Zebley oli FBI eriagent, töötanud 7 aastat FBI terrorismivastases osakonnas. FBI agendina uuris Zebley Al-Qaeda pommiplahvatusi USA saatkondades Ida-Aafrikas.
1998. aastal, ja pärast 11. septembri rünnakuid, määrati ta FBI PENTTBOM-i meeskonnale, kes uuris rünnakute eest vastutavaid terroriste. Zebley kuulus vahistamismeeskonda, mis vangistas 1999. aasta oktoobris Lõuna-Aafrikas Kaplinnas ühe saatkonna pommitajatest, Khalfan Khamis Mohamed. Zebley oli üks uurijatest, kes ehitasid Zacarias Moussaoui vastu juhtumi, kes lõpuks mõisteti eluaegseks vangistuseks. Zebley oli Moussaoui karistusmenetluse kokkuvõtlik tunnistaja, kes tunnistas, kuidas Moussaoui 2005. aasta ülestunnistus oleks võinud aidata leida 11. septembri kaaperdusi kuu enne rünnakuid, kui ta oleks esitanud tõelist teavet, kui teda esimest korda arreteeriti.