Poe aitas Ameerika kodusõja alguses organiseerida vabatahtlikke Ohios; hiljem sai ta kindralmajor George B. McClellani staabi liikmeks Lääne-Virginia ja osales Rich Mountain kampaanias. Ta läks McClellaniga Washingtoni ja aitas korraldada pealinna kaitset. Selle aasta septembris edutati ta vabatahtlike kolonelliks ja määrati 2. Michigan vabatahtlike jalaväe rügemendi komandöriks. Ta juhtis neid Yorktownist läbi Seitsme Pini lahingu.
Peninsula kampaania ajal; järgmiseks sai ta brigadi välimuse enne 1862. aasta Põhja-Virginia kampaaniat. Tema brigaad seadis liidu rinde äärmise parema poole 29.-30. augusti Teise Bull Runi lahingus, kuid oli vaid kergelt kaasatud. Mõni päev hiljem, 1. septembril, osales Poe ja tema mehed Chantilly lahingus. Tema brigaad oli kohal, kuid mitte aktiivne 1862. aasta detsembri Fredericksburgi lahingus.