Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Toe die New York State Agricultural College (later saamgesmelt met Cornell Universiteit) in Ovid, New York, gestig is, het Kimball Professor van Chemie en Ekonomiese Geologie geword. Met die uitbreek van die Amerikaanse Burgeroorlog in 1861, is die kollege se president, Maj. M. R. Patrick, as brigadier-generaal van vrywilligers aangestel; Kimball het Brig. Gen. Patrick se stafhoof geword, met die rang van kaptein. Hy het velddiens onder Maj. Gen. Irvin McDowell gesien, en was teenwoordig by die Tweede Slag van Bull Run (28-30 Augustus 1862); die Slag van Chantilly
Die Slag van Suid-Berg (1 September 1862); die Slag van Antietam (17 September 1862); die Slag van Fredericksburg (11-15 Desember 1862); die Slag van Chancellorsville (30 April - 6 Mei 1863); en die Slag van Gettysburg (1 Julie 1863). Brigadier-generaal Patrick is toe aangestel as Provost Marshal van die Army of the Potomac, en kaptein Kimball het hom daar vergesel, wat op die Algemene Staf onder generaals George B. McClellan, Ambrose Burnside, Joseph Hooker en George Meade agtereenvolgens gedien het.