Konföderatsioon tekitas siiski vastupanu mitmete rühmade seas mõlemas riigis, kes vihkasid rahvusliku identiteedi lahjendamist ja naaberriike. Paljud Peruu poliitikud, kes olid Konföderatsiooni idee vastu, põgenesid Tšiili, kus nad said toetust ja see viis Konföderatsiooni sõjani.
28. detsembril 1836 kuulutas Tšiili sõja ja 9. mail 1837 järgnes Argentina. Tšiili sõjaline ekspeditsioon Santa Cruzi vastu, mida juhtis admiral Manuel Blanco Encalada, ebaõnnestus ja pidi alluma Paucarpata lepingule, mis kirjutati alla 17. novembril 1837.