 Pari gbolohun ti o tẹle: Ni ibere rẹ ni iṣaaju-akoko ọrẹ lodi si FC Basel ni 10 Keje 2013, Mkhitaryan ṣeto ibi-afẹde fun Marco Reus ni iṣẹju 11th o si gba ibi-afẹde akọkọ rẹ fun ẹgbẹ naa ni iṣẹju 16 nigbamii, ṣe iranlọwọ fun ẹgbẹ rẹ si 3  1 ṣẹgun ni ita ni St. Jakob-Park. Mkhitaryan kò lè kópa nínú ìdíje náà, kò sì sí nínú àkọsílẹ ikọ náà ní ìdíje náà. : 2013 DFL-Supercup tí ẹgbẹ agbábọọlù rẹ gba nítorí ọgbẹ tí ó gbà ní eré ìbáradì kan ṣáájú èyí. Mkhitaryan bere fun Dortmund lẹhin ipadabọ rẹ lati inu ọgbẹ ọsẹ mẹta ti o waye ni iyipo keji ti 2013-14 Bundesliga ni 18 August 2013 ni iṣẹgun ile kan lori Eintracht Braunschweig ni Signal Iduna Park. Àwọn góòlù méjì àkọkọ tí Mkhitaryan kó nínú ìdíje Bundesliga ṣe pàtàkì nínú ìṣẹgun 2 sí 1 lórí Eintracht Frankfurt láti mú kí Dortmund wà ní ipò àkọkọ nínú ìdíje Bundesliga. Ìpín àkọkọ rẹ nínú ìdíje Champions League fún Dortmund wá nínú ìṣẹgun 2 sí 1 tí wọn fi ṣẹgun Arsenal. 