Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Op 28 Augustus 1941, meer as twee maande nadat Operasie Barbarossa, die Duitse inval in die Sowjetunie, begin het, is Pukhov beveel om die bevelvoerder van die 304ste Geweerdivisie van die 38ste Leër te vervang; dit was sy eerste veldbevel sedert die geweerregiment ongeveer 15 jaar vroeër. Aan die begin van September is dit na die Kozelshchyna-gebied oorgeplaas, waar dit tot 17 September swaar verliese gely het in swaar verdedigingsgevegte, wat oos na die gebied van Sanzhery, Reshetylivka en Poltava teruggetrek het. Die 304ste het dan in Oktober in die Donbass-verdedigingsoperasie geveg, en is toe teruggetrek na die reserwe in die Snezhny Kut-gebied. Pukhov het hierdie posisie beklee tot 20 Januarie 1942, toe hy die bevel van die 13de leër gekry het, wat hy tot middel 1946 beklee het. Tot die middel van 1942 het die leër, deel van die Bryansk-front, verdedigingsposisies op die lyn van Skorodnoye en Kolpny gehou. Die leër het in die Slag van Voronezh geveg
in die middel van 1942 en die Voronezh-Kastornensk-offensiewe operasie in die vroeë 1943. Op 14 Februarie, ná laasgenoemde, is Pukhov bevorder tot luitenant-generaal. Tydens die Slag van Koersk in Julie het die leër, wat posisies aan die noordelike kant van die Koersk-uitstalling beklee het, ses dae van Duitse aanvalle in hewige gevegte afgeslaan, 'n Duitse deurbraak voorkom en die Duitse vooruitgang tot 10 tot 12 kilometer beperk. Toe die Sowjet-troepe oorgeskakel het na die aanval nadat hulle die Duitse leër beslissend verslaan het, het die 13de leër in Operasie Kutuzov geveg.