Diponegoro sündis 11. novembril 1785 Yogyakartas ja oli sultani Hamengkubuwono III vanem poeg. Tema nooruse ajal Yogyakartani õukonnas toimusid suured sündmused nagu VOC lagunemine, Briti sissetung Jaavale.
, ja seejärel toimus Hollandi valitsuse tagasipöördumine. Invasiooni ajal kasutas sultana Hamengkubuwono II, kes oli 1810. aastal Diponegoro isa kasuks võimule tõstetud, üldist häirivust kontrolli taastamiseks. Aastal 1812 eemaldati ta taas troonilt ja vangistati Jaavast välja Briti vägede poolt. Selles protsessis oli Diponegoro oma isa nõustaja ja oli ilmselt aidanud Briti vägesid, kuni Raffles pakkus talle "Sultani" tiitlit, mida ta keeldus, võib-olla seetõttu, et tema isa oli endiselt valitsev.