Naturschutz Andimilos ist Teil des Natura-2000 -Gebiets GR 4220007, Andimilos (Νήσος Αντίμηλος), das zugleich zum Important Bird Area GR 152 Western Milos, Antimilos and Polyegos Islands (Δυτική Μήλος, Αντίμηλος και Πολύαιγος) gehört.