 Ẹkúnrẹrẹ gbólóhùn yìí: Nígbà tí Ogun Abẹlé bẹrẹ ní ọdún 1861, Gates wọ ẹgbẹ ọmọ ogun Confederate, ó bẹrẹ gẹgẹ bí ọgágun nínú Ẹṣọ Ìjọba ìpínlẹ Missouri lábẹ ìdarí Ọgágun Sterling Price, nígbà tó sì yá, wọn gbé e ga sí ọgágun nínú Ẹgbẹ ọmọ ogun ẹlẹṣin 1st Missouri. O ṣe olori ẹgbẹ rẹ ni Ogun Pea Ridge, Arkansas ni Oṣu Kẹta ọdun 1862, lakoko ti Siege of Corinth, Mississippi, ati ni Awọn ogun ti Iuka, Corinth Keji, Champion Hill, : Ọkọ Odò Black Big Bridge àti ní Ìparun Vicksburg, Mississippi. Ní ọdún 1864, Gates kópa nínú Ìpolongo Atlanta àti Ìjà Allatoona, Georgia, ó sì pàdánù apá kan ní Ìjà Franklin, Tennessee. Nígbà tó wà lẹnu iṣẹ ológun, wọn ṣe é léṣe ní ìgbà márùn-ún, àwọn ọmọ ogun Union mú un ní ìgbà mẹta, wọn sì yìnbọn pa ẹṣin mẹrin lábẹ rẹ. Ní April 9, 1865, ọjọ kan náà tí Òsìsẹ Àpapọ Robert E. Lee fi ara rẹ sílẹ fún Òsìsẹ Àpapọ Ulysses S. Grant, Ọgágun Gates kópa nínú ọkan lára àwọn ogun tó kẹyìn nínú Ogun Abẹlé, Ogun Fort Blakeley ní Alabama. 