Pärast vabastamist hakkas Jabari 1995. aastal tegutsema Hamas'i sõjalise tiiva komandörina. Lisaks tegeles ta liikumise heategevusorganisatsioonidega ning oli vastutav raha kogumise ja sõjalise tegevuse vahelise koordineerimise eest. 1990. aastate keskpaigas oli Jabari otseselt seotud Iisraeli kodanike vastu suunatud enesetapupommituste planeerimisega. Seejärel vahistati Jabari 1998. aasta oktoobris Palestiina enesevalitsuse ennetusliku julgeolekuväe poolt tema väidetava rolli eest Kfar Daromi bussirünnakus. Ta vabastati 1999. aasta lõpus. Pärast vabastamist sai ta sõjalise tiiva juhtide Salah Shehadeh ja Mohamed Aldahefi abiliseks, kelle ülesandeks oli sõjaliste toimingute täiustamine. Seega oli ta osa Hamas'i kõrgemast sõjaväejuhtimisest esimese intifada ajal.
ja esimese intifada rakku.