Van die agt naaldboomspesies wat gedokumenteer is, beslaan Lodgepole Pine-bosse 80% van die totale beboste gebiede. Ander naaldbome, soos Subalpine Fir, Engelmann Spruce, Rocky Mountain Douglas-fir en Whitebark Pine, word in verspreide bosse in die park aangetref. Vanaf 2007 word die witborspijn bedreig deur 'n swam bekend as witborspomproos; dit is egter meestal beperk tot bosse goed na die noorde en weste. In Yellowstone is ongeveer sewe persent van die witborspienspesies deur die swam geraak, in vergelyking met byna volledige infestasies in noordwestelike Montana.
Subalpiene spar, Engelmann-spruit, Douglas-spar van die Rocky Mountain en witboord spar