Arhaea ja prokariootide klassifitseerimine on kiiresti liikuv ja vaieldav valdkond. Praeguste klassifitseerimissüsteemide eesmärk on organiseerida arhaea organismide rühmadesse, millel on ühised struktuurilised omadused ja ühised esivanemad. Need klassifitseerimised tuginevad suuresti ribosoomsete RNA geenide järjestuse kasutamisele organismide vaheliste suhete paljastamiseks (molekuli filogenetika).
Euryarchaeota ja Crenarchaeota