Maal oli Alexejevil tõsised ja pidevad erimeelsused endise sõjaministri, kindral Kuropatkiniga, Jaapani vastu kasutatava strateegia üle. Aleksejev sundis Kuropatkinit võtma agressiivsema seisukoha, vaatamata Kuropatkini nõudmisele, et käivitada kaitsev sõda kuni Transsiibieria raudtee valmimiseni, mis tooks tugevdusi ja varusid. Pärast tsaari otsest käsku lahkus Aleksejev 5. mail 1904 Port Arthurt Mukdeni ja pärast Venemaa kaotust Shaho lahingus
(5-17. oktoober 1904, Uus stiil), vabastati oma juhtimisest ja määrati 12. oktoobril 1904 tagasi Peterburgi.