Wegener het 'n posisie as 'n meteoroloog by die Duitse Naval Observatory (Deutsche Seewarte) gekry en verhuis na Hamburg saam met sy vrou en hul twee dogters. In 1921 is hy aangestel as senior dosent by die nuwe Universiteit van Hamburg. Van 1919 tot 1923 het Wegener baanbrekerswerk gedoen om die klimaat van vorige tydperke (nou bekend as "paleoklimatologie") te rekonstrueer, in noue samewerking met Milutin Milanković, Die Klimate der geologischen Vorzeit (<unk>Die Klimaat van die Geologiese Verlede<unk>) saam met sy skoonpa, Wladimir Köppen, in 1924. In die derde, volledig hersiene uitgawe van <unk>Die Oorsprong van Kontinente en Oseane<unk> verskyn en begin met die bespreking van sy teorie van drywing, eers in die Duitse kontinentale gebied en later internasionaal.
sy vrou en hulle twee dogters