Märtsis 1865. aastal soovitas Vermonti kongress delegatsioon Henryd teenima Vermonti Ühendriikide marssalliks. Ta määrati ametisse 1865. aasta juulis ja jätkas teenimist kuni oma surmani. Tema ametiajal püüdis Fenian Brotherhood, Iiri vabariiklaste organisatsioon, rünnata
Briti dominion Kanadasse Vermonti asukohast. Henry astus samme, et takistada Fenianidel saada relvi või reisida Kanadasse, ja hiljem jälgis nende hajumist ja lahkumist osariigist.