Uue treeneri Alfio Basile juhtimisel kutsuti Zanetti 7. veebruaril 2007 sõbralikuks mänguks Prantsusmaa vastu. Ta mängis suurepäraselt ja aitas Javier Saviola'l teha mängu ainus värava, mis andis Argentinale esimese võidu Basile'i teise juhtimise ajal. Samal aastal oli Zanetti Argentiina meeskonna asejuht 2007. aasta Copa América's.
, 1999 ja 2004. aasta turniiril, jõudes oma teisele järjestikusele Copa América finaalile.