Kirjuta selle lõigu jätkamine - Alpha oli aktiivne Teise Tšetšeenia sõja ajal, mis algas 1999. aastal, samuti järgnenud mässul Põhja-Kaukaasias
- Jah. 2000. aasta Komsomolskoje lahingu ajal paigutati Vladimir Šamanovi föderaalvägede Lääne-grupi Alfa snaiperid, et püüda purustada Ruslan Gelajevi snaiperid külas. Üksuse veteranide sõnul viisid operatsioonid, milles Alpha osales, 2000. aastal Tšetšeenia komandöri Salman Radujevi vahistamiseni, 2001. aastal Tšetšeenia komandöri Arbi Barayevi tapmiseni, 2005. aastal Tšetšeenia separatistide presidendi Aslan Maskhadovi tapmiseni ja 2006. aastal välisriikide sõjaliste liidrite liidri Abu Hafsi tapmiseni Dagestanis. Pärast Tšetšeenias toimunud operatsioonide üleandmist kaitseministeeriumilt FSB-le 2001. aasta jaanuaris ja enne 2003. aastal alguse saanud "tsetsetseniseerimise" poliitikat osalesid Alfa liikmed (koos teiste Vene töötajatega ja Moskva-meelsete Tšetšeeni militsidega) vähemalt 10 segatud "kombineeritud erirühmas" (SSG), mida inimõiguste rühmitused ja välised vaatlejad pidasid surmamehedeks. Arvatakse, et SSG-d olid paljude "nimede/aadresside puhastamise" ("imeny/adressny zachistki") taga: tavaliselt öised rünnakud maskitud meeste poolt märkamata sõidukites, mille sihtmärgiks olid konkreetsed aktiivsed või endised mässuliste võitlejad, nende toetajad, nende sugulased või muud tsiviilisikud kas sunniviisilise kadumise või otsese kohtuvälise tapmise eesmärgil. 2005. aastal teatas Human Rights Watch, et kadumised on jõudnud inimsusevastase kuriteo tasemele ja et "Venemaal on üllatusväärne au olla maailma juhtiv riik sunniviisiliste kadumiste osas". Tšetšeenia UFSB moodustas ka kohaliku Alfa üksuse, mille rolli arvatakse olevat sarnane SSG-dele.