Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Na die gesamentlike Duitse-Sowjet-inval in Pole, wat die Tweede Wêreldoorlog in September 1939 begin het, is Augustów beset
deur die Sowjetunie tot 1941. Baie inwoners is in ballingskap na Kazakstan gestuur, waarvandaan sommige na 6 jaar kon terugkeer. Op 22 Junie 1941, net voordat die Duitsers die dorp oorgeneem het, het die Sowjets ongeveer 30-34 Poolse gevangenes in Augustów vermoor as deel van die NKVD-gevangenesmoord. Die Nazi-Duitse magte het Augustów tot 1944 beset en 'n dwangarbeidskamp in die dorp bedryf. Die Tweede Wêreldoorlog het die vernietiging van ongeveer 70% van die stad en die dood of vertrek van die meeste van sy inwoners meegebring, waaronder 'n gemeenskap van 'n paar duisend Jode wat in die getto tussen die kanaal en die rivier gevange gehou is. Die Duitsers het feitlik almal van hulle tereggestel voordat hulle vertrek het. In 1945 het die Sowjetunie die nabygeleë Augustów-optog uitgevoer - 'n spesiale operasie teen voormalige Armia Krajowa-teenkommunistiese vegters.