Wofford oli varem hääletanud lahkumise vastu, kuid pakkus oma teenuseid oma osariigile ja Konföderatsiooni armeele. Ta määrati Georgia osariigi militsia kolonliks, seejärel 1861. aasta aprillis 18. Georgia jalaväe kapteniks. 25. aprillil edutati Woffordi kolonelliks ja ta teenis Põhja-Carolinas ja Virginias, enne kui ta määrati brigadegeneraal John Bell Hoodi Texas Brigadeni. Ta nägi tegevust Yorktownis, Eltham's Landingis ja Seven Pinesis.
poolsaare kampaania ajal. Wofford ja 18. rügemend võitlesid ka Teise Bull Runi ja Antietami lahingus, kus ta juhtis Texas'i brigaadi.