Hy is op 20 Julie 1990 op 66-jarige ouderdom aan kanker oorlede in Yerevan, Armenië, en het hierdie laaste werk, Die Bekentenis, onvoltooid gelaat. Dit het in sy oorspronklike negatief as Parajanov: Die Laaste Lente (film), saamgestel deur sy goeie vriend Mikhail Vartanov in 1992 oorleef. Federico Fellini, Tonino Guerra, Francesco Rosi, Alberto Moravia, Giulietta Masina, Marcello Mastroianni en Bernardo Bertolucci was onder diegene wat in die openbaar oor sy dood getreur het. Hulle het 'n telegram na Rusland gestuur met die volgende verklaring: "Die wêreld van die teater het 'n towenaar verloor".
66 die