Järgmine populaarne akvaarium on biotoopide akvaarium. Biotoopide akvaarium on konkreetse looduskeskkonna kujundamine. Mõned kõige populaarsemad biotoobid on Amazonase ja Rio Negro jõgede magevee elupaigad, Malavi järve ja Tanganika järve Aafrika riftjärve keskkonnad ning Austraalia, Punase mere ja Kariibi mere soolaveekorallide korallriffid. Kalad, taimed, substraat, kivid, puit, korall ja mis tahes muu näitusele kuuluv komponent peaks täielikult vastama kohaliku looduskeskkonnale. Selliste keskkondade kujundamine võib olla väljakutse ja enamikul "tõelistel" biotoobidel on ainult mõned (kui mitte ainult üks) kala- ja selgrootutest liigid.
soolavee korallirifid