2005. aastal rekonstrueerisid teadlased Acrocanthosaurus'e koljuõõne endokasti (replika), kasutades arvutitomograafiat (CT-skaneerimist), et analüüsida holotüübi ajuõõne (OMNH 10146) ruume. Elus oleks see ruum suuresti täidetud meningede ja aju- ja seljaajuvedelikuga, lisaks aju ise. Kuid aju ja kolju närvide üldisi omadusi oleks võimalik kindlaks teha endokasti abil ja võrrelda teiste theropodidega, kelle jaoks on endokastid loodud. Kuigi aju on sarnane paljudele theropodidele, on see kõige sarnasem kõigi therosauroidide omaga. See sarnaneb kõige rohkem Carcharodosaurus'e ja Giganotosaurus'e ajudele, mitte Sinophorosaurus'e või Sinophorosaurus'e ajurophorosaurus'e ajurophorosaurus'e ajurophorosaurus'e ajurophorosaurus'e ajurophorosaurus'e ajurophoris, mis oli küllaltki hea, kui orienteeritud orienteeriva
meninges ja seljaaju vedelik