Doherty alustas 2012/13 hooaega kaotades 4<unk>5 Stuart Binghamile Wuxi klassika teisel voorus ja 3<unk>5 Martin Gouldile Austraalia Goldfields Open'i esimesel voorus.
.&lt;ref name="2012/13"&gt;&lt;/ref&gt; Lõpuks kogus ta oma karjääri esimese ametliku 147 pausi 2012. aasta Paul Hunter Classic'i väiksema klassi mängus Saksamaal Julian Treiberi vastu esimese vooru võidu ajal. Ta jõudis veerandfinaali, kaotades Mark Selby'le 0-4. Doherty võitis Shanghai Masters'i ja 2012. aasta Suurbritannia meistrivõistluse kvalifikatsioonis ning ei jõudnud Rahvusvahelise Meistrivõistluse wildcard'i vooru. Viiendal Euroopa Tour'i turniiril, Scottish Open'il, võitis ta Luca Breceli ja Ryan Day'i, et jõuda poolfinaali, kus ta kaotas Ding Junhui'le 2-4. Doherty kukkus Peter Lines'i poolt Saksa Meistrite turniiri esimeses voorus välja, kuid sai oma hooaja parima tulemuse Wales Openis. Ta võitis neljakordse maailmameistri John Higginsi 4x1 ja Tom Fordi 4x3, et jõuda veerandfinaali. Ta oli Stuart Binghami ees 2-0, kuid mitmed puuduvad pottid nägid, et Doherty kaotas oma enesekindluse ja ta kaotas 3-5. Tema eelnimetatud jooksus Scottish Open'i poolfinaali aitas tal lõpetada 16. koha PTC Ordin of Merit'is, et kvalifitseeruda üheks 26 parimatest mängijatest finaalidele, kuid ta kaotas esimeses voorus Kurt Maflinile 2 × 4. Doherty tõmbas peaaegu välja ühe oma kaubamärgi tagasipöördumise Matthew Selti vastu maailmameistrivõistluse kvalifikatsiooni viimases voorus, kui 4:9 alla ta tasandati 9:9-ga, kuid kaotas otsustava raami. Tulemus tähendas, et see oli esimene hooaeg, kus Doherty ei osalenud üheski snookeri Triple Crown'i turniiris. Doherty tõusis hooaja jooksul kaheksa koha võrra ja lõpetas maailma 27. kohal.