Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Hoewel William se ondersteuners die regering oorheers het, het daar 'n beduidende aanhang vir Jakobus gebly, veral in die Hooglande. Sy oorsaak, wat bekend geword het as Jakobitisme, van die Latynse "Jacobus" vir Jakobus, het tot 'n reeks opstande gelei. 'n Aanvanklike Jakobitiese militêre poging is gelei deur John Graham, Visgraaf Dundee. Sy magte, wat byna almal uit die Hooglanders bestaan het, het Willem se magte in die Slag van Killiecrankie verslaan
in 1689, maar hulle het groot verliese gely en Dundee is in die gevegte doodgemaak. Sonder sy leierskap is die Jakobitiese leër gou in die Slag van Dunkeld verslaan. In die nasleep van die Jakobitiese nederlaag op 13 Februarie 1692, in 'n voorval sedertdien bekend as die Slagting van Glencoe, is 38 lede van die Clan MacDonald van Glencoe vermoor deur lede van die Earl of Argyll se Regiment of Foot, op grond daarvan dat hulle nie vinnig getrou was aan die nuwe monarge nie.