Hoolimata tagasihoidlikest tulemustest vallandati Baldini. 2011. aasta detsembriks oli klubil olnud neli treeneri alates 2009/10 hooajast. Klubi säilitas oma Serie B staatuse dramaatiliselt 2011/12 aastal. Pärast kehvat hooaega lõpetas Empoli 18. kohal, üks punkt ohutusest, mis tähendas langemismängu Vicenza vastu kahes etapis. Esimene mäng lõppes väravata, enne kui Vicenza oli teisel etapil 30 minutit enne lõppu 2 - 0. Kaks väravat kahe minutiga tasandasid aga "Azzuri" võidu, enne kui Massimo Maccarone veenis oma võidu neljandal minutil. 2012.-2013. aastal lõpetas klubi neljandal kohal, mis oli eelmise hooaja dramaatiline paranemine, kuid kaotas edutamise play-off'i finaali Livornole kahe jalga jooksul. Klubi sai järgmisel hooajal tagasi Serie A-sse, lõpetades Palermo teisena ja jäi kaks hooaega tippliigisse, lõpetades 15. aastal 2014 ja 10. aastal 2015.
- Jah. 2016./2017. aasta Serie A hooaja viimases mängupäeval oli Empoli Crotone'i ees allajäämise tsoonist ühe punkti võrra kõrgem, kuid langes lõpuks Serie B-sse pärast seda, kui nad ei suutnud võita Palermo, samas kui Crotone võitis Lazio. Pärast 2017/18 Serie B võitu tõstis Empoli kiiresti tagasi Serie A, pärast seda, kui võitis Serie B 28. aprillil 2018, neli mängu ette. Serie A hooaja 2018./2019. aasta viimases mängupäeval oli Empoli ühe punkti võrra kõrgem allajäämise tsoonist enne Genoa, kuid lõpuks langes Serie B-sse pärast seda, kui nad olid Internazionale poolt lüüa saanud, samas kui Genoa mängis Fiorentinaga remis, mõlemad pooled lõpetasid sama arvu punktidega, kuid Genoval oli ühe võrra suurem väravavahe. Siiski lõpetas Empoli 2020.-2021. aasta Serie B hooaja esimesena, mis oli nende kolmas tiitli võistlusel oma ajaloos.