 Pari gbolohun yii: Lẹyìn ìparun Yugoslavia láàárín : German and Italian invasion in April 1941, the Axis puppet state which encompassed the entire Bosnia and Herzegovina, Independent State of Croatia NDH under the radical Croatian nationalist Ustaše regime was established. Ìpínlẹ Croatia NDH wà lábẹ ìjọba Ustaše tí ó jẹ ti orílẹ-èdè Croatia. Awọn ara ilu Bosnia Croats pin, bi diẹ ninu awọn ṣe atilẹyin NDH, diẹ ninu awọn tako o ni ipa nipa didapọ tabi atilẹyin awọn Partisans Yugoslav, lakoko ti awọn miiran yan lati duro, ko ni ifamọra boya nipasẹ Ustaše fascist tabi resistance ti o jẹ olominira. Lẹyìn táwọn Ustaše bẹrẹ sí í pa àwọn ará Serbia, àwọn Júù, àtàwọn Roma nípakúpa tí wọn sì ń dá wọn lóró, ogun abẹlé tó burú jáì bẹrẹ. Ní àkókò kan náà, ìpakúpa ọtọọtọ kan wáyé lòdì sí àwọn Croats àti àwọn Bosniaks látọdọ àwọn Chetniks tí wọn jẹ ọmọọba Yugoslavia àti àwọn tó jẹ ọmọọba Serbia. Ijọba Ustaše tun ṣe inunibini si eyikeyi awọn alatako tabi awọn alailẹgbẹ laarin awọn Croats Bosnia, paapaa awọn komunisti, awọn ọmọ ẹgbẹ iṣaaju-ogun ti ẹgbẹ Croatian Peasant Party ti a ti fòfin de bayi, ati awọn ti o ni asopọ pẹlu resistance partisan. Awọn Ustaše pa ọpọlọpọ awọn ara Bosnia Croats, fun apẹẹrẹ, awọn alatako resistance ati awọn alatilẹyin Jakov Dugandžić, Ljubo Brešan ti Mostar ati ọmọ ile-iwe giga giga ti Mostar ti ọdun 19 ọdun Ante Zuanić, bii ọmọ ẹgbẹ CPP olokiki ti Mostar Blaž Slišković ni ibudó ipaniyan Jasenovac. Ọmọwé kọmúníìsì tó gbajúmọ ní Croatia láti Bosnia, Ognjen Prica, ni àwọn Ustaše yìnbọn pa ní ọgbà ẹwọn Kerestinec. Awọn idile ti awọn Croats Bosnia ti o lọ lati darapọ mọ resistance partisan ni a maa n fi sinu ile-iṣẹ tabi firanṣẹ si awọn ibudó ifọkanbalẹ nipasẹ awọn alaṣẹ ustase. 