کتاب چالش های فکری نظریه ولایت فقیه تبیین ولایت فقیه به عنوان تنها نظریه رایج و فراگیر فقه شیعه در باب دولت نیازمند پاسخ به پرسش ها و شبهات متعددی است که برخی از آن ها قابل اهتمام می باشد این پرسش ها و شبهه ها نوعاً در سال های پس از پیروزی انقلاب اسلامی که زمینه تشکیل جمهوری اسلامی بر مبنای ولایت فقیه را فراهم ساخت مورد توجه و علاقه اندیشمندان و محافل علمی قرار گرفته استمحقق محترم به درخواست مرکز تحقیقات علمی وابسته به دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری به بررسی اهم پرسش ها پرداخته و آن ها را در سه بخش مورد بررسی قرار داده است نخست آنچه مربوط به مفهوم ولایت می باشد مطرح شده و سپس آنچه به موضوع انتصاب ارتباط دارد و در پایان نیز موضوع مدیریت فقهی و شبهاتی که در سازگاری یا ناسازگاری آن با مدیریت علمی مطرح ساخته اند تحلیل و ارزیابی شده است