Havanna asub Kuuba põhjarannikul, Florida Keysi lõunaosas, kus Mehhiko laht ühineb Atlandi ookeaniga. Linn ulatub enamasti lääne poole ja lõuna poole lahest, mis siseneb kitsas sisselaske kaudu ja mis jaguneb kolmeks peamiseks sadamaks: Marimelena, Guanabacoa ja Atarés.
Florida väin