Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Na die Colts se eerste NFL-kampioenskap het die span weer 'n 9<unk>3 rekord tydens die 1959-seisoen behaal en weer die Giants in die NFL-kampioenskapswedstryd verslaan
om hul tweede titel in back-to-back mode te behaal. Na die twee kampioenskappe in 1958 en 1959 het die Colts nie vir vier seisoene na die NFL-kampioenskap teruggekeer nie en het 'n oorgang van hoofafrigter Ewbank na 'n jong Don Shula in 1963 gesien. In Shula se tweede seisoen het die Colts 'n 12<unk>2 rekord opgestel, maar verloor 27<unk>0 aan die Cleveland Browns in die NFL-kampioenskap. In 1965 het die Colts die Green Bay Packers in 'n eindstryd gespeel om te bepaal wie na die NFL-kampioenskapswedstryd sou gaan. Die Colts het 10-7 oor die Green Bay Packers gelei met twee minute oor om te speel toe die Packers se skopper, Don Chandler, skaars 'n velddoel gemis het. Die skeidsregter het dit egter goed genoem, en die Packers het die wedstryd in verlenging gewen. Die fout het veranderinge aan die reëls veroorsaak: die NFL het besluit dat twee skeidsregters toekomstige velddoele sou beoordeel, en dat die regop staaners met tien voet verhoog moet word. In 1968 het die Colts teruggekeer met die voortgesette leierskap van Unitas en Shula en het die Colts se derde NFL-kampioenskap gewen en in Super Bowl III verskyn. In 1968 is Unitas beseer en vervang deur Earl Morrall wat die liga se MVP geword het.