Jefferson ei tahtnud sekkuda mingisse rahvusvahelisse konflikti, kuid uskus, et jõu kasutamine takistaks kõige paremini Barbary riike nõudmast edasist austust. Ta käskis USA mereväel tungida Vahemeresse, et kaitsta end Barbaria piraatide eest, alustades Esimest Barbaria sõda
- Jah. Administraatori algsed jõupingutused olid suuresti ebaefektiivsed ja 1803. aastal vallutas Tripoli fregati. 1804. aasta veebruaris juhtis leitnant Stephen Decatur edukat rünnakut Tripoli sadamasse, mis põletas "Philadelphia", muutes Decatur'ist rahvusliku kangelase. Jefferson ja noor Ameerika merevägi sundisid Tuneesi ja Alžeeri oma liitlust Tripoliga katkestama, mis lõpuks viis selle sõjast välja. Jefferson käskis ka viis Tripoli pommitamist, mis taastas mõneks ajaks rahu Vahemerel, kuigi Jefferson jätkas Barbary riikide maksmist kuni oma presidendiperioodi lõpuni.