Japan het nege bos-ekoregio's wat die klimaat en geografie van die eilande weerspieël. Hulle wissel van subtropiese vogtige breëblaarwoude in die Ryukyu- en Bonin-eilande, tot gematigde breëblaar- en gemengde woude in die gematigde klimaatstreke van die hoofeilande, tot gematigde naaldbosse in die koue, wintergedeeltes van die noordelike eilande. Japan het meer as 90,000 spesies wildlewe, insluitend die bruinbeer, die Japannese makakkie, die Japannese wasbeerhond, die groot Japannese veldmuis en die Japannese reuse-salamander. 'n Groot netwerk van nasionale parke is gestig om belangrike gebiede van flora en fauna sowel as 37 Ramsar-vleilandterreine te beskerm. Vier terreine is op die UNESCO-wêrelderfenislys ingeskryf vir hul uitstekende natuurlike waarde.
die Ryūkyū- en Bonin-eilande