8. augustil 2017 tegi Isco värava UEFA Superkupi mängus.
, mis aitas Real Madridi võita Manchester United'i 2:1 võrra. Tema esinemine teenis talle mängu parima mehe auhinna. 2017. aasta septembris sõlmis ta uue lepingu Real Madridiga kuni 2022. aasta juunini. 2017.-2018. aasta UEFA Meistrite Liigas mängis ta 11 mängu, kus Madridi meeskond võitis oma kolmanda järjestikuse ja 13. üldise Meistrite Liiga tiitli, võites Kiievis Liverpooli 3-1. Ta mängis 23 mängu ja võitis 2019.-2020. aasta La Liga.