Ta jälitas Pompeiust Aleksandriasse, kus Pompeiust mõrvas endine Rooma ohvitser, kes teenis kuningas Ptolemaios XIII õukonnas. Seejärel sekkus Caesar Aleksandria kodusõda Ptolemaiose ja tema õe, naise ja kaasregendi kuninganna, vaarao Kleopatra VII vahel. Võib-olla oli see Ptolemaiose osa Pompeiuse mõrvas, mis viis keisri Kleopatra poolele; on öeldud, et ta nuttis, kui nägi Pompeiuse pead, mille talle kingitusena pakkus Ptolemaiose kamberlain Pothinus. Igatahes, Caesar püsis Aleksandria piiramises
Viimane võitis Ptolemaiose väed aastal 47 eKr Niili lahingus ja pani Kleopatra valitsejaks. 47 eKr. kevadel tähistasid Caesar ja Kleopatra oma võitu Aleksandria kodusõjas Niilus toimunud triumfideetriga. Kuningliku laevaga oli kaasas veel 400 laeva, mis tutvustasid Caesarile Egiptuse vaaraote luksuslikku eluviisi.