Hernández, kes on tuntud oma pikkade blondide juuste, number 15 trikotiga ja hüüdnimega "El Matador", mängis oma esimese rahvusvahelise mängu Uruguay vastu 1. veebruaril 1995. Hernández tegi oma esimese rahvusvahelise värava 16. novembril 1995 Jugoslaavia vastu. Hernández sai tähelepanu 1997. aasta Copa América ajal
, kus ta tegi kuus väravat ja sai turniiri parimaks väravatäitjaks. 1998. aasta jalgpalli maailmameistrivõistlustel lõpetas ta nelja väravaga võistluse parimaid väravaid ja sai esimeseks Mehhiko mängijaks, kes tegi rohkem kui kaks väravat maailmameistrivõistluste ajaloos. 35 väravat, mida ta tegi Mehhiko eest, seostub teda Carlos Hermosilloga, kes on Cuauhtémoc Blanco (39 väravat), Jared Borgetti (46 väravat) ja Javier Hernandez (51 väravat) järel riigi neljanda kõrgeima kõigi aegade peamiste väravatäitjate seas.