1798. aastal nimetas Jourdan ta vaatlusarmee peastaabiks. Ernouf oli vaatlusarmeega, kui see ületas Reini jõe, mida Briti ajaloolased on nimetanud Campo Formio lepingu rikkumiseks, mille tulemuseks oli Teise koalitsiooni sõda. 2. märtsil nimetati armee ümber Doonau armee ja see marssis Ülem-Svaabiasse, kus ta kohtus 21. märtsil Ostrahhi juures ja 25. märtsil Stockahi juures pealiku Karl Habsburgi väega. Mõlemas lahingus Habsburgide vägi, mis oli Prantsuse väest kolm korda ja kaks korda suurem, ületasid Prantsuse liinid; armee komandör Jourdan ei suutnud oma vägesid piisavalt koondada, et Habsburgide vägedele vastu panna, ja ta läks märtsi lõpus tagasi Mustasse Metsasse. Ernouf võttis üle Doonau armee juhtimise, samal ajal kui Jourdan naasis Pariisi, et taotleda rohkem sõdureid. Ta asendati Doonau armee komandörina André Massénaga ja teenis Massena staabiülemana 1799. aasta Šveitsi kampaanias, mille ajal ta nägi tegevust Zürichis ja Kesk-Šveitsis; ta oli taas Zürichis
Prantsuse võidu eest Aleksandr Rimski-Korsakovi vastu.