Ralston sai 1996. aastal ühise peasekretariaadi aseesimehe ametisse. Ta oli 1997. aastal favoriti, et saada ühise peasekretariaadi esimeeseks, kuid pärast salajase afääri paljastamist jäi ta aseesimeeseks kuni 2000. aasta maini. Hiljem sai ta Põhja-Atlandi Lepingu Organisatsiooni (NATO) ülemväejuhatuseks Euroopas kuni 2003. aasta jaanuarini, mil ta pensionile läks. Bill Clinton kirjutab oma memuaarides "My Life", et Ralstoni kasutati, et lahendada potentsiaalselt kleepuv olukord Pakistaniga, kus USA kasutas Pakistani õhuruumi, et rünnata Al-Qaeda organisatsiooni koosolekut Afganistanis pärast USA saatkonna pommitamist.
Kenias ja Tansaanias. USA oli mures, et Pakistani luureteenistused annavad märku sihtmärkidest või veelgi hullem, et raketid Pakistani üle tulid Indiast, põhjustades potentsiaalselt tuumakonflikti India subkontinendil. Nagu Clinton kirjutab leheküljel 799 "My Life", "me otsustasime saata aseesimehe peasekretäri, kindral Joe Ralstoni, õhtusöögile Pakistani sõjaväe ülemjuhatajaga ajal, mil rünnakud olid kavandatud. Ralston rääkis talle (Pakistani kindralile) mis juhtus paar minutit enne meie rakettide sissetungi Pakistani õhuruumi, liiga hilja, et hoiatada Talibani või Al-Qaeda, kuid õigel ajal, et vältida nende alla tulistamist või India vasturünnakut".