روش شناسی صدرالمتالهین استنباط معارف عقلی از نصوص دینی در این کتاب به لطف الهی سه نوآوری در خلال بحث های رساله به تحقیق پیوسته است آنچه این نوشتار در جست و جوی آن است تأکید هرچه بیشتر بر هماهنگی شریعت و عقل در حکمت متعالیه و تأکید بر جایگاه وحی در مبادی این حکمت است ساختار بحث در فصل اول این نگاشته نتیجه ای که می توان به دست آورد این است که صدرالمتألهین به علت جایگاه و نیز قوت و کاربرد کامل و بی نقصی که نصوص وحیانی و اسلامی از دو نشئه این عالم و جهان آخرت دارد در قبال عقل به اهمیت نقش آن توجه نموده و در بیشتر آثار خود به تمامی از آیات و روایات استفاده کامل برده است فصل دوم  همچنان که صدرالمتألهین در مسئله فهم متن و معناشناختی از اصل به طور وافر بهره گرفته است در مسائلی مانند هستی شناخت و نیز معرفت شناسیجملگی از واقعیت و رئالیسم استفاده کامل برده است  سومین فصل تبیینی به وسیله نویسنده از طریقه کلی صدرالمتألهین  در نحوه دستیابی به معارف عمیق و مدلولات تأویلی نصوص وحیانی که به شکل تعاملی و دیالکتیکی در هر یک از مرحله ها صورت پذیرفته  ترسیم و ارائه گردیده است و در پایان فصل چهارم ثقل بحث در این رساله بر این مطلب متمرکز است که ملاصدرا از تأویل در نص به عنوان یک روش برای کشف باطن امور و نیل به حقیقت آن ها استفاده کرده است