President William J. Clintoni administratsioon töötas hiljem Sudaani isoleerimisel. 1990. aastate keskpaigas rakendas ta Uganda, Etioopia ja Eritrea abiga Kartoumi suhtes surve avaldamise poliitika. Suurenev rahulolematus Sudaani poliitika ja Sudaani ameeriklaste kohta suunatud terrorismiohtliku teabe pärast, millest suur osa osutus võltsiks, põhjustas 1996. aasta kevadel Ameerika Ühendriikide kõik ameeriklased saatkonnast Khartoumis USA saatkonda Nairobis. Suursaatkond Khartoumis oli avatud, kuid seal töötasid Sudaanlased ja aeg-ajalt Keniast külastanud ameeriklased. Ameerika Ühendriikide nõudmisel sundis Sudaan Osama bin Ladeni 1996. aasta mais riigist lahkuma, kuid Washington ei järginud seda arengut, püüdes parandada suhteid Sudaaniga. Suhete madalaim punkt oli 1998. aasta augustis, vaid mõned päevad pärast Ameerika saatkondade pommitamist
Dar es Salaamis, Tansaanias ja Nairobis, Keenias, kui USA mereväe laev lasti rändrakettide vastu Khartoumi farmaatsiatehasesse, kahtluse all, et see on seotud keemiarelvade tootmisega.