Polüpeptiidi puhul on tavaks loetleda selle moodustavad aminohapete jäägid nii, nagu need esinevad amino- ja karboksüülhapete lõpust. Aminohapete jäägid on alati ühendatud peptiidide sidemetega. Proteiin, kuigi seda kasutatakse kõnekohaselt mis tahes polüpeptiidi kohta, viitab suurematele või täielikult funktsionaalsetele vormidele ja võib koosneda mitmest polüpeptiidketist, samuti ühest ketist. Proteiine saab modifitseerida ka mitte-peptiidide komponentide, näiteks sahhariidkettide ja lipiidide lisamiseks.
peptiidide sidemed