Hy was die "hijo natural" (onwettige seun) van edelman Álvaro Yáñez de Lugo en eerste neef, een keer verwyder van Alonso Fernández de Lugo, wat die laaste van die Kanariese Eilande verower het: La Palma en Tenerife. Gebore in Medina del Campo, provinsie Valladolid, het Francisco de Lugo na Mexiko gereis as 'n "konquistador" saam met sy hond. Hy het 'n getroue ondersteuner van Hernán Cortés geword, met wie hy in Mei 1520 teen Pánfilo de Narváez gestaan het. Later daardie jaar was hy een van die leiers van die voorhoede tydens die "Noche Triste", toe die Spaanse leër uit Tenochtitlan verdryf is, en een van die ondertekenaars van die Segura de la Frontera-brief. Ná die val van Tenochtitlan
In 1521 het hy by Cristóbal de Olid se ekspedisie na Honduras aangesluit en later saam met Gonzalo de Sandoval in Coatzacoalcos, Veracruz, gaan woon. Hy is omstreeks 1532 aan natuurlike oorsake oorlede.