Pärast 2008. aasta novembri valimisi paluti tal teist korda olla valge maja ametlik fotograaf uuele presidendiks valitud Obamale. 14. jaanuaril 2009 avaldati uus presidendi portree; see on esimene kord, kui ametlik presidendi portree võeti digitaalkaameraga. Nädal hiljem oli Souza ametisseastumisel kohal.
Ja järgmisel päeval oli ta ainus fotograaf, kes osales Obama teisel vandeandmisel, Obama esimesel tööpäeval Ovaalkontoris.