Selle paragrahvi jätkamiseks kirjuta - Poola sissetungi ajal, mis alustas Teist maailmasõda, võeti linn esmakordselt Nõukogude Liidu poolt 1939. aasta 24. septembril. Sejny rüüstati tugevalt ja seejärel viidi 13. oktoobril 1939 üle Natsi-Saksamaale. See jäi hõivatud.
Saksa poolt kuni 1944. aasta augustini.