Pärast doktoritööd 1973. aastal Virginia Ülikooli Õiguskoolis töötas Mueller kohtuasjana firmas Pillsbury, Madison and Sutro San Franciscos kuni 1976. aastani. Ta töötas seejärel 12 aastat Ameerika Ühendriikide prokuratuuri büroos. Ta töötas esmalt USA prokuratuuri büroos California Põhja-Distrikti jaoks San Franciscos, kus ta tõusis kriminaalosakonna juhiks, ja 1982. aastal kolis ta Bostoni töötama Massachusettsi USA prokuratuuri büroos abi Ameerika Ühendriikide prokurörina, kus ta uuris ja süüdistas suuri finantspettusi, terrorismi ja avaliku korruptsiooni juhtumeid, samuti narkootikumide vandenõusid ja rahvusvahelisi raha pühkimisi. Pärast seda, kui Mueller oli töötanud Bostoni õigusfirma Pillsbury, Madison ja Sutro's San Franciscos kuni 1976. aastani.
Virginia Ülikooli Õiguskool