Voltooi die volgende sin: In September 1796 is Johnston as aide-de-camp aan goewerneur John Hunter aangestel, en in 1800 het hy sy brevetrang as majoor ontvang. In dieselfde jaar is Johnston in hegtenis geneem deur luitenant-goewerneur William Paterson op aanklagte van "die betaling van geeste aan 'n sersant as deel van sy salaris en ongehoorsaamheid aan bevele". Johnston het beswaar gemaak teen 'n krygshof in die kolonie, en Hunter het hom na Engeland gestuur. Daar het die probleme om 'n verhoor met getuies in Australië te hou, daartoe gelei dat die verrigtinge gestaak is, en Johnston het in 1802 na Nieu-Suid-Wallis teruggekeer. In 1803 het Johnston die tydelike bevel van die New South Wales-korps tydens Paterson se siekte oorgeneem en betrokke geraak by die konflik tussen King en die weermag. In Maart 1804 het hy opgetree met besluit wanneer in bevel van die militêre gestuur teen 'n paar
gevangenes wat by Castle Hill in opstand gekom het. Toe Paterson na Port Dalrymple gestuur is, het Johnston die bevelvoerder van die New South Wales-korps geword.