Kirjuta selle lõigu jätkamine - 2008/09 hooaja jooksul taastas Totti endise vigastuse ja osales 2008. aasta Supercoppa Italiana
24. augusti 2008. aasta finaalis; pärast 2<unk>2 võrdlust Interiga pärast pikendust möödus Totti oma karistusvõistlusest, mis võimaldas Javier Zanettil Interile võita järgneva punktiga. 8. novembril 2008 tegi ta oma 400-nda esinemise Serie A-s, Bologna vastu 1<unk>1 võõrasvõistluses, saavutades mängu avavahetuse. Hiljem sel kuul aitas ta oma meeskonnal Rooma derbis Lazio võita, aidates Júlio Baptista võiduvõitva värava. Totti hea vormi jätkus, kui ta andis Mirko Vučinićile assist ja lõi 23. novembril Lecce'ga mängus 3-0 võidu saavutanud väraval, samal ajal kui ta võitis CFR Cluj'i vastu sel nädalal, 27. novembril, 3-0 võidu saavutanud väraval. Ta tegi ka teise värava Bordeaux'i vastu 10. detsembril, mis võitis 2 - 0, mis tagas Romale ülepääsu kaheksateistkümnendale turniirile rühma võitjana. 19. aprillil 2009 tegi Totti oma 175. Serie A värava Lecce'le 3<unk>2 kodus võitmisel, ületades Amedeo Amadei kui Roma kõigi aegade kõrgeima väravatäitaja; selle eesmärgiga sai Totti ka Serie A ajaloo kümne parima väravatäitja hulka.