 Parí gbólóhùn tó wà nísàlẹ yìí: Ní ọdún tó tẹ lé e, 1899, Capper àti ẹgbẹ ọmọ ogun rẹ tún lọ jagun ní Áfíríkà, wọn kó wọn lọ sí Gúúsù Áfíríkà láti lọ jagun nínú Ogun Boer Kejì. Nibẹ ni Capper ṣe awọn iṣẹ rẹ pẹlu iyatọ fun ọdun mẹta ti o tẹle, ti o ni ipa pupọ ni ikuna ti : Spion Kop ati kopa ninu igbala ti Ladysmith ni ibẹrẹ ọdun 1900. Ó wà ní South Africa tí ó ń ṣiṣẹ nínú ìgbésẹ ọtẹlẹmúyẹ lòdì sí àwọn ọmọ ogun Boer títí di ìgbà tí wọn dáwọ ìjà sílẹ ní May 1902, ó ń darí ẹgbẹ ológun kan ní Cape Colony. Nigba ogun naa, o gba igbimọ igbimọ kan gẹgẹbi ọmọ-ogun ọmọ-ogun ni 29 Kọkànlá Oṣù 1900, ati pe o ni igbega si ipo ti o pọju ni 5 Kejìlá 1901. Lẹyìn tí ogun parí ní June 1902, wọn fún Capper ní àmì ẹyẹ Distinguished Service Order DSO nígbà tó padà sílé. Ó tún gba àmì ẹyẹ Queens South Africa Medal pẹlú ìdìpọ mẹfà àti àmì ẹyẹ Kings South Africa Medal pẹlú ìdìpọ méjì láti fi hàn pé ó mọyì iṣẹ rẹ nígbà ogun náà, ó sì jẹ ẹni tí wọn dárúkọ lẹẹmejì nínú ìwé ìròyìn Despatches. Capper padà sí United Kingdom nínú SS Dunottar Castle, tí ó dé Southampton ní July 1902. 