Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Bačkis se familie in Litaue is deur die Sowjetunie vervolg; sy broer Juozas is na Siberië gedeporteer
in Junie 1941 waar hy 'n jaar later gesterf het. Klimas is in September 1943 deur die Gestapo in hegtenis geneem, wat Bačkis senior diplomaat in Frankryk gelaat het. In dieselfde jaar het Bačkis sy doktorale proefskrif oor die Litause Konkordat verdedig (uitgegee in Litaus in 2007). Na die oorlog het Frankryk nie amptelik Litaus, Letland of Estland se diplomatieke dienste erken nie, maar het hulle nie-amptelik toegelaat om te funksioneer. Bačkis het voortgegaan om verskeie amptenare op te voed oor Litaue se besetting en lobby vir die nie-erkenning van die Litaus SSR om staatskontinuïteit te verseker. Hy het ook inligtingsbulletins oor Litaus aangeleenthede gepubliseer (insluitend 33 uitgawes van "Questions Lithuaniennes", 8 uitgawes van "Bulletin Lithuanien", en die boek "Peuples opprimés. La tragédie des Etats Baltes"), het Litaus-vlugtelinge gehelp, ens. In 1948 het Bačkis kontak gemaak met Juozas Lukša, 'n anti-Sowjet-partisan wat daarin geslaag het om die Ystergordyn te ontsnap, en hom gehelp om inligting oor die gewapende stryd te versprei. In 1949 is die Komitee oor Sentraal- en Oos-Europese Lande, onder voorsitterskap van die Britse parlementslid Harold Macmillan en verteenwoordigend van verskeie Oos-Blok-lande, deur die Europese Beweging gestig. Bačkis het in 1951 vise-voorsitter van die Komitee geword. Hy was ook 'n Litouwse verteenwoordiger by die Unie van Europese Federaliste, het by die Nouvelles équipes internationales (Nuwe Internasionale Spanne) en die Vergadering van Gevangene Europese Nasies aangesluit. Bačkis het ook aangedring op die hervestiging van die Litouwse Katolieke Akademie van Wetenskappe en het aktief navorsingspapiere in sy sessies aangebied. In 1950 het die Vatikaan hom die Orde van St. Gregorius die Grote toegeken.