Voltooi die volgende sin: Litaue het sy onafhanklikheid verloor en is geleidelik in 'n Sowjet - sosialistiese republiek omskep. Terselfdertyd is die Litouwse leër geleidelik omskep in eenhede van die Rooi Leër. Die werk by die militêre akademie het opgehou toe die mans na hul eenhede teruggeroep is, maar Raštikis is nie toegelaat om af te tree nie. Hy is toegewys aan die 29ste Geweerkorps en aangestel as adjunkvoorsitter van die kommissie wat verantwoordelik was vir die likwidasie van die Litaus-militêre. Hy is eers op 20 Desember uit aktiewe diens ontslaan. Op 13 Februarie 1941 het Raštikis sy vrou en drie jong dogters in Kaunas gelos en na Duitsland vertrek uit vrees dat hy deur die NKVD as 'n "vyand van die volk" in hegtenis geneem sou word. Dit was die laaste keer dat hy sy dogters gesien het wat
in Junie na Siberië gedeporteer. Hy het gedurende die nag van 19 Maart die grens oorgesteek en is goed ontvang deur die Duitsers. Met die hulp van verskeie Litaue het hy hom in Berlyn gevestig. Daar het hy by Kazys Škirpa aangesluit in die organisering van die Litouwse Aktivistiese Front (LAF). In die besonder het hy die statuut van LAF geredigeer en planne opgestel om Litaue te bevry.