Pärast 1791. aasta septembris Viini naasmist jätkas Baudin ekspeditsiooni sooritamist India ookeani ja Hiina impeeriumi lipu all ning 1792. aasta jaanuaris anti talle selleks otstarbeks keiserliku mereväe kapteni amet. Osteti laev nimega "Jardinière" ja ekspeditsioonile määrati botaanikud Franz Bredemeyer ja Joseph van der Schot. Pärast Prantsusmaa ja Austria vahelise sõja puhkemise põhjustatud viivitusi
"Jardinière" lahkus 1. oktoobril 1792 Hispaania Malaga sadamast. Hea Lootuse lurvest sõitis "Jardinière" üle India ookeani New Hollandi (Austraalia) rannikule, kuid kaks järjestikust tsüklonit takistasid ekspeditsioonil seal tööd teha ja sundisid Baudini laeva remondiks Bombaysse viima.