Vastuseks 1996. aasta välisministeeriumi hoiatusele bin Ladeni ja 1998. aasta USA saatkondade pommitamise kohta Ida-Aafrikas
Clinton korraldas mitu sõjalist missiooni bin Ladeni tabamiseks või tapmiseks, mis kõik ebaõnnestusid. 1998. aasta augustis andis Clinton käsu rakettidega rünnata terroristide sihtmärke Afganistanis ja Sudaanis, sihtides Al-Shifa farmaatsiatööstust Sudaanis, mida kahtlustati bin Ladeni abistamises keemiarelvade valmistamisel, ja bin Ladeni terroristide koolituslaagreid Afganistanis.