Cowdin oli sõja alguses Massachusettsi 2. sõjaväerügemendi kolonel ja nimetati 25. mail 1861 1. Massachusettsi jalaväe koloneks. Ta juhtis oma rügementi Blackburni Fordi lahingus 18. juulil 1861. aastal, oli osa Israel B. Richardsoni Daniel Tyler'i diviisi brigaadist Bull Runi esimeses lahingus, kus ta hobune sai surma. Ta nägi ka Williamsburgis, Fair Oaksis
Glendale, Malvern Hill ja Chantilly.