Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Die einde van die burgeroorlog in die lente van 1865 het die Fenians 'n groot hupstoot gegee, as gevolg van die aantal Ierse-Amerikaanse soldate wat ontbind is en gretig is om diens elders te sien. Geld is in die Fenian-kas gestort; waarskynlik $500 000 is tussen 1860 en 1867 ingeteken. Daar was baie meningsverskille tussen O'Mahony en James Stephens en die Sentrale Raad oor die beleid wat gevolg moes word om hul doel te bereik, maar O'Mahony het 'n paar jaar lank president van die organisasie gebly. Hy het nie persoonlik aan die poging tot opstand in Ierland of aan die invalle op Kanada deelgeneem nie
, hoewel sy raad baie in hierdie ondernemings tel.