Paljud uuemad klassifikatsioonid püüavad esitada monofileetilisi rühmi, mis põhinevad morfoloogilistel (eriti ultrastruktuurilistel), biokeemilistel (kemotaxonoomialistel) ja DNA-sekvensi (molekulialaste uuringute) andmetel. Siiski on mõnikord molekulaar- ja morfoloogiliste uuringute vahel lahkarvamusi; neid saab liigitada kaheks tüüpi: i) üks morfoloogia, mitmed sugupõlved (nt morfoloogiline lähenemine, krüptilised liigid) ja ii) üks sugupõlv, mitmed morfoloogiad (nt fenotüübiline plastilisus, mitmed elutsükli etapid). Kuna protistid on tervikuna parafogeensed süsteemid, on sageli lihtsam loobuda uusest või jagada kuningriik, selle asemel, et käsitleda protistide rühmi eraldi eukotootide põhiliste eukotootide liinidena.
mitte monofileetilised