1. detsembril 1943 määrati "Tsugaru" ümber Kolmandasse Lõuna ekspeditsioonilaevastiku. 24. märtsil 1944 läks ta Palaust kaevandama Balabaci väina Filipiinidel, pärast mida ta asus Balikpapanis Borneol. Üks selle missiooni kaevandustest on süüdi 1944. aasta juulis. 31. mail määrati "Tsugaru" operatsioonile "KON".
(Biagi abi), transpordis tugevdusi Zamboangast Mindanaole, et takistada Ameerika maandumist. 21. juunil, pärast Sorongist, Uus-Guineast lahkumist Halmahera saarele, torpeeris Hollandi kuningliku mereväe allveelaev "K-XIV" "Tsugaru", mis põhjustas tõsiseid kahjustusi. Pärast ajutisi parandusi püüdis ta jõuda Manilasse, kuid 29. juunil avastas Biaki lähedal laev, mis tulistas kuus torpeedot. Kaks tabasid "Tsugaru", mis uppus vähem kui 25 minutit hiljem, kaotades enamuse meeskonnast, kaasa arvatud kapten Nakatsu.