در دومین مرحله فیلتر طبقاتی زئولیت قرار دارد فیلتر زئولیت یک ماده معدنی جاذب و متخلل است که باعث حذف رسوبات آمونیاک فلزات سمی و سنگین میکرو ارگانیسم ها و  می شود در طبقات دیگر نیز سنگ های معدنی برای جذب سایر ناخالصی ها قرار داده شده است