Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Een van 'n groep van drie, bekend as "Thugut's Benjamins" (betroubare assistente van die minister van buitelandse sake, Johann Amadeus Francis de Paula, Baron van Thugut, tydens die veldtog van 1799, Weyrother het gedien as hoof van die personeel van Feldzeugmeister Pál Kray, waar hy hom onderskei het by Legnago (26 Maart), Magnano (5 April) en, nou dien as skakelbeampte met die Russiese veldmaarskalk Alexander Suvorov, by Novi
op 15 Augustus. Hy het toe die epiese optog van die Russiese troepe onder Alexander Suvorov oor die Sint-Gotthardpas beplan. Weyrother is op 5 Februarie 1800 tot "Oberst" (kolonel) bevorder en het bevel gekry oor die Infanterie-regiment Nr. 7 "Schröder", wat deel was van die leër in Duitsland onder Pál Kray, maar 'n verdere wond en die spanning van veldtogte het daartoe gelei dat hy die leër verlaat het om te herstel. Keiser Frans II het hom in die herfs van 1800 teruggeroep en hom aangestel as stafhoof van die 18-jarige aartshertog Johannes van Oostenryk, die nuwe bevelvoerder van die leër in Beiere, en sy "Adlatus" (hoofraadgewer) Franz von Lauer. Weyrother het geglo dat Jean Moreau se Franse leër in terugtrekking was en het 'n aggressiewe agtervolging deur swaar beboste terrein georganiseer deur vier nie-mekaar ondersteunende kolomme. In plaas daarvan het Moreau vasgehou, 'n hinderlaag opgerig en die Oostenrykers se linkerflank omring. Die gevolglike Slag van Hohenlinden was 'n ramp vir die Oostenrykers en het die Tweede Koalisie-oorlog effektief beëindig. Weyrother is nietemin aangestel as militêre adviseur van die nuwe minister van buitelandse sake, Graf Ludwig Cobenzl, in die onderhandelinge na die wapenstilstand van Steyr, wat gelei het tot die Vrede van Luneville in 1801.