Ajakirja "Foreign Affairs" juhtiv toimetaja sai Zakaria juhtimisel 1992. aastal, kui ta oli 28-aastane. Tema juhtimisel muudeti ajakirja disain ja see muutus kvartaalsest kahekuuliseks. Ta töötas Columbia Ülikoolis adjunkti professorina, kus ta õpetas rahvusvaheliste suhete seminaril. 2000. aasta oktoobris nimetati ta Newsweek International'i toimetajaks ja sai Newsweeki iganädalaseks kolumnistiks. 2010. aasta augustis kolis ta Time'i toimetajaks ja kolumnistiks. Ta kirjutab iganädalast kolumni The Washington Post'ile ja on Atlantic Media grupi, mille hulka kuulub The Atlantic Monthly, toimetaja.
28