Baie nuwer klassifikasies probeer monofiletiese groepe aan te bied gebaseer op morfologiese (veral ultrastrukturele), biochemiese (chemotaxonomie) en DNA-volgorde (molekulêre navorsing) inligting. Daar is egter soms teenstrydighede tussen molekulêre en morfologiese ondersoeke; dit kan gekategoriseer word in twee tipes: (i) een morfologie, verskeie afstammings (bv. morfologiese konvergensie, kriptiese spesies) en (ii) een afstamming, verskeie morfologieë (bv. fenotipiese plastisiteit, verskeie lewensiklusstadia). Omdat die protiste as 'n geheel parafiletiese stels is, is dit dikwels makliker om die nuwe stelsel te verwerp of te verdeel, in plaas daarvan om die protiste groepe as afsonderlike eukotiese lyne te behandel.
nie monofileties nie