2018. aasta oktoobris kinnitati, et Nakagami jääb LCR Hondasse 2019. aasta MotoGP-i hooaja jaoks 2018. aasta spetsiifikaga masinale.
Peale oma meeskonnakaaslast Cal Crutchlow't. Hooaja esimesel poolel saavutas ta regulaarselt kümne parima koha, kuid Hollandi TT-s tekkinud raske õnnetus ja sellele järgnenud õlavigastus põhjustasid vormi languse. Ta otsustas oma hooaja pärast kodust Grand Prix't ennetähtaegselt lõpetada, et läbida operatsiooni kahjustatud õla parandamiseks ja taastumiseks enne 2020. aasta hooaega. Ta asendati viimasel kolmel raundil KTM-eksil Johann Zarcoga. Nakagami lõpetas hooaja 13. kohaga 74 punktiga, rohkem kui kahekordistades oma algaja hooaja.