Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Rowley het van 25 April 1861 tot 6 Augustus van dieselfde jaar as kolonel van die 13de Pennsylvania-infanterie gedien. Hy het toe kolonel van die 102ste Pennsylvania Vrywillige Infanterie Regiment geword. Hy is gewond in die Slag van Sewe Pyne
, terwyl hy sy regiment in die Army of the Potomac gelei het. Hy het (kortliks) 'n brigade in VI Korps gelei by die Slag van Fredericksburg. Rowley is bevorder tot die rang van brigadier-generaal om op 29 November 1862 'n brigade van I Korps by die Slag van Chancellorsville te bevel. Hy was dienende bevelvoerder van die 3de Divisie, I Korps aan die begin van die Slag van Gettysburg, terwyl majoorgeneraal Abner Doubleday dienende korpsbevelvoerder was. (Chapman Biddle het Rowley se brigade gelei.) Op 1 Julie 1863 het die brigade swaar verliese gely in 'n konfrontasie met die Konfederate van generaal-majoor Harry Heth se afdeling. Hy is van sy perd af gegooi tydens die terugtrekking toe dit by die stroom kort stilgehou het. Siek met infeksie van swere die grootte van henne eiers op sy binneste dye, was hy koorsagtig, en temperament. Na 'n konfrontasie tussen Rowley en brigadegeneraal Lysander Cutler oor die gedrag van sommige van die 7de Wisconsin-offisiere, het Cutler in April 1864 aanklagte van dronkenskap ingedien. Rowley het minder as 24 uur gehad om 'n verdediging vir die verhoor voor te berei, en is deur 'n krygshof skuldig bevind wat volgens die skrywer John F. Krumwiede "onpartydig was en na sy eie ritme opgetrek het". Alhoewel Rowley op bevel van die Sekretaris van Oorlog Edwin M. Stanton en President Abraham Lincoln herstel is, is slegs 'n distriksbevel in Wes-Pennsylvanië aan hom toegewys weens die voortdurende vete tussen die leërbevelvoerder, generaal George G. Meade, en die nou korpsbevelvoerder, generaal Gouverneur K. Warren. Hy is geblokkeer deur die optrede van generaal Darius N. Couch in die poging om die inval van 1864 in Pennsylvania deur die Konfederate generaal Jubal Early te stop, en het op 29 Desember 1864 sy kommissie bedank.