Teise maailmasõja puhkemisel oli Jauer staabiohvitser ja rügemendi komandör. 1943. aasta aprillis määrati ta 20. motoriseeritud jalaväe ja 20. pansergranaadierdivisjoni komandöriks ning osales Kamenets-Podolsky tasku lahingus. Seejärel juhtis ta 25. panserdivisjoni Kiievi lahingus.
- Jah. 12. märtsil 1945 võttis ta üle "Panzer Corps Großdeutschland" juhtimise, millega ta alistus.