Holder'i ametiaja peaprokuröri tähtsam pärand oli terrorismijuhtumite üleviimine tsiviilkohtutesse. Holder'i juhtimisel kohtus justiitsministeerium edukalt föderaalkohtus paljusid terroriste, tagades süüdimõistmised ja eluaegsed karistused paljude süüdistatavate vastu, sealhulgas Sulaiman Abu Ghaith (Osama bin Ladeni pressiesindaja); Ahmed Ghailani (suhtleja 1998. aasta Ida-Aafrika pommiplahvatustes
); ja Abu Hamza (al-Qaeda liige). Faisal Shahzad (Times Square'i pommirünnakupüüdja) ja Omar Farouk Abdulmutallab ( ebaõnnestunud aluspesu pommirünnak) tunnistasid end süüdi föderaalkohtus ja mõisteti Holder'i ametiajal eluaegseks vangistuseks. Holder'i ametiajal tunnistasid süüd teised terroristid, sealhulgas Najibullah Zazi (kes kavandas New Yorgi metroo rünnakut) ja Ahmed Abdulkadir Warsame (al-Shabab toetaja) ning tegid valitsusega koostööd. Matt Olsen, riikliku terrorismivastase võitluse keskuse direktor aastatel 2011-2014, kirjutas 2015. aastal: "Holderi järjepidevuse kaudu näitas ta terroristide tsiviilkohtutes süüdistamise tarkust ja väärtust ning kinnitas seda lähenemisviisi tulevastele administratsioonidele".