3. novembril 2019 lahkus Niko Kovač Bayernist vastastikusel kokkuleppel pärast Eintracht Frankfurtile 5:1 kaotust. Tema assistent Hansi Flick tõsteti ajutiseks treeneriks. Oma esimeses mängus võitis Bayern 6. novembril 2019 UEFA Meistrite Liiga rühmade etapis Olympiakos'i 2:0. 2020. aasta aprillis nimetas Bayern München Flicki alaliseks treeneriks lepinguga kuni 2023. aastani. Flick juhtis Bayernit Bundesliga, DFB-Pokali ja UEFA Meistrite Liiga võitmisele, lõpetades seega kontinentaalse treble klubi ajaloos teist korda. Järgmisel hooajal juhtis ta Bayernit 2020. aasta UEFA Superkupi võitmisele.
Sevilja vastu. Ta juhtis ka Bayerni, et võita oma esimene kuuskordne pärast klubi maailmameistrivõistluse võitmist 2021. aasta veebruaris, võites Mehhiko meeskonda Tigres.