کتاب مشکات  معارف قرآن 13 خداشناسی  جهان شناسی  انسان شناسی معارف قرآن مجموعه کتاب هایی است که در آن حضرت استاد به دسته بندی موضوعی آیات قرآن کریم پرداخته اند که این مجموعه از جمله آثار ابتکاری و بدیع ایشان محسوب می شودحضرت استاد در آغاز ضمن تاکید بر لزوم گنجاندن درس تفسیر در مجموعه دروس اصلی حوزه علمیه از مرحوم علامه طباطبایی در مقام پیشگام و پرچمدار تدریس و نگارش تفسیر در حوزه تقدیر می کنند و ارائه یک دوره کامل تفسیر را به منزله متن درسی نامیسر می شمارند و همچنین انتخاب بخش هایی از تفسیر قرآن را نیز ناکافی و غیرمفید می دانند و دسته بندی موضوعی آیات را تنها راه ممکن و مفید می بینند البته این دسته بندی می  باید با نظم منطقی و بیانی موجز و متناسب با کتاب درسی عرضه گردد