Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Deur 'n politieke alliansie met die keiserin weduwee te maak en 'n blywende vyand van die Guangxu-keiser te word, het Yuan die hoofstad in 1899 verlaat vir sy nuwe aanstelling as goewerneur van Shandong. Tydens sy drie jaar lange ampstermyn het die Bokseropstand (1899<unk>1901) uitgebreek; Yuan het die onderdrukking van Bokserse in die provinsie verseker, hoewel sy troepe geen aktiewe deel buite Shandong self geneem het nie. Yuan het die kant van die pro-buitelandse faksie in die Keiserlike Hof gekies, saam met prins Qing, Li Hongzhang en Ronglu. Hy het geweier om met die Boksers saam te staan en die Eight-Nation Alliance-magte aan te val, en het by ander Chinese goewerneurs aangesluit wat aansienlike gemoderniseerde leërs soos Zhang Zhidong beveel het wat nie aan die Boxer-opstand deelgeneem het nie. Hy en Zhang het Keiserin Dowager Cixi se oorlogsverklaring teen die buitelandse magte geïgnoreer en voortgegaan om die Bokser te onderdruk. Hierdie groep was bekend as Die Wederkerige Beskerming van Suidoos-China. Behalwe dat hy nie teen die Alliansie van Agt Nasies geveg het nie en die Bokserse in Shandong onderdruk het, het Yuan en sy leër (die Regter Divisie) ook die Alliansie van Agt Nasies gehelp om die Bokserse te onderdruk nadat die Alliansie Beijing oorgeneem het.
in Augustus 1900. Yuan Shikai se magte het tienduisende mense in hulle anti-Boxer-veldtog in Zhili vermoor. Yuan het gedurende die veldtog, wat in 1902 geëindig het, uit Baoding bedryf.