Kirjuta selle paragrahvi jätkamine - Umbes 16. sajandi alguses, pärast Ribeira palee ehitamist Taago jõe ääres, hakkas Alcáçova palee oma tähtsust kaotama. 1531. aastal toimunud maavärin kahjustas vanu lossi veelgi, aidates kaasa selle lagunemisele ja hooletusse jätmisele. Aastal 1569 andis kuningas Sebastian käsu ehitada lossi kuninglikud korterid ümber, eesmärgiga kasutada seda oma ametlikuks elukohaks. 1577. aastal purustas Filippo Terzi Loreto kiriku peamise fassaadi läheduses asuva ühe torni. Kuid paljud tööd ei lõppenud kunagi pärast noore kuninga surma Alcácer Quibiri lahingus.
- Jah. Järgnenud Portugali dünastiate kriis avas tee kuuekümne aasta pikkusele Hispaania valitsusele ja lossi muudeti sõjaväe kasarmiks ja vanglaks. 30. detsembril 1642 nimetati Teodósio de Frias noorem ehitusmeistriks, et jätkata tema isa Luís de Frias ja vanaisa Teodósio de Frias alustatud töid. See oli osa suuremast Hispaania vägede plaanist kindlustuse uuesti kasutusele võtta.