Voltooi die volgende sin: In Julie 1999 is Jacoby aangestel as direkteur vir intelligensie (J2) by die Gesamentlike Stab. Sy ampstermyn het begin met die leiding van die intelligensie lesse geleer poging om die operasies in die Balkan en Kosovo te ondersoek. Operasies Noordelike en Suidelike Wag het voortgegaan om No-Fly Zones en sanksies teen Irak af te dwing. Daarbenewens is die Amerikaanse vloot se EP-3 verkenningsvliegtuig deur die Chinese op Hainan-eiland in beslag geneem ná 'n botsing met 'n Chinese vegter tydens operasies oor die Suid-Chinese See en die aanval op
USS "Cole" het in Aden, Jemen plaasgevind. Laasgenoemde gebeurtenis het gelei tot 'n fundamentele verandering in die benadering tot die ontleding van terrorisme en ondersteuning van operasionele magte wat vervat is in die voorgestelde Gesamentlike Intelligensie-taakmag, die bestryding van terrorisme (JITF-CT) wat onder leiding van die Gesamentlike Staf J-2 as deel van die Defense Intelligence Agency werk. Jacoby het op die middag van 10 September 2001 'n verhoogde befondsing vir die JITF-CT voorgestaan met senior personeel van die Huis Permanente Selecte Komitee oor Intelligensie. Hy was in die Pentagon toe dit op 11 September 2001 aangeval is. Hy het die JITF-CT gelei, was aktief in die intelligensiebeplanning vir die Globale Oorlog teen Terrorisme en militêre operasies in Afghanistan, het toesig gehou oor J-2-aktiwiteite tydens die aanvanklike fase van gevegsoperasies in Afghanistan en was instrumenteel in die ontwikkeling en bevordering van 'n operasionele konsep genaamd "2 Plus 7" wat die middelpunt geword het vir Amerikaanse operasies om die Al-Qaeda-organisasie te ontmantel en sy gesentraliseerde leierskap en beplanningsfunksies aan te val. Die poging het gefokus op operasies teen die twee leiers en die sewe senior operasionele beplanners. Die gevolg was' n beduidende agteruitgang in die organisasie se vermoëns. Jacoby het sy eenjaar verlenging as die Gesamentlike Personeel J-2 in Julie 2002 voltooi.