Peiper kohtus 4. veebruaril viimast korda Himmleriga tema ajutises peakorteris. Pärast seda võitles ta operatsioonis Lõunatuul. Tema üksus osales operatsioonis "Kevad ärkamine".
, mis ebaõnnestus. Kuigi Peiperi üksus põhjustas suurel hulgal ohvreid, kaotas ta oma agressiivse juhtimisviisi tõttu palju mehi. 1. mail, kui LSSAH oli sunnitud Austriasse, teavitati Peiperi mehi Hitleri surmast. 8. mail sai LSSAH käsu ületada Enns ja alistuda ameerika vägedele. Peale alistumise otsustas Peiper koju kõndida. Ameerika väed vahistasid ta 22. mail.