Die eiland is vernoem na die Spaanse weergawe van 'n Galisiese admiraal in die diens van Portugal (Xoán da Nova of de Novoa in Galisies; João da Nova in Portugees) wat in 1501 op die eiland afgekom het. Die eiland was nooit bewoon toe dit in 1897 'n besitting van Frankryk geword het nie. In 1921 het Frankryk besluit om die administrasie van Juan de Nova van Parys na Tananarive in sy kolonie Madagaskar en afhanklikhede oor te dra. Voor die onafhanklikheid van Madagaskar het Frankryk die administrasie na Saint-Pierre op Réunion-eiland oorgeplaas. Madagaskar het in 1960 onafhanklik geword en eis sedert 1972 soewereiniteit oor die eiland.
1960 jaar