In 1260 het Baybars en sy Mamluk-leër die kerk tydens hul aanval op Nasaret vernietig. 'n Klein aantal Fransiskaanse het daarin geslaag om in Nasaret te bly tot die val van Acre in 1291. In die drie eeue wat gevolg het, het die Fransiskaanse in en uit Nasaret gebly, afhangende van die plaaslike politieke situasie, wat voortdurend in beweging was. Fransiskaanse verslae van hierdie tydperk dokumenteer hul uitsetting in 1363, hul terugkeer in 1468 en 'n slagting van sommige van hul lede in 1542. Plaaslike Christelike gesinne met Fransiskaanse ondersteuning het ook gedurende hierdie tydperk gehelp om die kerk te versorg.
1954 Die