17. jaanuaril 1999, pärast kolme ja poole hooaja Panteritega, vahetati Jovanovski seitsme mängija tehinguga Vancouver Canucksi. Ta saadeti koos Dave Gagneri, Mike Browni, Kevin Weekesi ja 2000. aasta esimese drafti valikuga.
(Nathan Smith) vahetuseks Pavel Bure, Bret Hedican, Brad Ference ja kolmanda raundi valik 2000. aastal (Robert Fried). Jovanovski liitus Canucksiga franchised taastamise perioodi keskel, ta asutas end kiiresti Vancouveri koosseisu tippkaitsjana. Tema võime liituda rünnakuga kaitsjana täiendas Canucksi kiiret mängustiili.