Vt allpool toodud lõik ja vasta sellele küsimusele hiljem sama keeles kui lõik:  16. sajandi möödudes astus hiline humanism kalvinismi kõrvale kui valitseva mõtekooli; ja sellised isikud nagu Paul Schede, Jan Gruter, Martin Opitz ja Matthäus Merian õpetasid ülikoolis. See tõmbas ligi õpetlasi kogu mandrilt ja kujunes kultuuriliseks ja akadeemiliseks keskuseks. Kuid Kolmekümneaastase sõja algusega aastal 1618 vähenes ülikooli intellektuaalne ja rahaline rikkus. Aastal 1622 varastati ülikooli katedraalist ja viidi Rooma, kus asus tol ajal maailmakuulus Bibliotheca Palatina (ülikooli raamatukogu). Hiljem hävitasid kuningas Louis XIV väed Heidelbergi 1693. aastal peaaegu täielikult. Hilise vastureformatsiooni tagajärjel kaotas ülikool oma protestantliku iseloomu ja sai jesuiitide poolt. Aastal 1735 ehitati Vana Ülikool Ülikooli väljakul, mis oli siis tuntud kui Domus Wilhelmina. Jezuitide jõupingutuste kaudu asutati ettevalmistav seminarium, Seminarium ad Carolum Borromæum, mille õpilased registreeriti ka ülikoolis. Pärast jesuiitide ordeni mahasurumist läks enamik nende juhitud koolidest 1773. aastal Prantsuse lazaristide koguduse kätte. Alates sellest ajast hakkasid need halvenema ja ülikool ise kaotas prestiiži kuni viimase valijaka Charles Theodori valitsemisajani, kes asutas kõikidele teaduskondadele uued katedrid, asutas teadusasutusi nagu Valikute Teaduste Akadeemia ja viis poliitilise majanduse kooli Kaiserslauternist Heidelbergi, kus see ühendati ülikooli poliitilise majanduse teaduskonnaga. Ta asutas ka naaberlinnas Mannheimis observatooriumi, mille juhiks töötas jesuiit Christian Mayer. Ülikooli neljasajas aastapäeva puhul kiitis valijal heaks uuendatud põhikirja, mille koostamiseks oli palutud mitmeid professoreid. Rahanduslikud asjad...  Küsimus: Mis juhtus 30 aasta sõja ajal?
Ülikooli intellektuaalne ja rahaline rikkus vähenes