Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - In 1798 het Jourdan hom aangestel as hoof van die staf vir die Army of Observation. Ernouf was saam met die Army of Observation toe dit die Rynrivier oorgesteek het, in wat Britse historici 'n skending van die Verdrag van Campo Formio genoem het, wat gelei het tot die Oorlog van die Tweede Koalisie. Op 2 Maart is die leër herdoop tot die Donau-leër, en dit het na Opper Swabië opgetrek, waar dit die Habsburg-magte van aartshertog Karel by Ostrach aangeval het.
op 21 Maart, en weer op 25 Maart by Stockach. In albei gevegte het die Habsburgse mannekrag, wat die Franse getalle met drie tot een en twee tot een oortref het, die Franse lyne oorweldig; Jourdan, die bevelvoerder van die leër, was nie in staat om sy magte voldoende te konsentreer om die Habsburgse getalle teë te werk nie, en het einde Maart na die Swartwoud teruggetrek. Ernouf het die bevel van die Donau-leër oorgeneem terwyl Jourdan na Parys teruggekeer het om meer troepe aan te vra. Hy is vervang as bevelvoerder van die Donau-leër deur André Masséna, en het gedien as Massena se stafhoof in die Switserse veldtog van 1799, waartydens hy in Zürich en Sentraal-Switserland opgetree het; hy was weer in Zürich vir die Franse oorwinning oor Alexander Rimsky-Korsakov.