Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Die administrasie van president William J. Clinton het daarna gewerk om Soedan te isoleer. Gedurende die middel-1990's het dit 'n Front Line States-beleid van druk teen Khartoem ingestel met die hulp van Uganda, Ethiopië en Eritrea. Groeiende ontevredenheid oor Soedan se beleid en inligting oor terroristebedreigings wat op Amerikaners in Soedan gerig is, waarvan baie vals geblyk het, het daartoe gelei dat die Verenigde State in die lente van 1996 al die Amerikaners van die ambassade in Khartoem na die Amerikaanse ambassade in Nairobi verskuif het. Die ambassade in Khartoem het oop gebly, maar is beman deur Soedanees en af en toe Amerikaners wat van Kenia besoek het. Op aandrang van die Verenigde State het Soedan Osama bin Laden in Mei 1996 gedwing om die land te verlaat, maar Washington het nie hierdie ontwikkeling gevolg deur te probeer om bande met Soedan te verbeter nie. Die laagtepunt in betrekkinge het in Augustus 1998 gekom, net 'n paar dae ná die bomaanvalle op die Amerikaanse ambassades
in Dar es Salaam, Tanzanië, en Nairobi, Kenia, toe 'n Amerikaanse vlootskip kruisrakette teen 'n farmaseutiese fabriek in Khartoem afgevuur het op die twyfelagtige gronde dat dit verband hou met die vervaardiging van chemiese wapens.