Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Neuer het die seisoen begin deur te verloor in die 2013 DFL-Superbeker teen Borussia Dortmund. Vir die 2013 UEFA Superbeker
Op 30 Augustus 2013 het hy die laaste en beslissende strafskoot gespaar wat Bayern München die wedstryd teen Chelsea gewen het, wat wraak geneem het vir die verlore 2012 UEFA Champions League-eindstryd. In die FIFA-wêreldkampioenskap vir klubs het Neuer teen Guangzhou Evergrande in die halfeindstryd en Raja Casablanca in die eindstryd gespeel. Neuer is aangekondig as die 2013 Wêrelddoelwagter van die Jaar op 7 Januarie 2014. Op 9 Februarie het Bayern Arsenal in die uitklopfase van die Kampioeneliga gekonfronteer en Neuer het die straf van Mesut Özil in die eerste helfte gered. Bayern het die wedstryd met 2-0 gewen. Op 2 Mei 2014 verleng Neuer sy huidige kontrak tot die somer van 2019. Neuer het die seisoen voltooi met 31 Bundesliga-verskynings, vyf Duitse Beker-verskynings, 12 UEFA Champions League-verskynings, een Duitse Superbeker-verskyning, een UEFA Superbeker-verskyning, twee FIFA-wêreldbeker-verskynings vir 'n totaal van 52 vertonings.