iseseisvuse eest (PAIGC). 10. mail 1975 nimetati ta sõjaväe peasekretäri abiliseks.