Muud bakterid võivad sageli ületada füüsilisi tõkkeid, eraldades ensüüme, mis seedivad barjääri, näiteks kasutades II tüüpi sekretsioonisüsteemi. Muul juhul, kasutades III tüüpi sekretsioonisüsteemi, võivad nad sisestada õhukese toru peremeesrakku, pakkudes proteiinide jaoks otsese tee haiguse tekitajatelt peremeesrakku. Need proteiinid kasutatakse sageli peremeesrakku kaitsmiseks. Mitmed patogeenid kasutavad immuunsüsteemi vältimiseks mitut põlvnevat immuunsüsteemi, et peita end peremeesrakkude sees (näiteks intracellulaarsed patogeenid).
immuunrakud, antikehad ja komplement