Voltooi die volgende sin: Toe die oorlog in 1799 hervat is, was Jourdan aan die hoof van die leër op die Ryn, maar het weer eens 'n nederlaag deur die hande van aartshertog Karel in die gevegte van
Ostrach en Stockach aan die einde van Maart. Hy was teleurgesteld en in swak gesondheid en het die bevel aan generaal André Masséna oorgegee. Hy het sy politieke pligte hervat en was 'n prominente teenstander van die staatsgreep van 18 Brumaire, waarna hy uit die Raad van Vyfhonderd geskors is. Hy het egter gou formeel met die nuwe "regime" versoen geraak en van Napoleon nuwe militêre en burgerlike werk aanvaar. In 1800 het Jourdan inspekteur-generaal van kavallerie en infanterie geword en verteenwoordiger van Franse belange in die Cisalpine Republiek.