1960. aastal nimetas president Dwight D. Eisenhower Timberlake'i esimeseks USA suursaadikuks Kongo Demokraatlikus Vabariigis, mis oli endine Belgia koloonia. Kongo kriisi ajal
Hayes oli Mobutu Sese Seko sõnaselge toetaja ja nõudis Patrice Lumumba vallandamist. 1961. aasta märtsis andis Hayes isiklikult käsu viis USA mereväe laeva Kongo lähedal asuvatesse vetesse, mis tabas Kennedy administratsiooni valvsuseta.