Proteiine võib jagada kolmele põhilisele klassi, mis korreleeruvad tüüpiliste tertsiaarstruktuuridega: pallproteiinid, kiulproteiinid ja membraanproteiinid. Peaaegu kõik pallproteiinid on lahustuvad ja paljud on ensüümid. Kiulproteiinid on sageli struktuurilised, nagu kollageen, sidekoe peamine komponent või keratiin, proteiinikomponent juuksed ja küüned. Membraanproteiinid on sageli retseptorid või pakuvad kanaleid polaarsetele või laetud molekulitele, mis läbivad rakumembraani.
ümbritsev