Kui Iniesta sai 2001. aastal Euroopa U-16 meistrivõistlusele, aitas ta Hispaanial võita UEFA Euroopa U-17 meistrivõistlust. Pärast seda, kui ta esindas oma riiki 2001. aastal Trinidadis ja Tobagos toimunud FIFA U-17 maailmameistrivõistlustel, oli ta meeskonnas, mis võitis järgmisel aastal UEFA Euroopa U-19 meistrivõistlust. Sellest ajast alates sai temast noorsoost treeneri Juan Santistebani regulaarne valik. 2003. aastal oli ta osa meeskonnast, mis jõudis FIFA Maailma Noorte Meistrivõistluse finaalile Araabia Ühendemiraatides ja nimetati FIFA All-Star'i meeskonda.
FIFA tähevõistkond