Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Gedurende die Nazi - Duitse besetting van Pole
In die Tweede Wêreldoorlog het Weigl se navorsing die aandag van die Nazi's getrek. Toe hulle Lviv beset het, het hulle hom beveel om 'n tifus-entstofproduksie-aanleg by sy Instituut op te rig. Weigl het 'n aantal Joodse vriende en kollegas by die produksie-aanleg aangestel. Ongeveer duisend mense het daar gewerk. Weigl het Poolse intellektuele, Jode en lede van die Poolse ondergrondse in diens geneem en beskerm. Baie van hierdie mense wat hy gehuur het, het hom gehelp met sy navorsing oor tifus en eksperimente met luise. Baie van sy Joodse metgeselle het hoofsaaklik gehelp om die luise te voed, en in ruil daarvoor het hulle kos, beskerming en dosisse entstof ontvang wanneer dit ten volle ontwikkel is. Sy entstowwe is in getto's in Lviv en Warskou, verskeie konsentrasiekampe en selfs sekere Gestapo - gevangenisse gesmokkel. Daar is beraam dat Weigl ongeveer 5000 lewens tydens die Nazi-heerskappy kon red. Sy instituut is later deur die Sowjetunie gesluit ná hul anti-Duitse aanval in 1944.