PWS word veroorsaak deur 'n epigenetiese verskynsel wat bekend staan as imprinting, wat veroorsaak word deur die verwydering van die vaderlike kopieë van die SNRPN en NDN necdin gene saam met clusters van snoRNA's: SNORD64, SNORD107, SNORD108 en twee kopieë van SNORD109, 29 kopieë van SNORD116 (HBII-85) en 48 kopieë van SNORD115 (HBII-52). Dit is op chromosoom 15 geleë in die streek 15q11-13. Hierdie sogenaamde PWS/AS streek kan verlore gaan deur een van verskeie genetiese meganismes, wat in die meerderheid van gevalle deur toevallige mutasie voorkom. Ander, minder algemene meganismes sluit in eenparige diskommie, sporadiese mutasies, chromosoom translokasies en gene verwyderings. As gevolg van die moederlike afdruk, is die geërfde kopieë van hierdie gene feitlik stil en verteenwoordigers van die vaderlike, en slegs die kopieë van die vaderlike is uitgespreek. Die eerste oorsaak van die verlies
verskynsel bekend as imprinting