Sinagoogist sai peagi väikese, kuid elujõulise juudi kogukonna keskus, kelle üks juhtidest, Abraham Reuben, sai 1936. aastal Karachi linnakorporatsiooni nõunikuks. 1947. aasta augustis toimunud Briti India jagamisel hindude ja moslemite vahel, langes Karachi linna uue moslemite enamusega Pakistani riigi piiridesse, mille järel sünagoogi esiosa liitumismärgi muutus, nimetades seda "Pakistani Bene Iisraeli kogukonna" all. Vähem kui aasta hiljem ründasid ja põletasid moslemid sünagoogi pärast 1948. aasta Iisraeli Riigi iseseisvusdeklaratsiooni. Selle aja jooksul rünnati mitut juuti kogu Pakistanis, mis lõpuks sundis osa kogukonnast põgenema naaberriiki Indiasse. Kuid rünnakute sagedus juutide vastu Pakistanis suurenes pärast iga araabia-israella sõda 1948., 1956. aastal.
, 1967 ja 1973. 1970. aastate alguses oli pakistani juudi kogukond suuresti lahkunud Iisraeli või Indiasse, kuna juudid lahkusid moslemiriikidest, mistõttu sünagoog oli suuresti uinuv. 17. juulil 1988 lammutati sünagoog ja selle asemel ehitati ostuplats (Madiha väljak) Karachi lõunaosas Ranchore Line'i naabruskonnas.