Pärast seda, kui tähtkeskmängija Javi Martínez kolis FC Bayern Müncheni, kaotati Athletic 2012.-2013. aasta Euroopa Liiga rühmade etappist ja kaotati Copa del Rey.
Baski klubi "Eibar" poolt. Saastumise oht kestis kuni hooaja lõpuni ja "vana" San Mamés'i viimane liigasündmus lõppes kaotusega. Athletic kolis peagi uuele staadionile, kuigi see oli osaliselt valmis. Bielsa edendas noorest prantsuse kaitsjalt Aymeric Laporte'i, samas kui ründaja Fernando Llorente lõpetas tasuta ülekandmise Juventusesse.