1952 aastal, kui Prantsusmaa värbas alžeerlasi võitlema Indotsiina sõjas, läks Boumédiène Kairosse, kus ta õppis Al-Azhari ülikoolis. Seal kohtas ta esimest korda Ahmed Ben Bellat. Ta ühines Alžeeria iseseisvus sõjas Rahvusliku Vabastusrindega (FLN).
1955. aastal võttis "Houari Boumédiène" oma sõjanimeks (Sidi Boumediène'i, Tlemceni linna kaitsja nime Lääne-Alžeerias, kus ta teenis sõja ajal ohvitserina, ja Sidi El Houari, lähedalasuva Orani kaitsja). Ta saavutas kolonelli auastme, mis oli FLN-i vägede kõrgeim auastme, ja alates 1960. aastast oli ta FLNi sõjalise tiiva ALN peasekretär.