1998 oli O'Neill keskendunud Osama bin Ladenile ja loonud tema osakonnas al-Qaeda töölaua. 1998. aasta augustis pommitati kaks USA saatkonda
Kiire järjestikuse üheaegse rünnakuga Nairobis, Keenias ja Dar es Salaamis, Tansaanias. O'Neill lootis, et saab uurimisega kaasatud, sest ta oli saanud tohutuid teadmisi Osama bin Ladeni Al-Qaeda terroristide võrgustikust. Ta veenis FBI direktori Freeh't juhtumit tema kontoris käsitlema laskma ja prokurör Mary Jo White ütles hiljem: "John O'Neill lõi Ida-Aafrikas meie saatkondade pommiplahvatuste uurimise käigus malli edukateks rahvusvaheliste terrorismiuurimisteks kogu maailmas".