Yaklaşık 150 yıldır yapılan araştırmalara rağmen, boynuzlu timsahın yaşam ağacındaki konumu tartışmalı kalmış. İlk olarak 1870’lerde, aralarında Nil, Asya ve Amerikan timsahlarının yer aldığı “gerçek timsahlar” grubunda yeni bir tür şeklinde tanımlanmış. Ardından, 20’nci yüzyılın ilk dönemlerinde, numunenin sadece çok eski Nil timsahlarını temsil ettiği düşünülmüş.
Yakl  aşık 1 50 y  ı ldır yap ıla n a raştırmal a ra ra ğmen  , boynuzl u tims   ahın yaş am ağacınd a ki k onumu t artışmalı kalm ış . İ  l k ol  a ak 1870’l erd  e, a r ala rında Ni  l , Asy a v  e Am erikan timsahlarını n ye   r al dığı “ gerçe k ti msahl ar” g rub  unda ye   ni bi r tü  r ş e  klinde tan ı mlanmış. Ardın da n, 2 0’ n ci yü zyıl ı n i l k dönemleri nde, n umune nin sad e  ce ço k e  s ki N il timsah larını t emsi  l e tt  iği d üşün ülm üş.