Novembris 1777 nimetas New Jerseys seadusandja Boudinot'i üheks oma delegatiks Teisele Kontinentaalkongressile.
- Jah. Tema kohustused komissarina takistasid teda osalemast, nii et 1778. aasta mais ta astus tagasi. Juuli alguses oli ta asendatud ja 7. juulil 1778 osales kongressil oma esimesel koosolekul. Delegaadina jätkas ta endiselt oma muret sõjavangide heaolu pärast. Tema esimene ametiaeg lõppes sel aastal.