Frederiksberg asutati, kui kuningas Christian III kolis 20 Hollandi perekonda Amagerist piirkonda, mis sai tuntuks kui "Ny Hollænderbyen" ("Uus Hollandi linn") või Ny Amager ("Uus Hollandi linn"). Selle kogukonna elanikud ehitasid 1653. aastal väikese puidust kiriku praeguse Frederiksbergi kiriku vastas, umbes seal, kus täna asub Storm P. Muuseum. Rootsi väed põletasid selle 1658. aastal Kopenhaageni rünnaku ajal.
Teises Põhja sõjas. Pärast sõda pöördus hollandi kogukond piirkonda tagasi, kuid sügava vaesuse tõttu ehitati uus kirik alles aastal 1681.