 Kọkọ parí gbólóhùn tó wà nísàlẹ yìí: Cristóbal de Oñate, tó jẹ ọmọ ilẹ Basque, ló dá ìlú Guadalajara sílẹ ní February 14, ọdún 1542, ó sì ṣe é gẹgẹ bí olú ìlú Ìjọba Nueva Galicia, tó jẹ apá kan Ìjọba Viceroyalty ti New Spain. Lẹyìn ọdún 1572, Royal Audiencia ti Guadalajara, tí ó wà lábẹ Mexico City tẹlẹ, di aláṣẹ kan ṣoṣo ní New Spain pẹlú ìṣàkóso ara ẹni lórí Nueva Galicia, nítorí ọrọ ọlàjú tó ń yára pọ sí i ní ìjọba náà lẹyìn ìwárí fàdákà. Ní ọrúndún kejìdínlógún, Guadalajara ti gba ipò rẹ gẹgẹ bí ìlú kejì tó tóbi jùlọ ní Mexico, lẹyìn tí àwọn ará ibẹ ṣí lọ sí ibòmíràn ní àwọn ọdún 1720 àti 1760. Nígbà tí : Ogun Òmìnira Mexico, olórí òmìnira Miguel Hidalgo y Costilla dá ìjọba ọtẹlẹmúyẹ àkọkọ ti Mexico sílẹ ní Guadalajara ní ọdún 1810. Ìlú náà gbèrú lákòókò Porfiriato, pẹlú ìyípadà ìṣẹdá, ṣùgbọn ìdàgbàsókè rẹ di èyí tí kò ṣeé ṣe lákòókò Ìyípadà Mexico. Ní ọdún 1929, Ogun Cristero parí ní ààlà ìlú, nígbà tí Ààrẹ Plutarco Elías Calles kéde Grito de Guadalajara. Ìlú náà rí ìdàgbàsókè tí kò dáwọ dúró ní gbogbo ìyókù ọrúndún ogún, tí ó dé orí mílíọnù ènìyàn ní àwọn ọdún 1960 tí ó sì kọjá mílíọnù mẹta ní àwọn ọdún 1990. 