Fabregas lõpetas oma klubi pikaajalise väravavaevu, kui ta tegi oma esimesed hooaja liigasööd Sevilla vastu 3<unk>2 võiduvõiduga. Siis tegi ta oktoobris kolm väravat, tulemas liigas, Meistrite Liigas ja Copa del Rey'is
- Jah. Ta tegi taas ühe värava 25. novembril, kui Levante võitis 4:0. 13. jaanuaril 2013 tegi Fàbregas väravale 3-1 võidu Málaga vastu. Fàbregas tegi oma esimese hattriigi karjääris Mallorca vastu, mis võitis 6. aprillil 2013. aastal 5:0. Ta lõpetas oma teise hooaja Barcelonas, võites oma karjääri esimese liiga tiitli, rekordilise 100 punkti võrra. Barcelona kukkus siiski poolfinaalis nii Copa del Rey'is, kus võitis Real Madrid, kui ka Meistrite Liigas, kus võitis Bayern München. Fàbregas lõpetas hooaja 14 väravaga ja 12 assist'iga 48 mängu jooksul kõigis võistlustes.