Fagan määrati merejalaväe teiseks leitnantiks 1942. aasta jaanuaris. Fagan teenis komandörina G-kompaniis, teise pataljoni, 9. merejalaväe rügemendi, 3. merejalaväe diviisi. Ta võitles Bougainville, Guadalcanal, Uus-Meremaa, Kwajalein, Eniwetok
, ja Guami kampaaniad. Ta sai 26. veebruaril 1945 Iwo Jimal võitluses raskelt haavatud. Ta evakueeriti ja suri järgmisel päeval. Fagan sai kaks korda mereväe risti: üks kord Guami lahingus ja teine Iwo Jima lahingus. Ta sai teise auhinna surnuna.