Hedwig Eleonora võeti vastu Kuningas Karl X Gustavi poolt Dalarö's Rootsis 5. oktoobril 1654 ja viibis Karlbergi palees enne tema ametlikku saabumist Stockholmi pulma 24. oktoobril. Ta oli hõbedas brokaadis riietatud ja teda tervitas Brandenburgi kuninganna lesk Maria Eleonora Stockholmi kuninglikus palees, kus abielu tähistati samal päeval. Ta krooniti 27. oktoobril Storkyrkanis kuningannaks. Varsti pärast seda lahkus tema abikaasa Poola, et osaleda purjus (ajalool). Hedwig Eleonora jäi Rootsi tulevase Karl XI sünniks 24. novembril 1655 ja järgnevatel jõuludel. 1656. aasta kevadel lahkus ta Rootsist ja järgnes Karl Gustavile tema kampaanias, mille käigus näitas ta nii füüsilist kui ka vaimset jõudu. Ta oli kohal Varssavi lahingus (1656).
, mille käigus sai ta koos abikaasaga Rootsi sõjaväe ametliku kiitusmärgi. Ta naasis Rootsi 1656. aasta sügisel. Rootsis võttis ta üle oma kaasavara maad, mida ta oma eluajal rangelt kontrollib. Pärast Taani-Rootsi sõda (1657-1658) kutsuti ta oma abikaasa juurde Göteborgi, seejärel järgnes ta talle Gottorpi ja Wismari. Taani-Rootsi sõja (1658-1660) ajal elas ta koos oma õe Maria Eufrosyne'iga Kronborgis Taanis pärast seda, kui see oli Rootsi kindral Carl Gustaf Wrangel'i poolt vallutatud. Kronborgis külastas Hedvig Eleonorat tema abikaasa ja ta võõrustas välisriikide suursaadikuid. Ta külastas Frederiksborgi paleed ja jahtis koos Inglise suursaadikuga metsas. Falsteri kampaania ajal viibib ta Nyköbing Falsteris suursaadikute juures. Hedwig Eleonora lahkus 1659. aasta detsembris Göteborgi, kus Rootsi parlament pidi 1660. aasta jaanuaris kokku saama.