Kirjutage selle lõigu jätkamine - Ta nimetati ametisse märtsis 811 kaliif al-Amini poolt, asendades Hatim ibn Harthamah ibn A'yani. Kuid varsti pärast seda oli ta sunnitud võitlema kodusõja puhkemisega.
Al-Amini ja tema venna al-Ma'muni vahel, ja varsti oli tema jätkuv lojaalsus endisele asetanud ta vastuollu al-Sari ibn al-Hakami juhitud kohaliku "jundi" fraktsiooniga, kes eelistasid al-Ma'muni kui kaliifi tunnustamist. 812. aasta kevadel vahetasid "jundid" al-Ma'mun'i julgustusega avalikult oma truudust ja mässasid ning Jabir kukutati oma positsioonilt. Al-Ma'muni toetaja Abbad ibn Muhammad ibn Hayyan võttis seejärel üle Fustati, kuid teised Egiptuse osad jäid al-Aminile lojaalseks, kui valitses tema vastane Rabi'ah ibn Qays ibn Zubayr al-Jurashi.