John Stuart Mill is gebore in 13 Rodney Street in Pentonville, Middlesex, die oudste seun van die Skotse filosoof, historikus en ekonoom James Mill, en Harriet Barrow. John Stuart is deur sy vader opgelei, met die raad en hulp van Jeremy Bentham en Francis Place. Hy het 'n uiters streng opvoeding gekry, en is doelbewus beskerm teen assosiasie met kinders van sy eie ouderdom, behalwe sy broers en susters. Sy vader, 'n volgeling van Bentham en 'n aanhanger van assosiasie, het as sy eksplisiete doel om 'n geniale intellektueel te skep wat die saak van utilitarisme en die implementering daarvan sou voortgaan nadat hy en Bentham gesterf het.
John Stuart Mill