Saleh is gebore in die dorp Hafir Meshou, noord van Dongola. Hy het die Al-Hafir-laerskool bygewoon, en later na die Al-Barqeeq-sentrale skool verhuis om sy Mediterreense onderwys te ontvang. Hy het van 1964 tot 1968 aan die Dongola-sekondêre skool gestudeer. Hy het in 1973 aan die Soedanese Militêre Akademie met die rang van luitenant gegradueer. Hy het gedien as die bevelvoerder van die Spesiale Magte van 1985 tot 1987 en weer van 1988 tot 1989. As 'n legio-offisier het Saleh aan die militêre opstand van Junie 1989 deelgeneem wat Omar al-Bashir aan bewind gebring het, en hy het gedien as 'n lid van die Revolusionêre Kommando-raad vir Nasionale Redding, wat Soedan ná die staatsgreep regeer het. Saleh het prominente posisies in die Soedanese veiligheidsagentskappe beklee. Hy was direkteur van die Nasionale Veiligheidsdiens van 1990 tot 1995, Minister van Binnelandse Sake van 1995 tot 1998, Eerste Minister van 1998
Eerste vise-president