Op 1 Oktober 2003 is drie organisasies saamgesmelt om die nuwe JAXA te vorm: Japan se Instituut vir Ruimte- en Astronautiese Wetenskappe (ISAS), die Nasionale Lugvaartlaboratorium van Japan (NAL) en die Nasionale Ruimteontwikkelingsagentskap van Japan (NASDA). JAXA is gevorm as 'n Onafhanklike Administratiewe Instelling wat deur die Ministerie van Onderwys, Kultuur, Sport, Wetenskap en Tegnologie (MEXT) en die Ministerie van Binnelandse Sake en Kommunikasie (MIC) bestuur word. Voor die samesmelting was ISAS verantwoordelik vir ruimte- en planetêre navorsing, terwyl NAL gefokus was op lugvaartnavorsing. NASDA, wat op 1 Oktober 1969 gestig is, het vuurpyle, satelliete ontwikkel, en ook die ou Japanese Experiment Module gebou. Die NASDA-hoofkwartier was geleë op die huidige terrein van die Tanegashima Ruimte Sentrum, op Tanegashima-eiland, 115 kilometer suid van Kyūshūshū.
1 Oktober 2003