7. märtsil 2008, kui Goto oli 17-aastane, tegi ta debüüdi Jaapani rahvuskoondises Kanada vastu. Novembris valiti ta 2008. aasta U-20 maailmameistrivõistluseks Jaapani U-20 rahvuskoondisse. Ta oli ka 2010. aasta U-20 maailmameistrivõistluste liige.
- Jah. 2013. aasta septembris valiti ta taas Jaapani rahvuskoondisse. Ta mängis 2014. aasta Aasia karikavõistlustel ja Jaapan võitis meistrivõistluse. Ta mängis 7 mängu ja tegi 2 väravat Jaapani eest kuni 2014. aastani.