Täitke järgmine lause: Bourdais katsetati märkimisväärselt Toro Rosso meeskonnas talvel, kuigi ta oli ebakindel sõidu suunas uude aasta. 6. veebruaril 2009 kinnitati, et ta on Toro Rosso sõitja teiseks aastaks, partneriks on Šveitsi uustulnuk Sébastien Buemi. Vaatamata sellele, et ta lõpetas aasta kaks punkti
Austraalia Grand Prix'is ja Monako's oli Bourdais'il raske oma vähem kogenud meeskonnakaaslasega võistelda. Hispaanias tabas Bourdais Buemi autot, kui väljak püüdis vältida Jarno Trullit esimesel ringil, lõpetades nii sõitjate kui ka Buemi võistluse. Suurbritannia Grand Prix'l põrkas Bourdais McLareni sõitja Heikki Kovalaineniga, lõpetades taaskord mõlema võistluse. Saksamaa Grand Prix's tekkis tal mehaaniline rikke pärast kvalifitseerumist viimasena üle sekundi.