Kui Gates saatis ta kongressile ametlike saadetistega Saratogi lahingus saavutatud võidu kohta 1777. aastal, hoidis Wilkinson
Kontinentaalne Kongress ootas, kui ta isiklikke asju tegi. Kui ta lõpuks välja ilmus, kaunistas ta oma rolli võidus ja sai 6. novembril 1777 brevetit brigaadigeneraaliks (kuigi ta oli tol ajal vaid 20-aastane) ja nimetati uueks loodud sõjapidamiskomisjoniks. Edendamine kõrgemate kolonellidest põhjustas kontinentaalsete ohvitseride seas lärmi, eriti kuna Wilkinsoni kuulujutud näisid viitavat sellele, et ta oli osaleja Conway Cabalis, vandenõus George Washingtoni asendamiseks Horatio Gatesiga kontinentaalse armee ülemjuhatajana. Gatesil sai Wilkinsonist peagi küllalt ja noor ohvitser oli sunnitud 1778. aasta märtsis tagasi astuma. 29. juulil 1779 nimetas Kongress ta sõjaväe rõivaste pealiku ametisse, kuid ta astus tagasi 27. märtsil 1781 oma "töövõime puudumise" tõttu.