Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Rondom die vroeë 16de eeu, na die konstruksie van die Ribeira-paleis langs die Tajo-rivier, het die paleis van Alcáçova sy belang begin verloor. 'n Aardbewing wat in 1531 plaasgevind het, het die ou kasteel verder beskadig, wat verder bygedra het tot die verval en verwaarlosing daarvan. In 1569 het koning Sebastian die herbouing van die koninklike woonstelle in die kasteel beveel, met die bedoeling om dit as sy amptelike woning te gebruik. As deel van die heropbou het Filippo Terzi in 1577 een van die torings naby die hooffasade van die Loreto-kerk gesloop. Baie van die werke is egter nooit voltooi nie nadat die jong koning tydens die Slag van Alcácer Quibir vermoor is
Ek weet. Die daaropvolgende Portugese dinastiese krisis het die weg gebaan vir sestig jaar van Spaanse oorheersing en die kasteel is omskep in militêre kaserne en 'n gevangenis. Op 30 Desember 1642 is Teodósio de Frias die Jongere as meesterbouer aangestel om die werke voort te sit wat deur sy vader, Luís de Frias, en sy oupa, Teodósio de Frias, begin is. Dit was deel van 'n groter plan deur die Spaanse magte om die vesting weer in gebruik te neem.