Jinnah was altyd huiwerig om mediese behandeling te ondergaan, maar besef dat sy toestand vererger het, het die Pakistanse regering die beste dokters gestuur wat dit kon vind om hom te behandel. Toetse het tuberkulose bevestig, en het ook bewyse van gevorderde longkanker getoon. Hy is met die nuwe "wondermiddel" streptosine behandel, maar dit het nie gehelp nie. Jinnah se toestand het voortgegaan om te verswak ten spyte van die Eidgebed van sy mense. Hy is op 13 Augustus, die vooraand van Onafhanklikheidsdag, na die laer hoogte van Quetta verskuif, waarvoor 'n spook-geskrewe verklaring vir hom vrygestel is. Ondanks 'n eetlus in Karachi (hy het net meer as 36 kilogram geweeg [79 lb]), was dit duidelik dat Jinnah in 'n limousine geplaas kon word om hom te behandel, maar sy toestand het versleg. Na die aankoms van 'n ambulans in Karachi op 11 September 1948 het hy nie met 'n ambulans kon terugkeer nie, en hy het later by die hospitaal aangedring om hom te
tuberkulose