Fakat bağırsak mikrobiyom bilemişimi ve konak bağışıklık tepkileri üzerindeki etkileri farelerde iyi şekilde araştırılmışsa da; mikrobiyomun, bağırsağı yüksek tanımlı koşullar altında kaplayan epitel hücreleriyle nasıl doğrudan etkileşime girdiğini araştırmak ve bu sebeple, bulaşıcı patojenlere karşı konak toleransı sağlayabilen belirli bakteri alttürlerini ortaya çıkarmak mümkün değil.
Fakat bağýrsak mikrobiyom bilemişiim ve konak bağýşýklýk tepileri üzerindeki etkileri farelerde iyi şekilde araştýrýlmýşsa da; mikrobiyomun, bağýrsağý yüksek tanýmlý koşullar altýnda kaplayan epitel hüceleriyle nasýl doğrudan etkileşime girdiğini araştýrmak ve bu sebeple, bulaşýcý patojenlere arşý konak toleransý sağlayabilen belirli bakteri alttürlerini ortaya çýkarmak mümkün değil.