Saar on nime saanud 1501. aastal Portugali teenistuses olnud galiitsi admiral Xoán da Nova või de Novoa järgi. Saar ei olnud kunagi asustatud, kui see sai Prantsusmaa omandiks 1897. aastal otsustas Prantsusmaa 1921. aastal viia Juan de Nova administratsiooni Pariisist Tananarive'i oma Madagaskari koloonias ja sõltuvuses. Enne Madagaskari iseseisvumist viis Prantsusmaa administratsiooni Saint-Pierre'i Réunioni saarele. Madagaskar sai iseseisvaks 1960. aastal ja väidab suveräänsust saarel alates 1972. Guano (fosfaadi) ladusid kasutati ära 20. sajandi algusest kuni 1970. aastani. Saar oli Teise maailmasõja ajal maha jäetud ja seda külastasid Saksa allveelaevad.
1960. aasta