Kuigi Ngô Đình Diệm oli isiklikult austatud oma natsionalismi, poliitilise stabiilsuse ja kiire majanduskasvu vallandava poliitika eest, juhtis ta nepotilist ja autoritaarset valitsust. Valimised olid rutiinselt võltsitud ja Diệm eelistas vähemuslikke roomakatolikuid paljudes küsimustes, uskunud, et katoliiklased on "usaldatavamad", rohkem antikommunistid ja Viet Cong'i infiltratsioonile läbipääsetavamad. Tema religioosne poliitika tekitas budistliku kogukonna protesti pärast meeleavaldajate tapmist.
Vesak'il, Buddha sünnipäeval, 1963. aastal, kui nad protesteerisid budistliku lipu keelu vastu. See juhtum vallandas massilised protestid, kus nõuti religioosset võrdsust. Kõige kuulsam juhtum oli väärik Thích Quảng Đức, kes põletas end surnuks, et protesteerida. Selle sündmuse pildid olid üle maailma pealkirjad ja tõid Diemile äärmise piinlikkuse. Pingeid ei lahendatud ja 21. augustil ründasid tema vennale ja peasnõustajale Ngô Đình Nhu'le lojaalsed ARVNi eriüksused, mida juhtis Lê Quang Tung, budistlikke pagode üle kogu riigi, jättes surnute arvu hinnanguliselt sadu. Ameerika Ühendriikides hakkas Kennedy administratsioon muretsema, et Diemhi valitsuse probleemid õõnestavad USA antikommunistlikke jõupingutusi Kagu-Aasias ning Diemhi üha suurenevat vastupanu ja mitte-koostööd Ameerika valitsusega. 1. novembril 1963 planeerisid ja toetasid CIA ja Kennedy administratsioon Lõuna-Vietnami kindralid, keda juhtis Dương Văn Minh, riigipöörde ja kukutasid Ngô Đình Diệm, tappes nii teda kui ka tema venda Nhu. ("vaata ka Ngô Đình Cẩn")