Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Van 1959 tot 1960 was Shagari die pionier Federale Minister vir Ekonomiese Ontwikkeling van onafhanklike Nigerië waar sy Ministerie verantwoordelik was vir die opstel van die 1962-1968 ontwikkelingsplan. Shagari se Ministerie van Ekonomiese Ontwikkeling was ook verantwoordelik vir die vestiging van die Niger-Delta-ontwikkelingsraad. Van 1960 tot 1962 was hy die Federale Minister van Pensioene wat die missie van Nigerianization van die staatsdiens onderneem het. Van 1962 tot 1965 is Shagari die Federale Minister van Binnelandse Sake gemaak. Van 1965 tot die eerste militêre staatsgreep in Januarie 1966
Shagari was die federale minister van werke en het baie belangrike projekte uitgevoer, waaronder Eko Bridge Lagos, wat die eerste groot kontrak van die Duitse konstruksiefirma Julius Berger in Nigerië was, en die voltooiing van die Niger-brug wat in 1966 deur die Eerste Minister, Sir Abubakar Tafawa Balewa, in gebruik geneem is. In 1967 is hy aangestel as die sekretaris van die Sokoto Provinsie Onderwysontwikkelingsfonds. Van 1968 tot 1969 het Shagari 'n staatsposisie in die Noordwes-staat gekry as Kommissaris vir Instellings.