Üks kolmest, tuntud kui "Thugut's Benjamins" (välisministri Johann Amadeus Francis de Paula, Thuguti baroni usaldusväärsed abistajad, 1799. aasta kampaania ajal teenis Weyrother Feldzeugmeister Pál Kray staabiülemana, kus ta eristas ennast Legnagos (26. märts), Magnanos (5. aprill) ja nüüd teenib Venemaa feldmaršali Alexander Suvorovi kontaktametnikuna Novi
15. augustil. Seejärel planeeris ta Aleksandr Suvorovi juhtimisel Vene vägede eepilise marši üle Saint-Gothard'i raja. 5. veebruaril 1800 edutati Weyrother Obersti (polkovnik) ametisse ja sai komandöriks jalaväerügemendil nr 7 "Schröder", mis oli osa Pál Kray sõjaväest Saksamaal, kuid edasine haav ja kampaaniate pinged viisid tema lahkumisele sõjaväest, et taastumiseks. Aastal 1800 kutsus keiser Francis II ta tagasi ja määras ta 18-aastasele Austria pealikule Johannele, Baieri sõjaväe uuele komandörile, ja tema "Adlatusele" (pealiku nõustajale) Franz von Lauer'ile personaliülemaks. Uskudes, et Jean Moreau prantsuse armee on taganemas, korraldas Weyrother agressiivse jälitamise läbi tihedalt metsaga maastikku nelja vastastikku toetamata kolonni poolt. Selle asemel jäi Moreau seisma, korraldas varitsuse ja ümbritses Austria vasaku tiiva. Hohenlindeni lahing oli austerlastele katastroof, mis lõpetas teise koalitsiooni sõja. Siiski nimetati Weyrother uuele välisministrile, krahv Ludwig Cobenzlile sõjalise nõunikuks läbirääkimistel, mis järgnesid Steyri relvarahu sõlmimisele, mis viis 1801. aastal Luneville'i rahule.