Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Ondanks die feit dat hy deur die publiek baie geprys is vir sy hantering van die staatsburokrasie tydens die 1906 ramp
Pardee het voortgegaan om 'n gespanne verhouding met die Southern Pacific Railroad te hê, een wat sedert die 1890's aan die gang was terwyl hy burgemeester van Oakland was. Pardee se rol in die ontluikende Progressiewe beweging wat groot korporatiewe monopolieë wantrou, sowel as sy pogings om staatsbosse te bewaar en te beskerm, het 'n konstante doring vir Suid-Stille Oseaan-bestuurders gebly. 'n Lang bittere stryd oor die hawe van Oakland, wat Pardee namens Oakland aangevoer het dat die hawe 'n munisipale eerder as 'n private korporasie was, het vir baie van sy goewerneurskap uitgetrek. Die saak is in 1906 deur die Hooggeregshof van Kalifornië beslis, wat in Oakland se guns beslis het. Pardee het ook die skepping van nuwe spoorwegmaatskappye aangemoedig om die monopolies van die Suidelike Stille Oseaan te breek.