Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Kovač verteenwoordig Kroasië in twee Wêreldbeker-toernooie, 2002 en 2006, en het ook deelgeneem aan twee Europese Kampioenskappe, 2004
en 2008. By die Wêreldbeker-toernooi in 2006 het hy goed in verdediging gespeel, maar nadat hy 'n tweede geel teen Japan gekry het, het hy die finale groepswedstryd teen Australië gemis deur middel van skorsing. Sonder Kovač het Kroasië in verdediging gesukkel met sy plaasvervanger Tomas wat handbal gedoen het vir Australië se eerste doel deur middel van strafskop. Kroasië het uiteindelik 2<unk>2 met Australië gewen, maar is uit die toernooi uitgeskakel. Met Kroasië, Leverkusen en Bayern was Kovač spanmaats met sy ouer broer Niko Kovač. Hy het in die herfs van 2009 uit die nasionale span afgetree, nadat hy die kaptein van die span geword het nadat sy broer in 2008 uitgetree het.