1985. aasta augustis, pärast üle 150 mängu mängimist Lincolni eest, kolis Thompson Charlton Athleticesse. Oma viimases mängus Lincolni eest oli ta tunnistajaks õudusunenäole, kui 56 vaatajat hukkus kohutavas tulekahjus.
mängides Bradford City. Ta sai Charltoni kapteniks ja viis nad esmase diviisi ja Simodi karika finaali.