Prantsuse anarkistide föderatsioon, mille liikmed olid "Le Libertaire'i" kirjutajate seas hästi esindatud, läbis 1950. aastate alguses omaette lagunemise. 1953. aasta mais, pärast anarkistide võimu üle võtmist ja nende välistamist või lahkumist, nimetas anarkistide liit end ümber libertaarse kommunismi föderatsiooniks (FCL) ja see oli see grupp üha killustunud liikumise sees, mis nüüd omas pealkirja "Le Libertaire". Alates 3. detsembri 1953. aasta numbrist 378 oli ajalehe esiküljel pealkiri "Organe de la Fédération Communiste Libertaire". Sel ajal oli Alžeeria sõda.
"Le Libertaire" toetas Alžeeria iseseisvust. FCL leidis end nüüd valitsuse rünnaku all kohtutes ja kogus halva juriidilise võlgade koorma. "Le Libertaire" iganädalased väljaanded kadusid 1956. aasta juulis, kolm aastat pärast anarkistlikku schismi, mis oli andnud FCL-ile ja selle ajalehe kontrolli. FCL riiklik nõukogu otsustas "Le Libertaire" peatada 17. juulil 1956. Selleks ajaks oli sarja viimane väljaanne, number 486, juba ilmunud 5. juulil 1956. Ajalehe rolli võttis lõpuks üle "Le Monde libertaire", mille avaldas taas moodustatud anarkistlik föderatsioon, mis võttis üle "Le Libertaire" fakli.