Sellest ajast alates on Duanfang olnud Shaanxi provintsi kohtunik, haldusvolinik ja Shaanxi kuberneri agent. 1900. aastal, pärast Pekingi okupeerimist kaheksa riigi alliansi vägede poolt pärast Pekingi lahingut
Keisri naine Cixi ja Guangxu keiser põgenesid Shaanxi. Duanfang saadeti uue ametikoha, Henani provintsi haldusvoliniku ja seejärel Hubei kuberneri ametisse. 1902. aastal teenis Duanfang Liangjiang'i asetäitjana, pärast seda viidi ta üle Hunan'i kuberneri ametisse. Oma järjestikustes ametikohtades julgustas ta üliõpilasi õppima välismaal, tuntud kui valgustatud inimene, "keskse kogemusega välis- ja siseasjades".