Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Die museum se belangrikste versameling hou verband met die Tweede Wêreldoorlog. Daar is verskeie fotografiese panele wat die lewe in Malta tydens die oorlog toon, veral die swaarkry van die burgerlike lewe en skade as gevolg van lugbombardement. Een van die hoogtepunte sluit in die romp van 'n Gloster Sea Gladiator "N5520", die enigste oorlewende van die Hal Far Fighter Flight. Die museum bevat ook 'n Willys Jeep 'Husky' wat deur Dwight D. Eisenhower gebruik is voor die inval van Sicilië
en ook deur Roosevelt tydens sy besoek aan Malta. Die George Cross wat in April 1942 deur koning George VI aan Malta toegeken is, word ook in die museum uitgestal. Die versameling bevat ook wrakke van neergestorte vliegtuie, gevangen Duitse masjiengewere, 'n torpedo, loopgraafmortels en ander wapens.