1933. aastal, pärast natside võimuvõitu, töötas Baeck juudi kogukonna kaitsmiseks Reichsvertretung der Deutschen Juden'i presidendina, mis oli Saksamaa juutide ühine organisatsioon aastatel 1933-1938. Pärast seda, kui Reichsvertretung novembri pogromis laiali läks,
, natsid kogusid nõukogu liikmed valitsuse kontrolli all Reichsvereinigung. Leo Baeck oli selle organisatsiooni president kuni tema väljasaatmiseni. 27. jaanuaril 1943 saadeti ta Theresienstadti koonduslaagrisse.