 Pari gbolohun yii: Ni ọjọ 14 Oṣu Keje ọdun 2004, o fi AEK Athens silẹ fun Bologna, ti o fowo si adehun ọdun meji kan ti o tọ si  1.5 milionu fun ọdun kan. Aarin agbábọọlù ọmọ ọdún 32  tí wọn dìbò yàn gẹgẹ bí òṣèré tó tayọ jùlọ nínú ìdíje náà ní ilẹ Potogí  ni AEK Athens tí wọn jẹ gbèsè tú sílẹ, tí ó sì darapọ mọ Bologna nípasẹ Bosman free transfer. Zagorakis ni Greek Baggio wa, eni ti o ni Bologna Giuseppe Gazzoni Frascara sọ fun iwe irohin naa. Nínú : Ní ọdún 2004 sí 2005, Zagorakis jẹ òsìsẹ nínú ẹgbẹ agbábọọlù náà, ṣùgbọn ẹgbẹ agbábọọlù náà rí ara wọn tí wọn sọkalẹ sí Serie B lẹyìn tí wọn bá Parma jà. Ní ìgbà ẹẹrùn tó tẹ lé e, wọn dá a sílẹ kúrò nínú ẹgbẹ náà nítorí wọn kò lè san owó oṣù rẹ lábẹ àwọn ipò tuntun. 