In 2004 het die band begin om met Jay-Z saam te werk om 'n ander remix album, getiteld Collision Course, te vervaardig. Die album, wat gemengde en agtergrond snitte van beide kunstenaars se vorige albums bevat, het in November 2004 debuteer. Shinoda het ook Fort Minor as 'n byprojek gevorm. Met die hulp van Jay-Z het Fort Minor sy debuutalbum, The Rising Tied, vrygestel tot kritiese lof. Linkin Park het ook deelgeneem aan talle liefdadigheidsgeleenthede, veral om geld in te samel vir die slagoffers van die orkaan Charley in 2004 en die orkaan Katrina in 2005.
Beste Rap/Sung-samewerking