Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - In die Tweede Wêreldoorlog, die Japannese leër binnegeval
en beset Maleisië, Noord-Borneo, Sarawak en Singapoer vir meer as drie jaar. Gedurende hierdie tyd het etniese spanning ontstaan en nasionalisme gegroei. Die volksondersteuning vir onafhanklikheid het toegeneem nadat Maleisië deur Geallieerde magte weer verower is. Na-oorlogse Britse planne om die administrasie van Maleisië te verenig onder 'n enkele kroonkolonie genaamd die "Maleisiese Unie" het sterk teenstand van die Maleisiërs gekry, wat gekant was teen die verswakking van die Maleisiese heersers en die toekenning van burgerskap aan die etniese Chinese. Die Maleisiese Unie, wat in 1946 gestig is en bestaan uit al die Britse besittings in die Maleisiese Skiereiland met die uitsondering van Singapoer, is vinnig ontbind en op 1 Februarie 1948 vervang deur die Federasie van Maleisië, wat die outonomie van die heersers van die Maleisiese state onder Britse beskerming herstel het.