Järgmine peatükk: Teise Palestiina intifada ajal 2000-2005, Betlehemi infrastruktuur ja turism tööstuse kahjustati. 2002. aastal oli see põhiline lahinguväljak operatsioon Defensive Shield, suur sõjaline vastulööke Iisraeli Kaitseväe (IDF). Vastuvõtu ajal IDF piiras Kiriku, kus kümned palestiinlased sõdurid olid varjupaika otsinud. Piiramine kestis 39 päeva. Mitmed sõdurid tapeti. See lõppes kokkuleppel põgeneda 13 soovitud sõdurid erinevatesse välisriikidesse.
Sünni kirik