PWS on tingitud epigeneetilisest nähtusest, mida nimetatakse imprintinguks, mis on tingitud SNRPN ja NDN nekdiini geenide isade koopiate kustutamisest koos snoRNAde klastritega: SNORD64, SNORD107, SNORD108 ja kaks koopiat SNORD109, 29 koopiat SNORD116 (HBII-85) ja 48 koopiat SNORD115 (HBII-52). Need on kromosoomil 15, mis asub piirkonnas 15q11-13. See nn PWS / AS piirkond võib kaduda ühe mitmest geneetilisest mehhanismist, mis enamikul juhtudest tekib juhusliku mutatsiooni kaudu. Teised, vähem levinud mehhanismid hõlmavad inimesel uniparatoomilisi häireid, sporadilisi mutatsioone, kromosoomi translokatsioone ja geeni kustutusi.
nähtus, mida nimetatakse imprinting