Kolm aastat hiljem 1159. aastal panid Yoshitomo ja Fujiwara no Nobuyori Go-Shirakawa koduaresti ja tapsid tema teenistuja, õpetlane Fujiwara no Michinori, mida nimetatakse Heiji mässuks. Lõpuks Taira no Kiyomori, toetades Go-Shirakawa, võitis Yoshitomo. Kioto põgenedes, sunniti Yoshitomo tapma oma poeg Tomonaga. Hiljem reedeti Yoshitomo ja tapeti tema vannis. Kolm tema poega, Yoritomo, Minamoto no Yoshitsune ja Minamoto no Noriyori, päästeti hiljem ja pagendati Kiyomori poolt. Kuid Aihira Yoshi ja Nobuyori hukati.
Yoritomo, Minamoto no Yoshitsune ja Minamoto no Noriyori