ریشه زعفران یک مثقالی  ریشه زعفران همانند کلاله ی آن دارای ویتامین های B۱ B۲ B۶ و C عناصر معدنی از قبیل آهن منگنز و کلسیم است اما نسبت به کلاله دارای مقدار کمتری از این مواد است گفتنی است که ریشه برخلاف رشته های سرخ رنگ زعفران دارای مقدار کمتری کروسین است و بخاطر همین رنگدهی پایین تری دارد چون کروسین عامل اصلی رنگ دهی زعفران است  در نتیجه نمی توان در پیشگیری و درمان بیماری های چشمی دیابت آلزایمر و بهبود حافظه که از موارد درمانی کروسین است استفاده کرد اما چون سایر مواد مفید موجود در کلاله را دارد می تواند برای درمان اختلالات خلقی از جمله ۱ افسردگی ۲ نشاط آوری و ۳ از بین بردن بوی بد دهان ۴شادابی پوست ۵تقویت قوای جنسی و ۶بهبود عملکرد قلب و کبد مورد استفاده قرار گیرد ریشه زعفران همچنین ۷مقوی معده و مثانه نیز می باشد ریشه زعفران همان خواص زعفران را هر چند به مقدار کمتر دارد و میتوان در مواقعی که رنگدهی زعفران مدنظر نیست و تنها خواص درمانی زعفران مورد توجه است از آن استفاده کرد استفاده به جای زعفران در اینگونه مواقع صرفه ی اقتصادی نیز دارد چرا که ریشه زعفران نسبت به زعفران نگین با قیمت کمتری عرضه می شود  در تهیه غذاهایی که فقط طعم و عطر زعفران ملاک است از قبیل ته دیگ شیرینی سوپ خورشت شربت و دمنوش هایی که مواد رنگی دیگری اضافه می کنیم می توان از ریشه زعفران استفاده کرد  علاوه بر کاربرد های درمانیِ به صرفه ی ریشه زعفران از آن در صنایع مختلف از جمله داروسازی شکلات سازی و آرایشی و بهداشتی استفاده می شود