Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Na die Nigeriese staatsgreep van 1966
Shagari was onder die regeringsamptenare wat die regering aan die militêre leierskap van majoorgeneraal Aguiyi Ironsi oorhandig het. Hy het na Sokoto teruggekeer om onderwys te bevorder. Hy het in 1967 as die Uitvoerende Sekretaris van die Sokoto Provinsie Onderwysontwikkelingsfonds gedien, waar hy baie provinsiale skole gebou het. Hy is later aangestel as Kommissaris van Stigting en Opleiding en het ook kortliks as Kommissaris vir Onderwys in die afgetrede Noordwes-state gedien voordat hy genooi is om onder die Federale Militêre Regering van generaal Yakubu Gowon te dien.