Manuel Baquedano sündis Santiago's, ratsaväe kolonel Fernando Baquedano ja Teresa González de Labra y Ros'i poeg. Ta õppis vaimuliku Juan Romo koolis ja Tšiili Rahvuslikus Instituudis. Sel ajal sai temast Federico Errázuriz ja Eusebio Lillo eluaegne sõber. Baquedano oli vaid 15-aastane ja veel koolis, kui Konföderatsiooni sõda
põgenesid. Ta põgenes kodust 1838. aasta juulis, et liituda sõjaväega. Ta osales Yungay lahingus 1839. aastal ja edutati 16-aastaselt leitnandiks.