Mayorkas oli Barack Obama üleminekukomisjoni liige enne ametisse astumist.
2009. aasta jaanuaris, kus ta juhtis USA justiitsministeeriumi kriminaalosakonna meeskonda. President Obama nimetas Mayorkase USA kodakondsuse ja immigratsiooni teenistuse (USCIS) direktoriks. 20. mail 2009 sai senat nominaali; 7. augustil 2009 kinnitas senat nominaali häälhääletusega. USCIS-i direktorina juhtis Mayorkas Ameerika Ühendriikide kodakondsust juhtimise tõhususe ja fiskaalse vastutuse kaudu ning kaitses immigratsioonisüsteemi terviklikkust. Ta rakendas 60 päevaga lapsevanuses saabunud isikute edasilükatud tegevuse (DACA) protsessi. Ta juhtis USA valitsuse jõupingutusi orbude laste päästmiseks pärast 2010. aasta jaanuari maavärinat Haitil ja juhtis kuriteoohvrite üksuse arengut, mille tulemusena sai agentuur esmakordselt võimaldada kuriteoohvritele anda seadusega ettenähtud maksimaalset viisasid.