Hudson jõgi voolab läbi Hudson Valley New Yorgi lahe. New Yorgi New Yorgi linna ja Troy'i vahel, jõgi on estuarium. Hudson jõgi eraldab linna USA osariigist New Jerseyst. East River - tõusujooks - voolab Long Island Sound'ist ja eraldab Bronxi ja Manhattanit Long Islandilt. Harlem jõgi, teine tõusujooks Ida ja Hudson jõgede vahel, eraldab enamiku Manhattanist Bronxist. Bronxi jõgi, mis voolab läbi Bronxi ja Westchester'i maakonna, on ainuke täiesti magevee jõgi linnas. Linna maa on oluliselt muutunud inimese sekkumise tõttu, märkimisväärne maa taastamine mööda veeäärseid alates Hollandi kolooniaaegadest; taastamine on kõige silmapaistevam Lower Manhattanis, kus on sellised arengud nagu Battery City Park 1970ndatel ja 1980ndatel aastatel. Mõned looduslikud reliefid on isegi välja töötatud Manhattani pealinnas.
165,841 ruut miili