Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Neill is tot luitenant-kolonel bevorder tydens sy deelname aan die beleg van Béxar, en 10 dae later het Houston hom in beheer van die Texian-garnison in die stad geplaas. In Januarie het inwoners begin ontruim voor Santa Anna se naderende magte. Neill het Houston gesmeek om troepe, voorrade en wapens aan te vul. Die vertrek van die Texiane wat by die Matamoros-ekspedisie aangesluit het, het Neill met slegs ongeveer 100 mans agtergelaat. Op daardie stadium het Houston Béxar as 'n militêre aanspreeklikheid beskou en wou hy nie hê dat Santa Anna se opkomende leër beheer oor enige oorblywende soldate of artillerie verkry nie. Hy het Bowie gestuur met instruksies om die artillerie te verwyder, die verdedigers die Alamo-missie te laat vaar
en vernietig dit. By sy aankoms op 19 Januarie en daaropvolgende besprekings met Neill, het Bowie besluit dat die missie die regte plek was om die Mexikaanse leër in sy spore te stop. Hy het gebly en Neill begin help om voor te berei vir die komende aanval. Luitenant-kolonel William B. Travis het op 3 Februarie met versterkings aangekom. Toe Neill op 11 Februarie verlof gekry het om na familiekwessies om te sien, het Travis die bevel van die missie aanvaar, en drie dae later het hy en Bowie ingestem om 'n gesamentlike bevel te hê. Santa Anna het op 16 Februarie die Rio Grande oorgesteek, en die Mexikaanse leër se aanval op die Alamo het op 23 Februarie begin. Kaptein Juan Seguín het die missie op 25 Februarie verlaat, met 'n brief van Travis aan Fannin by Goliad wat meer versterkings versoek. Santa Anna het 'n aanbod van amnestie aan Tejanos binne die vesting gemaak; 'n nie-stryder oorlewende, Enrique Esparza, het gesê dat die meeste Tejanos vertrek het toe Bowie hulle aangeraai het om die aanbod te aanvaar. In reaksie op Travis se brief van 24 Februarie aan die mense van Texas, het 32 vrywilligers van die milisie die Gonzales Ranging Company of Mounted Volunteers gevorm en op 29 Februarie by die Alamo aangekom.