Sultani pagendamine ei leevendanud Prantsuse raskusi Marokos ja puhkes ülestõus, mille sihtmärgiks olid nii režiim kui ka tema koostööpartnerid boikoti kampaaniate kui ka vägivallaaktidega. Uue marionetsultani Mohammed Ben 'Arafa vastu tehti mitu mõrvakatse ja üks boikotti kampaaniatest oli suunatud riigi mošeedele, kuna palvetati uue sultani nimel. Lõpuks, kui Tuneesias oli käimas dekoloniaalsusprotsess ja Alžeerias iseseisvusõda,
, nõustusid prantslased Maroko iseseisvuse läbirääkimistega 23. augustil 1955 toimunud konverentsil. 1. oktoobril oli Mohammed Ben 'Arafa loobunud troonist ja hiljem sel kuul toetas isegi Thami el-Glaoui Mohammed V naasmist. 16. novembril kell 11.42 maandus sultan tagasi Rabat-Salé lennujaamas ja teda tervitas rahvahulk. Prantsuse-Maroko iseseisvusdeklaratsioon allkirjastati ametlikult 2. märtsil 1956 ja Tangier liideti hiljem samal aastal Marokoga. 1957. aastal võttis Mohammed V vastu ametliku tiitli "Kuningas", mida on alates sellest ajast kasutanud tema järeltulijad Hassan II ja Mohammed VI.