Täitke järgmine lause: Tehes poliitilise liitu keiseranna lesknaisega ja muutudes Guangxu keisri püsivaks vaenlaseks, lahkus Yuan 1899 pealinna oma uuele Shandongi kuberneri ametikohale. Tema kolmeaastase ametiaja jooksul puhkes Bokserite ülestõus (1899-1901); Yuan kindlustas bokserite allasurumine provintsis, kuigi tema väed ei võtnud aktiivset osa väljaspool Shandongi. Yuan astus koos vürst Qing, Li Hongzhang ja Rongluga keisrikoja välismaalaste poolt. Ta keeldus astumast poksijate poolele ja ründamast Kaheksa Rahvaste Alliansi vägesid, ühinedes teiste Hiina kuberneritega, kes juhtisid märkimisväärseid moderniseeritud armeesid, nagu Zhang Zhidong, kes ei osalenud poksijate mässu. Ta ja Zhang ignoreerisid Keisrinna Dowager Cixi sõjakuulutust võõrvõimude vastu ja jätkasid poksijate alistamist. See kliik oli tuntud kui Kagu-Hiina vastastikune kaitse. Lisaks sellele, et ta ei võitlenud Kaheksa Rahvaste Alliansiga ja alistas Shandongis poksijaid, aitas Yuan ja tema armee (Parema Diviis) ka Kaheksa Rahvaste Alliansile poksijaid alistada pärast
Allianss vallutas Pekingi augustis 1900. Yuan Shikai väed tapsid kümneid tuhandeid inimesi oma poksijate vastases kampaanias Zhilis. Yuan tegutses Baodingist kampaania ajal, mis lõppes 1902. aastal.