2006. aasta 26. detsembril teatas José Mourinho, et tema kapten võib vaja operatsiooni probleemi lahendamiseks. Terry puudumisel tegi Chelsea kodus 2<unk>2 nii Reading ja Fulham vastu jõulude ajal, mis tõestasid, et otsustava tähtsusega saatus Premier League pealkiri sellel hooajal. 28. detsembril avaldas Chelsea pressiteate, et Terry oli saanud operatsiooni tagasi: "Operatsioon eemaldada sekvestreeritud lonkaluu intervertebraalne ketas oli edukas". Kuigi ta pidi tagasi mängida Wigan Athletic vastu, mis võitis 3<unk>2 tänu hilise eesmärgi Chelsea tiib Arjenben, Terry oli üks kord puudu, tänu korduva tagasi probleem. Ta tegi oma tagasipöördumise 1<unk>0 võidu üle Charlton Athletic 3. veebruaril 2007 tulemas probleem.
£131 000 ja £135 000 nädalas