Dit het geleerdes van regoor die vasteland aangetrek en het tot 'n kulturele en akademiese sentrum ontwikkel. Met die begin van die Dertigjarige Oorlog in 1618 het die intellektuele en fiskale rykdom van die universiteit egter afgeneem. In 1622 is die destydse wêreldbekende Bibliotheca Palatina (die biblioteek van die universiteit) uit die Universiteitskatedraal gesteel en na Rome geneem. Die herboupogings daarna is deur die troepe van koning Lodewyk XIV verslaan, wat dit in 1693 byna heeltemal vernietig het. As gevolg van die laat Kontra-Reformasie het die Protestantse universiteit sy karakter verloor en is dit deur Matthäus Merian aangebied.
intellektuele en fiskale rykdom van die universiteit afgeneem