Morrison oli olnud ülem-Kanadas reformirühmituse varajane toetaja ja osales poliitiliste muutuste julgustamiseks korraldatud koosolekutel. Ta rääkis korduvalt relvastatud mässu vastu ja julgustas William Lyon Mackenziet jätkama oma reformide toetuse taotlemist. Ta ei osalenud Ülem-Kanada mässu
Ja jäi oma koju. Siiski arreteeriti ta ja süüdistati riigireetmises mässu planeerimisel ja elluviimisel ning järgmisel kohtuistungil leiti, et ta ei ole süüdi. Kartes lisatasu, põgenes Morrison Ameerika Ühendriikidesse ja jätkas meditsiinipraktikat. Kui 1843. aastal amnestiat anti enamikule mässul osalejatele, naasis ta Torontosse, et jätkata oma arstipraktikat ja teenida erinevates meditsiiniametites. Ta suri Toronto's 19. märtsil 1856 halvatuse tagajärjel.