Martínez alustas 2013. ja 2014. aasta kampaaniat asendajate laua peal uue treeneri Pep Guardiola juhtimisel. 30. augustil 2013 sel aastal
2004. aasta UEFA Superkupi võistlusel võitis ta Chelsea vastu teise poolaja alguses väljakul ja tegi 2-2 võrdlusmängu lisatöö viimasel minutil, kui Baierid võitsid karistusvõitluse järel Prahas trofeed. Martínez lõpetas hooaja ühe väravaga 34 mängus.