Hernández, wat bekend is vir sy lang blonde hare, nommer 15-trui en die bynaam "El Matador", het sy eerste internasionale wedstryd teen Uruguay op 1 Februarie 1995 gespeel. Hernández het sy eerste internasionale doel op 16 November 1995 teen Joego-Slawië aangeteken. Hernández het bekendheid verwerf tydens die 1997 Copa América
, waar hy ses doele aangeteken het en die toernooi se voorste doelskieter geword het. By die 1998 FIFA Wêreldbeker-toernooi het hy met vier doele onder die topscorer van die kompetisie geëindig en die eerste Mexikaanse speler geword wat meer as twee doele in die geskiedenis van die Wêreldbeker-toernooi aangeteken het. Die 35 doele wat hy vir Mexiko aangeteken het, maak hom saam met Carlos Hermosillo agter Cuauhtémoc Blanco (39 doele), Jared Borgetti (46 doele) en Javier Hernandez (51 doele) as die land se vierde hoogste alledaagse voorste doelskieter.