Mahathir sündis 10. juulil 1925 oma vanemate kodus Kedahi osariigi pealinna Alor Setari vaeses naabruskonnas. Tema isa Mohamad oli erinevate malaise ja indiaanlaste päritoluga; tema ema Wan Tempawan oli malaise. Mahathir'i mitte-malaise esivanemad, mida ta oma poliitilise karjääri jooksul suuresti vaikselt hoidis, on Malaisia kuue peaministri ühine omadus. Kuid Mahathir'i sünni teine aspekt eristas teda teistest viiest: ta ei sündinud aristokraatias ega silmapaistvas religioosses või poliitilises perekonnas.
Esimene laps, Marina, 1957. aastal, enne kui sai veel kolm ja võttis veel kolm