27. jaanuaril 2015 teatas Rootsi meister Malmö FF, et nad on sõlminud Yotuniga kolmeaastase lepingu. Ta saabus Malmö'sse vasakpoolsena, kus ta mängis 2015. aasta hooaja jooksul. Pärast seda, kui ta oli kolmas valik, jäeti ta 2016 aasta hooaja jooksul hiljuti saabunud Behrang Safari ja Pa Konate.
, Yotún mängis erinevatel keskpunktidel, kus ta silmapaistvalt. 2017. aasta hooaja esimesel poolel kujunes Yotún peamiseks mängijaks ja toetuslased hääletasid ta juulis Malmö FF kuu mängijaks.