بدایه الحکمه با تعلیقه و مقدمه استاد امینی نژاد 2 جلدی کتاب بدایه الحکمه با مقدمه و تعلیقات استاد علی امینی نژاد در دو جلد به همت مؤسسه آموزشی پژوهشی نفحات توسط انتشارات آل احمد علیهم السلام چاپ گردید  کتاب بدایه الحکمه از نگاشته های علامه طباطبایی رضوان الله علیه در حوزه فلسفه اسلامی است و به عنوان اولین متن درسی این رشته تدوین شده است که استاد علی امینی نژاد با مقدمه و تعلیقات بر این اثر چند اقدام انجام داده اند  ۱ نگارش یک مقدمه با عنوان تمهیدات که زمینه سازی لازم از جهات متعدد برای ورود دانش پژوه به کتاب بدایه و فلسفه آموزی را سامان می دهد در این مقدمه به طور مختصر به برخی مباحث فلسفه فلسفه و تاریخ فلسفه و نیز به برخی بصیرت های تحصیلی برای فلسفه آموزی اشاره شده است  ۲ تعلیقه های متعدد بر کتاب که به زبان فارسی بوده و ادامه سنت تعلیقه نگاری در حوزه های علمیه می باشد این تعلیقه ها کارکردهای متنوعی دارند؛ برخی در حل ابهامات و دشواره های متنی راهگشا هستند و برخی به تبیین فنی و دقیق مسائل محوری و برخی به تاملات در بیانات علامه پرداخته و بعضی نیز سیر تاریخی مباحث را مطرح کرده اند  ۳ روان سازی متن کتاب با استفاده از برخی علائم ویرایشی و نگارشی     کل مقدمه و تعلیقات به قلم خود استاد و محصول تدریس چندین بار کتاب شریف بدایه الحکمه در حوزه علمیه قم است دغدغه اصلی استاد امینی نژاد در این کتاب فراهم سازی یک متن درسی منقح با همه مقدمات و زمینه های لازم برای ورود به فلسفه آموزی است