Kirjuta selle paragrahvi jätkamine - Yegipko naasis NSV Liitu augustis 1938, asudes Musta mere laevastiku teise allveelaevade brigaadi komandöri ametisse. Ta oli selles ametis kuni 1939. aasta detsembrini, mil ta sai Läänemere laevastiku allveelaevade brigaadi komandöriks. Nõukogude-Soome sõja ajal oli ta selles ametis, kuid lahkus 1940. aasta mais, et jätkata õpinguid mereakadeemias. Ta lõpetas kooli 1941. aasta aprillis ja sai 26. aprillil kapteniks. Alates sellest kuust kuni septembrini oli ta Läänemere laevastiku 1. allveelaevade brigaadi komandör. Yegipko osales sõjalistes operatsioonides pärast Saksa sissetungi Nõukogude Liitu 1941. aasta juunis. Nõukogude evakueerimise ajal Tallinnast
1941. aasta augustis tabas tema allveelaev "S-5" miini ja Yegipko lendas juhtimistornist vette. Ta päästeti, tugevalt ajurünnakuga, teise laeva poolt. 1941. aasta septembrist oktoobrini oli ta Balti laevastiku sõjalise nõukogu käsutuses, enne kui ta määrati Suurbritannias asuva Nõukogude saatkonna mereattašéks. Laevastiku attaché Yegipko tegutses sageli Briti sõjalaevadel vaatlejana ja purjetas Briti laevadel Arktika konvoi ülesannetes.