Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - In 1238 het pous Gregorius IX 'n alliansie tussen Genua en Venesië teen die ryk, en gevolglik ook teen Pisa, gesmee. 'n Jaar later het hy Frederik II ekskommunikeer en in 1241 'n anti-keiserlike raad in Rome laat hou. Op 3 Mei 1241 het 'n gekombineerde vloot van Pisaanse en Sisiliaanse skepe, onder leiding van die keiser se seun Enzo, 'n Genueuse konvooi aangeval wat prelate uit Noord-Italië en Frankryk vervoer het, langs die eiland Giglio (Slag van Giglio
), voor Toskane; die Genoveërs het 25 skepe verloor, terwyl ongeveer duisend matrose, twee kardinale en een biskop gevange geneem is. Ná hierdie groot oorwinning het die konsilie in Rome misluk, maar Pisa is ekskommunikeer. Hierdie uiterste maatreël is eers in 1257 verwyder. Hoe dit ook al sy, die Toskaanse stad het probeer om voordeel te trek uit die gunstige situasie om die Korsikaanse stad Aleria te verower en selfs Genua self in 1243 beleër.