Al-Aqsa mošee on püha koht nii moslemite kui ka juutide jaoks, kuid moslemid kardavad, et koos ülejäänud Jeruusalemmaga annekteeritakse Al-Aqsa ja seda nõutakse Iisraeli poolt. See on olnud põletik konflikti ajal Iisraeli-Palestiina konflikti, vallandades Teise Intifada.
2000. aastal. Täna lubati mošees palvetada ainult palverändajad, kellel on Iisraeli isikutunnistus ja kes on 50-aastased või vanemad. Vastavalt sellele on palestiinlased väidetavalt Iisraeli sõduritele kive visanud ning mitmed palestiinlased on raskelt haavatud.