Lamarck hakkas huvi tundma looduse ajaloo vastu ja otsustas õppida meditsiini. Ta lahkus armeest pärast vigastust 1766. aastal ja pöördus tagasi oma meditsiinilistele õpingutele. Lamarckil tekkis eriline huvi botaanika vastu ja hiljem, pärast seda, kui ta avaldas kolme köitega teose Flore françoise (1778), sai ta 1779. aastal Prantsuse Teaduste Akadeemia liikmeks. Lamarck osales Jardin des Plantes'is ja nimetati 1788. aastal botaanika juhatuseks. Kui Prantsuse Rahvusassamblee asutas 1793. aastal Muséum national d'Histoire naturelle'i, sai Lamarckist loomaarstuse professor. Küsimus: Mida tegi Lamarck pärast armeest lahkumist?
Ta läks tagasi oma meditsiinilistele õpingutele.