Skryf'n voortsetting vir hierdie paragraaf - Na die 1971 oorlog
met Indië, het die regering Ishfaq Ahmad na die Pakistanse Instituut vir Kernwetenskap en Tegnologie (PINSTECH) gestuur. Toe Munir Ahmad Khan die voorsitter van PAEC geword het en verantwoordelik was vir die geheime atoombomprojek, het Munir Khan Ahmad as direkteur van PINSTECH aangestel, waar hy tot 1976 gebly het. Ahmad het gedien as die direkteur van die Departement Kernfisika by die geheime Pinstech Instituut wat die eerste ontwerpe van atoombomme ontwikkel het, 'n geheime projek tydens die oorlog na 1971. Daar het hy 'n invloedryke rol gespeel in die leiding van die fisika en wiskundige berekeninge in die kritieke massa van die wapens, en het voorlopige teoretiese werk gedoen oor die implosie-metode wat in die wapens gebruik word.