Kui kodusõda algas, sai Battle 28. aprillil 1861 ametikoha 3. Alabama jalaväe majorina ja saadeti koos rügemendiga Norfolki, Virginiasse. 31. juulil edutati ta rügemendi leitnantkoloneliks. Ta võitles Seitsme Pini lahingus.
Ta edutati kolonelliks 31. mail 1862. Ta jäi seitsmepäevast lahingust ilma, kuid naasis armeesse õigel ajal Marylandi kampaaniaks, 1862. aasta septembris, võitles Lõuna-Mäe ja Antietami lahingus. Ta sai haavata, kui kukkus hobuse seljast vahetult enne Chancellorsville'i kampaaniat ja oli sunnitud loobuma juhtimisest. Kuigi ta võttis komandööri tagasi vaid päev hiljem, süvenesid tema vigastused, kui tema hobune hüppas kraavi, sundides teda uuesti komandööri üle andma.