 Kọ itẹsiwaju fun paragirafi yii - Lẹhin akoko 197879, nibi ti o ti gba awọn ibi-afẹde 16 lati ṣe iranlọwọ fun Stuttgart pari ni ipo keji, Hoeneß fowo si pẹlu FC Bayern Munich. Nibẹ, o ṣe aṣeyọri pupọ mejeeji ni ẹni kọọkan ati ni apapọ, ti o gba awọn liigi marun ati awọn ago mẹta. Olùdíje alágbára tí agbára rẹ tóbi jùlọ jẹ òye rẹ nínú dídíje, ó gba góòlù ní ìgbà márùn-ún ní àlàfo méjì lásìkò tí ó wà pẹlú Bavarians, fún àpapọ 127 góòlù nínú 288 ìdíje ìdíje, ní ẹka gíga jùlọ ní Germany nìkan; ó fẹyìn tì ní ọdún 1987, ní ẹni ọdún mẹrìnlélọgọta. Ikọlu ikẹrinlelọgọta rẹ ati ikẹhin rẹ ni awọn idije ife ẹyẹ Yuroopu ni akoko ikẹhin rẹ 198687 ni ikuna ni ipari Champions Cup : FC Porto lòdì sí wọn. 