Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Bayezid is deur Timur in die Slag van Ankara verslaan
, begin 'n burgeroorlog vir opvolging tussen sy seuns <unk> 'n tydperk bekend as die "Ottomaanse Interregnum". Junayd het voordeel getrek uit die situasie en die Aydınid-broers, Isa en Umur II, aangeval wat deur Timur herstel is. Teen die begin van 1406 was Isa en Umur dood en Junayd was die onbetwiste heerser van die voormalige Aydınid-domeine. Soos al die heersers van die streek, Christene en Moslems, was Junayd ook 'n aktiewe deelnemer aan die burgeroorlog tussen Bayezid se seuns İsa, Süleyman, Musa en Mehmed, waarin hy sy trou verskeie kere verander het. Hy het İsa teen Mehmed ondersteun en 'n vassal van Suleiman geword. Sy volgehoue pogings om die konflik te benut om sy mag en onafhanklikheid uit te brei, het Suleiman gedwing om hom as provinsiale goewerneur van Ohrid in Rumeli in 1410 te stuur. Na Suleiman se omverwerping en dood in 1411 deur sy broer Musa, het Junayd na Anatolië teruggekeer en Smyrna oorgeneem, maar moes die oppergesag van Mehmed erken. Gedurende Mehmed se afwesigheid in Rumeli om teen Musa te veg, het Junayd sy onafhanklikheid herwin en sy naburige heersers aangeval. As gevolg hiervan het Mehmed in 1414 'n plaaslike koalisie teen Junayd gelei. Junayd se ma kon sy lewe red, maar weer eens is Junayd ontneem en na Rumeli gestuur as goewerneur van Nikopolis. Van daar af het hy by die mislukte opstand van Mustafa Çelebi aangesluit, totdat die Bisantyne ingestem het om hom en Mustafa in 1416 te intern.