Armee juhtimise ajal soovitas ta inimõiguste rühmituste, katoliku kiriku ja sõjaväe kokku toomist, et moodustada "lepituskomisjon", et teada saada, kus on "desaparecidos". Sellegipoolest kritiseeriti teda tugevalt repressioonide ja sõjaväe ebaseaduslike tegevuste kaitsmise eest.
sõjaväevalitsuse poolt, väidetavalt kaitses asjassepuutuvaid ohvitsere ja takistas tema eelkäija Martín Balza algatatud lepitusprotsessi. Brinzoni tõi kaasa täiendava vaidluse, kui selgus, et tema advokaat sel perioodil, Juan Enrique Torres Bande, oli neonazistliku New Triumph Party liige.