Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Bayern het Guardiola se wens vervul om Thiago Alcântara van FC Barcelona te teken en Guardiola se eerste seisoen het goed begin met Bayern wat 'n reeks onoorwonne ligawedstryde van die vorige seisoen tot 53 wedstryde uitgebrei het. Die uiteindelike nederlaag teen Augsburg het twee wedstryddae gekom nadat Bayern reeds die liga-titel behaal het. Tydens die seisoen het Bayern ook twee ander titels behaal, die FIFA-wêreldkampioenskap vir klubs en die UEFA-Superbeker.
Laasgenoemde was die laaste groot trofee wat die klub nog nie gewen het nie. Bayern het ook die beker gewen om hul tiende binnelandse dubbelspel te voltooi, maar het in die halfeindronde van die Champions League teen Real Madrid verloor. Op 13 Maart 2014 is die president van Bayern, Uli Hoeneß, skuldig bevind aan belastingontduiking en tot drie en 'n half jaar gevangenisstraf gevonnis. Hoeneß het die volgende dag bedank. Vise-president Karl Hopfner is op 2 Mei tot president verkies. Voor die 2014/15 seisoen het Bayern Robert Lewandowski aangeskaf nadat sy kontrak by Borussia Dortmund geëindig het, en Xabi Alonso van Real Madrid uitgeleen. Bayern het ook Toni Kroos vir Real laat vertrek. Die klub se ikone Bastian Schweinsteiger en Claudio Pizarro het voor die 2015/16 seisoen vertrek. In hierdie twee seisoene het Bayern hul liga-titel verdedig, insluitend nog 'n dubbel in 2015-16, maar het nie die halfeindronde in die Kampioeneliga gehaal nie. Hoewel die klub se leierskap Guardiola probeer oortuig het om te bly, het die afrigter besluit om nie sy driejaarkontrak te verleng nie.