Skryf 'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Die Kirkyard was betrokke by die geskiedenis van die Covenanters. Die Covenanting-beweging het begin met die ondertekening van die Nasionale Verbond in Greyfriars Kirk op 28 Februarie 1638. Na die nederlaag van die militante Covenanters by Bothwell Brig
in 1679 is ongeveer 1200 Covenanters in 'n veld suid van die kerkhof gevange gehou. Toe 'n deel van hierdie veld in die 18de eeu as gewelfde grafte in die kerkhof saamgesmelt is, het die gebied bekend geword as die "Covenanters' Gevangenis".