Lisaks oma tööle UNICEFiga asutas Messi oma heategevusorganisatsiooni Leo Messi Foundation, mis toetab laste juurdepääsu tervishoiule, haridusele ja spordile. See asutati 2007. aastal pärast seda, kui Messi külastas Bostonis haiglat lõplikult haige lastele, kogemust, mis kõlas temaga nii palju, et ta otsustas osa oma sissetulekust ühiskonda investeerida. Tema fondi kaudu on Messi andnud teadusgrantse, finantseerinud meditsiinilist koolitust ja investeerinud meditsiiniliste keskuste ja projektide arendamisse Argentinas, Hispaanias ja mujal maailmas. Lisaks oma kogumistegevusele, nagu tema ülemaailmsed "Messi ja sõbrad" jalgpallimängud, saab tema sihtasutus rahalist toetust erinevatest ettevõtetest, kellele ta on andnud oma nime, koos nende peamate kohustustega Adidas. Messi on investeerinud ka Argentinasse jalgpalli: ta toetab Buenos Airesesse sündinud noorte jalgpalliklubi Atlético Razzetti, mis asub Bostonis ja on tema läheduses.
Leo Messi Sihtasutus