Teise maailmasõja ajal pommitati loomaaeda kaks korda.
1941. aastal natsid ja 1944. aastal liitlased, kahjustades tugevalt infrastruktuuri ja tapes enamiku loomadest. Loomaaed kaotas seitse hektarit maad. 1941. aastal loomaaia pommitamist kirjeldati Winston Churchilli raamatus "Teine maailmasõda" ja Emir Kusturica 1995. aasta filmis "Underground". Teise maailmasõja okupatsiooni ajal loomaaia juhataja Miodrag Savković vahistati kohe uue kommunistliku võimu poolt ja lasti maha, kuigi tema vastu esitatud süüdistused ega tema puhkepaik ei ole teada.