Ar yr un pryd, mae’n bosib i Reoliadau’r AEA ddiogelu cynefinoedd ar ffermydd a thir sy’n bwysig yn hanesyddol rhag tarfu ar weithgarwch amaethyddol, yn ogystal â diogelu adnoddau naturiol gwerthfawr Cymru.  Mae gweithdrefn yr AEA yn defnyddio dull gwyddonol strwythuredig o asesu prosiectau gwelliant a’u heffaith debygol ar safleoedd penodol a’r amgylchedd ehangach, y tu allan i’r ardaloedd hynny sydd eisoes yn cael eu hamddiffyn yn statudol, megis Safleoedd o Ddiddordeb Gwyddonol Arbennig.  Mae’r safleoedd dynodedig yn cyfrif am lai nag 20% o Gymru.  Oherwydd hynny mae Rheoliadau’r AEA yn chwarae rhan bwysig o ddiogelu bioamrywiaeth a thirwedd hanesyddol Cymru.
At the same time, the EIA Regulations have the scope to protect farmland habitat sites and historically important land from damaging agricultural activity, as well as preserving Wales’ precious natural resources. The EIA regime gives a structured scientific approach to the assessment of improvement projects and their likely impact on particular sites and the wider environment outside of those areas already afforded statutory protection, such as Sites of Special Scientific Interest. Designated sites occupy less than 20% of Wales. As such, the EIA Regulations play an important role in protecting the biodiversity and historical landscape of Wales.