2009. aasta jaanuaris nimetas president Barack Obama Panettat CIA direktori ametikohale. Panetta kinnitas senati poolt 2009. aasta veebruaris. CIA direktorina juhtis Panetta operatsiooni, mis kukutas rahvusvahelise terroristi Osama bin Ladeni. 2011. aasta 28. aprillil teatas Obama Panettat kaitseministri ametikohale pensionile jääva Robert Gatesi asemele. Juunis kinnitas senat Panettat ühehäälselt ja ta astus ametisse 2011. aasta 1. juulil. David Petraeus võttis 6. septembril 2011 vastu Keskse luureagentuuri direktori ametikoha.
2009. aasta veebruar