Umgeben wird Saint-Jean-de-Braye von den Gemeinden Semoy im Norden, Marigny-les-Usages und Boigny-sur-Bionne im Nordosten, Chécy und Combleux im Osten, Saint-Denis-en-Val im Süden, Saint-Jean-le-Blanc im Südwesten und Orléans im Westen.