Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Quesnel is op 6 Februarie 1799 in aktiewe diens by die leër van Italië geplaas. Aan die begin van die Tweede Koalisie Oorlog het Quesnel 'n brigade in Paul Grenier se afdeling gelei. Die afdeling het bestaan uit drie bataljons elk van die 17de, 24de en 106de Demi-Brigades, een bataljon elk van die 2de Helvetika-legioen en die 1ste Poolse legioen, 450 kavallerie en een voet-artilleriebattery. Hy het sy brigade gelei by die Slag van Verona op 26 Maart 1799, die Slag van Magnano op 5 April en die Slag van Cassano op 27-28 April. In die Slag van Bassignana op 12 Mei 1799 is hy in die linker onderarm geskiet. By die Slag van Novi (1799)
Quesnel het 'n brigade in Pierre Garnier de Laboissière se afdeling gelei. Die brigade het bestaan uit die 17de ligte en 63ste lyn-infanterie-regimente. Die pynlike wond aan sy arm het hom uiteindelik gedwing om verlof uit die leër te neem. Vanaf 1 Junie 1801 het Quesnel 'n militêre pos in die Cisalpine Republiek beklee. Twee jaar later het hy die bevel oor troepe naby Faenza oorgeneem.