 Kọ itẹsiwaju fun paragirafi yii - Ni awọn ọdun 2000, Atalanta ni iriri awọn gbigbe pipin diẹ sii: o ti sọkalẹ ni 200203 : bó tilẹ jẹ pé ó parí ní ipò keje ní ọdún méjì sẹyìn àti 200405, ṣùgbọn ó gba ìgbéga sí Serie A lẹyìn sáà kan péré ní Serie B ní ìgbà méjèèjì, ó sì gba ife ẹyẹ 200506. Lẹyìn tí wọn ṣe ìdíje ọdún 2009 sí 2010, tí wọn yí olùkọ wọn padà lẹẹmẹta, wọn tún fi wọn sílẹ lẹẹkan síi; lẹyìn tí wọn fi wọn sílẹ yìí, ọgbẹni Antonio Percassi di ààrẹ ẹgbẹ náà, Stefano Colantuono sì padà di olùkọ wọn. Ẹgbẹ naa gba Serie B ni ọdun 2011 ati nitorinaa lẹsẹkẹsẹ pada si Serie A. Laibikita aṣeyọri yii, a darukọ olori ẹgbẹ agbabọọlu Cristiano Doni laarin awọn afurasi ni ijamba ere-kere ti a tun mọ ni Calcioscommesse; Doni ni a fun ni idinamọ ọdun mẹta ati idaji lati bọọlu ati pe ẹgbẹ naa ni a fi ojuami mẹfa sinu tabili liigi 2011-12 ati awọn ojuami meji ninu tabili liigi 2012-13, botilẹjẹpe o wa ni mimọ daradara ti isubu ni awọn akoko mejeeji. Ní oṣù Kẹta ọdún 2015, lẹyìn tí kò ṣe dáadáa, wọn yọ Colantuono lẹnu iṣẹ; Edoardo Reja ló rọpò rẹ, ẹni tí ó ṣe ààbò Serie A ní sáà náà àti sáà tó tẹlé e. 