Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Mayorkas was 'n lid van die presidensiële oorgangspan vir Barack Obama voordat hy die amp beklee het
in Januarie 2009, waar hy die span gelei het wat verantwoordelik was vir die Departement van Justisie se Kriminele Afdeling. Mayorkas is deur president Obama aangestel as die direkteur van die Amerikaanse burgerskap en immigrasie dienste (USCIS). Op 20 Mei 2009 is die benoeming deur die Senaat ontvang; op 7 Augustus 2009 is die benoeming deur die Senaat bevestig deur stemstemming. As USCIS-direkteur het Mayorkas die Amerikaanse burgerskap gelei deur bestuursdoeltreffendheid en fiskale verantwoordelikheid, en die integriteit van die immigrasie stelsel beskerm. Hy het die Deferred Action for Childhood Arrivals (DACA) -proses in sestig dae geïmplementeer. Hy het die Amerikaanse regering se pogings gelei om weeskinders te red ná die aardbewing in Haïti in Januarie 2010 en het die bevordering van 'n kriminele slagoffers-eenheid gelei wat die agentskap vir die eerste keer in staat gestel het om die wettige maksimum aantal visums aan slagoffers van misdaad te administreer.