Pärast Euro 2000 jätkas Nesta Itaalia esimese valiku keskkaitsjana uue juhataja Giovanni Trapattoni juhtimisel, mängides 2002. aasta maailmameistrivõistluste kvalifikatsioonikampaanias ulatuslikult. 2002. aasta maailmameistrivõistluste ajal oli ta Fabio Cannavaro partner keskkaitses, hoidis puhas lehekülg Ecuador vastu, kuid taas kord hoidis vigastus teda mängimast teises voorus ja Nesta ei osalenud vastuolulises teises voorus võitluses kaasvõõrustaja Lõuna-Koreaga. Nesta mängis silmapaistvalt, kui Itaalia oli Euro 2004 kvalifikatsioonirühma tipp. Itaalia pettumus suurte turniiride juures jätkus ka Euro 2004'l
, kus nad elimineeriti esimeses voorus pärast viie punkti võrreldavat kolmevõistlust Taaniga ja Rootsiga, kuid elimineeriti ainult otsekoheses kohtumises. Nesta õnnestus jääda vigastusteta ja mängis kõikides kolmes rühmamängus 90 minutit, aidates Itaalial hoida puhas leht algavas mängus Taani vastu.