 Kọkọ parí gbólóhùn yìí: Nígbà tí Ogun Abẹlé bẹ sílẹ, Lee wọ ẹgbẹ ọmọ ogun Union. Lee di ọgágun nínú ẹka ẹṣọ ẹṣin Kansas keje, ní October 1861. Wọn gbé e ga sí ọgágun nínú ẹgbẹ ọmọ ogun náà, ó sì kópa nínú bí Henry W. Halleck ṣe gba ìlú Corinth, Mississippi. Kò pẹ lẹyìn tí ìlú náà ṣubú, Lee pàṣẹ fún Ẹka Ọṣọ kejì nínú Ẹka Ẹṣọ Ẹṣin ti Ẹgbẹ Ogun ti Mississippi ó sì kópa nínú ogun ìlú Kọríńtì. Ní ọjọ kọkàndínlógún oṣù kọkànlá ọdún 1862, ó gba ìgbéga sí ọgágun nínú ẹgbẹ ológun Volunteer Army. O tẹsiwaju lati ṣe olori awọn ọmọ-ogun ẹlẹṣin ni Army of the Tennessee ṣaaju ki o to di olori-ọga-iṣẹ si XIII Corps labẹ Maj. Gbogbogbo John A. McClerd. Lee je olori awon ologun ni gbogbo igba ti ogun Vicksburg waye, o si je olori ogun ni Port Gibson, Champion Hill ati Big Black River. Nigba ija ni Big Black River, Peter J. Osterhaus farapa ati Lee ni a yan lati gba ipo rẹ ni aṣẹ ti 9th Division, XIII Corps. Iṣẹ ológun àkọkọ tí Lee ṣe kò pẹ rárá nítorí Osterhaus lè padà ṣe iṣẹ náà lọjọ kejì. Àmọ, olórí ẹgbẹ ọmọ-ogun kọkọ ti ẹka kẹsàn-án, Theophilus T. Garrard, lọ fún ìsinmi àìsàn lọjọ kan náà tí Lee sì gba àṣẹ ẹgbẹ ọmọ-ogun rẹ lásìkò tó yẹ láti darí rẹ lọ sí ìgbésẹ ní àsìkò Ìjà May 19 : ìkọlù tí wọn ṣe sí Vicksburg. Nigba ikọlu naa, Lee farapa ni ori o si fi aṣẹ ti brigade silẹ. Ó jókòó sí ìyókù ìparun náà tí ó ń gba ara rẹ padà lọwọ àwọn ọgbẹ títí di òpin ìgbà ẹẹrùn nígbà tí ó padà sí ìdarí ẹka nínú XIII Corps. Ni Oṣu Kẹjọ ọdun 1864 o ti gbe ni aṣẹ ti Ẹka Ẹṣin ti Ẹka ti Gulf. Ó darí àwọn ọmọ ogun ẹlẹṣin lásìkò Ìpolongo Odò pupa Nathaniel P. Banks. Ní oṣù tó kẹyìn nínú ogun náà, ó darí ìkọlù sí Clinton nítòsí Baton Rouge, Louisiana, ó sì ṣẹgun àwọn ọmọ ogun Confederate tí kò lágbára níbẹ. 