 Kọ itẹsiwaju fun paragirafi yii - Lẹhin ti o gba 199899 Russian Cup, Zenit ti ni ẹtọ fun 19992000 UEFA Cup ṣugbọn wọn tun yọ kuro ni iyipo akọkọ nipasẹ ile-iṣẹ Itali Bologna, ti o padanu 52 ni apapọ. Awọn ọdun 2000 ri Zenit gba ami ẹyẹ UEFA Cup ni igba mẹrin  wọn ti jade ni iyipo akọkọ ni 2002  03, ipele ẹgbẹ ni 2004  05 ati awọn mẹẹdogun-ipin ni 2005  06 ṣaaju ki o to gba akọle akọkọ wọn ti Yuroopu nipa fifọ ẹgbẹ agbabọọlu Scotland Rangers 2  0 ni 2008 UEFA Cup Final : ní pápá ìṣeré City of Manchester. Ìṣẹgun yìí túmọ sí pé wọn máa gbá nínú ife ẹyẹ UEFA Super Cup 2008 lòdì sí Manchester United, tí wọn ṣẹgun 21. Lẹyìn tí wọn gba ife ẹyẹ Premier League Russia mẹta àkọkọ lọdún 2007, 2010 àti 201112, wọn tóótun fún ife ẹyẹ European Cup tí ó jẹ UEFA Champions League báyìí fún ìgbà àkọkọ lẹyìn ogún ọdún, ṣùgbọn wọn kò tíì kọjá ìpele mẹrìndínlógún. 