Skryf'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Gedurende die Januarie opstand
In 1863 het swaar gevegte in die stad plaasgevind, maar is wreed deur Mikhail Muravyov, met die bynaam "The Hangman" deur die bevolking, weens die vele teregstellings wat hy georganiseer het, bevries. Ná die opstand is alle burgerlike vryhede teruggetrek, en die gebruik van die Poolse en Litause tale is verbied. Vilnius het 'n lewendige Joodse bevolking gehad: volgens die Russiese sensus van 1897, uit die totale bevolking van 154,500, het Jode 64,000 (ongeveer 40%) uitgemaak. Gedurende die vroeë 20ste eeu het die Litaus-sprekende bevolking van Vilnius slegs 'n klein minderheid uitgemaak, met Poolse, Jiddisj en Russies sprekers wat die meerderheid van die stad se bevolking uitmaak. Op 4 en 5 Desember 1905 is die Groot Seimas van Vilnius in die huidige gebou van die Litouwse Nasionale Filharmoniese Vereniging gehou met meer as 2000 deelnemers. Dit was die eerste moderne nasionale kongres in Litaue. Die vergadering het besluit om' n wye politieke outonomie binne die Russiese Ryk te eis en dit op vreedsame wyse te bewerkstellig. Dit word beskou as 'n belangrike stap in die rigting van die Wet van Onafhanklikheid van Litaue, wat op 16 Februarie 1918 deur die Raad van Litaue aangeneem is, aangesien die Seimas die grondslag gelê het vir die vestiging van 'n onafhanklike Litaus-staat.