Voltooi die volgende sin: In hul eerste seisoen terug in Serie A, het die klub egter gesukkel om aftrede te vermy, en het slegs die oorlewing op die laaste dag van die seisoen op kop-aan-kop-rekord teen Bologna en Parma verseker. In 2005 het Della Valle besluit om Pantaleo Corvino as nuwe sportdirekteur aan te stel, gevolg deur die aanstelling van Cesare Prandelli as hoofafrigter in die volgende seisoen. Die klub het gedurende die somer-oordragmark verskeie handtekeninge gemaak, veral Luca Toni en Sébastien Frey. Hierdie drastiese skuif het hulle 'n vierde plek met 74 punte en 'n Kampioeneliga-kwalifiserende ronde-kaartjie verdien. Toni het 31 doele in 38 wedstryde aangeteken, die eerste speler wat die 30-doelwit-punt oorskry sedert Antonio Valentin Angelillo in die
1958/59 seisoen, waarvoor hy die Europese Goue Skoen toegeken is. Op 14 Julie 2006 is Fiorentina egter na Serie B afgedank weens hul betrokkenheid by die 2006 Serie A-wedstryd vasmaak skandaal en is 'n 12-punte boete gegee. Die span is na appèl in die Serie A herinstalleer, maar met 'n 19-punte straf vir die 2006-07 seisoen. Die span se 2006/07 Champions League-plek is ook herroep. Na die aanvang van die seisoen is Fiorentina se straf van 19 punte tot 15 verminder na appèl by die Italiaanse howe. Ten spyte van hierdie straf het hulle daarin geslaag om 'n plek in die UEFA-beker te verseker.