Lisaks meeskondade medalidele võitis Toni ka mitmed individuaalsed auhinnad: oma esimesel ajal Fiorentinaga võitis ta auhinna "Capocannoniere" (Serie A parim värava) hooajal 2005-06, kus ta tegi 31 väravat (kõige rohkem väravaid Serie A hooajal alates 1958. aastast).
), mis andis talle ka Euroopa kuldse kinga, muutudes esimeseks Itaalia mängijaks, kes selle auhinna võitis; ta oli ka liigi ühine parim värava tegija 2014./2015. aasta Serie A hooajal, kus ta sai 38-aastaselt vanimaks mängijaks, kes võitis auhinna, 22 eesmärgiga. Toni lõpetas ka 2007.-2008. aasta Bundesligas 24 väravaga ja 2007.-2008. aasta UEFA Cupis 10 väravaga.