Kirjuta selle paragrahvi jätkamine - 2016. aasta hooaja alguses aitas Shoji Kashima Antlersil hooaja esimesel kahel liigasündmusel hoida kaks puhast lehekülge. Hooaja algusest peale jätkas Shoji oma esimese meeskonna koha taastamist, mängides keskkaitsja positsioonil. Alles 6. aprillil 2016 tegi ta hooaja esimese värava, 3-1 võidu Nagoya Grampuse vastu J.League Cupis. J.League'i esimese etapi lõpus aitas Shoji panus esimesele meeskonnale tiimi lõpetada tabeli tipus. Pärast ühe mängu peatamist naasis ta esialgse võistlusesse, kui Kashima Antlers kaotas 2. juulil 2016 Gamba Osaka vastu 3 × 1 kaotuse. Shoji aitas meeskonnal järgnevatel 11 mängul kaardi tippkohtumisi hoida. Alles 16. septembril 2016 tegi ta oma teise hooaja värava, võites Júbilo Iwatat 3:0. Selle kuu paiku kirjutas ta klubiga alla. Pärast klubi kvalifikatsiooni lõpetamist kolmandal kohal J.League'i teise etapi lõpus aitas Shoji hiljem klubil võita liiga pärast seda, kui ta mängis mõlema jalga, et võita Urawa Red Diamonds 2<unk>2 kogusumma läbi võõrastekooli. Shoji mängis FIFA Klubi maailmameistrivõistlustel kõiki nelja mängu.
, kui ta aitas Kashima Antlers jõuda finaali, ainult kaotada 4 × 2 Real Madrid. Hoolimata finaalis kaotamisest kiitis meedia nii Jaapanis kui ka väljaspool Jaapanit nii Shoji kui ka Naomichi Ueda keskkaitsja partnerlust. Shoji aitas ka klubil jõuda Keisri karika finaali, võites Kawasaki Frontale 2<unk>1. 2016. aasta hooaja lõpus tegi ta neljakümmend viis mängu ja tegi kaks korda kõikides võistlustes. 2016. aasta hooaja esinemise eest nimetati Shoji J.League'i parima XI-ks.