Götzen kuulutati süütuks ja vabastati 1640. aasta augustis, pöördudes tagasi keiserliku teenistusse Generalfeldmarschallina. 1643. aastal sõdis ta Sileesias, aasta hiljem viidi ta Ungarisse, kus ta võitles George Rákóczi I sõjaväe vastu. Aastal 1645 kutsuti ta tagasi Tšehhiasse, mis seisis silmitsi Rootsi sissetungiga. 5. märtsil 1645 tapeti ta musketitule all, kui ta juhtis keisri ratsaväge Jankau lahingus.
- Jah. Götzen'i tegevust Breisachis kaitseb Hans Jakob Christoffel von Grimmelshauseni romaan "Simplicius Simplicissimus", mis osales operatsioonis sõdurina.