Branch astus Konföderatsiooni armeesse 1861. aasta mais, kui reamees Raleigh Rifles. Hiljem samal kuul võttis ta vastu osariigi ülemjuhi ametikoha, kuid loobus sellest, et teenida välitööd. Septembris valiti ta 33. Põhja-Carolina rügemendi koloneliks. Ta nimetati 1862. aasta jaanuaris brigadigeneraliks. Pärast New Berni lahingut liideti tema brigaad A.P. Hilli diviisi Stonewall Jacksoni korpuse juurde. Ta oli Hill'i diviisi vanem brigadier-general. Branchi brigaad võitles Hannoveri lahingus, Seitsme Päeva lahingutes, Cedar Mountainil, Teises Manassas, Chantilly
, ja Harper's Ferry