Voltooi die volgende sin: Niyonkuru se debuut by 'n internasionale kompetisie was by die 2005 IAAF Wêreldkruisveldkampioenskappe. Hy het in die junior manswedloop deelgeneem en die 33ste plek uit 133 atlete behaal in 'n tyd van 25 minute en 32 sekondes. Op die 2005 Jeux de la Francophonie het Niyonkuru in die 10.000 meter deelgeneem. Niyonkuru het vierde geëindig in 'n tyd van 29 minute en 18.08 sekondes, net 0.03 sekondes agter die silwermedaljewenner, die Marokkaanse Abderrahim Goumri. Niyonkuru het daarna deelgeneem aan die 2006 Wêreld Jeugkampioenskappe. Hy het vyfde geëindig in die 10.000 meter in 'n tyd van 28 minute en 59,92 sekondes. Hy was 6,63 sekondes agter die wedren se wenner, Ibrahim Jeilan van Ethiopië. In 2007 het Niyonkuru deelgeneem aan die 2007 Wêreldkampioenskappe in die junior manswedloop. Hy het 13de geëindig in 24 minute en 56 sekondes. Hy het 49 sekondes agter die Keniaanse goue medaljewenner, Asbel Kiprop, geëindig. Op die 2009 Wêreldkampioenskap vir Militêre Atletiek het Niyonkuru die silwermedalje in die 10.000 meter gewen. Sy tyd van 29 minute en 37.14 sekondes was 23.67 sekondes agter die goue medaljewenner, Essa Ismail Rashed van Katar. Niyonkuru was 4,97 sekondes voor die bronsmedaljewenner, die Tunisiër El Akhdar Hachani. Niyonkuru het die 2015 Auray-Vannes Halfmarathon gewen in 'n tyd van een uur, drie minute en twintig sekondes. Op die 2016 Somer Olimpiese Spele het Niyonkuru in die
mans se marathon op 21 Augustus 2016, maar het nie die wedloop voltooi nie. In 2017 het hy deelgeneem aan die mans se marathon by die 2017 Wêreldkampioenskappe in Atletiek, en die 71ste plek behaal in 2:42:27.