 Pari gbolohun ti o tẹle yii: Igbimọ liigi Dortmund lakoko akoko 2012-13 ko jẹ iyalẹnu bi ninu ipolongo iṣaaju, pẹlu Klopp ti o tẹnumọ pe ẹgbẹ rẹ yoo dojukọ lori UEFA Champions League lati ṣe atunṣe fun ṣiṣe ibanujẹ wọn ni idije yẹn ni akoko iṣaaju. Ẹgbẹ agbábọọlù Klopp bá Manchester City, Real Madrid àti Ajax pàdé nínú ẹgbẹ ikú nínú ìdíje náà. Sibẹsibẹ, wọn ko padanu ere kan, ti o ga julọ ni ẹgbẹ pẹlu diẹ ninu awọn iṣẹ iyalẹnu. Dortmund tún dojú kọ Real Madrid tí Jose Mourinho ń darí, ní àsìkò yìí ní sáà ìpele ìparí. Lẹyìn tí wọn ṣe àṣeyọrí dídára sí wọn nílé nínú ìpele àkọkọ, tí wọn fi 4 sí 1 ṣẹgun, tí wọn sì fi 2 sí 0 ṣẹgun, Dortmund ti fẹrẹẹ lọ sí ìdíje náà. Ni ọjọ 23 Oṣu Kẹrin ọdun 2013, o kede pe oṣere pataki ti Dortmund Mario Götze n lọ ni 1 Oṣu Keje ọdun 2013 si awọn oludije Bayern Munich lẹhin ti wọn ti mu nkan ti o tu silẹ ti Götze ti  37 million. Klopp gba ibinu rẹ ni akoko ti ikede ti gbigbe Götze, bi o ti jẹ fere 36 wakati ṣaaju ki Dortmunds Champions League semi-final pẹlu Real Madrid. Lẹyìn ìgbà náà, Klopp sọ pé Dortmund kò ní àǹfààní kankan láti yí Götze lérò padà láti wà pẹlú Dortmund, ó ní, Ó jẹ olólùfẹ Pep Guardiola. Dortmund pàdánù 21 sí Bayern Munich, pẹlú góòlù tí Arjen Robben ṣe ní ìṣẹjú 89th. Dortmund pari ni ipo keji ni Bundesliga. Wọn tún pàdánù : 2012 DFL-Supercup, won si jade ninu DFB-Pokal ni ipele kẹrindinlogun. 