1861. aastal moodustasid Mankato elanikud metsade rüütlid, eesmärgiga kõrvaldada kõik indiaanlased Minnesotast. Kuna Dakota tingimused halvenesid, tõusis pinged, mis viisid 1862. aasta Dakota sõjani. Kuue nädalase sõja tulemusena hukati 38 Dakotat ja enamik ülejäänud Dakotat pagendati Dakota territooriumil asuvasse Crow Creek'i reservatsiooni. Sõja ajal suri kuni 800 valget asukast. Puude ja põllumajandus olid Minnesotas varase majanduse peamisteks tugisammudeks.
kahekordne