Mae'r cytundeb hefyd wedi darparu rhai mesurau diogelu pwysig ar gyfer y sector trafnidiaeth, gan gynnwys awyrennau a chludo nwyddau, ond efallai y bydd rhai effeithiau difrifol o hyd. Mae hyn yn fwyaf tebygol ar gyfer marchnadoedd arbenigol, o ganlyniad i'r rheolau newydd ar fasnach, yn ogystal â phroblemau’r gofynion fisa newydd ar gyfer rhai gweithwyr proffesiynol e.e. cerddorion.​​​​​​​Gweithgareddau gweithredol– gan gynnwys porthladdoedd a rheoli traffig, ynni a newid yn yr hinsawdd, dyfodol rhaglenni'r UE.
The deal has also provided some important safeguards for the transport sector, including aviation and haulage, however there may still be some severe impacts. Particularly on niche markets, as an outcome of the new cabotage rules, as well as the problems of new visa requirements for some professionals e.g. musicians.​​​​​​​Operational activities– including ports and traffic management, energy and climate change, future of EU programmes.