1800. aastal saadeti Loison reserviarmeesse, et juhtida 5300-mehelist diviisi ja ületas Napoleoniga Suur St Bernard'i raja. Ta sai 25. mail 1800 Fort Bardi ebaõnnestunud rünnakus haavatud. Kiiresti taastunud, juhtis ta oma diviisi Guillaume Philibert Duhesme korpuses, et tõrjuda tagasi Josef Philipp Vukassovichi käsk. Ta jäi Marengo lahingust ilma.
sest tema mehed olid hõivatud Milano ja Cremona vallutamisega, samal ajal kui nad jälitasid austerlasi itta.