منطق قرآن در برخورد با یهود و نصارا در ابتدای این کتاب به توصیف کلیاتی از بنی اسرائیل و نصارا چنانچه در قرآن کریم آمده است صورت گرفته است و دیدگاه مفسران شیعه و اهل سنت در مورد جایگاه و تصویر ارایه شده از آنان در قرآن با هم مقایسه شده است آن گاه با توجه به ویژگی های نام برده شده برای این دو گروه به تبیین منطق قرآن در برخورد با یهود و نصارا پرداخته شده و چگونگی نقد و ارزیابی عقاید و باورهای آنان و چگونگی نقد اخلاق و رفتار ایشان توسط قرآن کریم بیان شده است  نویسنده با توجه به شأن نزول برخی از آیات قرآنی در مورد رفتار و اندیشه های مسسیحیان و یهودیان به تجزیه و تحلیل مفاد آن آیات در مورد این دو طایفه پرداخته برخی از اعمال ناشایست آنان و نیز عقاید خرافی و ضدتوحیدی آنان را از منظری قرآنی مورد انتقاد قرار داده است