Pantanal asub merepinnast 80-150 m kõrgusel. Aastane sademete hulk üle üleujutusbasseini on 1000-1500 mm, enamik sademete sademete hulk toimub novembrist märtsini. Pantanal Paraguay jõe osas tõuseb vee tase hooajaliselt kahe meetri ja viie meetri vahel; vee kõikumised Pantanal'i teistes osades on sellest väiksemad.
Paraguay jõe osa Pantanalist