Johannes Lauristin suri Tallinna evakueerimise ajal.
Kuid ta surma asjaolud pole selged. Nõukogude ametliku versiooni kohaselt suri ta Jakov Sverdlov hävitaja peale seda, kui see sai miinist löögi. Ajaloolise Mati Õuni sõnul hukkasid ta kommunistide ametnikud, kes ei kuulanud Stalini sõjasõnu, kuid seda versiooni vaidlustatakse ka.