Üle 1700 liiki puid ja teisi veresoonseid taimi on pargis kodustatud. Veel 170 liiki peetakse eksootilisteks liikideks ja ei ole kodustatud. Kaheksast dokumenteeritud küünlapuuri liikist katavad Lodgepole Pine'i metsad 80% kogu metsaalast. Teised küünlapuud, nagu Subalpine Fir, Engelmann Spruce, Rocky Mountain Douglas-fir ja Whitebark Pine, leiduvad kogu pargis laiali hajutatud põõsades. Alates 2007. aastast on valge küünla küünla ähvardatud seene, mida nimetatakse valge küünla blister rustikuks; see on aga enamasti piiratud metsadega põhja ja lääne poole. Yellowstone'is on umbes seitse protsenti valge küünla küünla liikidest mõjutatud seenega, võrreldes peaaegu täielikele infektsioonidele Montana põhjaosas.
Subalpiin, Engelmann Spruce, Rocky Mountain Douglas-fir ja Whitebark Pine