1999. aastal oli Anjouanis sisekonflikte ja 1. augustil sel aastal astus tagasi 80-aastane esimene president Foundi Abdallah Ibrahim, kes andis võimu üle riiklikule koordinaatorile Abe Saidile. Valitsus kukkus 9. augustil 2001 sõjaväe- ja mereväeohvitseride poolt riigipöörde käigus. Mohamed Bajouan tõusis peagi juhtima juhtivaks juntale, mis võttis üle ja kuu lõpuks oli ta riigi liider. Vaatamata kahe kuu jooksul toimunud katsetele vaenulike saartele, sealhulgas kolme Aafrika Liidu vahendatud läbirääkimistele leppimiseks, on see protsess enamasti lõpetatud, vähemalt teoreetiliselt.
1997. aasta