Die Stichwahl vom 17. April 2004 gewann er mit 59,91 % der Stimmen und trat das Amt am 15. Juni 2004 an. Bei der Präsidentschaftswahl am 21. März 2009 erreichte Gašparovič 46,7 % der abgegebenen Stimmen, verfehlte damit aber die absolute Mehrheit.