Yunanistan Kilisesi, Kutsal Meclis baş rahipleri ve kilise tüzüğünün belirlediği şekilde yönetiliyor. Kilisenin başı da Yunan Başpiskoposu. Anayasada hakim dinin belirtilmesinin nedeni kiliseyi güvence altına almak. Dolayısıyla kilisenin aldığı bir karar Yunanistan devletini bağlamıyor. Diğer yandan 2019 yılında Yunanistan Başbakanı Aleksis Çipras laikliğin anayasallaşması ve Ortodoks kilisesi din görevlilerinin devlet memurluğundan çıkarılması girişimlerinde bulunmuş ancak muvaffak olamamıştı.
Yunani   stan Kilisesi  , Ku tsal Me c  lis b a s rah ipl eri v   e k ilise t uz ug unun b elirled igi s ekilde yonetili  or. K il isenin b ası d   a Y un an Baspiskop osu. Anayas ada h a ki m dini   n bel i rtimesinin nede n  i ki li  seyi gu ve nce alt  ına a lmak. Do layısı yla kilisen i n al dıg ı b  r k a rar Yu nanistan devle tini baglamıyo r. Dig er yand an 201 9 y  ılında Yunani stan Bas b akanı Alek s is Çi  pras lai kl igin an ayas allasması v   e Ort odoks ki lis esi d in gore vli leri nin dev l et memurlu g undan cı k arılmas ı girisi  m lerinde b ul un mus a  n cak muvaff ak ola mamıstı.