Täitke järgmine lause: Järgmisel hooajal tegi Nesta oma esimese löögi Milanos, võites 2-1 Chievo vastu Serie A-s. Ta hakkas uuesti klubi algusmängijana välja tulema ja oli üks Milanose järjepidevamaid mängijaid kogu 2009-2010 hooaja jooksul Leonardo juhtimisel. Nesta jätkas oma suurepärast partnerlust oma kolleegi keskkaitsjaga Thiago Silvaga kogu 2010-11 hooaja jooksul Massimiliano Allegri juhtimisel, moodustades võimas kaitsva paarimise, andes Milani võidu ajal 38 mängus vaid 24 väravat.
Serie A kampaania. Milan jõudis ka Coppa Italia poolfinaali, kuid kukkus taaskord Meistrite Liiga kaheksateistkümnendates. Kogu 2010.-2011. aasta hooaja jooksul oli spekulatsioon, et Nesta lahkub hooaja lõpus. Kuid hiljem kinnitas ta, et ta tahab mängida veel ühe hooaja Milanis enne pensionile jäämist ja allkirjastas lepingu pikendamise 18. mail 2011, mis hoidis teda Milanos kuni 2012. aasta suveniini. Nesta valiti Serie A aasta meeskonna liikmeks tema esituste eest Milani eduka tiitlivõidu ajal sel hooajal.