1997-1998. aastal oli tal koht Formule Ühes Stewart Grand Prix meeskonnaga, mille omanik oli osaliselt tema vana F3 boss Paul Stewart. Meeskonna asutaja Jackie Stewart kirjeldas teda kui "kõige andekamat noort sõitjat pärast Ayrton Sennat", kuid tema jõudlus ei olnud rahuldav. Ta võitis oma ainsad meistrivõistluspunktid oma viimases F1 võistluses, 1998. aasta Kanada Grand Prix's.
Ülejäänud hooaja asendati ta Jos Verstappeniga. Magnussen alustas 24 GP-d, üks vähem kui ta osales, sest tema auto sai 1997. aasta Brasiilia Grand Prix alguses õnnetuses kahjustatud, põhjustades tema pensionile jäämist enne taasalustamist.