Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Toe Litaue in Junie 1940 deur die Sowjetunie beset is, het Aukštuolis saam met ander hooggeplaastes Vladimir Dekanozov, die adjunk van Vyacheslav Molotov, op die Kaunas-lughawe begroet. Hy het in Litaue gebly hoewel sy vrou na Argentinië gevlug het en hy het sy diplomatieke kontakte gebruik om Martynas Yčas te help ontsnap na Berlyn. Na die Sowjet-oorname het Aukštuolis sy werk by die ministerie verloor, maar met 'n aanbeveling van Justas Paleckis (hulle het saam by die Litouwse legasie in Riga gewerk) het hy 'n werk gekry om Russiese taal aan die Sekondêre Skool No. 1 in Panevėžys te leer. Hy was een van die 17.500 Litaue wat gedurende die Junie - deportasie na Siberië gedeporteer is
in 1941 gebore is. Saam met verskeie ander prominente Litaue, waaronder die voormalige president Aleksandras Stulginskis en minister Stasys Šilingas, het Aukštuolis in Kraslag in die Krasnoyarsk Krai beland. In 1942 is hy en 16 ander Litaue weer gearresteer en beskuldig van anti-Sowjet-aktiwiteite. Die NKVD het 'n doodsvonnis aanbeveel, maar die finale vonnis van 25 jaar tronkstraf is eers in Februarie 1952 aangekondig - byna drie jaar na Aukštuolis se dood aan tuberkulose en wanvoeding in Dubravlag.