Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Lima was egter nie vry van gevare nie. Op 20 Oktober
en 2 Desember 1687 het kragtige aardbewings die grootste deel van die stad en sy omgewing vernietig. Die uitbrake van siektes en voedseltekorte wat die ramp gevolg het, het daartoe gelei dat die bevolking teen 1692 tot minder as 40 000 verminder het. 'n Tweede bedreiging was die teenwoordigheid van seerowers en kapers in die Stille Oseaan. 'n Nederlandse vloot ekspedisie onder leiding van Jacques l'Hermite het die hawe van Callao in 1624 aangeval, maar is deur onderkoning Diego Fernández de Córdoba teruggedryf. In die 1680's het Engelse seerowers in die waters van die Stille Oseaan vermeerder totdat hulle in 1690 deur Lima se handelaars verslaan is. As 'n voorsorgmaatreël het die onderkoning Melchor de Navarra y Rocafull die stadsmure van Lima tussen 1684 en 1687 gebou.