Suur osa katoliku Prantsusmaast, mis oli organiseeritud katoliku liiga, keeldus tunnustamast protestantlikku monarhi ja tunnistas selle asemel Henry IV onu, Charles, kardinal de Bourbon, õiguspärase kuningaks, ja kodusõda jätkus. Henry võitis Ivry juures otsustava võidu
14. märtsil 1590 ja pärast kardinaali surma samal aastal puudus Liiga jõudude jaoks ilmne katoliku kandidaat troonile ja jagunes erinevatesse fraktsioonidesse. Siiski ei suutnud Henry IV, kes oli protestant, vallutada katoliiklaste kindluspunkti Pariisi ega võita otsustavalt oma vaenlasi, keda nüüd toetasid hispaanlased. Ta pöördus tagasi katoliiklusse 1593. aastal - ta väidetavalt märkis: "Pariis on väärt massat" - ja krooniti kuningaks tagasiulatuvalt 1589. aastani Chartres' katedraalis 27. veebruaril 1594.