Ta mängis esmakordselt sõbralikus mängus Hispaania vastu 12. septembril 1990 ja mängis 1990. aastate alguses Brasiilia eest harva, saades 1994. aasta maailmameistrivõistluste nimekirja asendajana. Ta osales finaalis Itaalia vastu, pärast Jorginho vigastust 22. minutil. Pärast seda oli Cafu varsti regulaarne alguslikümnes, kuna Brasiilia võitis Copa América 1997. aastal.
ja 1997. aasta FIFA Konföderatsioonide karikavõistlustel ning jõudis 1998. aasta maailmameistrivõistluste finaali.