1919-1923 tegi Wegener pioneerivat tööd mineviku ajastu kliima rekonstrueerimisel (nüüd tuntud kui "paleoklimatoloogia"), tihedas koostöös Milutin Milanković'iga, avaldades 1924. aastal koos oma äia, Wladimir Köppen'iga Die Klimate der geologischen Vorzeit (<unk>Geoloogilise mineviku kliimad). 1922. aastal ilmus "Kontinentide ja ookeanide päritolu" kolmas, täielikult läbivaadatud väljaanne ja alustas arutelu oma drifti teooria kohta, kõigepealt saksa keeles ja hiljem rahvusvaheliselt.
Tema naine ja nende kaks tütart.