Pärast Rizali väljasaatmist asutasid paljud Filipiinide natsionalistid Katipunan'i, teise salaühingu, kuid seekord eesmärgiga saada revolutsiooni kaudu iseseisvus Hispaaniast. Rizali töödest inspireerituna korraldas Katipunan Andrés Bonifacio juhitud relvastatud vastupanu Hispaania valitsusele. Pärast seda, kui 1896. aasta augustis Katipunite tegevus avastati, algas Filipiinide revolutsioon. Katipunani liikmed mässasid Caloocanis, asutasid Tagaloogi Vabariigi ja kuulutasid välja kogu riigi ulatuses relvastatud revolutsiooni. Rizal, kes ise ei osalenud revolutsioonis, mõisteti sõjakohtu ette mässu, mässamise ja vandenõu eest. Ta mõisteti süüdi kõikides süüdistustes ja hukati. Aastal 1897 tõrvati Bonifacio ametist ja hukati Emilio Aguinaldo poolt, kes võttis revolutsioonilise liikumise juhtimise enda peale. Pärast seda, kui Aguinaldo oli hispaanlased saartekogust välja ajanud, kehtestas ta diktaatorluse ja kuulutas välja iseseisvuse. Kuid Pariisi leping andis Filipiinid ametlikult Ameerika Ühendriikidele, mis vallandas relvakonflikti.
uuesti asutatud Filipiinide Vabariigiga.