Alhoewel water vermoedelik diep in die atmosfeer voorkom, is die direk gemeet konsentrasie daarvan baie laag. Die stikstof, swael en edelgase in die atmosfeer van Jupiter oorskry sonwaardes met 'n faktor van ongeveer drie. Die atmosfeer van Jupiter het nie 'n duidelike onderste grens en geleidelike oorgange in die binneste van die planeet. Van laagste tot hoogste, is die atmosferiese lae die trope, stratos, BA en exos. Elke laag het kenmerkende temperatuurgradiënte. Die laag van die atmosfeer het 'n ingewikkelde stelsel van tropiese wolke en spulletjies, insluitend metaan, ammoniak, water en ander chemiese verbindings. Die rooi vorste is nie goed bekend nie, terwyl die rooi vorste 'n groter verskeidenheid van ligte is, wat georganiseer is deur 'n soortgelyke reeks van ligte, wit vorste en ammoniak. Die rooi vorste is 'n soortgelyke struktuur as die wit vorste, terwyl die wit vorste 'n soortgelyke reeks van ligte is, wat georganiseer is deur
duidelik laer grens en geleidelik oorgange in die vloeibare binneland van die planeet.