 Parí gbólóhùn yìí: Bonython lọ sí ilé ìwé St Peters College, Adelaide, nígbà tó sì parí ilé ìwé náà, ó di ògbóǹkangí òǹkọwé nítorí pé John tó jẹ àbúrò rẹ àgbà ló gbà á níyànjú. Ogun Agbaye Keji da eyi duro: ni 1940 o bẹrẹ ikẹkọ bi awakọ fun Royal Australian Air Force RAAF. Bonython ṣiṣẹ ni lẹhinna Netherlands East Indies ati New Guinea, o ni iriri ọpọlọpọ ipaniyan iku ti o sunmọ. Ó wà ní ilé ìwòsàn ní Darwin pẹlú ibà dengue nígbà ìṣẹlẹ náà : Ìbúgbàù bọǹbù tó wáyé lọdún 1942 - ó ṣẹṣẹ sá kúrò níbi tó wà tó sì lọ fara pa mọ ni wọn bá ju bọǹbù lu yàrá tó wà. Nigba akoko rẹ pẹlu RAAF, Bonython kun awọn ipa ti olori ọkọ ofurufu ni ọdun 1941, ati oludari olutọju ọkọ ofurufu pẹlu ipo oludari squadron ni ọdun 1943. 