 Ṣẹkún gbólóhùn tó wà nísàlẹ yìí: Ní ọjọ kọkànlá oṣù kejì, Bayern gbá 1. FC Kaiserslautern ati Müller pari igbejade ti o duro niwon 24 Kẹsán 2011 pẹlu akọle kan ninu iṣẹgun 2  0. Ní 31 March 2012, Müller ṣe eré Bundesliga 100th rẹ lòdì sí 1. FC Nürnberg. Ní ọjọ 19 oṣù karùn-ún ọdún 2012, Müller gba góòlù àkọkọ ní ìṣẹjú 83rd nínú ìdíje náà. : Ikọ aṣekagba Champions League lòdì sí Chelsea pẹlú orí tó lágbára, kí wọn tó rọpò Daniel Van Buyten tó jẹ agbábọọlù ní ìṣẹjú díẹ lẹyìn náà. Bayern, sibẹsibẹ, lẹhinna gba agbedemeji ti o pẹ, ati pe yoo tẹsiwaju lati padanu ikẹhin lori awọn ijiya. Müller sọ lẹyìn ìdíje náà bí inú rẹ kò ṣe dùn sí iye àkókò tí ó lò lórí bèbe lẹnu àìpẹ yìí, bó tilẹ jẹ pé ó tún fi hàn pé òun fẹ láti dúró ní Bayern láìka èyí sí. Ní àsìkò náà, Müller ti gba góòlù méje nínú ìdíje mẹrìnlélọgọta, ó gba góòlù méjì nínú ìdíje ife ẹyẹ ilẹ Germany márùn-ún, ó sì gba góòlù méjì nínú ìdíje mẹrìnlá nínú ìdíje Champions League. 