Simeone juhtis Atlético't oma teisele Euroopa Liiga võidule kolme aasta jooksul alates selle loomisest, kui nad võitsid Athletic Bilbaot 3<unk>0 finaalis 9. mail 2012 Bukarestis National Arenal Radamel Falcaoga <unk> kaks korda <unk> ja Diego oli värava tegija. Jällegi, võites Europa League, kvalifitseerusid nad 2012. aasta UEFA Super Cup'i.
2012. aasta 31. augustil Monaco Louis II staadionil toimunud eelmisel hooajal võitnud Meistrite Liiga võitja Chelsea vastu; Atlético võitis 4<unk>1, sealhulgas Falcao hattriik esimeses poolajas. 17. mail 2013 võitis Atlético 2<unk>1 Real Madridi Copa del Rey finaalis pingelisel mängul, kus mõlemad meeskonnad lõpetasid 10 mehega. See lõpetas 14 aastat kestnud ja 25 matši pikkuse võitmatu rida Madridi derbis. 2012.-2013. aasta hooaja jooksul võitis klubi veidi üle aasta kolme troofiat.