8 aastat pärast oma viimast olümpiamängu osalemist kvalifitseerus Ndjissipou kolmandat korda Kesk-Aafrika meeskonnale, kui 31-aastane, meeste maratonivõistlusel
2004. aasta Ateena suveolümpiamängudel, saades koha IAAF-i maailmameistrivõistlustel Pariisis. Ta lõpetas võistluse neljakümne neljanda kohaga 2:21:23, jäädes Itaalia jooksja ja kuldmedali võitja Stefano Baldini ja Brasiilia Vanderlei de Lima (kelle võistlus oli Iirimaa protestija Cornelius Horani poolt võidelnud ja lükatud) järel kümne sekundi võrra. Olles kolm korda olümpiavõitja, määras riiklik olümpiakomitee (NOC) Ndjissipou Kesk-Aafrika lipu kandjaks avatseremoonial.