تفسیر آیات مشکل قرآن  یعقوب جعفری نیا در کتاب حاضر به تفسیر برخی از آیات قرآنی  که در نگاه اول مشکل می نماید و فهم درست آنها  به تدبر بیشتری نیاز دارد پرداخته شده است مشکل بودن فهم این آیات به خصوص در عصر حاضر می تواند علل گوناگونی داشته باشد که در مقدمه کتاب توضیح داده شده است مولف در این کتاب 35 آیه را انتخاب کرده و آنها را به طور مشروح مورد بحث و بررسی قرار داده و ضمن تفسیر و توضیح آیه و بررسی همه جانبه آن شبهاتی را که ممکن است مطرح شود پاسخ داده است