Ta sai peasekretäriks 1960. aastal, saades ametlikult Hồ Chí Minh'i järel peamiseks isikuks parteis. Pärast Hồ surma võttis Lê Duẩn üle Põhja-Vietnami juhtimise. Aastatel 1955-1975 toimunud Vietnami sõjas võttis Lê Duẩn agressiivse hoiaku, pidades rünnakut võidu võtmeks. Kui Lõuna-Vietnam ühines 1976. aastal Põhja-Vietnamiga ja partei ümberkorraldati, sai Lê Duẩn partei peasekretäriks. Lê Duẩn ja tema kaaslased olid tuleviku suhtes liiga optimistlikud. Teine viieaastase plaani (1976-1980) läbikukkumine jättis Vietnami majanduse kriisi. Ta toetas Vietnami sissetungi Kambodžasse.
1978. aasta detsembris, eesmärgiga kukutada Hiina toetatud Punase Khmeri režiim. See avaldas tõsist mõju Vietnami ja Hiina suhetele, kuna Vietnam vastas etniliste hiinlaste väljasaatmisega ja Hiina viis läbi 1979. aastal Vietnami vastu karistusekspeditsiooni. Alates sellest ajast oli Vietnami liit Nõukogude Liiduga tihedam ja ühines 1978. aastal Comeconiga.