Suid-Soedan het sy onafhanklikheid van Soedan in 2011 verkry, maar die Suid-Soedanese Burgeroorlog het dit moeilik gemaak vir die land om die steun van vyf sportfederasies te kry wat nodig is vir sy Nasionale Olimpiese Komitee om erkenning te kry deur die Internasionale Olimpiese Komitee. Guor Marial, 'n Suid-Soedanese vlugteling wat in die Verenigde State woon, het aan die mans se marathon by die 2012 Somer Olimpiese Spele deelgeneem
, maar het dit gedoen as 'n Onafhanklike Olimpiese Atleet nadat hy geweier het om vir Soedan mee te ding. Suid-Soedan het in Augustus 2015 die 206ste IOK-lid geword, met die affiliasies van atletiek, basketbal, sokker, handbal, judo, tafeltennis en taekwondo. Die nasie het Marial as sy vlagdraer gekies vir die opening- en sluitingseremonies.