Mekonnen sai tuntuks kaheksateistkümneaastaselt, kui ta võitis hõbedamedaali 5000 meetris 1998. aasta Aafrika kergejõustiku meistrivõistlustel, lõpetades maailma meistri Daniel Komeni järel. Sellele järgnes kuld- ja meeskonna hõbedamedaal noorukite võistlusel ning individuaalne ja meeskonna pronssimedaal lühikeses võistluses 1999. aasta IAAF Maailmasõiduvõistlustel.
- Jah. Ta ütles, et suur osa oma edu on tänu abile, mida ta sai Haile Gebrselassie'lt, kes oli tema treeningpartner ja mentor. Ta kandis 3000 m distantsil Saksamaal Stuttgartis noormeestele maailma rekordi, kuid seda ei ratifitseeritud kunagi, sest ta ei läbinud rekordite jaoks vajalikke dopingukontrolle. Ta lõpetas 1999. aasta kergejõustiku maailmameistrivõistlustel 5000 m seitsmenda ja lõpetas aasta 1500 m kuldmedaliga 1999. aasta Aafrika Mängudel ja võit Cross Internacional de Venta de Baños'is. Ta lõi siseruumide maailmarekordi 8:09.66 Birminghamis veebruaris. Kuid Mekonnen võitis 2000. aasta IAAF Maailmas Cross Country meistrivõistlustel vaid kuuenda koha lühikeses võistluses. Ta esindas oma riiki 2000. aasta suveolümpiamängudel, lõpetades 1500 meetri poolfinaalis seitsmendana.