Kuigi 2. amfiibibibrigaadi moodustamine ei olnud planeeritud enne 1944. aastat, edutati ajakava novembrini 1943 liitlaste operatsiooni Cartwheel edu tõttu. 2. amfiibibibrigaad moodustati Manchukuo-põhise IJA 5. iseseisva garnisoni üksusest koos IJA 29. diviisi personaliga. 11. aprillil 1944 määrati 2. amfiibibibrigaad Lõuna ekspeditsioonirühma juurde ja saadeti mais Filipiinidesse, kuid ilma oma soomustatud kompaniieta. Seejärel viidi ta juunis Vogelkopi poolsaarele Lääne-Uus-Guineas, kus ta sai IJA 2. armee juhtimise alla. Teel uppus tema varustuslaev Ameerika allveelaeva poolt, põhjustades enamiku laskemoona ja palju vintpüsside kaotuse. Biaki lahingus
Alates 27. maist kuni 17. augustini 1944 pidi see saatma tugevdust piiratud Jaapani garnisonile, kuid tal puudus transport saarele jõudmiseks. Teine amfiibibibrigaad jäi sõja kestel Sorongisse, kus alatoitumise ja haiguste tõttu nõrgenenud, alistus 1945. aasta augustis. Umbes 180 brügaaidi liiget, kes olid varustuslaeva uppumisel ellu jäänud, jäid Zamboangale ja surid Mindanao lahingus.