 Pari gbolohun ti o tẹle: Ni ọdun 1950 ẹgbẹ naa di ọmọ ẹgbẹ oludasile ti DDR Liga II, ati ni akoko keji wọn gba akọle ẹka kan lati ṣẹgun igbega si DDR Oberliga ti o ga julọ fun ifarahan akoko kan. Ti a tun npe ni SC Motor Jena ni ọdun 1954, wọn ṣe ọna wọn pada si liigi giga nipasẹ ọdun 1957. Jena gba awọn ọlá akọkọ rẹ pẹlu gbigba ti FDGB-Pokal ni 1960 ati tẹle pẹlu akọle orilẹ-ede East German ni 1963. Ẹgbẹ naa ni a tun da bi FC Carl Zeiss Jena ni Oṣu Kini ọdun 1966, o si di ọkan ninu awọn aarin idojukọ ti East Germany fun idagbasoke awọn oṣere fun ẹgbẹ orilẹ-ede ati ẹgbẹ ti o ni agbara ni DDR-Oberliga. Wọn gba ami ẹyẹ orilẹ-ede meji ni ọdun 1968 ati 1970, ṣugbọn pari ni ipo keji ni igba mẹfa miiran si awọn ẹgbẹ bii Vorwärts Berlin, Dynamo Dresden ati 1. Ẹgbẹ agbábọọlù Magdeburg. Wọn tún gba ife ẹyẹ East German ní ọdún 1972, 1974 àti 1980, wọn sì tún fara hàn ní : 1981 European Cup Winners Cup Final, tí wọn pàdánù 21 sí Dinamo Tbilisi. 