Selfridge oli sõja ajal Presidio juures.
Suur San Francisco maavärin 18. aprillil 1906. Tema üksus osales nii otsingu- ja päästeoperatsioonides kui ka puhastamisoperatsioonides. 1907. aastal määrati ta Fort Myeri Ameerika Ühendriikide signaalide korpuse lennunduse osakonnale, kus ta hiljem õppis juhtima õhusõidukit. Ta oli ka Ameerika Ühendriikide valitsuse esindaja Aerial Experiment Association'is, mida juhtis Alexander Graham Bell, ja ta sai selle esimeseks sekretäriks.