Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Met die skepping van die Cisalpine Republiek onder Napoleontiese besetting, is Giovanni aangewys as een van die direkteure van die nuwe regering. Maar 'n geskil met generaal Brune het tot sy ontslag gelei. Met die terugkeer van die Habsburgse regering is hy in die fort van Cattaro gevange geneem. Ná die Slag van Marengo
, en die nederlaag van die Oostenrykers, is hy teruggeroep na die regering. Hy het 'n verskeidenheid poste beklee, waaronder president van die Senaat in die jare 1809, 1811 en 1812. Hy het Napoleon se doelwitte ondersteun om die titel van koning van Italië te eis, en as beloning is hy 'n graafskap toegeken, en toekennings van die Ysterkroon en Legioen van Eer. Hy het onsuksesvol lobbywerk gedoen om Eugène de Beauharnais as koning van die Noord-Italiaanse republiek te laat benoem. Met Napoleon se val was sy hoofinkomste die onderrig van wiskunde.