Pärast kolme täielikku hooaega Panthersi juures, vahetati ta 8. märtsil 2004 Calgary Flamesi poolt teise drafti valimise eest.
(kasutatakse David Boothi valimiseks). Esimese võimaluse korral Stanley Cup'i playoffis mängida jõudis Nilson finaali ja registreeris 11 punkti 26 playoff'i mängus. Ta mängis veel kolm aastat Calgarys.