1882. aastal jagati teaduskonna Tšehhi ja Saksa osadeks ning loodusteaduste teaduskonnast sai 1920-1939 eraldi institutsioon. Aastal 1939 sulgesid Nazi-Saksamaa okupatsiooniväed kooli ning õpetajad ja õpilased said julmalt tagakiusatud. Pärast okupatsiooni lõppu 1945. aastal õitses kunstiosakond mõne aasta jooksul uuesti; see lõpetati 1948. aastal 1948. aasta kommunistliku riigipöörde tõttu. Õppejõudude prestiiž vähenes kiiresti, kuna paljud lugupeetud õpetajad lahkusid sunniviisiliselt ja võeti kasutusele marksistlikud-leninistlikud uuringud. 1960. aastatel hakkas teaduskond aeglaselt avama silmapaistvatele tolleaegsetele mõtlejatele, kuid see suundumus muutus Nõukogude okupatsiooniga 1968. aastal, mille vastu protesteeris teaduskonna üliõpilane Jan Palach, pannes end põlema. Pärast kommunistliku režiimi lõppu Tšehhoslovakkias
1989. aastal ja selle esindajate lahkumisel teaduskonnast, taastati see riigi kõige kõrgelt hinnatud ülikooli institutsioonina.