1864. aasta Schleswigi sõja ajal oli Werner komandör korvettil, mis võitles Taani mereväega. Werner võitles Jasmundi lahingus.
, Eduard von Jachmanni juhtimisel; Werneri laev,, sai võitluse ajal raskelt kahjustatud ja tema meeskond kandis 13 ohvrit. Taanlased blokeerisid siiski edukalt Preisimaa katse murda läbi Taani blokaadi ja sundisid nad Swinemünde tagasi pöörduma. Werner ja ülejäänud laevastik, mis oli sinna paigutatud, jäid kuni sõja lõpuni sadamasse.