27. juulil 2012 vahetati Scutaro koos sularahasummaga San Francisco Giants'ile mänguvaliku Charlie Culbersoni vastu. 8. augustil 2012 Buschi staadionil St. Louis Cardinals'i vastu mängus sõitis Scutaro karjääri kõrgeima seitsme jooksmisega, sealhulgas grand slami. Ta lõi regulaarsel hooajal.306, sealhulgas.362 Giantina, aidates Giantsil võita National League West tiitli. Talle anti NLCS MVP pärast NLCS rekordi võrdsustamist 14 löögiga ja samuti.500 löögiga (14 kahest 28) kuue löögiga ja nelja löögiga seitsme mängu seeria ajal kardinaalide vastu.
- Jah. 28. oktoobril 2012. aasta World Series'i neljanda mängu kümnendal inningil sõitis Scutaro Ryan Theriot'i võidujooksuks, kui Giants pühkis Detroit Tigersit.