In bykomend tot die spanmedaljes wat hy versamel het, het Toni ook verskeie individuele eerbewyse gewen: tydens sy eerste spel met Fiorentina, het hy die "Capocannoniere" (Serie A-doelskieter) -toekenning gewen tydens die 2005-06 seisoen, waarin hy 31 doele aangeteken het (die meeste doele in 'n Serie A-seisoen sedert 1958).
Hy was ook die liga se gesamentlike topscorer in die 2014/15 Serie A-seisoen, waarin hy die oudste speler geword het om die toekenning op 38-jarige ouderdom te wen, met 22 doele. Toni was ook die top-doelskieter in die 2007-08 Bundesliga, met 24 doele, en in die 2007-08 UEFA-beker, met 10 doele.