Federer is gebore in Basel, Switserland. Sy pa, Robert Federer, is 'n Switsers-Duitse van Berneck in die kanton St. Gallen, en sy ma, Lynette Federer (née Durand), is 'n Afrikaner van Kempton Park, Gauteng, in Suid-Afrika. Federer het een broer, sy ouer suster, Diana, wat die moeder is van 'n stel tweeling. Aangesien sy ma Suid-Afrikaans is, het hy beide Switserse en Suid-Afrikaanse burgerskap. Hy het grootgeword in die nabygeleë Birfelsden, Riehen, en dan Münchenstein, naby die Franse en Duitse grense, en hy praat Switserse Duits, Standaard Duits, Engels en Frans vlot, sowel as funksionele Italiaans en Sweeds; Switserse Duits is sy moedertaal.
Lynette