کتاب موسوعه الشهید الثانی  29جلدی  الشهید الثانی  پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی در این مجموعه از نسخه های نفیسی در تصحیح و تحقیق رساله ها و کتب استفاده شده است که برخی از آنها به دست خط خود شهید ثانی نوشته شده است مجموعه آثار شهید ثانی توسط مرکز احیای آثار اسلامی پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی تحقیق و منتشر گردیده است  این مجموعه شامل ۵۵ اثر از آثار شهید ثانی در موضوعات فقهی رسائل و آثار دیگر است که برای اولین بار کارهای چاپی آن انجام می شود و این آثار در طول ۱۰ سال شناسایی گردآوری تصحیح و آماده چاپ شده است  یکی دیگر از ویژگی های این اثر آن است که مقدمه آن به شرح حال شهید ثانی و آنچه در تاریخ آمده اختصاص دارد و جلد آخر موسوعه نیز به فهرست های جامع این موسوعه اختصاص پیدا کرده است