Kui kuningas Henry IV suri 1474. aastal, kuulutas Isabella end kuningannaks, vaidlustades Juana la Beltraneja (kuninga 13-aastane tütar ja tema vennatütar) õigust troonile tõusta. Järgnenud kodusõja ajal
Isabella ja Juana järgijate vahel oli konflikti ka Portugaliga, kuna Portugali kuningas Alfonso V oli oma õe Juana poolel. Gonzalo võitles Isabella eest Alonso de Cárdenase, Santiago ordeni suurmeistri all. Aastal 1479 võitles ta lõplikus lahingus Portugali vastu, juhtides 120 lanseri. Cárdenas kiitis teda tema teenistuse eest. Kui sõda lõppes, olid Isabella ja tema abikaasa Ferdinand Castilla ja Aragoni valitsejad.