Märtsis 1799 võitles Doonau armee kahes suures lahingus, mõlemad Saksa lõunaosas. Ostrachi lahingus.
21.-22. märtsil 1799, Teise koalitsiooni sõja esimeses lahingus, võitsid Austria väed, kelle juhtimisel oli aartshertsog Karl, Jourdan'i Doonau armee. Prantslased kannatasid märkimisväärseid kaotusi ja olid sunnitud piirkonnast taganema, asudes Messkirchis (Mößkirch, Meßkirch) ja seejärel Stockachis ja Engenis. Teises lahingus Stockachis 25. märtsil 1799 saavutas Austria armee otsustava võidu Prantsuse vägede üle ja tõukas Prantsuse armee uuesti läände. Jourdan käskis oma kindralitel Musta Metsas positsioone võtta ja ta ise rajas Hornibergi baasi. Sealt andis kindral Jourdan sõjaväe juhtimise oma peasekretärile Jean Augustin Ernoufile ja sõitis Pariisi, et küsida rohkem ja paremaid sõdureid ning lõpuks küsida meditsiinilist puhkust.