 Pari gbolohun yii: Ni ọjọ kẹrinlelogun, oṣu kẹrin ọdun 2013, Müller gba goolu meji o si funni ni iranlọwọ ninu ifẹsẹwọnsẹ 4 si 0 ti o ṣẹgun Barcelona ni ipele akọkọ ti awọn aṣekagba aṣekagba Champions League ni Allianz Arena. Ní ìpadàbọ, Müller gba orí bọọlù nígbà tí Bayern borí 3 sí 0 láti fún Barcelona ní ìṣẹgun tí ó tóbi jùlọ tí wọn ti pàdánù nínú ìdíje Champions League, pẹlú 7 sí 0 nínú ìdíje méjèèjì. Lẹyìn náà ni Müller wá kó ipa pàtàkì nínú ìṣẹgun Bayern lórí Borussia Dortmund nínú ìdíje náà. Ní 1 June, Müller gba àmì ẹyẹ penalty nínú ìdíje 2012-13 DFB-Pokal. Bayern gba ife 32 lati pari a itan treble. Müller gba goolu 23 lapapọ ni akoko naa pẹlu gbogbo awọn idije, ti o ni 13 ni Bundesliga, ọkan ni Pokal, ati eyiti o jẹ iyalẹnu mẹjọ ni Champions League, o tun ṣafikun ọkan ninu awọn : 2012 DFL-Supercup tí Bayern gba 21. 