Pärast taastumist sai d'Hautpoul Sambre-et-Meuse armee raske ratsaväe juhtimise kindral Paul Grenieri juhtimisel. Pärast Neuwiedit viidi ta üle Inglismaa armeesse Lazare Hoche juhtimisel. Kui Prantsuse direktorium loobus Inglismaale sissetungi mõttest, saadeti ta uuesti Saksa rinde, seekord osa Doonau armee. Pärast Prantsuse kaotust Ostrachi lahingus
, tema ratsaväe reserv kaitses prantslaste taganemist Pfullendorfis. Mõni päev hiljem, pärast seda, kui ta ei suutnud Stockachi lahingus õigeaegselt rünnakut juhtida, peatati ta armee komandöri Jean-Baptiste Jourdan käsul, kes süüdistas d'Hautpoul'i kaotuses. Strasbourgis sõjaväekohtu poolt vabastatud, võttis d'Hautpoul oma kohustused tagasi 1799. aasta juuli lõpus, olles kaotanud kriitilised toimingud Esimese Zürichi lahingus.