داستان این بازی در ادامهٔ داستان نسخهٔ پیشین این سری اساسینز کرید برادری روایت می شود اتزیو پس از پایان یافتن رویدادهای اساسینز کرید برادری برای یافتن پاسخی برای پرسش های خود پیرامون پیشینهٔ اساسین ها پانویس و دنیای افسانه ای خود الطائر ابن لا احد مسیر قلعه مصیاف را در پیش می گیرد؛ مکانی که تا چند سده پیش از او محل حضور و فعالیت های الطائر و گروه اساسین ها بود اتزیو در پی یافتن کتابخانه ای مخفی در درون این محوطه است که متعلق به الطائر بوده است جستجویی که او را با الطائر و دسموند مایلز ارتباط می دهد