Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Op 31 Augustus 2010 is hy deur die Italiaanse Serie A-span Bologna vir € 2,1 miljoen onderteken (insluitend 5% solidariteitsbydrae aan jeugklubs). Geen fooi is op daardie dag beplan om betaal te word nie, maar twee gelyke paaiemente is op 31 Desember 2010 en 30 Junie 2011 beplan. In Bologna het hy saam met mede-Uruguayse internasionale spelers, Henry Damián Giménez, Gastón Ramírez en Miguel Britos, gewerk voordat hy die groep verlaat het om by S.S.C. Napoli aan te sluit. In Pérez se eerste seisoen in die Serie A
Bologna behaal die 16de plek en eindig ses punte weg van afname, wat 'n vierde agtereenvolgende seisoen in die Italiaanse topvlug bevestig. Hy het ook drie assists tydens die veldtog reggekry, wat gelyk is aan die meeste in die span saam met Riccardo Meggiorini.