Falcao jäi lihaste väsimuse tõttu 2013. aasta esimesest La Liga mängust ilma, kuid naasis 13. jaanuaril Real Zaragoza vastu toimunud teisel mängul, kus ta tegi karistuspunkti 2:0 võidu saavutamiseks. Copa del Rey esimese etapi ajal
18. jaanuaril võitis Falcao "Betis"i vastu veerandfinaalis 2-0 peaga. Ta sai 20. jaanuaril mängus lihasvigastuse, mille tõttu jäi ta kolmest mängust ilma, sealhulgas Copa del Rey veerandfinaali teisest mängust Betis'i vastu ja poolfinaali esimesest mängust Sevillaga. Falcao naasis teise mänguni ja tegi Sevilla vastu värava 2<unk>2 tasas, aidates Atléticol finaali jõuda 4<unk>3 kokkuvõttes. Falcao tegi 14. aprillil Granada vastu kahekordse värava, mis andis talle mugava 5:0 võidu. Teine värav tähistas Falcao karjääri 200. väravat (arvestades nii klubi kui ka riigi). Nädal hiljem tegi Falcao ainus värava 0<unk>1 võiduvõitluses Sevilla vastu Ramón Sánchez Pizjuán staadionil.