 Parí gbólóhùn tó wà nísàlẹ yìí: Allen pa dà sí ìlú Pittsburgh lọdún 1855 lẹyìn ọdún mẹta tó lò lápá ìwọ oòrùn. Ní July 1857 ó gbé Elizabeth Robinson níyàwó, wọn sì bí ọmọ márùn-ún. Nígbà tí Ogun Abẹlé bẹ sílẹ, Allen ń kọ ọnà rélùwéè ní Ìwọ Oòrùn Virginia lónìí. Òun àti ìdílé rẹ ni àwọn ọmọ ogun Confederate mú tí wọn sì fi sí àtìmọlé títí tí wọn fi dá wọn padà sí ìlú Washington, D.C. Lójú ẹsẹ, ó sọ pé òun á lọ bá ọrẹ òun, Ọgágun McClellan, tó ti di olórí àwọn ọmọ ogun Potomac báyìí. Àìmọye nǹkan ló mú Allen lọ sí àfonífojì Shedoah ní Virginia níbi tó ti jagun nínú àwọn ogun Lewisburgh àti : Àwọn kókó tí wọn so pọ. Nígbà tó yá, Allen di ọgágun nínú Ẹgbẹ Ọmọ Ogun Ẹgbẹ Ọmọ Ogun Ẹgbẹ Ọmọ Ogun Ẹgbẹ Ọmọ Ogun Ẹgbẹ Pennsylvania, ó sì jagun ní Fredericksburg àti Gettysburg. A yọ ọ kuro ni iṣoogun lẹhin Gettysburg ṣugbọn o tẹsiwaju ni ipa ti ara ilu lati pese awọn ọmọ ogun Union ni afonifoji Shedoah. O lè rí ìtàn ológun Allen nínú Under the Maltese Cross. 