 Ṣẹkún gbólóhùn tó wà nísàlẹ yìí: Gẹgẹ bí orílẹ-èdè tí ó ní ẹyà àti àṣà ìṣẹdálẹ ọpọlọpọ tí ó sì jẹ ìjọba tiwa-n-tiwa tí àwọn Mùsùlùmí sì pọ jù nínú àwọn olùgbé ibẹ, Indonesia dojú kọ ìpèníjà láti kojú ìwà ìpániláyà tí ó ní í ṣe pẹlú àwọn ẹgbẹ Ìsìn Ìsìláàmù tó ń jà káàkiri àgbáyé. Jemaah Islamiyah JI, ẹgbẹ Islam kan tí ó ń fẹ láti dá Daulah Islamiyah sílẹ káàkiri Gúúsù Ìlà Oòrùn Asia, ni ó jẹ olórí fún ọpọlọpọ àwọn ìpániláyà ní Indonesia. Ẹgbẹ apániláyà yìí, tí ó so pọ mọ Al-Qaeda, ni ó jẹbi ìbúgbàù Bali ní ọdún 2002 àti 2005, àti : Ìbúgbàù Jakarta ní 2003, 2004, àti 2009. Ìjọba àti àwọn aláṣẹ Indonesia ti gbìyànjú láti gbógun ti àwọn ẹyà apániláyà ní Indonesia. 