 Kọ itẹsiwaju fun paragirafi yii - Lẹhin ifẹhinti, Sammer di olukọni olori ti Borussia Dortmund ni 1 Keje 2000. Sammer mu Borussia Dortmund gba ife ẹyẹ Bundesliga miran ni ọdun 2002. Ẹgbẹ rẹ dé ìdíje UEFA Cup 200102 : ọdún kan náà, ṣùgbọn ó pàdánù 2 sí 3 lòdì sí Feyenoord. Sammer ni won fi sile ni opin akoko 200304 leyin ti Dortmund pari ni ipo kẹfa. 