Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Die Red Deer Rebels het Phaneuf in die derde ronde van die 2000 WHL Bantam Draft gekies. Een jaar later het hy by die Rebels aangesluit vir die 2001-02 seisoen en 32 punte in 67 wedstryde aangeteken. Hy het twee assists in 21 wedstryde bygevoeg toe die Rebels in die WHL-eindstryd teen die Kootenay Ice verloor het. Hy het verbeter tot 30 doele en 42 punte in 2002-03 toe die Rebels weer die WHL-eindstryd bereik het, en weer verloor het, hierdie keer teen die Kelowna Rockets. Phaneuf se ontwikkeling het hom vergelykings met die Hall of Famer Scott Stevens verdien, aangesien hy deur verkenners geprys is vir sy fisiese styl en vermoë om beide verdedigend en aanvallend uit te blink. Die destydse hoofbestuurder van die Calgary Flames, Darryl Sutter, het Phaneuf so hoog gewaardeer in die NHL-inskrywing van 2003
dat hy probeer om sy negende algehele keuse in die konsep te verruil, maar tevergeefs. Desondanks kon hy Phaneuf met Calgary se eerste keuse in die konsep kies.