1900. aastal edutati Ōkubo kindralleitnandiks ja sõjaväelise väljaõppe peadirektoraadi personaliülemaks. 1902. aasta mais sai temast IJA 6. jalaväedivisiooni komandör. Vene-Jaapani sõja ajal oli IJA 6. jalaväedivisioon Jaapani teise armee juures, kuid pärast Shaho lahingut
oli üle kantud Jaapani neljandale armeele enne Mukdeni lahingut. Pärast sõda pälvis ta 1. klassi tõuseva päikese ordeni ja 2. klassi kuldse tuule ordeni. 1906. aasta juulis saadeti ta IJA 3. diviisi juhtimiseks ja 1907. aasta septembris tõsteti ta "kazoku" härraskonnale "danshaku" (parun) tiitliga.