Op 16 September 1939 is die kerk deur die Duitse leër gesluit
en die sendelinge-gang oorgeneem om as 'n pakhuis deur Duitse troepe en polisie gebruik te word. Die gebou is ontheilig, sy toerusting gesteel. Tydens hul onttrekking uit die stad het die terugtrekkende Duitse magte op 19 Januarie 1945 die gebou aan die brand gesteek, wat drie dae geduur het. Die inkomende Sowjet-troepe het artilleriegranate op die kerk afgevuur, wat die koepel erg beskadig het en 'n ander brand in die residensiële deel van die zolder veroorsaak het.