Flores kutsus 10. veebruaril 1899 Filipiinide Vabariigi Cebu ametnikud kokku, et arutada sõda Ameerika vägede vastu. Clímaco määrati sõja ettevalmistuste ülesandeks. Kui 21. veebruaril 1899 Ameerika väed maandusid Cebu's ja nõudsid alistumist, toetas Clímaco Ameerika-vastast mässu
Kindral Arcadio Maxilomi juhtimisel ja sõitis Samarisse relvade kogumiseks. Flores koos Julio Llorentega, keda ameeriklased hiljem esimeseks kuberneriks määrasid, nõustusid provintsi üle andma.