Pärast Saksa-Nõukogude invasiooni Poolale, mis alustas Teist maailmasõda 1939. aasta septembris, okupeeriti Augustów
Nõukogude Liiduga kuni 1941. aastani. Paljud elanikud saadeti pagendusse Kasahstani, kust mõned suutsid pärast 6 aastat naasta. 22. juunil 1941, vahetult enne linna vallutamist, mõrvasid Nõukogude Liit 30-34 Poola vangit Augustovis, mis oli osa NKVD vangide tapmistest. Natsi-Saksamaa väed okupeerisid Augustovi kuni 1944. aastani ja käitasid linnas sunnitöölaagrit. Teise maailmasõja ajal hävitati umbes 70% linnast ja enamik selle elanikest suri või lahkus, nende seas oli mitu tuhat juuti, kes vangistati kanali ja jõe vahel asuvas getos. Sakslased hukkasid praktiliselt kõik enne lahkumist. 1945. aastal korraldasid Nõukogude Liit lähedal asuva Augustovi ründamisoperatsiooni endiste Armia Krajowa kommunismivastaste võitlejate vastu.