1. oktoobril 2003 ühinesid kolm organisatsiooni ja moodustasid uue JAXA: Jaapani Kosmose- ja Astronautika Instituudi (ISAS), Jaapani Rahvusliku Kosmoselaboratooriumi (NAL) ja Jaapani Rahvusliku Kosmosearendusagentuuri (NASDA). JAXA moodustati sõltumatuks haldusasutuseks, mida haldasid Haridus-, Kultuur-, Sport-, Teadus- ja Tehnoloogia (MEXT) ja Siseministeerium ja Kommunikatsiooniministeerium (MIC). Enne ühinemist oli ISAS vastutav kosmose ja planeetide uurimise eest, samas kui NAL keskendus lennunduse uurimisele. NASDA, mis asutati 1. oktoobril 1969, oli välja töötanud rakette, satelliite ja ehitanud ka vana Jaapani eksperimendi mooduli. NASDA peakorter asub Tanegashima Kosmose keskuse praegusel asukohal, Tanegashima saarel, 115 kilomeetrit lõuna.
1. oktoober 2003