Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Morrison was 'n vroeë ondersteuner van die hervormingsbeweging in Bo-Kanada en het deelgeneem aan vergaderings om politieke verandering aan te moedig. Hy het herhaaldelik teen gewapende opstand gepraat en William Lyon Mackenzie aangemoedig om voort te gaan om ondersteuning vir sy hervormings te verkry. Hy het nie aan die Opstand in Bo-Kanada deelgeneem nie
en in sy huis gebly het. Hy is nietemin in hegtenis geneem en van verraad aangekla omdat hy die opstand beplan en uitgevoer het, en hy is by 'n latere verhoor nie skuldig bevind nie. Uit vrees vir verdere aanklagte het Morrison na die Verenigde State gevlug en weer medisyne begin beoefen. Toe amnestie aan die meeste deelnemers aan die opstand in 1843 toegestaan is, het hy na Toronto teruggekeer om sy mediese praktyk voort te sit en in verskeie mediese rade te dien. Hy is op 19 Maart 1856 aan verlamming in Toronto oorlede.