Fakat bağırsak mikrobiyom bilemişimi ve konak bağışıklık tepkileri üzerindeki etkileri farelerde iyi şekilde araştırılmışsa da; mikrobiyomun, bağırsağı yüksek tanımlı koşullar altında kaplayan epitel hücreleriyle nasıl doğrudan etkileşime girdiğini araştırmak ve bu sebeple, bulaşıcı patojenlere karşı konak toleransı sağlayabilen belirli bakteri alttürlerini ortaya çıkarmak mümkün değil.
Fakat bag›rsak mikrobiyom bilemisimi ve konak bag›s›kl›k tepkileri uzerindeki etkileri farelerde iyi sekilde arast›r›lm›ssa da; mikrobiyomun, bag›rsag› yuksek tan›ml› kosullar alt›nda kaplayan epitel hucreleriyle nas›l dogrudan etkilesime girdigini arast›rmak ve bu sebeple, bulas›c› patojenlere kars› konak tolerans› saglayabilen belirli bakteri altturlerini ortaya c›karmak mumkun degil.