Cruise abiellus näitlejanna Mimi Rogers'iga 9. mail 1987. Nad lahutasid 4. veebruaril 1990. Rogers tutvustas Cruise'i Scientology kirikule. Ta kohtus oma teise naisega, näitlejanna Nicole Kidman'iga, nende filmi Days of Thunder (1990). Paar abiellus 24. detsembril 1990. Cruise ja Kidman adopteerisid kaks last, Isabella Jane (sündinud 1992) ja Connor Antony (sündinud 1995). 2001. aasta veebruaris esitas Cruise lahutuse taotluse Kidmanilt, kui ta oli teadmatult rase. Rasedus lõppes abortiga. 2007. aastal selgitas Kidman kuulujutte tema varases abielus, öeldes intervjuus Cruise'ile: "See oli vale", selgitades, et tal oli suur ectopic rasedus.
2001. aasta veebruar