2002. aastal abiellus McCartney Heather Millsiga, endise modelli ja maa-miinide vastase kampaania eest võitlejaga. 2003. aastal sai paarist laps, Beatrice Milly, kelle nimi oli nime saanud Mills'i surnud ema ja ühe McCartney tädi auks. Nad lahutasid 2006. aasta aprillis ja lahutasid ägedalt 2008. aasta märtsis. 2004. aastal kommenteeris ta meedia vaenulikkust oma partnerite vastu: "British public ei meeldinud mulle, et ma loobusin Jane Asherist... Ma abiellusin [Lindaga], New Yorgi lahutatud lapsega, ja sel ajal ei meeldinud see neile".
2006. aasta