Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Die Slag van Alcácer Quibir in 1578 het die dood van die jong koning Sebastian gesien. Sebastian se ou oom en opvolger, kardinaal Henry, was toe 66 jaar oud. Hendrik se dood is gevolg deur 'n opvolgingskrisis, met drie kleinkinders van Manuel I wat die troon geëis het: Infanta Catarina, hertogin van Braganza (getroud met John, 6de hertog van Braganza), António, priori van Crato, en koning Filippus II van Spanje. António is op 24 Julie 1580 deur die mense van Santarém, en daarna in baie stede en dorpe regoor die land, as Koning van Portugal geprys. Party lede van die Raad van Goewerneurs van Portugal wat Filippus ondersteun het, het na Spanje gevlug en hom as die wettige opvolger van Hendrik verklaar. Filippus het na Portugal geloop en die troepe wat lojaal was aan die Prior van Crato in die Slag van Alcântara verslaan
Ek weet. Die troepe wat die platteland (Tercios) beset het onder bevel van die 3de Hertog van Alba het in Lissabon aangekom. Die hertog van Alba het die Portugese provinsies onderworpe aan Filippus gestel voordat hy Lissabon binnegegaan het, waar hy 'n groot skat beslag gelê het; intussen het hy toegelaat dat sy soldate die omgewing van die hoofstad plunder. Filippus is in 1581 deur die Cortes van Tomar as koning erken, wat die begin van die bewind van die Huis van Habsburg oor Portugal was. Toe Filippus in 1583 na Madrid vertrek het, het hy sy neef Albert van Oostenryk sy onderkoning in Lissabon gemaak. In Madrid het hy 'n Raad van Portugal gestig om hom oor Portugese sake te adviseer.