Bu hücre kandırma işleminin düzenlenmesi zorlaşabiliyor ve Cas9 sık sık istenmeyen, hedef dışı bölgeleri de kestiği için zararlı bile olabiliyor. Rekombinamühendislik adı verilen alternatif düzenleme yöntemleri, bu sağ gösterip sol vurma işlemini hücre genomunu kopyaladığı sırada değişimli bir DNA parçası sunarak gerçekleştirebiliyor. Böylelikle DNA kırılmadan, etkili bir şekilde genetik mutasyonlar oluşturuluyor.
B  u hucr  e kandı r  ma slem  inin duzen lem esi zo rlasabiliyor v  e Ca  s9 sı k sı  k istenm eyen, h ede f d  ı sı b olgeleri d   e kes tigi i  ci n zarar l ı bi le olabiliy or. Rekombinamuhend islik ad ı v erilen a ltern tif duz enlem e yoneml eri, b  u s a g goster ip so  l v u rm a i sl emini huc  re genomun u kopyal  a dıgı sır ada degi si  mli b i  r DN A p  arcası su nar  ak gercekles tire  biliyor. Boylel i  kle DN   A k ırı lmadan, et k ili b ir sek il de ge netik m uta syonl ar o lusturuluyor.