Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - In 1963 het die nasie 'n federale republiek gestig, met Azikiwe as die eerste president. Die wanbalans en vermeende korrupsie van die verkiesings- en politieke proses het in 1966 tot twee militêre staatsgrepe gelei. Die eerste staatsgreep was in Januarie 1966
Dit is hoofsaaklik gelei deur Igbo soldate onder Majors Emmanuel Ifeajuna en Chukwuma Kaduna Nzeogwu. Die staatsgreepskrywers het daarin geslaag om Sir Ahmadu Bello en Abubakar Tafawa Balewa saam met prominente leiers van die Noordelike Streek en ook premier Samuel Akintola van die Westelike Streek te vermoor, maar die staatsgreepskrywers het gesukkel om 'n sentrale regering te vorm. Die Senaat se president, Nwafor Orizu, het regeringsbeheer aan die weermag oorgegee, onder die bevel van 'n ander Igbo-offisier, generaal Johnson Aguiyi-Ironsi. Later, die teen-staatsgreep van 1966, wat hoofsaaklik deur noordelike militêre offisiere ondersteun is, het die opkoms van Yakubu Gowon as militêre staatshoof vergemaklik. Spanning het tussen noord en suid ontstaan; Igbos in noordelike stede het vervolging gely en baie het na die Oostelike Streek gevlug.