Yukarıda açıklanan davanın açılması ile kendiliğinden yürütmenin duracağı kuralı, tüm vergi uyuşmazlıkları için geçerli değildir. Bu ana kuralın birtakım istisnaları mevcuttur:

3.1. Dava Dosyasının İşlemden Kaldırılması

Öncelikle İYUK 27. madde 4. fıkra hükmünün devamında yürütmenin durdurulması kuralının istisnalarından birine yer verilmiştir; “…Ancak, 26 ncı maddenin 3 üncü fıkrasına göre işlemden kaldırılan vergi davası dosyalarında tahsil işlemi devam eder.”
Yu kar  ıda açıkla n an davanı  n aç ılma sı il e kendiliğ i nd en yürütmen  in duracağ ı kural ı, tü m v ergi uyuşm azlıkları iç i n g eç erl i de ği  ldir. B u a   na Ku ral ın b  i rtakım isti snalar ı mevc uttur: 3. 1. Da v  a Dosy asının İş lemden Ka ldırı lm ası Önc el ik le İY U  K 27 . ma d de 4 . f  ı kRa hü km ünün d  evamı nda yü rütm eni n d urd ur ulması k u  ralının istis nalar ından b ir i ne y e r v e rilm iştir; “…A n  cak, 2  6 n cı - m add enin 3 ün c ü fı k rası na gö   re i ş  lemden ka ldır ılan ve  rgi d avası dosyaları nda ta hsi l i şle M i dev am e  d er.”