Rushdie on olnud neli korda abielus. Ta oli abielus oma esimese naise Clarissa Luardiga aastatel 1976-1987 ja sai poja, Zafar (sündinud 1979). Ta jättis ta 80-ndate keskpaigas Austraalia kirjaniku Robyn Davidsoni jaoks, kellele ta tutvustas oma ühise sõbra Bruce Chatwini. Tema teine naine oli Ameerika kirjanik Marianne Wiggins; nad abiellusid 1988. aastal ja lahutasid 1993. aastal. Tema kolmas naine oli aastatel 1997-2004 Elizabeth West; neil on poeg, Milan (sündinud 1997). 2004. aastal abiellus ta India ameeriklase Padma Lakshmiga, näitlejanna, mudeli ja Ameerika reaalsusprogramm Top Chef'i juhib. Abielu lõppes 2. juulil 2007.
2. juuli 2007