Juupiteril on atmosfäär, mis koosneb peamiselt molekulaarsest vesinikust ja heeliumist, mis on ligikaudu päikesesugused; teised keemilised ühendid on olemas ainult väikestes kogustes, sealhulgas metaan, ammoniaak, vesiniksulfiid ja vesi. Kuigi vesi arvatakse olevat sügaval atmosfääris, on selle otseselt mõõdetud kontsentratsioon väga madal. lämmastik, väävli ja austuslik gaas on Jupiteri atmosfääris üle Päikese väärtuste umbes kolmega. Jupiteri atmosfääril puudub selge alampiiri ja järk-järgult läheb see üle planeedi sisemusse.
Selge alumine piir ja järk-järgult üleminekud planeedi vedelale sisemusele.