Ta asendati Ferraris Austria Gerhard Bergeriga ja ta kolis McLarenisse number kaks sõitjana, kaks korda ja praeguse maailmameistri Alain Prosti järel. McLaren ei olnud 1987. aastal nii konkurentsivõimeline kui oli olnud 1984.-1986. aastal, Prost lisades ainult kolm võitu oma loendisse (ja purustades Jackie Stewarti rekordi 27 Grand Prix'i võitu, mis oli tema 28. võit Portugali
) ja ei suutnud edukalt kaitsta oma juhtide meistrivõistlust. Rootslane sai ka edasised poodiumid ja Johansson lõpetas sõitjate meistrivõistluse kuuendana. Stefan Johanssoni positsiooni McLarenis pidasid paljud lihtsalt peatuse allkirjastamiseks meeskonna boss Ron Dennis, kes ei suutnud meelitada Ayrton Senna Lotusest, kuna tal oli leping kuni 1987. aasta lõpuni ja alati kavatses Brasiilia allkirjastada. Johansson lõpetas 1987. aasta Saksa Grand Prix'i kolmel ratasil, olles viimase ringi punkteerinud. Ta lõpetas ka Belgias Prost'i järel teisena ja lisas täiendavaid poodiumide lõpetusi Brasiilias, Hispaanias ja Jaapanis. Vaatamata 11 poodiumile kolme hooaja jooksul, oli Johansson ikka veel võitmatu ja teda ei tahtnud tippmeeskond (ta oli lootnud liituda Williams'iga 1988. aastal 1987 lahkuva maailmameistri Nelson Piqueti asendajana, kuid Williams allkirjastas selle asemel Riccardo Patrese'i). Ta naasis McLareni 1991i katsesõitjana, katsetades Honda V12 mootorit Jaapani Suzukas.