Selle aja jooksul jätkas Pixar oma edukaid suhteid Walt Disney Animation Studios'iga, stuudioga, mille emaettevõte muutus lõpuks selle kõige olulisemaks partneriks. 1991. aasta alguses vähendas aga 30 töötaja vallandamine ettevõtte arvuti riistvara osakonnas, sealhulgas ettevõtte president Chuck Kolstad, töötajate koguarvu vaid 42-le, sisuliselt tema esialgsele arvule. Pixar sõlmis ajaloolise 26 miljoni dollari suuruse lepingu Disneyga, et toota kolm arvuti-animeeritud filmi, millest esimene oli Toy Story. Selle ajaks olid tarkvara programmeerijad, kes tegid RenderMan ja IceMan, ja Lasseter'i animatsioonide osakond, mis tegid kommertstelevisioonid (ja neli Luxo Jr. lühifilmi Sesame Street'i jaoks samal aastal), kõik, mis jäid Pixar'i omaks. Hoolimata sellest, et ettevõte jätkas nende projektide kogusummast ja Jobs'i juhtimisest, nagu ettevõtte esimees ja tegevjuht, vähendas ettevõtte president Chuck Kolstad, töötajate koguarvu vaid 42-le, sisuliselt tema esialgsele arvule.
Walt Disney Animation Studios