Pärast lõpetamist 1864. aasta septembris alustas Nietzsche Bonni ülikoolis teoloogia ja klassikalise filoloogia õpinguid, lootes saada ministriks. Lühikest aega sai ta koos Deussen'iga Burschenschaft Frankonia liikmeks. Pärast ühte semestri (ja oma ema viha peale) lõpetas ta teoloogilised õpingud ja kaotas oma usu. Nietzsche oli juba oma 1862. aasta essees "Fate and History" väitnud, et ajaloolised uuringud on kristluse kesksed õpetused diskrediteerinud, kuid David Straussi Jeesuse elu kohta näib ka noormehel olevat olnud sügav mõju. Lisaks mõjutas Ludwig Feuerbachi raamat "The Essence of Christianity" noort Nietzsche oma argumendiga, et inimesed on loodud Jumalalt, mitte vastupidi.
1864. aasta september