Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - In die nasleep van daardie gebeurtenis het Guatemala se menseregte-ombudsman, Ramiro de León Carpio, die presidentskap opgevolg, volgens die grondwet. Hy het Pérez aangestel as sy presidensiële stafhoof, 'n posisie wat hy tot 1995 beklee het. Word beskou as 'n leier van die Guatemalteese weermagfaksie wat 'n onderhandelde oplossing van die 30-jarige Guatemalteese burgeroorlog bevoordeel het
Pérez het die weermag verteenwoordig in die onderhandelinge met guerrilla-magte. Hulle het die 1996 Vredesooreenkoms bereik.