 Kọ itẹsiwaju fun paragirafi yii - Botilẹjẹpe Fiorentina n tiraka lodi si isubu lakoko akoko 1989  90, Baggio ṣe itọsọna ẹgbẹ naa si ipari 1990 UEFA Cup : , tí wọn ṣẹgun rẹ lọwọ ẹgbẹ rẹ tó ń bọ, ìyẹn Juventus. Baggio gba góòlù kan nínú ìgba méjìlá tí ó kópa nínú ìdíje náà, nínú ìpele kẹrìndínlọgọta tí wọn fi ṣẹgun Dynamo Kyiv, láti ibùdó ẹṣẹ, ní ọjọ 22 oṣù kọkànlá ọdún 1989; èyí ni góòlù rẹ àkọkọ nínú ìdíje ilẹ Yúróòpù. O tun gba ami ẹsan ti o yanilenu ni ikọlu ikọlu akọkọ lodi si Atlético Madrid. Pẹlu awọn ibi-afẹde 17, Baggio ni ẹlẹsẹ keji ti o ga julọ ni akoko 1989-1990 Serie A lẹhin Marco van Basten, ati pe o fun ni Ẹbun Bravo bi oṣere ti o dara julọ labẹ ọdun 23 ni awọn idije Yuroopu. Ó tún gba ipò kẹjọ nínú ìdíje Ballon dOr 1990. Pẹlu Fiorentina, Baggio gba goolu 55 ninu awọn ifarahan 136, 39 ninu eyiti o wa ni Serie A, lati awọn ifarahan 94. 