 Kọ itẹsiwaju fun paragirafi yii - Ni ibẹrẹ akoko, Bonaventura yipada nọmba rẹ lati 28 si 5. Ó bẹrẹ ìdíje ìfilọlẹ ìdíje Serie A ti Milan lòdì sí Torino. Ní ìdajì kejì nínú ìdíje náà, Joel Obi ṣe àṣìṣe sí i nínú pápá tí wọn ti ṣe àyẹwò àyẹwò àyẹwò àyẹwò àyẹwò àyẹwò àyẹwò àyẹwò àyẹwò àyẹwò àyẹwò àyẹwò. Ó gba góòlù àkọkọ rẹ nínú ìdíje náà ní ọjọ kejì oṣù kẹwàá nínú ìdíje tí Milan fi gba Sassuolo, tí wọn fi 4 sí 3. Ni ọsẹ ti o tẹle o ṣe iranlọwọ fun ibi-afẹde MBaye Niang lodi si ChievoVerona ni 3 si 1 win. O tun ṣe iranlọwọ fun ibi-afẹde akọkọ ti Suso ni 2  2 fa si awọn abanidije ilu, Inter. Ní ọjọ 23 oṣù Kejìlá ọdún 2016, Bonaventura gba góòlù tí ó mú kí ìdíje Supercoppa Italiana dọgba : Lodi si Juventus; o tun gba penalty re ninu shoot-out to sele, o si ran Milan lowo lati gba ife eye 4 si 3. Ó fọwọ sí ìmúgbòòrò àdéhùn títí di ọdún 2020 pẹlú Milan ní 18 January 2017. Ní 29 January, Bonaventura farapa nínú ìdíje kan lòdì sí Udinese èyí tí ó mú un kúrò fún ìyókù ìdíje náà lẹyìn iṣẹ abẹ fún ọgbẹ ìbàdí; ní ìbẹrẹ ìdíje náà, ó gba góòlù Milan nínú àdánù 21. O pada si ẹgbẹ fun ere ikẹhin ti akoko naa lodi si Cagliari ni Oṣu Karun ọjọ 28, ṣugbọn ko le ṣe ifarahan lakoko ere bi Milan ti padanu 2 si 1. O pari akoko naa pẹlu awọn ibi-afẹde 5 ati awọn iranlọwọ 4 ni awọn ifarahan 22 ni gbogbo idije bi Milan ṣe pari 6th ni Serie A, ti o ti jade kuro ni Coppa Italia ni awọn mẹẹdogun-opin nipasẹ awọn aṣaju Juventus, ati pe o tun gba Supercoppa Italiana. 