Hierdie klassifikasies is sterk afhanklik van die gebruik van die volgorde van ribosomale RNA-gene om verhoudings tussen organismes (molekulêre filogenetika) te openbaar. Die meeste kultiveerbare en goed-ondersoekde spesies van archaea is lede van twee hooffilums, die Euryarchaeota en Crenarchaeota. Ander groepe is voorlopig geskep. Byvoorbeeld, die eienaardige spesie Nanoarchaeum equitans, wat in 2003 ontdek is, is gegee sy eie filum, die Nanoarchaeota. 'n Nuwe klassifikasie stelsels is ook voorgestel om archaea te organiseer in groepe van organismes wat strukturele eienskappe en gemeenskaplike voorouers deel.
Euryarchaeota en Crenarchaeota