Sanger sai 2004. aastal Weintali auhinna diplomaatilise reportaaži eest tema kaastöö eest Iraagi ja Korea kriisist. Ta võitis ka Aldo Beckmani auhinna presidendi kandmise eest. 2003. ja 2007. aastal pälvis ta Merriman Smithi mälestusauhinna riikliku julgeoleku strateegia kajastamise eest. Samuti jagas ta 2004. aastal Ameerika ajalehe toimetajate ühingu auhinda tähtaegade kirjutamise eest Columbia katastroofi meeskondliku katmise eest. 2007. aastal sai "The New York Times" Columbia ajakirjanduskooli DuPonti auhinna "Nuclear Jihad: Can Terrorists Get the Bomb?", dokumentaalfilmis, kus ta ja tema kolleeg William J. Broad ning nende uurimine A.Q. Khani tuumarelva leviku võrgustikku. Nende paljastused "Timesis" võrgustikust said Pulitzer'i auhinna finalistideks. 2011. aastal oli Sanger osa teisest meeskonnast, kes oli Pulitzer'i auhinna finalist rahvusvahelises reportaažis Jaapani tsunami teemal.
Tuumakatastroof. 2012. aastal andis Sanger teada, et president Obama oli oma presidendiks olemise alguses salaja tellinud Stuxneti küberrünnakud Iraani tuumajaamadesse. Tema aruandlus oli kujutatud dokumentaalfilmis "Zero Days" (2016).