Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - In Junie 1861 is O'Neal as 'n kaptein aangestel en het hy drie groepe soldate gelei. By die bereiking van Richmond is hy aangestel as majoor van die 9de Regiment Alabama Infantry en is in die herfs tot luitenant-kolonel bevorder. In Maart 1862 is hy aangestel as kolonel van die 26ste Alabama-infanterie, en het hierdie regiment tydens die Skiereilandveldtog beveel. In die Slag van Seven Pines is sy perd onder hom doodgemaak, en hy is ernstig beseer deur 'n skootfragment. Hy het groot lof ontvang vir sy optrede by die Slag van Chancellorsville. In 1863 het hy 'n brigade in majoorgeneraal Robert E. Rodes se afdeling gelei en dit gelei in die Slag van Gettysburg, Slag van Manassas Gap en in die Slag van Mine Run.
Ek weet. Vroeg in 1864 is sy regiment teruggestuur na Alabama om sy uitgeputte geledere te werf, maar is vinnig beveel om na Dalton, Georgia, te gaan, waar O'Neal die bevel van brigade-generaal James Cantey se brigade in die Army of Tennessee oorgeneem het. O'Neal het hierdie brigade gedurende die res van die Atlanta-veldtog beveel. Nadat luitenant-generaal John Bell Hood die bevel van die Army of Tennessee gekry het, is O'Neal verlig en het hy vir die res van die oorlog op losstaande diens gedien. Hy is op 6 Junie 1863 as brigadier-generaal aangestel, maar hierdie aanstelling is deur generaal Robert E. Lee uitgestel en die bevordering is deur die Konfederasie-president Jefferson Davis gekanselleer.