Amer mängis juhtivat rolli sõjaväelises riigipöördes, mis kukutas kuningas Farouki aastal 1952 ja tõi generaal Muhammad Naguib ja kolonel Gamal Abdel Nasser võimule. Järgmisel aastal edutati Ameer otse majorist major-generaali, möödudes neljast sõjaväe auastmest, ja sai Egiptuse peastaabi ülemaks. Aastal 1956 nimetati Amer Egiptuse ja Süüria loodud ühise sõjaväejuhatuse ülemjuhatajaks. Ta juhtis ka Egiptuse vägesid nii Iisraeli kui ka liitlaste Briti-Prantsuse vägede vastu 1956. aasta Suezi sõjas.
- Jah. Pärast lahingute lõppu süüdistas Amer Nasserit tarbetu sõja provotseerimises ja süüdistas siis sõjaväge tulemuses. Nasseri esindajana Süürias vahistati ta 1961. aasta riigipöörde ajal mässuliste poolt ja saadeti tagasi Kairosse.