Fakat bağırsak mikrobiyom bilemişimi ve konak bağışıklık tepkileri üzerindeki etkileri farelerde iyi şekilde araştırılmışsa da; mikrobiyomun, bağırsağı yüksek tanımlı koşullar altında kaplayan epitel hücreleriyle nasıl doğrudan etkileşime girdiğini araştırmak ve bu sebeple, bulaşıcı patojenlere karşı konak toleransı sağlayabilen belirli bakteri alttürlerini ortaya çıkarmak mümkün değil.
Fakat ba¤›rsak mikrobiyom bilemiﬂimi ve konak ba¤›ﬂ›kl›k tepkileri üzerindeki etkileri farelerde iyi ﬂekilde araﬂt›r›lm›ﬂsa da; mikrobiyomun, ba¤›rsa¤› yüksek tan›ml› koﬂullar alt›nda kaplayan epitel hücreleriyle nas›l do¤rudan etkileﬂime girdi¤ini araﬂt›rmak ve bu sebeple, bulaﬂ›c› patojenlere karﬂ› konak tolerans› sa¤layabilen belirli bakteri alttürlerini ortaya ç›karmak mümkün de¤il.