16. septembril 1939 sulges Saksa armee kiriku.
misjonäride koridor võeti üle, et seda kasutaksid laoruumiks Saksa väed ja politsei. Hoone rikutakse, varustus varastatakse. 19. jaanuaril 1945 põletasid tagasi tõmblevad Saksa väed linna lahkumisel hoone, mis kestis kolm päeva. Tulevad Nõukogude väed tulistasid kirikusse suurtükki, kahjustades tugevalt kupli ja põhjustades teise tulekahju pööningul asuvasse osa.