Seejärel sekkus Caesar Egiptuse kodusõja, mis toimus lapsvaarao ja tema õe, naise ja kaasvalitseja kuninganna Kleopatra vahel. Võib-olla oli vaarao osa Pompeiuse mõrvas, nii et Caesar asus Kleopatra poolele. Ta püsis Aleksandria piiramises
Hiljem alistas ta 47 eKr Niiluse lahingus vaarao väed ja pani Kleopatra valitsejaks. Caesar ja Kleopatra tähistasid oma võitu triumfideetriga Niilus kevadel 47 eKr. Kuningliku laevaga oli kaasas veel 400 laeva ja Seasar sai tuttavaks Egiptuse vaaraote luksusliku elustiiliga.