Die mees gebruikte nuklease in molekulêre biologie is die beperking endonuklease, wat DNA sny by spesifieke volgorde. Byvoorbeeld, die EcoRV ensiem wat aan die linkerkant getoon word, herken die 6-basis volgorde 5′-GATC-3′ en maak 'n snit by die horisontale lyn. In die natuur beskerm hierdie ensieme bakterieë teen faginfeksie deur die fag-DNA te verteer wanneer dit die bakteriële sel binnekom, as deel van die beperking stelsel. In tegnologie volgorde, hierdie nuklease word gebruik in molekulêre DNA kloning en vingerafdruk.
6-basis volgorde 5′-GATATC-3