14. veebruaril tegi Kovačić oma Euroopa debüüdi oma kodumaal San Siros UEFA Euroopa Liigas CFR Cluj vastu. Ta andis võiduassisti Rodrigo Palaciole, kes tegi Interile 2-0 ja muljet avaldas publikul ning sai 89ndal minutil asendamise ajal seisvat aplausit. Ta mängis ka 90 minutit Interile 3-0 võidu võitluses CFR Cluj vastu, kui Inter läks järgmisele voorule 2012-13 UEFA Euroopa Liigas. Kovačić tegi oma esimese kodumaise liiga debüüdi Interile järgmisel voorus Serie A1 kaotusel, kaotades Fiorello Fiorello vastu.
Andrea Stramaccioni