Allen sündis 21. jaanuaril 1953 Seattle'is Washingtoni osariigis Kenneth Sam Alleni ja Edna Faye'i (sündinud Gardner) Alleni lapsena. Allen käis Lakeside'i koolis, privaatskoolis Seattle'is, kus ta sõbrunes kahe aasta noorema Bill Gates'iga, kellega ta jagas entusiastiat arvutite vastu. Nad kasutasid Lakeside'i Teletype'i terminali, et arendada oma programmeerimisoskusi mitmel ajal jagatud arvutisüsteemil. Nad kasutasid ka Washingtoni Ülikooli arvutiteaduse osakonna laboratooriumi, tehes isiklikke uuringuid ja arvuti programmeerimist; vähemalt ühel korral 1971. aastal keelati nad laboratooriumis oma privileegide kuritarvitamise eest.
Harvard