Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Na die onafhanklikheidsoorloë het 'n reeks konflikte die belangrikheid van die vloot vir die nasie getoon. Die eerste van hierdie konflikte was die Konfederasie Oorlog
Dit was die tydperk van die Stille Oseaan-oorlog (1836-1839), die Chincha-eilande-oorlog (1864-1866) en die Stille Oseaan-oorlog (1879-1883). Die stigting van Fuerte Bulnes in die Straat van Magellan was die beginpunt van 'n reeks Chileense vlootverkennings, gelei deur vloot-hidrograwe, soos Francisco Vidal Gormaz en Francisco Hudson, in die onbekende sone tussen die Straat van Magellan en Chiloé. Om met hierdie nuwe gebied van aktiwiteit om te gaan, het die vloot in 1874 die Hidrografiese Kantoor gestig, waarvan die eerste direkteur Francisco Vidal Gormaz was.