Andretti ei naasnud Le Mansi enne, kui tema täistööajaga Formula 1 karjäär oli läbi. 1982. aastal oli ta koos pojaga Michael Mirage M12 Fordis. Nad kvalifitseerusid üheksandal kohal, kuid nende auto eemaldati võistluse algusest 80 minutit enne võistluse algust, kui ametnik avastas õlikülmiku, mis oli paigaldatud käigukasti taha, mis oli reeglite vastu. Auto oli läbinud esialgse kontrolli neli päeva enne võistlust. Vaatamata protestidele ja kaebustele eemaldati Andretti sissekanne täielikult ja asendati Porsche 924 Carrera GTR-ga. Nende tagasitulek järgmisel aastal oli edukam, sest nad lõpetasid kolmandal kohal. Isa-poja meeskond tuli tagasi koos Mario vennapoja Johniga. Nad lõpetasid kuuendana tehase Porsche 962-ga. Pärast Mario pensionile jäämist täistööajaga võidusõidust, otsustas ta pöörduda tagasi ringkonda, et lisada oma saavutustele Le Mansi võidu. Ta tuli tagasi teise kohaga. Ta ütles 2006. aasta intervjuus, et tema arvates kaotas Courage Competition'i meeskond [1995. aasta võistlus] viiekordselt halva korralduse tõttu. Ta oli ebaõnnestunud jõupingutusi järgnevatel aastatel koos kolmeteistkümnenda koha, ja siis DNF (Ei Lõpeta) eest. Andretti viimane esinemine Le Mansis oli 2000. aasta võistlusel
, kuus aastat pärast pensionile jäämist täistööajaga võidusõidust, kui ta sõitis Panoz LMP-1 Roadster-S-ga 60-aastaselt, lõpetades 15. kohal.