Voltooi die volgende sin: Alpha was aktief tydens die Tweede Tsjetsjeense Oorlog wat in 1999 begin het, sowel as die daaropvolgende
Opstand in die Noord-Kaukasus. Tydens die Slag van Komsomolskoye in 2000 is Alpha-snipers wat aan Vladimir Shamanov se Wes-groep van federale magte gekoppel is, ontplooi in 'n poging om Ruslan Gelayev se snipers in die dorp te onderdruk. Volgens die eenheid se veterane het operasies waaraan Alpha deelgeneem het gelei tot die inhegtenisneming van die Tsjetsjeense bevelvoerder Salman Raduyev in 2000, die moord op die Tsjetsjeense bevelvoerder Arbi Barayev in 2001, die moord op die Tsjetsjeense separatistiese president Aslan Maskhadov in 2005 en die moord op die buitelandse militante leier Abu Hafs in Dagestan in 2006. Na die oordrag van verantwoordelikheid vir operasies in Tsjetsjenië van die Ministerie van Verdediging na die FSB in Januarie 2001, en voor die "Tsjetsjenisering" -beleid wat in 2003 begin het, het Alpha-lede (saam met die ander Russiese personeel en pro-Moskou Tsjetsjeense milities) deelgeneem aan ten minste 10 gemengde "gekombineerde spesiale groepe" (, SSG's), wat deur menseregtegroepe en eksterne waarnemers as doodseskaders beskou word. Daar word geglo dat die SSG's agter baie van die talle "naam/adres skoonmaak" ("imeny/adressny zachistki") was: gewoonlik nagtelike invloede deur gemaskerde mans in ongemerkte voertuie, wat spesifieke aktiewe of voormalige rebelle-stryders, hul ondersteuners, hul familielede of ander burgerlikes geteiken het vir óf gedwonge verdwyning óf regstreekse buitegeregtelike moord. In 2005 het Human Rights Watch verklaar dat die verdwynings die omvang van 'n misdaad teen die mensdom bereik het, en dat "Rusland die skandelike onderskeid het om 'n wêreldleier in gedwonge verdwynings te wees". Tsjetsjenië se UFSB het ook 'n plaaslike Alpha-eenheid gevorm, wat vermoedelik soortgelyk is aan die SSG's.