Badoer naasis Formula 1 võidusõidudesse, taas Minardi meeskonnaga. Melbourne'is jõudis Badoer viiendale kohale, kuni käigukasti probleemid sundisid ta 15 ringiga lõpetama. Enne Brasiilia-võistlust sai ta katsetamisõnnetuse, mis jättis talle murdunud käe. Stéphane Sarrazin võttis oma koha võistluseks. Ta läks tagasi Imolasse.
Tema käsi tekitas ikka veel probleeme, kuid tal õnnestus lõpetada kaheksandas. Ta kannatas käigukastide probleemide ja pöörlemisega Monaco ja Hispaanias. Juulis murdis Ferrari number üks sõitja Michael Schumacher Silverstone'is Briti Grand Prix'is õnnetuses jala. Ferrari katsesõitjana ootas Badoer Schumacheri puudumisel edutamist võistluskohale, kuid meeskond valis selle asemel Mika Salo, mille tõttu kritiseeris endine Ferrari sõitja Jean Alesi, kes oli ise positsiooni tagasi lükanud. Tema parim võimalus punktide kogumiseks oli kaootilisel 1999. aasta Euroopa Grand Prix'l, ainult siis, kui käigukasti rikke tõttu sai ta neljandas positsioonis 13 ringi lõpust; meeskonnakaaslane Marc Gené tõusis selle tulemusena kuuendaks (ta lõpetas seal, et saada punkt, mis peeti 1999. aasta juhtide meistrivõistluse otsustavaks teguriks, hoides Ferrari Eddie Irvine'i maha pärast seda, kui McLareni Mika Häkkinen oli teda möödanud pärast auto rikke, mis viis Jacques Villeneuve'i viiendast positsioonist). Badoer oli nii ärritunud, et hakkas autost välja ronides nutma.