Kui bakterid, nagu Mycobacterium tuberculosis ja Legionella pneumophila, jõuavad kopsudesse saastunud õhutroplite kaudu. Bakterid võivad levida ka vere kaudu. Kui bakterid on kopsudesse jõudnud, võivad nad tungida rakkude ja alveoolide vahelistele ruumidele, kus makrofagid ja neutrofiilid (defensiivsed valged verelibled) püüavad baktereid inaktiveerida. Neutrofiilid vabastavad ka tsütokiine, põhjustades immuunsüsteemi üldist aktiveerimist. See toob kaasa palaviku, kõhulahtisuse ja väsimuse. Bakterite tüvehaigused täidavad bakterite kopsude ja alveoolide vahelise vere vedeliku vahel.
makrofagid ja neutrofiilid (kaitsvad valged verelibled) püüavad baktereid inaktiveerida