 Ẹ parí gbólóhùn yìí: Ní June 22, 1941, ìjọba Násì ti Jámánì : wọn gbógun ti USSR, wọn sì gba gbogbo Lithuania láàárín oṣù kan. Ẹgbẹ Lithuanian Activist Front LAF, agbari ti o da ni Berlin ati olori nipasẹ Kazys Škirpa ti ibi-afẹde rẹ ni lati gba Lithuania silẹ ki o tun fi idi ominira rẹ mulẹ, ṣe ifowosowopo pẹlu awọn Nazis. LAF ni o ni iduro fun ipaniyan ọpọlọpọ awọn Ju Lithuania lakoko awọn ọjọ akọkọ ti Holocaust ni Lithuania. Škirpa ni a pe ni Alakoso Alakoso ni Ijọba Aago ti Lithuania; sibẹsibẹ, awọn ara Jamani gbe e labẹ idaduro ile ati ki o tú LAF ni 5 August 1941. Ní àkókò tí ìjọba Nàìjíríà ń ṣàkóso Lithuania, ó di apá kan Reichskommissariat Ostland. Láàárín oṣù July àti October ọdún 1944, Ẹgbẹ Ọmọ Ogun Pupa tún wọ Lithuania, ìjọba Soviet kejì sì bẹrẹ. Awọn idibo akọkọ lẹhin ogun waye ni igba otutu ti 1946 lati yan awọn aṣoju 35 si Igbimọ giga ti LSSR. Àwọn èsì náà tún ṣeé ṣe kí wọn ṣe àdàkàdekè láti fi hàn pé iye àwọn tó wá sí ìpàdé lé ní ìdá àádọrùn-ún nínú ọgọrùn-ún àti láti fi ìdí rẹ múlẹ pé àwọn olùdíje ẹgbẹ òṣèlú Kọmúníìsì ló borí pátápátá. Igbimọ giga ti LSSR labẹ Paleckis jẹ aṣẹ ijọba ti o ga julọ; ni otitọ, agbara wa ni ọwọ ti akọwe akọkọ ti Igbimọ Aarin ti Communist Party, ipo ti Antanas Sniečkus waye titi di ọdun 1974. 