کتاب استقلال حوزه علمیه و دولت جمهوری اسلامی ایراناثر رضا عیسی نیا پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی   در طول تاریخ حیات حوزه های علمیه شیعی استقلال و عدم وابستگی به دولت ها موضوعی حیاتی برای حوزویان بوده است این استقلال موجب شده است مراجع و فقهای شیعه ن تنها اسلام و احکام اسلامی را در پای قدرت و قدرتمندان ذبح نکنند بلکه تلاش های شهادت طلبانه شان دستگاه سیاسی و حاکمان ظالم را به چالش کشانده و در ذهنیت تاریخی جامعه حک کرده است که آنان پناهگاه مردمان و مظلومان بوده اند امتیاز استقلال حوزه های علمیه شیعه برگ درخشانی است که حوزه به خود میبالد؛ ولی آیا این استقلال در جمهوری اسلامی همانند نظام های سیاسی پهلوی و قاجاری میتواند مسئله ما باشد  ازین رو نویسنده تلاش کرده است در 5 فصل با نگاهی تحلیلی به این مسئله بپردازد  فصل اول کلیات و تمهیدات نظری  فصل دومحاکمیت سیاسی ایران و نهاد مرجعیت  فصل سوم نقش مراجع و نظام سیاسی در مدیریت حوزه علمیه  فصل چهارم حاکمیت سیاسی و سلب قدرت از نهادهای قدرتمند اجتماعی  فصل پنجم راهکارها و پیشنهادها برای استقلال حوزه