Lõuna-Sudaan saavutas iseseisvuse Sudaanist 2011. aastal, kuid Lõuna-Sudaani kodusõda tegi rahvale raskemaks saada toetust viiest spordiföderatsioonist, nagu on nõutav oma rahvusliku olümpiakomitee jaoks, et saada tunnustust Rahvusvahelise Olümpiakomitee poolt. Guor Marial, Lõuna-Sudaani põgenik, kes elab Ameerika Ühendriikides, võistles 2012. aasta suveolümpiamängudel meeste maratonis
, kuid tegi seda iseseisva olümpiamängu sportlasena pärast seda, kui ta keeldus Sudaani eest võistlemast. Lõuna-Sudaanist sai IOC 206. liige 2015. aasta augustis. Riik valis Mariali oma lipu kandjaks nii avamis- kui ka sulgemisseremoonias.