 Kọkọ parí gbólóhùn yìí: Nígbà tí Ogun Abẹlé bẹrẹ ní orílẹ-èdè Amẹríkà lọdún 1861, Jones yọǹda ara rẹ láti wọṣẹ ológun. Ní ọjọ kẹta oṣù kẹwàá, wọn yàn án gẹgẹ bí olórí ẹgbẹ ọmọ ogun ẹlẹẹdẹgbẹta ní Ohio, ó sì rí ìgbésẹ gẹgẹ bíi bẹẹ nígbà Ogun Shiloh àti Ogun Ohio. : Ìparun ìlú Kọríńtì. Ní May 2, 1862, Jones di ọgágun ti ẹgbẹ ọmọ ogun Ohio 53rd àti olórí rẹ. Ó darí ẹgbẹ ọmọ ogun rẹ nígbà tí wọn gbógun ti Vicksburg àti nígbà ogun Missionary Ridge, àwọn méjèèjì ni 1863. Jones rí ìgbésẹ síwájú síi ní gbogbo ìgbà Ìpolongo Atlanta 1864, tí ó ń jà ní Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain àti Atlanta. Ní oṣù August, wọn yan Jones sípò olórí ẹgbẹ ológun nígbà tí ọgá rẹ, Ọgágun Joseph A. J. Lightburn farapa tí ó sì fi ipò rẹ sílẹ fún ìyókù ogun náà. Ọgágun Jones wá ń darí Ẹka Ọṣọ kejì nínú Ẹka Ọṣọ kejì William B. Hazen ti Ẹka Ọṣọ kẹẹdógún ní Jonesboro. Nípa ìṣẹlẹ, Ẹka Ọṣọ Àkọkọ ti ẹka náà tún wà lábẹ ìdarí Colonel Jones mìíràn, Theodore Jones ti Ẹka Ọṣọ Ohio 30th. Wells Jones kopa ninu 1864 March to the Sea, o si farapa nigba awọn iṣẹ ni ayika Fort McAllister, Georgia, ni Oṣu kejila ọjọ 13. 