Pärast seda, kui ta oli mitmel korral edutatud (riikliku julgeoleku asedirektoriks 1999. aastal ja FBI New Yorgi büroo juhiks 2000. aasta alguses), oli O'Neill rõõmus, et ta määrati FBI uurimise juhiks USS "Cole" pommitamisel.
2000. aasta oktoobris. Jemenisse saabudes kaebas ta aga ebapiisava julgeoleku üle. Kui tema meeskond uuris, sattus O'Neill konflikti Ameerika Ühendriikide Jemenis asuva suursaadiku Barbara Bodine'iga. Mõlemal olid väga erinevad vaated selle kohta, kuidas käsitleda Jeemeni vara läbiotsimist ja intervjuusid kodanike ja valitsuse ametnikega, ning aja möödudes hakkasid nad üksteisest kaugemale minema.