Seeria jakobite ülestõususid toimus ka Šotimaal, kus viscount Dundee tõi üles mägiväed ja võitis 27. juulil 1689 Killiecrankie lahingus.
, kuid ta suri lahingus ja kuu hiljem Šoti Cameroni väed alistasid ülestõusu Dunkeld'i lahingus. William pakkus ülestõusmises osalevatele Šoti klannidele armuandmist tingimusel, et nad allkirjastasid tähtajaks truuduse, ja tema valitsus Šotimaal karistas viivitust 1692. aasta Glencoe'i veresaunaga, mis sai kurikuuluseks jakobide propagandas, kuna William oli allkirjastanud korraldused. Rahva arvamuse ees kummardudes vallandas Vilhelm mõrva eest vastutavad, kuigi nad jäid endiselt tema kasuks. Ajaloolane John Dalberg-Actoni sõnadega "ühel sai kolonel, teisel rüütel, kolmandal paar ja neljandal krahv".