Ta oli aadli Álvaro Yáñez de Lugo "looduslik poeg" (ebaseaduslik poeg) ja Alonso Fernández de Lugo esimene nõbu, kes vallutas viimase Kanari saarte: La Palma ja Tenerife. Francisco de Lugo, kes sündis Medina del Campos, Valladolidi provintsis, reisis koos oma koeraga Mehhikosse "konkvistadorina". Temast sai Hernán Cortés'i kindel toetaja, kellega ta seisis koos Pánfilo de Narváezi vastu mais 1520. Hiljem samal aastal oli ta üks eelvardi juhtidest "Noche Triste" ajal, kui Hispaania armee Tenochtitlanist välja aeti, ja üks allkirjastanud Segura de la Frontera kirja. Pärast Tenochtitlani langemist
1521. aastal liitus ta Cristóbal de Olidi ekspeditsiooniga Hondurasse ja asus hiljem koos Gonzalo de Sandovaliga asuma Coatzacoalcosisse Veracruzis. Ta suri umbes 1532. aastal loomulikest põhjustest.