 Pari gbolohun yii: Hamilton yan lati tẹle idi Union ati pe a yan ọgagun ti 3rd Wisconsin Infantry ni Oṣu Karun ọjọ 11, ọdun 1861, ati pe o ni igbega si brigadier gbogbogbo ni Oṣu Karun ọjọ 17. Lẹyìn náà ni wọn fún un ní àṣẹ ẹgbẹ ológun nínú ẹka ti Maj. Gen. Nathaniel P. Banks ti Ẹgbẹ ọmọ ogun Potomac. Ní ìbẹrẹ Ìpolongo Peninsula, Hamilton ni wọn fún ní àṣẹ ti Ẹka Kẹta, Ẹka III. Ó darí ẹka yìí nígbà tí wọn gbógun ti Yorktown, ṣùgbọn ó fa ìbínú George B. McClellan fún àìtẹríba. McClellan kò mọ pé tí òun bá fi Hamilton sílẹ, ó lè dá àwọn ọtá olóṣèlú tó lágbára sílẹ fún un, ló bá yọ Hamilton kúrò nípò ní April 30, 1862 láìṣe àlàyé kankan. Nígbà tí Lincoln tọka sí ìwà àìtọ tí McClellan hù, McClellan sọ pé O kò lè ṣe ohunkóhun tí ó dára jù láti ṣe ìpalára fún àwọn ọmọ ogun mi... ju láti dá Òsìsà Hamilton padà sí ẹka rẹ. Ṣaaju ki o to pari awọn igbaradi ijoko oṣu-igba pipẹ, Hamilton ni a gbe lọ si Ile-iṣẹ Oorun nibiti o ti paṣẹ fun Ẹka 3rd ni Oogun ti Mississippi ni awọn ogun ti : Iuka àti Kọríńtì. Lẹyìn tí ó padà sí Corinth ní October 1862, ó di Major General, láti September 19, 1862. 