 Pari gbolohun ti o tẹle: Baggio nigbamii ti gbe lọ si Bologna, ni ifojusi lati gba ẹgbẹ naa kuro ninu isubu, ati ki o gba aaye kan ni 1998 FIFA World Cup. Baggio tun ri fọọmu rẹ pẹlu ẹgbẹ ati pe o ni akoko ti o jẹ gaba lori, ti o ṣe igbasilẹ ti ara ẹni ti awọn ibi-afẹde 22 ni : Serie A, bakanna bi pese 9 iranlowo, yori Bologna si ipari kẹjọ, gbigba wọn laaye lati yẹ fun UEFA Intertoto Cup. Baggio je oludije to ga julọ ni Serie A ni akoko yẹn, ati oludije kẹta ti o ga julọ ni Serie A. Awọn iṣẹ rẹ jẹ ki o ni aaye kan ni ẹgbẹ 1998 World Cup ti Italy. Baggio tun mu Bologna lọ si ipele kẹrindinlogun ninu Coppa Italia, nibi ti o ti gba goolu kan ninu awọn ifarahan mẹta. Bó tilẹ jẹ wípé ó di akọni láàrin àwọn ọmọlẹyìn, ó ní ìṣòro pẹlú olùdarí rẹ Renzo Ulivieri, ní pàtàkì nígbà tí wọn yọ ọ kúrò nínú àwọn mọkànlá tí wọn bẹrẹ síí bá Juventus jà. Lẹyìn náà, Ulivieri sẹ pé òun kò níṣòro kankan pẹlú Baggio. Ní ìbẹrẹ àsìkò náà, Baggio gé ìrù ẹṣin rẹ tó jẹ àmì, èyí tó fi hàn pé ó ti di ẹni tuntun. Baggio ni won yan gege bi olori egbe Bologna fun apa kan ninu akoko naa, ki o to fun Giancarlo Marocchi. Baggio ṣe ifarahan Serie A 300th rẹ lakoko ti o wa ni Bologna, ni ere 0  0 lodi si Empoli ni ọjọ 11 Oṣu Kini ọdun 1998. Baggio gba ìyànsípò fún Ballon dOr àti FIFA World Player of the Year nítorí àwọn eré rẹ fún Bologna àti Italy ní sáà náà. Ó tún jẹ olùdíje fún àmì ẹyẹ Ẹlẹsẹ Ìlú Italy ti Ọdún 1998 àti Ẹlẹsẹ Ìlú Italy ti Ọdún 1998, ṣùgbọn ó pàdánù lọwọ Alessandro Del Piero àti Ronaldo. 