 Parí gbólóhùn tó wà nísàlẹ yìí: Nínú Ìjà Orílẹ-èdè ti 1864, Johnson jà dáadáa ní : Ìjà Wilderness àti nígbà tí Lt. Gen. James Longstreet farapa gan-an níbẹ, Robert E. Lee ro Johnson gẹgẹ bí olórí ẹgbẹ ológun tí yóò rọpò. Nigba Ogun ti Spotsylvania Court House, ni May 12, 1864, ni abala Bloody Angle ti Confederate Mule Shoe ila aabo, Johnson ni a mu pẹlu Brig. Gbogbogbo George H. Steuart, ati julọ ti eka Johnson. Ọpọ oṣù ló fi wà lẹwọn ní erékùṣù Morris, tó wà ní etíkun Charleston, ní South Carolina, wọn sì dá a sílẹ lọjọ kẹta oṣù August, ọdún 1864. Wọn rán an lọ sí ìwọ-oòrùn láti darapọ mọ Lt. Gen. John Bell Hoods Army of Tennessee, níbi tí ó ti pàṣẹ fún ẹka kan nínú àwọn ọmọ-ogun Lt. Gen. Stephen D. Lee. Ní àsìkò Ìpolongo Franklin-Nashville, wọn tún mú Johnson ní Ogun Nashville ní December 16, 1864. Ó tún lo oṣù bíi mélòó kan nínú àgọ àwọn ọmọ ogun Àjùmọní ní erékùṣù Johnsons Island, ní Adágún Erie. Nígbà tí ogun parí, wọn gbé Johnson lọ sí Ọgbà Ẹwọn Old Capitol ní Washington, D.C., níbi tí wọn ti fẹsùn kàn án pé ó lọwọ nínú ìpànìyàn tí wọn pa Abraham Lincoln. Kò sí àbájáde kankan fún ẹsùn náà, wọn sì dá a sílẹ lábẹ òfin ní July 22, 1865. 