In die lente van 1969 het sy na Nairobi teruggekeer om haar studies aan die Universiteitskollege van Nairobi as assistent-dosent voort te sit. In Mei is sy en Mwangi Mathai getroud. Later daardie jaar het sy swanger geword met haar eerste kind, en haar man het vir 'n setel in die parlement geveg, maar met 'n geringe marge verloor. Gedurende die verkiesing is Tom Mboya, wat instrumenteel was in die stigting van die program wat haar oorsee gestuur het, vermoor. Dit het daartoe gelei dat president Kenyatta effektief die veelparty-demokrasie in Kenia beëindig het. Kort daarna is haar eerste seun, Waweru, gebore.
Sy het die eerste Oos-Afrikaanse vrou geword wat 'n PhD ontvang het.