Čech alustas Chelseat 2012-13 hooaja esimeses mängus, 2012. aasta Community Shieldis Manchester City vastu, kuid ei suutnud hoida puhast lapi, sest Chelsea langes 3-2 Yaya Touré, Carlos Tevez ja Samir Nasri väravate tõttu. Ta mängis ka viimases UEFA Supercupis.
Möödunud nädalal mängiti Monaco Stade Louis II's, kus ta andis neli väravat, sest Chelsea kaotas 4-1 UEFA Europa League võitjale Atlético Madridile. 2012. aasta oktoobris võttis Čech kaptenibändi, kuna Chelsea kapten John Terry sai nelja-mängu karistuse.