Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Met die nuwe afrigter Alfio Basile, is Zanetti op 7 Februarie 2007 opgeroep vir 'n vriendskaplike wedstryd teen Frankryk. Hy het briljant gespeel en Javier Saviola gehelp om die enigste doel van die wedstryd te behaal wat Argentinië die eerste oorwinning onder Basile se tweede bestuur gegee het. In dieselfde jaar was Zanetti adjunkkaptein van die Argentynse span vir die 2007 Copa América.
Hy het in die 1999 en 2004-uitgawes van die toernooi sy tweede agtereenvolgende Copa América-eindstryd bereik.