1990ndatel aastatel, pärast Läänemere sõda, olid terrorirünnakud CENTCOM-i jõududele suur mõju. Seistes silmitsi selliste rünnakutega nagu 1996. aasta Khobari tornide pommitamine, milles hukkus 19 Ameerika lennumeest, käivitas juhtkond operatsiooni Desert Focus, mille eesmärk oli ümberpaigutada USA rajatised kaitsetavamatesse kohtadesse (näiteks Prince Sultani lennubaasi), vähendada USA edasist "jalajälge" ebavajalike korterite kõrvaldamise kaudu ja naasta sõltuvad Ameerika Ühendriikidesse. 1998. aastal ründasid terroristid USA saatkonda
Keenias ja Tansaanias, tappes 250 inimest, sealhulgas 12 ameeriklast. 2000. aasta oktoobris toimunud rünnak USS "Cole" vastu, mille tagajärjel hukkus 17 USA meremeest, oli seotud Osama bin Ladeni Al Qaida organisatsiooniga.