Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Toe die Amerikaanse Burgeroorlog uitgebreek het, het Jones geredelik by die Unie-leër aangesluit. Op 7 Julie 1861 het hy by die 37ste New York-vrywilligers, algemeen bekend as die "Ierse Gewere", onder kolonel John H. McCunn, aangesluit. Hy was aanvanklik 'n soldaat, maar is gou deur die mans in die regiment tot tweede luitenant verkies. Hy was teenwoordig by die Eerste Slag van Bull Run, net twee weke na sy inskrywing, maar het geen aksie gesien nie, aangesien die eenheid in reserwe gehou is. Jones het gedurende sy eerste jare met die regiment "dapper gedrag" getoon en het gou op 4 November 1861 tot eerste luitenant en adjudant en dan op 21 Januarie 1862 tot majoor gestyg. Hy en die "Irish Rifles" het later by generaal Samuel P. Heintzelman se III Korps aangesluit, as deel van die 3de Brigade van die 3de Divisie onder brigadiergeneraal Philip Kearny, tydens die Skiereilandveldtog en het deelgeneem aan Williamsburg, Seven Pines
en die Sewe Dae-veldtog. Jones was ook teenwoordig toe die 37ste New York-vrywilligers, dan aan die 3de Brigade van die 1ste Afdeling van die III Korps, by die Tweede Slag van Bull Run was. In Mei en Junie het hy aan malaria begin ly en is hy op 26 September in die hospitaal in Washington, D.C. opgeneem en daar gebly tot einde Oktober. Hy was ook kortliks 'n offisier by majoorgeneraal Franz Sigel voor die aftrede van generaal Ambrose Burnside en die herorganisasie van die Army of the Potomac.