کتاب تعلیقات علی الحکمه المتعالیه  سید مصطفی خمینی  عربی  گالینگور  وزیری تعليقات علی الحكمة المتعالية مجموعه تعلیقات شهید سیدمصطفی خمینی به زبان عربی در دو جلد بر اثر معروف فلسفی الحکمة المتعالیة فی الأسفار العقلیة الأربعة صدرالمتألهین است که توسط مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی منتشر شده است کتاب حاضر حاصل تلاش سال های متمادی تحصیل نویسنده است که البته طول مدت کتابتش باعث عدم انسجام میان تعلیقات شده است و ازاین رو برخی از تعلیقات آن بهتر و دقیق تر از برخی دیگر است همچنین تعلیقات سیدمصطفی خمینی بر تمام کتاب نبوده و بر برخی مباحثش به ویژه مباحث جوهر و عرض متعلق است شاید شدت اهتمام سید شهید بر تعلیقه بر این بخش به خصوص از حکمت متعالیه صدرالمتألهین عدم وجود تعلیقات زیاد بر آن است؛ یعنی او به ویژه بر این قسمت تعلیقه زده است تا شکاف مشهود در شروح اسفار در این قسمت را پر کرده باشد وی در اکثر مباحث مانند وجود ذهنی و حرکت و عقل و معقول و مباحث الهیات بالمعنی  الاخص و مباحث نفس و معاد مطالب ظریفی را مطابق برهان و ذوق سلیم بیان کرده است از نکات بارز این تعلیقات شجاعت مصنف شهید آن در نقد آرا و ارائه تحقیقات و تدبر در تمام مطالبی است که متقدمین و متأخرین این علم بیان کرده اند؛ تا نظری که آن را نقد نکرده و در آن تدبر ننموده نپذیرد مصطفی خمینی با وجود حسن ظنی که به حکما و عرفا دارد و ازاین رو هرجا خللی در کلام یا نحوه ارائه کلام آنان ببیند آن را توجیه می نماید صرفا به تقلید از آنان نپرداخته و بدون دلیل بر قول کسی اعتماد نمی کند  تعلیقات شهید مصطفی خمینی بر اسفار الحكمة المتعالية في الأسفار العقلية الأربعة علی رغم ایجاز و اختصارش نکته های علمی دقیقی را در مابعدالطبیعه و فلسفه اولی بلکه در علم طبیعی به خواننده اهل تحقیق نشان می دهد  از نکات جالب این کتاب این است که نویسنده آن برخی از حواشی آقاعلی زنوزی بر اسفار را نقل کرده است؛ بااینکه حواشی مدرس زنوزی در دسترس نیست علت این امر شاید این باشد که او نسخه ای از تعلیقات مدرس زنوزی را در دست داشته یا این نسخه در دست برخی از دوستانش بوده است  همچنین امام خمینی نیز حواشی ای بر الحكمة  المتعالية ملاصدرا داشته است که آن نیز مفقود است اما ازآنجاکه شهید سیدمصطفی خمینی نزد پدرش این کتاب را خوانده است شروع آموزش این کتاب نزد پدرش سال 1374ق در تهران بوده است برخی مطالب را از او نقل کرده است  سیدمصطفی خمینی همچنین برخی کتاب ها را نزد سیدابوالحسن رفیعی قزوینی فراگرفت شروع تحصیلش نزد این استاد 1374ق بوده است و برخی از تحقیقات و شروح را از او در این اثر نقل می کند  استنساخ و مقابله کتاب با متن تعیین مواضع تعلیق به جهت سهولت شناسایی تشخیص آن از متن اصلی تصحیح مواضع تعلیقه در موارد اختلافی میان نسخه قدیم و جدید و تعیین یکی از آنها عنوان بندی مطالب بر اساس عناوین مذکور در اسفار اربعه عدم دست بردن در اصل متن به هدف تصحیح آن؛ مثلا ارجاع ضمیر مؤنث به کلمه مذکر و به جهت حفظ اصل متن شماره گذاری و پاراگراف بندی مطالب به جهت تسهیل فهم آن تخریج آیات کریمه و احادیث شریفه و نظرات علما تا جایی که در توان ناشر بوده و کتاب ها در دسترسش بوده مثلا کتاب سبيل  الرشاد در دسترس ناشر نبوده و از جمله کارهای تحقیقی است که توسط ناشر برای چاپ این اثر انجام شده است