Fakat bağırsak mikrobiyom bilemişimi ve konak bağışıklık tepkileri üzerindeki etkileri farelerde iyi şekilde araştırılmışsa da; mikrobiyomun, bağırsağı yüksek tanımlı koşullar altında kaplayan epitel hücreleriyle nasıl doğrudan etkileşime girdiğini araştırmak ve bu sebeple, bulaşıcı patojenlere karşı konak toleransı sağlayabilen belirli bakteri alttürlerini ortaya çıkarmak mümkün değil.
Fakat bağýrsak mikrobiyom bilemişimi ve konak bağýşýklýk tepkileri üzerindeki etkileri farelerde iyi şekilde araştýrýlmýşsa da; mikrobiyomun, bağýrsağý yü
ksek tanýmlý koşullar altýnda kaplayan epitel hücreleriyle nasýl doğrudan etkileşime girdiğini araştýrmak ve bu sebeple, bulaşýcý patojenlere karşý konak toleransý sağlayabilen belirli bakteri alttürlerini ortaya çýkarmak mümkün değil.