São Tomé ja Príncipe osales 2016. aasta Rio de Janeiros 7.-18. septembril toimunud suveparalümpiamängudel. Riigi osalemine Rio olümpiamängudel tähistas selle esmakordset osalemist nelja-aastases olümpiamängus, kuigi see oli 1996. aasta olümpiamängudest alates kuue korda olümpiamängudel osalenud. Delegatsioon koosnes ühe lühijooksja Alex Anjos'ist, kes valiti São Tomé ja Príncipe lipu kandjaks avamisseremoonial.
- Jah. Anjos diskvalifitseeriti meeste 100 meetri (T47) jooksust hilinemise tõttu ja ei jõudnud meeste 400 meetri (T47) jooksuse finaali, kuna ei suutnud piisavalt kiire ringeaega määrata.