کتاب ولایت و حکومت مباحث کتاب ولایت و حکومت به نوعی در ادامه مباحث کتاب طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن است و به معرفی جریان ولایت در عصر غیبت می پردازد این کتاب دربردارنده مباحثی در تعریف مبانی حکومت الهی و شناخت چهره حاکمان و کارگزاران اسلامی است  محتوای کتاب شکل گرفته از دو  منبع اصلی است؛ سلسله جلسات طرح کلی اندیشه اسلامی و سلسله خطبه های نمازجمعه معظّم له در دهه شصت درباره حکومت اسلامی سبک کتاب به گونه ای است که عبارت ها و مفاهیم نیازمند به توضیح بیشتر در پاورقی و با استفاده از دیگر سخنرانی های معظّم له شرح داده شده اند برخی از مطالب آغازین کتاب با کتاب طرح کلی اندیشه اسلامی مشترک است لکن سعی شده با رعایت اختصار تنها بخش هایی که برای درک پیوستگی بحث نیاز است آورده شود  کتاب با تعریف مفهوم ولایت و معرفی اولی الامر آغاز شده و با تعریف ولایت طاغوت ویژگیِ حاکمان طاغوتی را تشریح می کند آنگاه حکومت اسلامی و عناصر شکل گیری آن را معرفی می کند و با توجه به سیره امیرالمومنین علیه السلام به ترسیم چهره حاکم اسلامی می پردازد  یکی از فصل های کتاب که بیشترین ارتباط را با مباحث روز و شبهات وارده به نظام جمهوری اسلامی دارد فصل هشتمِ کتاب است؛ جریان ولایت در دوران غیبت برخی از زیرفصل های آن عبارتند از حق حاکمیت دین نهضت بازگشت به اسلام تکاپوی فقه شیعی جدایی دین از سیاست انتصاب و انتخاب ولایتِ فقیه پیشینیه ولایت فقیه ولیِ فقیه ریشه مشروعیت ارکان نظام حدود اختیارات ولیِ فقیه انقلاب اسلامی گامی به سوی حاکمان اسلامی ارزش های انقلاب اسلامی خمینی کبیر تداوم راه  و آخرین فصل کتاب ترسیمی است از جامعه مهدوی پس از ظهور آخرین امام  ضمیمه کتاب شرحی است بر عهدنامه مالک اشتر حضرت آیت الله خامنه ای در برخی از دیدارهای هیئت دولت در ماه مبارک رمضان با ایشان فرازهایی از این فرمان امیرالمومنین را قرائت کرده و شرح داده اند شرح های موجود جمع آوری  شده و همگام با متن فرمان تنظیم شده است