Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Obasanjo het in Januarie 1966 na Nigerië teruggevlieg om te sien dat die land in die middel van 'n militêre staatsgreep is
gelei deur majoor Emmanuel Ifeajuna. Byna almal wat betrokke was by die organisasie van die staatsgreep, was van die Igbo-volk in die suide van Nigerië. Obasanjo was onder diegene wat gewaarsku het dat die situasie tot burgeroorlog kon lei. Hy het aangebied om as 'n tussenganger tussen die staatsgreepskrywers en die burgerlike regering te dien, wat die mag aan die militêre opperbevelvoerder, Johnson Aguiyi-Ironsi, oorgedra het. Terwyl die staatsgreep misluk het, het Olusegun Ironsi in Lagos ontmoet. Ironsi het gou federalisme in Nigerië beëindig deur sy verenigingsbesluit in Mei 1966, iets wat etniese spanning ontvlam het. Aan die einde van Julie het 'n tweede staatsgreep plaasgevind. In Ibadan het troepe van Noord-Nigeriese oorsprong in opstand gekom en Ironsi doodgemaak, en ook ongeveer tweehonderd Igbo-soldate vermoor. Generaal Yakubu Gowon het die mag oorgeneem.