1864. aasta veebruaris kinkisid Warreni kodanikud talle mõõga, vöö, vööriist ja muid varustusi. Peterburi lahingus 15. juunil 1864 sai ta raskelt haavatud ja viidi Chesapeake'i haiglasse Hamptonis, Virginia osariigis. Oktoobris 1864 edutati ta oma brigaadi ja diviisjoni komandöride soovitusel kolonelli auastmele ja määrati 37. Ameerika Ühendriikide värvilise jalaväe juhtimisele. Ta võttis juhtimise üle 10. novembril 1864. Olles eraldatud James'i armeest, liitus ta kindralmajor Benjamin F. Butleri ekspeditsiooniga Fort Fisheri vastu Põhja-Carolinas, osaledes ka teisel ekspeditsioonil
Major General Alfred H. Terry juhtimisel ja võitles kindluse vallutamisel. Ta võitles kõikides järgnevates sõjategevustes Põhja-Carolinas kuni kindral Joseph Johnstoni armee alistumiseni kindral William T. Shermanile Põhja-Carolinas Raleighis aprilli lõpus 1865.