Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Nadat hy vir verskeie promosies geweier is (tot assistent-direkteur in beheer van nasionale veiligheid in 1999 en tot hoof van die FBI se New York-kantoor in die vroeë 2000), was O'Neill bly om as bevelvoerder van die FBI se ondersoek na die USS "Cole" -bombardement
in Oktober 2000. Maar toe hy in Jemen aankom, het hy gekla oor onvoldoende sekuriteit. Terwyl sy span ondersoek het, het O'Neill in konflik gekom met Barbara Bodine, die Amerikaanse ambassadeur in Jemen. Die twee het baie uiteenlopende menings gehad oor hoe om soektogte van Jemenitiese eiendom en onderhoude met burgers en regeringsamptenare te hanteer, en hulle het net verder uitmekaar gegroei soos die tyd gevorder het.