Tydens die inval in Pole, wat die Tweede Wêreldoorlog begin het, in 1939 is die dorp die eerste keer op 24 September 1939 deur die Sowjetunie verower. Sejny is erg geplunder en dan op 13 Oktober 1939 na Nazi-Duitsland oorgedra. Dit bly beset
deur die Duitsers tot Augustus 1944.