Kasvav arusaam 21. sajandil mereväe osakonna ees seisva muutva ohu kohta, mis kulmineerub terroristide pommitamisega.
Jemenis toimunud terrorirünnakud ja 11. septembri rünnakud viisid NCIS-i muutma 2002. aastal terrorismivastase hoiatuse keskuse mitme ohu hoiatuse keskuseks (MTAC).