1929. aastal abiellus Khomeini Teherani vaimuliku 16-aastase tütre Khadijeh Saqafiga. Nende abielu oli harmooniline ja õnnelik. Ta suri 2009. aastal. Neil oli seitse last, kuigi ainult viis elas lapsepõlve. Tema tütred abiellusid kõik kaupmeeste või vaimulike peredes ja mõlemad pojad astusid religioosse ellu.
Khadijeh Saqafi