Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Ná die dood van Cromwell en die regime se ineenstorting is Karel II in 1660 herstel en het Skotland weer 'n onafhanklike koninkryk geword. Skotland het sy regstelsel, parlement en kerk teruggekry, maar ook die Lords of the Articles (deur wie die kroon die parlement bestuur het), biskoppe en 'n koning wat nie die land besoek het nie. Hy het grootliks sonder verwysing na die Parlement, deur middel van 'n reeks kommissarisse, regeer. Dit het begin met John, graaf van Middleton, en geëindig met die koning se broer en erfgenaam, James, hertog van York (in Skotland bekend as die hertog van Albany). Die Engelse Navigasiewette het die Skotte verhinder om winsgewende handel met Engeland se kolonies te bedryf. Die herstel van die biskopskap was 'n bron van probleme, veral in die suidwestelike deel van die land, 'n gebied met sterk Presbiteriaanse simpatieë. Baie van die inwoners het die amptelike kerk verlaat en onwettige veldbyeenkomste, wat as konventikele bekend staan, begin bywoon. Amptelike pogings om dit te onderdruk het gelei tot 'n opstand in 1679, wat verslaan is deur James, Hertog van Monmouth, die Koning se buite-egtelike seun, by die Slag van Bothwell Bridge
Ek weet. In die vroeë 1680's het 'n meer intense fase van vervolging begin, wat later "die tyd van die dood" genoem is. Toe Karel in 1685 gesterf het en sy broer, 'n Rooms-Katolieke, hom opgevolg het as Jakobus VII van Skotland (en II van Engeland), het sake tot 'n uiterste gekom.