1260 aastal hävitas Baybars ja tema mamluke sõjavägi kiriku, kuni Aakri langus aastal 1291. Kolm sajandit järgnesid frantsiskaanid Naatsareti ja selle väljastpoolt, olenevalt kohalikust poliitilisest olukorrast, mis oli pidevalt muutumas. Selle perioodi frantsiskaanide arvestused dokumenteerivad nende väljasaatmist aastal 1363, nende tagasitulekut aastal 1468 ja mõnede nende liikmete tapmist aastal 1542. Kohalikud kristlikud perekonnad aitasid frantsiskaani toetusega hoolitseda kirikust ka sel perioodil. Amir Fakr ad-Din andis frantsiskaanidele luba naasta aastal 1620, mil nad ehitasid väikese struktuuri, mis ümbritses püha grotti, mida austatakse kui Maarja maja. Aastal 1730 lubas Zahir al-Umar ehitada uut kristlikku kirikut, mis sai keskse basiilika, mis võimaldas Naatsareti langust 1291. Kolmandate kolme sajandi jooksul olid frantsiskaanid Naatsareti ja selle väljastpoolt sõltuvalt kohalikust poliitilisest olukorrast
1954. aasta