Sousa het in September na die Davisbeker teruggekeer om Portugal te help om Wit-Rusland te verslaan en in 2016 na Groep I van die Europa/Afrika-sone te bevorder. Ondanks die feit dat hy sy eerste enkelspel rubber verloor het, het hy die dubbel rubber met Elias gewen en die beslissende enkelspel rubber teen Uladzimir Ignatik. By die St. Petersburg Ope het Sousa sy derde eindstryd van die seisoen bereik. Na oorwinnings oor Marcel Granollers, Simone Bolelli en Dominic Thiem, was Sousa tweede na Milos Raonic in drie reekse. In Oktober het Sousa op 'n 1<unk>4 run ingeskryf met vroeë ronde-verliese by die Maleisiese Ope, die Japan Ope, die Sjanghai Meesters
en die Kremlinbeker. By die Valencia Ope het Sousa die seisoen afgesluit met sy tweede ATP-titel in sy loopbaan en die eerste van die seisoen in vier finale pogings. Nadat Sousa vier hoër gegradeerde spelers, insluitend Benoît Paire, verslaan het, het hy die 7de saad Roberto Bautista Agut in die eindstryd in drie reekse verslaan. Hy het die volgende week 'n nuwe loopbaanhoogtepunt bereik op wêreld nommer 34. Sousa het die seisoen op die wêreldranglys op 33 geëindig met 38 enkelspel-oorwinnings. In November het hy die toekenning vir Tennispersoonlikheid van die Jaar vir die tweede keer van die Portugese Tennis Federasie en die Confederação do Desporto de Portugal ontvang.