Ta ja tema tsiviilkolleegid eemaldati ametist 15. jaanuari 1966. aasta sõjaväe riigipöörde käigus.
, ja ta oli kõige silmapaistvam poliitik vältida mõrv pärast riigipööret. Azikiwe oli Biafra esindaja ja nõustus selle liidriga Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu Biafra sõja ajal (1967-1970). Ta vahetas sõja ajal oma truuduse tagasi Nigeeriale ja pöördus Ojukwu poole, et lõpetada sõda pamfletites ja intervjuudes. "The New York Times" ütles tema poliitikas: "Kogu oma elu jooksul pani dr Azikiwe liit põhjaosariikidega teda vastuollu Obafemi Awolowoga, kes oli riigi teise olulise lõunapoolse rühma, joruba sotsialistliku kalduvuse juht".