Toni kolmas hooaeg klubiga oli vähem edukas, sest vigastused ja kokkupõrked klubi juhatajaga Luigi Delneri nägid, et tal oli raskusi vormi ja mänguaja saavutamisega. Pärast seda, kui Verona langes Serie A hooajast 2015/16
Toni kinnitas 4. mail 2016 jalgpallist lahkumise. Ta tegi oma karjääri viimase värava karistuspunktis oma viimases mängus, 2<unk>1 kodus võit Serie A meistrite Juventus'i vastu, Panenka stiilis karistuspunktiga, ja hiljem alustas ka mängu, mis viis Verona teise värava; see oli tema 23. esinemine ja kuues värav liigas. 85. minutil asendati Toni, kes oli ilmselgelt emotsionaalne, ja sai fännide seistes aplaus. Kokku oli ta oma kolme hooaja jooksul Itaalia tippdivisjonis Veronas võitnud 48 liigaväravat, 157 karjääri Serie A väravat 344 liigavõistlusel ja karjääri kokku 324 väravat kõigis võistlustes (659 võistlust ja 306 väravat klubi tasandil ning 47 võistlust ja 16 väravat Itaalia rahvuskoondises). Toni selgitas oma otsust pärast mängu pensionile minna, öeldes, et ta ei mängiks Verona hooaja viimases mängus, võõras mängus oma endise klubi Palermo vastu, kuna ta tahtis mängida oma karjääri viimast mängu oma meeskonna kodustadionil.