Mary ja Bothwell naasid 6. mail Edinburghi ja 15. mail kas Holyroodi palees või Holyroodi kloostris abiellusid nad protestantlike rituaalidega. Bothwell ja tema esimene naine, Jean Gordon, kes oli Lord Huntly õde, olid lahutanud kaks päeva varem. Esialgu uskus Mary, et paljud aadlikud toetasid tema abielu, kuid nii kiiresti tekkisid suhted äsja valitud Bothwelli (Orkney hertsog) ja tema eakaaslaste vahel, ja abielu osutati sügavalt ebapopulaarseks.
poeg