Alhoewel water vermoedelik diep in die atmosfeer voorkom, is sy direk gemeet konsentrasie baie laag. Die stikstof-, swael- en edelgase in die atmosfeer van Jupiter oorskry sonwaardes met 'n faktor van ongeveer drie. Die atmosfeer van Jupiter het nie 'n duidelike onderste grens nie en gaan geleidelik oor na die binnekant van die planeet. Van laagste tot hoogste, is die atmosferiese lae die troposfeer, stratosfeer, BA en exosfeer. Elke laag het kenmerkende temperatuurgradiënte.
twee of drie Aarde