 Kọ itẹsiwaju fun paragirafi yii - Lati 1 Keje 2001, Toppmöller jẹ olukọni pẹlu Bayer 04 Leverkusen, ẹniti o jẹ ni akoko akọkọ rẹ si ipari UEFA Champions League : , bakanna bi ipo keji ni Bundesliga ati ipari DFB-Pokal. Toppmöller ni awọn oniroyin ere idaraya ara Jamani ṣe kede bi olukọni ẹlẹsẹ ẹlẹsẹ ti ọdun fun ọdun 2002. Sibẹsibẹ, ni akoko ti o tẹle, Leverkusen ṣe dara julọ, ati ni imọlẹ ipo ipo liigi ti ko dara ti o le ti yori si isubu, Toppmöller ni a fi silẹ ni ọjọ 16 Kínní 2003. 