"Juniata" jätkas rändamist Lääne-Indias, saatmas Californiasse suunduvaid laevu turvalistele vetesse ja valvsalt jälgides Konföderatsiooni kruiisereid ja blokaadijooksjaid, kuni ta 24. novembril New Yorki suundus ja saabus sinna 2. detsembril. 1864. aasta esimesel poolel toimus Philadelphias remonditööd. 12. augustil lahkus "Juniata" otsima Konföderatsiooni kruiiserit "Tallahassee", mis oli Sandy Hooki lähedal New Jerseys. Viis päeva hiljem ankurdas ta Hampton Roads'is ja liitus Põhja-Atlandi blokaadikskadriga. Ta tegutses Hampton Roads'ist kuni detsembri alguseni Wilmingtonisse, et valmistada ette tulevasi rünnakumeetmeid selle võimsa kindluse ja blokaadi juhtimise keskuse vastu. Ta oli lahingute keskel Fort Fisheri esimesel rünnakul, sulges Lõuna patareisid, et saada positsiooni tõhusaks pommitamiseks. Tema julgus sel korral, mis maksis tema kahe ohvitseri ja kolme mehe surma ja 11 mehe haavatud, oli uuesti näidatud Fort Fisheri teisel rünnakul
13. ja 15. jaanuarist 1865. Viis tema meest hukkusid ja kümme sai haavata selles rünnakus, mis võitis Wilmingtonit lõunapoolsetelt käedelt, sulgedes Konföderatsiooni tõhusast välisabi.