1783. aastal hävitas suur osa linnast maavärin ning Messina kultuurielu taastamiseks ja taaselustamiseks kulus aastakümneid. 1847. aastal oli see üks esimesi Itaalia linnu, kus puhkesid Risorgimento mässud. 1848. aastal mässus ta avalikult valitsenud Bourbonide vastu, kuid ta taas tugevalt maha surutud. Alles 1860. aastal, pärast Milazzo lahingut, okupeerisid Garibaldi väed linna. Üks Itaalia ühendamise peamisi isikuid, Giuseppe Mazzini, valiti 1866. aasta üldvalimistel Messina asepresidendiks. 16. novembril 1894 kahjustas linna teine vähem intensiivse maavärina. Maavärin hävitas linna peaaegu täielikult.
28. detsembri hommikul 1908. aastal toimus tsunami, mis tappis umbes 100 000 inimest ja hävitas enamuse iidsest arhitektuurist. Järgmisel aastal ehitati linn suurel määral uuesti üles.