 Kọ ìlọsíwájú fún ìpínrọ yìí - Karimov ni ó kọkọ gbin àwọn àmì Islam lẹyìn òmìnira láti lè kó àwọn alátakò ẹsìn jọ. Ní oṣù May ọdún 1999, nítorí ìbẹrù àwọn onísìn Ìsìláàmù, Ilé Ìgbìmọ Tó Ń Rí sí Ọràn Ìsìn Oliy Majlis ṣe àtúnṣe sí Òfin Tó Ń Rí sí Òmìnira Ẹrí Ọkàn àti Àwọn Ẹgbẹ Onísìn kí wọn lè fi àwọn òfin tuntun kan de àwọn ẹgbẹ onísìn. Fún àpẹẹrẹ, kíkọ àwọn ilé ìsìn Mùsùlùmí gba pé kí wọn gba àṣẹ àti ìwé pàtó kan. Ìgbìyànjú láti pa Karimov ní ọdún 1999 mú kí àwọn ẹyà Islam túbọ máa fìyà jẹ àwọn èèyàn. Lẹyìn ìkọlù September 11, 2001, Uzbekistan ni wọn kà sí alátìlẹgbẹ tí ó ṣe pàtàkì nínú ìpolongo Ogun Lórí Ìpakúpa ti Orílẹ-èdè Amẹríkà nítorí àtakò tí wọn ní sí àwọn Taliban. Uzbekistan gba awọn ọmọ ogun US ti o lagbara 800 ni ipilẹ Karshi-Khanabad, ti a tun mọ ni K2, eyiti o ṣe atilẹyin awọn igbiyanju ti US-ori ni 2001 ti o kọlu Afghanistan. Human Rights Watch tí ó sọ wípé ìjọba Amẹríkà fi ìgbéga fún ẹtọ ọmọnìyàn sí ipò ìrànlọwọ nínú Ogun ní Afghanistan ni ó bẹnu àtẹ lu ìgbésẹ yìí. Awọn ibasepọ US-Uzbek ti bajẹ ni Oṣu Karun ọdun 2005 nigbati ijọba Karimov ṣe iwuri ni agbara lati fi ipilẹ AMẸRIKA silẹ ni oju awọn ibawi ijọba AMẸRIKA ti pipa ijọba ti awọn alariwisi ni Andijan : ó ṣe tán. Ní oṣù Keje ọdún 2005 àwọn ọmọ ogun Amẹríkà kúrò ní Karshi-Khanabad. 