Rowley teenis 25. aprillist 1861 kuni 6. augustini sama aasta 13. Pennsylvania jalaväe kolonelina. Seejärel sai temast 102. Pennsylvania vabatahtliku jalaväe rügemendi kolonel. Ta sai Seven Pines'i lahingus haavata.
, juhtides oma rügementi Potomaci armees. Ta juhtis (lühiajal) VI korpuse brigaadi Fredericksburgi lahingus. 29. novembril 1862 edutati ta brigadigeneralisse, kus ta juhtis Chancellorsville'i lahingus I korpuse brigaadi. Gettysburgi lahingu alguses oli ta 3. diviisi I korpuse komandör, samal ajal kui major-generaal Abner Doubleday oli korpuse komandör. (Chapman Biddle juhtis Rowley brigaadi.) 1. juulil 1863 kandis brigaad raskeid kaotusi, kui ta võitles konföderatsioonidega major-generaal Harry Heth'i diviisist. Ta kukkus hobuse sel ajal maha, kui see jõe ääres peatus. Haige infektsiooniga, mis tekkis kana munade suurusest, tema sisemistes reides, oli ta palavikuline ja temperamentaalne. Pärast vastasseisu Rowley ja brigadigeneraal Lysander Cutleri vahel seoses mõnede 7. Wisconsini ohvitseride käitumisega esitas Cutler 1864. aasta aprillis süüdistuse purjus olemises. Rowley sai vähem kui 24 tundi, et valmistada ette kohtuprotsessi kaitset, ning ta mõisteti süüdi sõjakohtu poolt, mille autor John F. Krumwiede väidab, et "ei olnud erapooletu ja marssis oma trummile". Kuigi taastati sõja-sekretäri Edwin M. Stantoni ja presidendi Abraham Lincolni korraldusel, määrati Rowleyle ainult lääne-Pennsylvanias piirkonna käsk, kuna sõjaväe ülem kindral George G. Meade ja praeguse korpuse ülem kindral Gouverneur K. Warren vahel oli jätkuv vaenulikkus. Pärast seda, kui kindral Darius N. Couch püüdis peatada 1864. aastal konföderatsiooni kindral Jubal Early'i sissetungi Pensylvaaniasse, astus ta ametist tagasi 29. detsembril 1864.