 Pari gbolohun ti o tẹle: Lakoko akoko keji rẹ, o ti gbe lati ipo abinibi rẹ bi aarin pada si ipa agbedemeji idaabobo, nitori awọn ọgbẹ si awọn oṣere Thiago Motta, Edmílson ati Gerard. Ni ọdun yẹn, Barcelona gba akọle liigi 17th rẹ ni ọjọ 14 Oṣu Karun ọdun 2005 lẹhin ibasepọ 1 si 1 pẹlu Levante. Oṣù kan lẹyìn tí ó fara pa nínú orúnkún òsì rẹ, Márquez padà sí ìdíje láti bá A.C. Milan ṣe nínú ìdíje UEFA Champions League 2006. Barcelona, tí wọn ń ṣeré ní San Siro, borí 1 sí 0. Ní ọjọ kẹtàdínlógún oṣù karùn-ún, Barcelona gba ife ẹyẹ UEFA Champions League lẹyìn tí wọn ṣẹgun Arsenal 2 sí 1. : Ìkẹyìn, pẹlú Márquez tó ń gbá gbogbo eré náà. Ó di ọmọ Mexico àkọkọ tí ó kópa nínú ìdíje Champions League àti ẹni àkọkọ tí ó gba ife ẹyẹ náà. Lẹyìn tí Márquez kópa pẹlú orílẹ-èdè Mexico nínú ìdíje àgbáyé ọdún 2006, ó fọwọ sí àfikún ọdún mẹrin nínú àdéhùn rẹ pẹlú Barcelona, pẹlú àfikún owó tí ó tó 100 mílíọnù . 