Voltooi die volgende sin: Op 9 Februarie 1995, is Desjardins verruil na die Philadelphia Flyers saam met John LeClair en Gilbert Dionne in ruil vir Mark Recchi en 'n 3de ronde keuse in die
1995 NHL Inskrywing Draft (Martin Hohenberger). Hy is ingebring om die verdediging van die Flyers te versterk en dit het hy gedoen toe hy die eerste van sewe Barry Ashbee-trofeë gewen het, 'n toekenning wat jaarliks aan die Flyers se beste blau-liner gegee word. Hy het die res van sy loopbaan by die Flyers gespeel en twee keer in die NHL se tweede span All-Star-seleksie (1999, 2000) en nog twee keer in die All-Star Game (1996, 2000) gespeel. Sy 396 punte met die Flyers is die tweede plek onder verdedigers, net agter Mark Howe se 480 in die span se geskiedenis. Gedurende die 1999-2000 seisoen het Desjardins die Flyers-kaptein geword nadat Eric Lindros van die kapteinskap ontneem is weens sy klagtes oor die mediese personeel van die Flyers.