Rowan Atkinson is getroud met Sunetra Sastry in Februarie 1990. Hulle het twee kinders, Ben en Lily. Die paartjie het mekaar die eerste keer in die laat 1980's ontmoet, toe sy as 'n grimeerkunstenaar by die BBC gewerk het. Hulle het in 2014 geskei en is op 10 November 2015 geskei.
Sunetra Sastry