Umgeben wird La Chapelle-aux-Lys von den Nachbargemeinden Breuil-Barret im Norden und Nordwesten, Saint-Paul-en-Gâtine im Norden und Osten, Le Busseau im Südosten, Saint-Hilaire-de-Voust im Süden sowie Loge-Fougereuse im Westen.