Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Nikephoros is in 1002 gebore aan Michael Botaneiates en sy vrou, lede van die Botaneiates-familie, 'n prominente militêre familie uit die Anatoliese Tema. Volgens Attaleiates het Nikephoross se oupa Nikephoros en pa Michael albei as bevelvoerders onder Basilius II () gedien tydens sy veldtogte teen die Georgiërs en sy verowering van Bulgarye
Attaleiates is die enigste bron wat hierdie inligting verskaf. Attaleiates sê ook dat die Botaniati-familie verwant was aan die Bisantynse keiser Nicephorus II Phocas en die Phocas-familie. Dit is byna seker deur Nikephoros gebruik om legitimiteit by sy latere heerskappy te voeg, en dit word bevestig deur Psellos, wat Nikephoros III "Phocas" noem in sy reproduksie van die brief van die Bisantynse keiser Michael VII Doukas aan hom. Op 'n onbekende datum het Nikephoros met 'n vrou met die naam Vevdene getrou, maar hy het later met Maria van Alania, die voormalige vrou van Michael VII, getrou. Dit lyk of hy ten minste een kind by Vevdene gehad het, soos Anna Komnene sy kleinseun in die "Alexiad" noem. Min is bekend van Nikephoross se lewe voor 1053, behalwe dat hy as 'n bevelvoerder onder keiser Konstantyn IX Monomachos gedien het tydens die Pecheneg-opstand van 1048-1053.