کتاب موسوعه الشهید الثانی دوره 29 جلدی شهید ثانی پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی زین الدین علی بن احمد شامی عاملی معروف به شهید ثانی 911965 از معدود عالمان شیعه است که آثار و مؤلّفات بسیار از ایشان به یادگار مانده است  موسوعة الشهید الثاني مشتمل بر 55 عنوان از آثار وی است كه به صورتى بدیع و دقیق طبق آخرین مِتد و روش های تحقیق و در قالب موسوعه در 30 مجلد چاپ و منتشر شده است  این آثار بر اساس اهمیّت موضوع و جایگاه هر اثر ترتیب و تنظیم شده است برخى آثار در 2 جلد یا بیشتر مانند كتاب مسالك الأفهام در 12 مجلد و برخى از مجلّدات مشتمل بر چندین كتاب و رساله است یک جلد به فهارس و یک جلد به حیات و آثار شهید ثانی اختصاص یافته است   محتوای این موسوعه عبارت است از المدخل  الشهید الثاني حیاته وآثاره ج1  1 منیة المرید ج2  2 ـ 6 الرسائل1 2 كشف الریبة؛ 3 التنبیهات العلیّة؛ 4 مسكّن الفؤاد؛ 5 البدایة؛ 6 الرعایة لحال البدایة في علم الدرایة ج3  7 ـ 30 الرسائل2 7 تخفیف العباد في بیان أحوال الاجتهاد؛ 8 تقلید المیّت؛ 9 العدالة؛ 10 ماء البئر؛ 11 تیقّن الطهارة والحدث والشكّ في السابق منهما؛ 12 الحدث الأصغر أثناء غسل الجنابة؛ 13 النیّة؛ 14 صلاة الجمعة؛ 15 الحثّ على صلاة الجمعة؛ 16 خصائص یوم الجمعة؛ 17 نتائج الأفكار في بیان حكم المقیمین في الأسفار؛ 18 أقلّ ما یجب معرفته من أحكام الحجّ والعمرة؛ 19 نیّات الحجّ والعمرة؛ 20 مناسك الحجّ والعمرة؛ 21 طلاق الغائب؛ 22 میراث الزوجة؛ 23 الحبوة؛ 24 أجوبة مسائل شكر بن حمدان؛ 25 أجوبة مسائل السیّد ابن طرّاد الحسینی؛ 26 أجوبة مسائل زین الدین بن إدریس؛ 27 أجوبة مسائل الشیخ حسین بن زمعة المدنی؛ 28 أجوبة مسائل الشیخ أحمد المازحي؛ 29 أجوبة مسائل السیّد شرف الدین السمّاكي؛ 30 أجوبة المسائل النجفیّة ج4  31 ـ 43 الرسائل3 31 تفسیر آیة البسْمَلَة؛ 32 الإسطنبولیّة في الواجبات العینیّة؛ 33 الاقتصاد والإرشاد إلى طریق الاجتهاد؛ 34 وصیّةٌ نافعةٌ؛ 35 شرح حدیث الدنیا مزرعة الآخرة؛ 36 تحقیق الإجماع في زمن الغَیْبَة؛ 37 مخالفة الشیخ الطوسی لإجماعات نفسه؛ 38 ترجمة الشهید بقلمه الشریف؛ 39 حاشیة خلاصة الأقوال؛ 40 حاشیة رجال ابنداود؛ 41 الإجازات؛ 42 الإنهاءات والبلاغات؛ 43 الفوائد ج5  44 تمهید القواعد ج6 ـ 9  45 الروضة البهیّة في شرح اللمعة الدمشقیّة ج10 و11  46 روض الجنان في شرح إرشاد الأذهان ج12  47 ـ 49 المقاصد العلیّة وحاشیتا الألفیّة ج13  50 الفوائد الملیّة لشرح الرسالة النفلیّة ج14  51 و52 حاشیة شرائع الإسلام وحاشیة المختصر النافع ج15  53 حاشیة القواعد فوائد القواعد ج16  54 حاشیة إرشاد الأذهان ج17 ـ 28  55 مسالك الأفهام إلى تنقیح شرائع الإسلام ج29  الفهارس  گفتنی است در تصحیح و تحقیق این مجموعه از نسخه های بسیار نفیسی استفاده شده که برخی از آن  ها نسخه دست خطّ مبارک خود شهید ثانی و یا شاگردان ایشان بوده است