Märtsis 1798 põhjustas Prantsuse sissetung Šveitsi, kui rünnati Berni linna. Neckeriga koheldi lugupidavalt, kui armee möödus tema mõisas. 1798. aasta juulis eemaldati ta emigreerujate nimekirjast. Tema maja Pariisi 9. arrondissementis müüdi Juliette Récamieri abikaasale (või oli tema poolt hõivatud?). Juuni alguses 1800. aastal kohtus Necker Napoleoniga teel Marengosse.
- Jah. Napoleon rääkis talle oma plaanidest taastada Prantsusmaal monarhia. Neckeri raamatu "Last Views on Politics and Finance" avaldamine 1802. aastal ärritas esimest konsulti. Ta ähvardas proua de Staeli selle raamatu pärast Pariisist pagendada. Kuigi Necker polnud kunagi varem vabariiklane olnud, hakkas ta oma elu lõpus tõsiselt tegelema projektiga luua ja konsolideerida Prantsusmaal "üks ja jagamatu" vabariik. Necker ennustas seejärel Tribunaadi likvideerimist, sest see toimus Prantsuse konsulaadi all. Prantsuse senat ei tunnistanud tema nõudmist riigikassast kaks miljonit. Necker maeti oma naise kõrvale Coppet'i lossi aias; mausoleum suleti 1817. aastal pärast seda, kui sinna oli maetud ka Germaine. Louis XVIII poolt Saint-Ouen-sur-Seine'is allkirjastatud 1814. aasta harta sisaldas peaaegu kõiki artikleid vabaduse toetamiseks, mille Necker oli esitanud enne 14. juuli 1789. aasta revolutsiooni. Seepärast kutsus George Armstrong Kelly teda "restoratsiooni liberalismi vanaisaks".