 Kọ itẹsiwaju fun paragirafi yii - Ni ọdun 2001, Flores bẹrẹ iṣẹ alakoso rẹ nigbati o gba idiyele ti ẹgbẹ ọdọ Real Madrid. Iṣẹ ọgá rẹ àkọkọ wáyé ní ọdún 2004, pẹlú Getafe. O pada si Valencia ni ọdun 2005, ti o ni idasilẹ lẹhin ọdun meji ati ṣiṣe lori lati ṣiṣẹ pẹlu Benfica, Atlético Madrid  nibi ti o ti gba 2010 Europa League :  Al-Ahli, Al-Ain ati Watford, ṣaaju ki o to yan ni Espanyol ni ọdun 2016. 