 Kọkọ parí gbólóhùn yìí: Látìgbà tí orílẹ-èdè yìí ti di olómìnira ló ti ń tiraka láti pa ìṣọkan tó wà láàárín wọn mọ láìka bí àwọn ọmọ ogun abẹlé ṣe ń gbógun tì wọn àtàwọn tó ń fẹ kí wọn ya ara wọn sọtọ sí. Àwọn kan, ní pàtàkì ní : Aceh ati Papua, ti yori si rogbodiyan ologun ati awọn ẹsun ti o tẹle ti awọn ilokulo ẹtọ eniyan ati iwa-ipa lati gbogbo awọn ẹgbẹ. A yanju ti iṣaaju ni alaafia ni ọdun 2005, lakoko ti igbehin n tẹsiwaju, larin pataki, botilẹjẹpe ko ni pipe, imuse ti awọn ofin adaṣe agbegbe ati idinku ti a royin ni awọn ipele ti iwa-ipa ati awọn ilokulo ẹtọ eniyan lati ọdun 2004. Awọn iṣẹ miiran ti awọn ọmọ ogun pẹlu ipolongo lodi si Netherlands New Guinea lati ṣafikun agbegbe naa sinu Indonesia, Konfrontasi lati tako ẹda Malaysia, ipaniyan nla ti PKI, ati ikọlu ti East Timor, eyiti o jẹ iṣẹ ologun ti o tobi julọ ti Indonesia. 