Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - In Julie 1239 is hy aangestel as keiserlike vikar-generaal in Lombardië, sowel as Generaal-Legaat in Romagna, en het Sardinië verlaat om nooit weer terug te keer nie. Hy het in dieselfde jaar aan sy vader se ekskommunikasie deelgeneem en 'n prominente rol gespeel in die oorlog tussen die keiser en die pous. In 1241 het hy deelgeneem aan die vang van 'n pouslike vloot by die Slag van Giglio
in die Tirreense See. Sy eerste suksesvolle stap as militêre leier was die herwinning van Jesi, in die Marke, wat Frederik se geboorteplek was. In Mei 1241 was hy in bevel van die magte wat die Genuaanse vloot by Meloria verslaan het, waar hy 'n groot hoeveelheid buit in beslag geneem het en 'n aantal geestelikes gevange geneem het wat op pad was na 'n raad wat deur Gregorius na Rome opgeroep is. Later is hy in 'n skermutseling teen die Milanese by Gorgonzola gevange geneem, maar gou vrygelaat. In 1245 of 1246 is sy huwelik ongeldig verklaar. In 1247 het hy deelgeneem aan die mislukte beleg van Parma en het voortgegaan om die Guelph Lombards te beveg, Reggio aangeval en 'n aanval in die omgewing van Parma uitgevoer.