1980ndad olid Bayernile turbulentsed periood, kus oli palju muutusi personali ja rahalistes probleemides. Mänguväljal juhtisid Paul Breitner ja Karl-Heinz Rummenigge meeskonda 1980. ja 1981. aastal Bundesliga tiitlit võitma. Peale DFB-Pokal võidu 1982. aastal järgnesid kaks suhteliselt ebaõnnestunud hooaega, pärast mida Breitner lahkus ja endine treener Udo Lattek naasis. Bayern võitis DFB-Pokal'i 1984. aastal ja võitis viis Bundesliga meistrivõistlusi kuue hooaja jooksul, sealhulgas kaks korda 1986. aastal.
viis