توضیح المسائل مراجع مطابق با فتاوای دوازده نفر از مراجع معظم تقلید دوره دو جلدی گردآورنده  جناب بنی هاشمی خمینی      متن اصلى اين توضيح المسائل رساله امام خمينى قدس سره است و در هر موردى كه عبارت رساله يكى از مراجع همچون آيات عظام خوئى گلپايگانى اراكى فاضل لنكرانى بهجت خامنه اى تبريزى شبيرى زنجانى مكارم شيرازى نورى همدانى سيستانى و صافى گلپايگانى با رساله امام مغاير باشد روى همان مورد شماره اى قرار گرفته و در پاورقى طبق همان شماره عبارتِ مغاير با حروف ريزتر ذكر شده استبنابراین اگر در پاورقى هر مسئله عبارت مغايرى از مراجع تقليد نقل نشده باشد به معناى آن است كه نظر او با متن اصلى موافق بوده است  در هر مسئله اى كه يكى از مراجع معظم مطلبى اضافه بر متن اصلى يا جمله اى مغاير با آن داشته باشند در محل مورد نظر شماره اى گذاشته شده و مطلب اضافه يا جمله مغاير در پاورقى ذكر شده و سپس نقطه چين شده است؛ يعنى بايد خواننده پس از مطالعه پاورقى به متن اصلى برگردد  در هر مسئله اى كه فتواى يكى از مراجع با قسمتى از متن اصلى موافق ولى با بقيه آن مغاير باشد در پايان همان قسمت شماره اى گذاشته شده و بقيه نظر آن مرجع در پاورقى درج گرديده و سپس نقطه پايان يا عبارت پايان مسئله آمده است؛ يعنى مقلد آن مرجع پس از مطالعه پاورقى نبايد به متن اصلى برگردد  اگر مسئله اى در متن اصلى آمده ولى در رساله يكى از مراجع عظام نيامده پس از پايان متن اصلى تذكر داده شده است  اگر مسئله اى در متن اصلى نيامده ولى در رساله يكى از مراجع آمده آن مسئله با شماره اى كه در رساله همان مرجع است تحت عنوان مسئله اختصاصى درج شده است  اگر يكى از مراجع نظر خود را درباره مسئله اى در جاى ديگرى ذكر كرده باشد نشانى آن داده شده است  در هر مسئله اى كه رساله يكى يا عده اى از مراجع عظام با متن اصلى آن قدر مغايرت داشته كه قابل تلفيق نبوده تمام آن مسئله بعد از پنج ستاره مطابق رساله يا رساله هاى مغاير آورده شده است ولى در چنين مواردى حتى المقدور عبارت رساله هاى مغاير تلفيق شده؛ يعنى اگر قسمت هايى از عبارات آنها مشترك بوده مسئله مورد نظر از روى رساله مرجعى كه تقدم زمانى داشته نقل گرديده و هر جا كه عبارت رساله ديگران با آن مغاير بوده علامت مخصوصى گذاشته شده و پس از پايان آن مسئله با همان علامت در طول سطر كوتاه تر آورده شده است  چون توضيح المسائل مقام معظم رهبرى مدظله در دسترس نيست در پايان هر بخش از اين كتاب نظرات ايشان از ترجمه فارسى رساله أجوبة الاستفتائات كه مربوط به همان بخش است عيناً درج شده است  در بخش پايانى رساله هاى مراجع عظام مسائل مستحدثه اى در رابطه با معاملات بانكى سفته بيمه دفاع و غيره آمده است كه چون با يكديگر قابل تلفيق نبوده به صورت جداگانه تنظيم گرديده است؛ هرچند سعى شده حتى المقدور نظراتى كه نزدیک به يكديگر است تلفيق شود