McKinnon sündis ja kasvas üles Long Island'i linnas Sea Cliff'is, New Yorgis Laura Campbelli, lapsevanema kasvatuse ja Michael Thomas Bertholdi, arhitekti juures. Tal on noorem õde Emily Lynne. Tema isa suri, kui ta oli 18-aastane. Lapsena mängis McKinnon mitut instrumenti. Ta hakkas mängima klaverit, kui ta oli 5-aastane, violoncelot, kui ta oli 12-aastane, ja õppis ise kitarri mängima, kui ta oli 15-aastane. Ta lõpetas North Shore'i keskkooli 2002. aastal ja Columbia Ülikooli 2006. aastal kraadiga teatris, kus ta asutas kaasa komöödirühma Tea Party, mis keskendus muusikalisele komöödiale. Columbia Ülikoolis mängis ta kolmes Varsity etenduses: V109 "Dial for Deadline", V110 "Off-Broadway" ja V111 "The Sound of Pranges".
Teepeol