In Januarie 1964 het daar 'n opstand plaasgevind by die militêre kaserne by Jinja, Uganda se tweede stad en die tuiste van die 1ste Bataljon van die Ugandese leër. Daar was soortgelyke opstande in twee ander Oos-Afrikaanse state; al drie lande het die steun van troepe van die Britse leër versoek. Voordat hulle daar aangekom het, het Obote egter sy minister van verdediging, Felix Onama, gestuur om met die opstandelinge te onderhandel. Onama is as gyselaar gehou en het ingestem tot baie eise, insluitend aansienlike salarisverhogings vir die leër en die vinnige bevordering van baie beamptes, insluitend die toekomstige president.
het die grondwet opgeskort en homself in Maart 1966 tot president verklaar,