Kui Jaapan tungis 1937. aastal Hiinasse, juhtis Lee, kes oli tuntud oma seotuse tõttu Hiina Kuomintang'i parteiga, Selangori Hiina abifondi Hiina toetamiseks. Hiljem sai ta 1941. aastal Kuala Lumpuri passiivse kaitseväe ülemaks. Oma Jaapani-vastaste sõjategevuste tõttu oli Lee sunnitud põgenema oma perega Mumbaisse Chongqing'i kaudu, kui sõda jõudis Malaiale.
Jaapanlased panid ta eest tasu välja.