Vt allpool toodud lõik ja vasta sellele küsimusele hiljem sama keeles kui lõik:  Protistide taksonoomia on endiselt muutumas. Uuemad klassifikatsioonid püüavad esitada monofileetilisi rühmi, mis põhinevad morfoloogilistel (eriti ultrastruktuurilistel), biokeemilistel (kemotaxonoomia) ja DNA-sekvensi (molekulialased uuringud) andmetel. Siiski on mõnikord molekulaarsete ja morfoloogiliste uuringute vahel lahknevusi; neid saab liigitada kahte tüüpi: (i) üks morfoloogia, mitu sugupuu (nt morfoloogiline lähenemine, krüptilised liigid) ja (ii) üks sugupuu, mitu morfoloogiat (nt fenotüübi plastsus, mitu elutsükli etappi). Kuna protistid on tervikuna parafiileetilised, jagunevad uued süsteemid sageli või hülgavad kuningriigi, käsitledes selle asemel protistide rühmi eukarüootide eraldi liinidena. Adl et al. (2005) hiljutine skeem ei tunnusta formaalseid auastmeid (fiil, klass jne) ja käsitleb selle asemel rühmi kui filogenetiliselt seotud organismide klade. Selle eesmärk on muuta klassifikatsioon pikas perspektiivis stabiilsemaks ja lihtsamaks ajakohastada. Mõned protistide peamised rühmad, mida võib käsitleda filana, on loetletud parempoolses ülemises lahtris. Arvatakse, et paljud neist on monofileetilised, kuigi on endiselt ebakindlus. Näiteks Excavata ei ole tõenäoliselt monofileetilised ja kromalveolaadid on tõenäoliselt ainult monofileetilised, kui haptofiidid ja krüptomonadid on välja jäetud.  Küsimus: Mis on Excavata üks iseloomulik tunnus?
mitte monofileetilised