Täida järgmine lause: Kui Ameerika kodusõda puhkes, liitus Jones valmistuvalt liidu armeega. 7. juulil 1861. aastal astus ta 37-sse New Yorgi vabatahtlikusse, mida tuntakse populaarselt kui "Iirimaa vintpüssi", kolonel John H. McCunni juhtimisel. Ta oli alguses reamees, kuid leidis end kiiresti valitud teise leitnandi auastmele rügemendi meeste poolt. Ta oli kohal Bull Runi esimeses lahingus, vaid kaks nädalat pärast värbamist, kuid ei näinud ühtegi tegevust, kuna üksust peeti reservis. Jones näitas oma esimese aasta jooksul rügemendis "valitsevat käitumist" ja tõusis peagi 4. novembril 1861 esimese leitnandi ja adjutandi ametisse ning seejärel 21. jaanuaril 1862 majoriks. Ta ja "Iirimaa püssid" liitusid hiljem kindral Samuel P. Heintzelmani III korpusega, osana 3. diviisi 3. brigaadist, mida juhtis brigadigeneral Philip Kearny, poolsaare kampaania ajal ja osales Williamsburgis,
Seitse Pini ja Seitsme Päeva kampaania. Jones oli ka kohal, kui 37. New Yorgi vabatahtlikud, mis oli siis III korpuse 1. diviisi 3. brigaadi all, olid Bull Runi teisel lahingus. Mai ja juunis hakkas ta kannatama malaaria all ja 26. septembril viidi ta Washingtoni haiglasse, kus ta jäi oktoobri lõpuni. Ta oli ka lühikest aega kindralmajor Franz Sigeli ohvitser enne kindral Ambrose Burnside'i pensionile jäämist ja Potomaci armee ümberkorraldamist.