Pärast Coltide esimest NFL-i meistrivõistlust andis meeskond 1959. aasta hooaja jooksul taas 9<unk>3 rekordi ja võitis NFL-i meistrivõistluse mängus Giantsit
et võita oma teine tiitel selga selga moel. Pärast kahte meistrivõistlust 1958. ja 1959. aastal ei naasnud Colts neli hooaega NFL-i meistrivõistlusesse ja 1963. aastal toimus üleminek peakooli Ewbankilt noorele Don Shulale. Shula teisel hooajal kogusid Coltid 12<unk>2 rekordi, kuid kaotasid NFL-i meistrivõistlustel Cleveland Brownsile 27<unk>0. 1965. aastal mängisid Colts Green Bay Packers'i playoffis, et määrata kindlaks, kes läheb NFL meistrivõistlusesse. Coltid olid Green Bay Packersil 10-7 ees, kaks minutit oli veel mängida, kui Packerside lööja Don Chandler nägi välja, et ta vaevu puudutas väravolli. Kohtunik nimetas selle siiski heaks ja Packers võitis mängu pikendusajal. See viga põhjustas reeglite muutmise: NFL otsustas, et kaks kohtunikku hindavad tulevasi väraväiteid ja et püstid peaksid olema kolm meetrit kõrgemad. 1968. aastal naasid Coltsid Unitas ja Shula juhtimisel tagasi ja võitsid Coltide kolmanda NFL meistrivõistluse ning osalesid Super Bowl III-s. 1968. aastal sai Unitas vigastada ja tema asemele tuli Earl Morrall, kes sai liiga parima mängija.