Wąbrzeźnole tungis natside Saksamaa 1939. aasta septembris II maailmasõja ajal ja okupeeris Saksamaa
kuni 1945. aastani. Sakslased arreteerisid 1939. aasta oktoobris massiliselt poolake. Umbes 1000 poolalast arreteeriti ja vangistati, enamasti kohalikus tehases asutatud ajutises koonduslaagris, kuid mõned ka kohalikus vanglas. Mõned neist poolakadest mõrvati Skrwilnos 15. oktoobrist kuni 15. novembrini 1939 ja Nielubis 17. oktoobril 1939, samas kui enamik mõrvati suurte veresaunade käigus Łopatki ja Kurkocinis (vt "Intelligenzaktion"). Peaaegu 4000 Wąbrzeźno ja ümbritsevate kogukondade poola elanikku saadeti natside koonduslaagritesse, mis asutati Potulice'is ja Toruńis, ning nad saadeti välja. Sakslased keelasid poola keele kasutamise, likvideerisid poola koolid ja organisatsioonid ning asutasid linna uuesti saksa kolonistidega, kuid poolakud korraldasid endiselt Poola salajase vastupanuliikumise.