Teise maailmasõja puhkemisega 1939. aastal suleti erikoolituse instituut ja Grzegorzewska hakkas töötama Poola Punase Risti poolt juhitud sõjaväehaiglas õena. Aastatel 1939-1944 õpetas ta Varssavis erikoolis nr 177 ja osales salajases haridussüsteemis. Aktiivne Poola vastupanuliikumis, jagas relvi ja brošüüre; liitus Żegotaga, pakkudes "väärikust" abi juutidele; ja osales juutide peitmises, et päästa nende elud. Ta teenis Varssavi ülestõusu ajal Ochota tervisekontrolli liikmena. Ülestõusu ajal hävitati tema maja, kus leidusid avaldamata käsikirjad kahest tema raamatust, "Kurtide psühholoogia" (teine köide, esimene köide avaldati 1930. aastal) ja "Õpetaja isiksus" (teine köide, avaldati 1937. aastal). Pärast Poola vabastamist
1945. aastal taaskäivitas Grzegorzewska erikoolituse instituudi, mis oli konflikti ajal hävitatud. Kui ta mõistis, et 30% õpetajatest oli sõjas surnud, algatas ta programmid uute õpetajate kiireks koolitamiseks. Poola õpetajate liit loodi uuesti ja ta alustas uurimistööd, et hinnata olemasolevaid haridusprogramme, õpetajate sotsiaal-majanduslikku seisundit ja koolide rolli nende kogukondades, muu hulgas.