Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Saladin se broer Al-Adil het die vesting heeltemal tussen 1203 en 1216 herbou in reaksie op die ontwikkeling van die teengewig-trebuchet. Na sy dood het magstryd tussen die ander Ayyubid-vorste uitgebreek en hoewel Damaskus verskeie kere van hand gewissel het, is die vesting slegs een keer, in 1239, met geweld ingeneem. Die citadel het in Ayyubid-hande gebly totdat die Mongole onder hulle generaal Kitbuqa Damaskus in 1260 verower het en sodoende die Ayyubid-regering in Sirië beëindig het. Nadat' n mislukte opstand in die vesting uitgebreek het, het die Mongole die meeste daarvan laat afbreek. Ná die nederlaag van die Mongole in 1260 deur die Mameloeke, wat die Ayyubide as heersers van Egipte opgevolg het, het Damaskus onder Mameloek-heerskappy gekom. Behalwe vir 'n kort tydjie in 1300 en 1401, toe die Mongole Damaskus verower het, het die Mameloeke die vesting tot 1516 beheer. In daardie jaar het Sirië in die hande van die Ottomaanse Ryk geval. Damaskus het sonder 'n geveg oorgegee en van die 17de eeu af het die citadel as kaserne vir die Janissaries-Ottomaanse infanterie-eenhede gedien. Die vesting het in die 19de eeu in wanorde begin verval en sy laaste militêre gebruik was in 1925, toe Franse soldate die ou stad vanuit die vesting beskiet het in reaksie op die Groot Siriese Opstand.
teen die Franse mandaat van Sirië. Die vesting het tot 1986 as kaserne en gevangenis gedien, toe opgrawings en herstelwerk begin is. Vanaf 2011 is opgrawings- en herstelwerk steeds aan die gang.