Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Courtois se lening aan Atlético is verleng tot die 2012-13 seisoen. Sy eerste wedstryd van die leningverlenging was teen die moederklub Chelsea in die 2012 UEFA Superbeker.
finale in Monaco, wat geëindig het met 'n 4-1 oorwinning vir Atlético Madrid. Later in die seisoen het Courtois 'n nuwe Atlético Madrid-rekord opgestel van 820 minute sonder om 'n doel in die Estadio Vicente Calderon te gee, wat geëindig het deur in 'n 1<unk>0-verlies aan Real Sociedad geslaan te word. Atlético het die 2013 Copa del Rey Finale bereik, en Courtois is aangewys as man van die wedstryd in 'n 2-1 oorwinning teen Real, die eerste keer dat Atlético hul stadsgenote in 14 jaar verslaan het.