Die Tweede Wêreldoorlog het weer Bogatyrets se nasionale verbintenisse uitgedaag, wat hom gelei het om die hereniging met die Russies-Ortodokse Kerk te ondersteun. Hy het in Sowjet-gebied gebly ná die besetting van die noorde van Bukovina
maar is uiteindelik in ballingskap gedwing. Hy het tot 1941 in Nazi-Duitsland en Roemenië gewoon, toe die Duitse inval hom toegelaat het om terug te keer na Cernăuți (Chernivtsi). Hy het drie jaar lank metropoliet Tit Simedrea bygestaan en die effektiewe leierskap van die bisdom oorgeneem toe Simedrea Boekowina verlaat het. Hy het einde 1944 by die Oekraïense Eksarkat aangesluit en die Sowjets terug verwelkom, maar is vanaf 1949 gemarginaliseer. Sy laaste werk was as 'n historiograaf van die plaaslike kerk deur sy verskillende administratiewe avatars.