 Pari gbolohun ti o tẹle: Pemberton lẹhinna ja ni awọn iṣẹ 1847 ti Ogun Amẹrika ni Ilu Mexico, pẹlu Siege of Vera Cruz ni Oṣu Kẹta, Ogun ti Cerro Gordo ni Oṣu Kẹrin, awọn iṣọra nitosi Amazoque ni Oṣu Karun, gbigba ti San Antonio ati Ogun ti Churubusco ni Oṣu Kẹjọ, ati julọ ni Ogun ti Molino del Rey ni Oṣu Kẹsan. Pemberton ni a yan gẹgẹbi oludari pataki fun iṣẹ rẹ ni Molino del Rey ni Oṣu Kẹsan ọjọ 8. Ó sì kópa nínú ìkọlù Castle Chapultepec ní ọjọ kẹtàlá oṣù kẹsàn-án, : Ìjà fún Mexico City lọjọ yẹn àti lọjọ kejì, níbi tí Pemberton ti fara pa. Pemberton ni ipo Aide-de-Camp to Brevet Brigadier General William J. Worth lati August 4, 1846, to May 1, 1849 ati pe o jẹ ọmọ ẹgbẹ ọmọ ẹgbẹ kan ninu ẹka kanna bi alatako rẹ ni ojo iwaju ni Ogun Ilu, Ulysses S. Grant. Ó jẹ ọkan lára àwọn ọmọ ẹgbẹ ológun tí wọn ń pè ní Aztec Club of 1847 - ẹgbẹ ológun tí àwọn òṣìṣẹ ológun ti Orílẹ-èdè Amẹríkà tí wọn sìn ní Mexico City nígbà tí àwọn ológun gba ìlú náà lẹyìn ogun náà dá sílẹ. 