Jokubaitis mängis Leedu eest 2016. aasta FIBA U16 Euroopa meistrivõistlustel Poolas. Ta kogus keskmiselt 10 punkti ja aitas oma meeskonnal võita hõbemedaali. Jokubaitis oli 2017. aasta FIBA 19aastaste maailmameistrivõistlustel noorim mängija
Egiptuses, keskmiselt 10 punkti ja 5,3 assistit mängu kohta kuuenda koha meeskonnale. 2018. aasta FIBA U18 Euroopa meistrivõistlustel Lätis saavutas ta keskmiselt 12,9 punkti ja 5,6 rebaundi mängu kohta, sest tema meeskond lõpetas viiendana. Jokubaitis viis Leedu 2019. aasta FIBA U-19 maailmameistrivõistlustel Kreekas neljandale kohale, kus ta kogus keskmiselt 11,3 punkti ja 5,6 assistit mängu kohta.