Werknesh het haar 2003-seisoen begin met 'n oorwinning by die Antrim Internasionale Kruislandrenne en het daarna die vroue se langren-titel by die 2003 IAAF Wêreldkruislandrenne gewen. Sy het die silwermedalje in die 10,000 m by die 2003 All-Afrikaanse Spele gewen, agter mede-Etiopiese Ejegayehu Dibaba. Haar seisoen het 'n hoogtepunt bereik by die 2003 Wêreldkampioenskappe in Atletiek waar sy 'n persoonlike beste van 30:07.15 minute op die 10.000 m behaal het om die naaswenner te verseker agter die Ethiopiese veteraan Berhane Adere wat die Afrika-rekord vir die geleentheid gebreek het. Die volgende jaar het sy die vierde plek in die wedstryd behaal by die 2004 Olimpiese Spele in Athene. Sy het ook die bronsmedalje in die langafstandwedloop by die 2004 IAAF Wêreldkruiswedrenne gewen.
, asook die vierde plek in die kort wedloop.