Martin Vagner (sündinud 16. märtsil 1984 Jaroměřis, Tšehhoslovakkia) on Tšehhi jäähoki kaitsja, kes mängib praegu 1. národní hokejová liigas HC Hradec Královéga. 2002. aasta NHL-draftis valis ta esimeses voorus 26. kohal Dallas Stars. Ta läks aga 2004. aastal uuesti sõjaväkke.
Carolina Hurricanes valis ta üheksandas voorus 268. Ta ei ole veel mänginud National Hockey League'is, veedates oma karjääri siiani Tšehhi Extraliga.