Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Na die Duitse inval in Pole, wat die Tweede Wêreldoorlog in September 1939 begin het, het die "SS-Totenkopf-Standarte Brandenburg" die dorp binnegekom om verskeie misdade teen die bevolking te pleeg. Reeds laat in September 1939 het die Duitsers Poolse gyselaars uit Kłodawa in die nabygeleë Rzuchów-woud vermoor, en een van die voor-oorlogse burgemeesters, Władysław Zalewski, is in November 1939 in Środa Wielkopolska vermoor. Gedurende die besetting deur Nazi-Duitsland
, is die dorp herdoop tot "Tonningen" (1940<unk>1945). Reeds in 1940 is die Poolse ondergrondse weerstandsbeweging in die dorp gevorm, en daar is ook geheime Poolse skole georganiseer. In 1941 is meer as 1 500 Kłodawiese Jode deur die Nazi-Duitsers in die Chełmno-vernietigingskamp vermoor. In 1943 het die Duitsers party van die plaaslike Poolse weerstandslede in hegtenis geneem, wat toe tot die dood of gevangenisstraf gevonnis is. Die Kłodawa-parochiepriester, pater Teofil Choynowski, is in 1943 in die Dachau-konsentrasiekamp doodgemaak. Kłodawa is uiteindelik op 19 Januarie 1945 deur die Rooi Leër bevry en aan Pole teruggegee.