Kodusõja puhkemisel lahkus Capehart Bridgeportist ja astus vabatahtlikult liidu armeesse. Ta määrati 18. septembril 1861 1. Lääne-Virginia ratsaväe rügemendi kirurgiks. 1863. aasta teisel poolel osales ta Gettysburgi, Bristoe ja Mine Runi lahingutes.
- Jah. Pärast kindral Judson Kilpatricki ja teiste soovitusi sai Capehartist kolonel ja järgnes Nathaniel P. Richmond'ile, kes lahkus terviseprobleemide tõttu, rügemendi komandörina 22. veebruaril 1864.