 Pari gbolohun ti o tẹle: Iṣẹ-ṣiṣe liigi ti Werder duro ni awọn akoko atẹle, bi wọn ṣe pari ni idaji oke ti tabili. Ni ọdun 2003-2004, wọn ṣẹgun ilọpo fun igba akọkọ, ti o ṣẹgun mejeeji Bundesliga ati DFB-Pokal, bi Bremen ṣe di ẹgbẹ kẹta ni itan Bundesliga lati ṣaṣeyọri iṣẹ yii. Ẹgbẹ naa yoo tun ṣe deede fun Champions League lakoko awọn ọdun 2000. Ni idije ikẹhin ti akoko 200506 Bundesliga, Werder ṣẹgun 2-1 lori awọn onijakidijagan onijakidijagan Hamburger SV lati yẹ fun Champions League bi oludije, dipo Hamburg. Bremen dé ìpele ìpele ìparí nínú ìdíje 200607 UEFA Cup, níbi tí wọn ti pàdánù lọwọ ẹgbẹ agbábọọlù RCD Espanyol. Ni ọdun 2008-09, Bremen ja ni akoko Bundesliga wọn, nikẹhin pari ni kẹwa, iṣafihan liigi wọn ti o buru julọ ni diẹ sii ju ọdun mẹwa lọ. Bí ó tilẹ rí bẹẹ, ẹgbẹ agbábọọlù náà dé ife ẹyẹ UEFA : ìparí, àti ìparí DFB-Pokal. Werder pàdánù ìdíje UEFA Cup final lòdì sí ẹgbẹ agbábọọlù Shakhtar Donetsk ti Ukraine; 12 lẹyìn àkókò àfikún. Ni ipari DFB-Pokal, Bremen ṣe dara julọ, bi wọn ṣe ṣẹgun Bayer Leverkusen nipasẹ iṣiro ti 1  0. Ní April àti May 2009, Werder ti bá Hamburg ṣeré ní ìgbà mẹrin ní ọjọ mọkàndínlógún; ìgbà kan ní Bundesliga, ní ìpele-ìparí DFB-Pokal, àti ìgbà méjì ní ìpele-ìparí ife-ẹyẹ UEFA. Bremen ṣẹgun Hamburg 20 ni Bundesliga, ati yọ wọn kuro ni DFB-Pokal ati UEFA Cup. 