Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Löhr het generaal der Pioniere Walter Kuntze op 3 Julie 1942 opgevolg as bevelvoerder van die 12de leër. Hy is op 1 Augustus 1942 tot bevelvoerder van die Wehrmacht in Suidoos-Europa aangestel, en vanaf 28 Desember 1942 is hierdie posisie weer aangewys as opperbevelvoerder in Suidoos-Europa. Die magte onder sy bevel is ook aangewys as Army Group E, en hy is aangestel as bevelvoerder. In hierdie rol het Löhr al die ondergeskikte bevelvoerders in Suidoos-Europa beheer, insluitend die bevelvoerende generaal in Serwië (Paul Bader), die militêre bevelvoerder in die Salonika-Egeïese gebied, die militêre bevelvoerder in Suid-Griekeland, die bevelvoerder van Kreta, die vlootbevelvoerder in die Egeïese See, die Duitse volmagtige generaal in die Onafhanklike Staat Kroasië, die bevelvoerende generaal van Duitse troepe in Kroasië en die militêre attaché in Sofia, Bulgarye. Löhr het die vierde en vyfde aanvalle georganiseer
teen Joego-Slawiese Partisane in 1943, waartydens die meeste van diegene wat gevange geneem is, insluitende die gewondes, ter plaatse vermoor is. As Hoofbevelvoerder van Army Group E, het Löhr die Dodekanese veldtog toesig gehou. Op 26 Augustus 1944, met die Geallieerdes wat op drie fronte op Duitsland aangedryf het, het Hitler Löhr beveel om Army Group E uit Griekeland te begin ontruim en noordwaarts te beweeg om die vaderland te verdedig.