In 1929 trou Khomeini met Khadijeh Saqafi, die 16-jarige dogter van 'n geestelike in Teheran. Volgens alle berigte was hulle huwelik harmonieus en gelukkig. Sy is in 2009 oorlede. Hulle het sewe kinders gehad, hoewel slegs vyf kinderjare oorleef het. Sy dogters is almal in handelaars- of geestelike gesinne getroud, en albei sy seuns het die godsdienstige lewe betree.
Khadijeh Saqafi