Maguire on olnud joodiku disainer Jennifer Meyer 2003. aastal, kui ta filmis Seabiscuit Universal Studios ja nad kihlusid aprillis 2006. Nende tütar sündis novembris 2006. Maguire ja Meyer abiellus 3. septembril 2007, Hawaii. Nende teine laps, poeg, sündis 2009. aastal. 18. oktoobril 2016, paari pärast üheksa aastat abielu, nad teatasid ametlikult lahutusest.
Kona, Hawai