 Kọ itẹsiwaju fun paragirafi yii - Pada si Bayern Munich ni ọdun 1992, o gba awọn akọle Bundesliga mẹrin, DFB-Pokals meji, UEFA Cup miiran ati de ipari ikọlu Yuroopu keji ni ọdun 1999. Igbesẹ agbabọọlu nla kan ṣoṣo ti o yọ Matthäus kuro, fun awọn idije ninu eyiti o dun, ni UEFA Champions League. O gbajumọ, o wa laarin iṣẹju meji ti o gba ami ẹyẹ ti awọn olubori ni ọdun 1999, nikan lati ni awọn ireti rẹ ti Manchester United, ti o gba awọn ibi-afẹde meji ni iṣẹju to kẹhin ni ipari, lẹhin ti o ti rọpo ni iṣẹju 80th ti ere naa lakoko ti ẹgbẹ naa tun n ṣakoso 1  0. Nigba ti awọn ẹgbẹ mejeeji lọ lati gba awọn ami ẹyẹ wọn, Matthäus yọ ami ẹyẹ rẹ kuro lẹsẹkẹsẹ lẹhin ti o gba  o jẹ akoko keji ti o ti wa ni ẹgbẹ ti o padanu ni ipari ni iru awọn ayidayida; ni ipari 1987 : , Bayern ti wa ni asiwaju 10 julọ ti awọn ere titi meji pẹ afojusun fun FC Porto awọn win. Lẹyìn tí Matthäus fẹyìn tì, Bayern gba ife ẹyẹ Champions League lọdún 200001 àti lẹyìn náà lọdún náà ife ẹyẹ Intercontinental Cup. Ikọ agbabọọlu rẹ to kẹhin fun Bayern waye ni Munich ni ọjọ kẹjọ oṣu kẹta ọdun 2000 ati pe o jẹ idije Champions League lodi si Real Madrid, eyiti Bayern ṣẹgun 4-1. 