Volgens sommige bronne het Mohéli wel in 1998 teruggekeer na regeringskontrole. In 1999 het Anjouan interne konflikte gehad en op 1 Augustus van daardie jaar het die 80-jarige eerste president, Foundi Abdallah Ibrahim, bedank en die mag aan 'n nasionale koördineerder, Abeid Said, oorgedra. Die regering is op 9 Augustus 2001 deur 'n staatsgreep deur die weermag en vlootbeamptes omvergewerp. Mohamed Bacar soon het die leierskap van die junta oorgeneem en teen die einde van die maand was hy die leier van die land.
1997 die