ลักษณะสืบสายพันธุ์ที่แชร์ร่วมกันระหว่างอวัยวะไวแสงทั้งหมด รวมกลุ่มโปรตีนไวแสงที่เรียกว่าอะไร?
ลักษณะสืบสายพันธุ์ที่แชร์ร่วมกันระหว่างอวัยวะไวแสงทั้งหมด รวมกลุ่มโปรตีนไวแสงที่เรียกว่า อ็อปซิน (opsin)
ซึ่งแบ่งออกเป็น 9 กลุ่ม และมีอยู่แล้วในเคลด urbilaterian ซึ่งเป็น บรรพบุรุษร่วมกันหลังสุดของสัตว์ที่ข้างซ้ายขวาสมมาตรกัน (ไบลาทีเรีย)
นอกจากนั้น ยังมีเครื่องมือทางพันธุกรรมเพื่อจัดตำแหน่งตาซึ่งสามัญในสัตว์ทั้งหมด คือ ยีน PAX6 ซึ่งควบคุมว่าตาจะพัฒนาขึ้นที่ตรงไหนในสัตว์ต่าง ๆ เริ่มตั้งแต่หมึก
จนถึงหนูหริ่งและแมลงวันทอง
ลักษณะโดยรวมของสัตว์ในไฟลัมย่อยนี้คือ ไม่มีกราม และไม่มีหนวด ลำตัวแบ่งออกเป็น 2 ส่วน คือ เซฟาโลทอแรกซ์ และส่วนท้อง เซฟาโลทอแรกซ์เป็นส่วนที่รวมส่วนหัวและส่วนอกเข้าไว้ด้วยกัน โดยมีเปลือกแข็งชิ้นเดียวคลุมอยู่เรียก คาราเพช ระยางค์ทั้ง 6 คู่ ประกอบด้วยระยางคู่แรกเป็นระยางค์หนีบ ระยางค์คู่ที่ 2 คือ เพดิพาลพ์ ช่วยในการฉีกอาหาร ระยางค์อีก 4 คู่ เป็นขาเกิน ส่วนท้องไม่มีระยางค์ แบ่งออกเป็น 2 ชั้น ได้แก่ ทฤษฎีนี้เสนอว่า ลักษณะสืบสายพันธุ์เช่นนี้ช่วยให้สามารถหาผลไม้สุกได้ง่ายขึ้นในระหว่างต้นไม้ที่มีใบแก่
งานวิจัยได้พบว่า ความต่างของสเปกตรัมระหว่างเซลล์รูปกรวยแบบ L และ M จะเป็นไปตามสัดส่วนการเห็นผลไม้ในท่ามกลางใบไม้ได้ดีที่สุด
งานศึกษาหนึ่งตรวจสเปกตรัมของแสงสะท้อนจากผลไม้และใบไม้ที่ลิงโลกใหม่พันธุ์ "Alouatta seniculus" กิน แล้วพบว่า ความไวสีของเซลล์แบบ L และ M จะทำให้สามารถเห็นผลไม้ในท่ามกลางใบไม้ได้ดีสุด ท่ามิชชันนารีส่วนใหญ่ได้เกี่ยวข้องกับการสอดใส่อวัยวะเพศ(Sexual penetration) หรือการร่วมเพศแบบไม่สอดใส่(จากตังอย่างเช่น การร่วมเพศระหว่างขา(Intercrural sex)) และลักษณะอวัยวะเพศชาย-ช่องคลอดเป็นตัวอย่างของกิจกรรมการสืบพันธุ์แบบเวนโทรและเวนทอล(ventro-ventral-หน้าต่อหน้า) การเปลี่ยนมาเป็นท่านี้จะช่วยเพิ่มระดับการกระตุ้นคริตอริส การทะลวงลึกของการสอดใส่ การมีส่วนร่วมบนตัวผู้หญิง และความเป็นไปได้และความเร็วของจุดสุดยอด ชาลส์ ดาร์วินเข้าใจถึงลักษณะสืบสายพันธุ์ (trait) จำนวนไม่มากจำนวนหนึ่ง ที่ทำให้สิ่งมีชีวิตที่นำมาเลี้ยงต่างจากบรรพบุรุษพันธุ์ป่า
เขายังเป็นบุคคลแรกที่เข้าใจความแตกต่างระหว่างการคัดเลือกพันธุ์แบบตั้งใจ ที่มนุษย์เลือกลักษณะสืบสายพันธุ์ของสิ่งมีชีวิตโดยตรงเพื่อจะได้ลักษณะตามที่ต้องการ กับการคัดเลือกที่ไม่ได้ตั้งใจ ที่ลักษณะมีวิวัฒนาการไปตามการคัดเลือกโดยธรรมชาติ หรือตามการคัดเลือกอื่น ๆ
สิ่งมีชีวิตที่นำมาเลี้ยงจะต่างจากสิ่งมีชีวิตพันธุ์ป่าทางพันธุกรรม
และในบรรดาสิ่งมีชีวิตที่นำมาเลี้ยง ก็ยังมีความแตกต่างกันระหว่างลักษณะสืบสายพันธุ์ที่นักวิจัยเชื่อว่า จำเป็นในระยะต้น ๆ ของกระบวนการปรับนำมาเลี้ยง (domestication trait) และลักษณะที่พัฒนาขึ้นต่อ ๆ มาหลังจากที่สิ่งมีชีวิตพันธุ์ป่าและพันธุ์เลี้ยงได้แยกออกจากกันแล้ว (improvement trait)
คือลักษณะที่จำเป็นโดยทั่วไปมีอยู่ในสิ่งมีชีวิตที่นำมาเลี้ยงทั้งหมด และเป็นลักษณะที่คัดเลือกในระยะต้น ๆ ของกระบวนการ ในขณะที่ลักษณะที่พัฒนาต่อ ๆ มาจะมีอยู่ในบางพวกของสิ่งมีชีวิตที่นำมาเลี้ยง ถึงแม้ว่าอาจจะมีแน่นอนในพันธุ์ (breed) ใดพันธุ์หนึ่งโดยเฉพาะ หรือในกลุ่มประชากรในพื้นที่โดยเฉพาะ ต่อมาการพัฒนาอวัยวะสืบพันธุ์ภายในและภายนอกกำหนดโดยฮอร์โมนสร้างจากต่อมบ่งเพศของทารกในครรภ์ (รังไข่หรืออัณฑะ) ส่งผลให้เซลล์ตอบสนองตาม อวัยวะเพศของทารกในครรภ์ตอนแรกมีลักษณะเหมือนอวัยวะเพศหญิง โดยมี "รอยพับอวัยวะเพศและทางเดินปัสสาวะ (urogenital fold)" คู่หนึ่งและท่อปัสสาวะอยู่ด้านหลังส่วนที่ยื่นออกมาตรงกลาง หากทารกมีอัณฑะ และหากอัณฑะสร้างฮอร์โมนเทสโทสเตอโรน และหากเซลล์ของอวัยวะเพศตอบรับต่อเทสโทสเตอโรน รอยพับจะขยายตัวและเชื่อมต่อกันในเส้นผ่ากลางกลายเป็นถุงอัณฑะ ส่วนที่ยื่นออกมาขยายใหญ่ข้นและตั้งตรงกลายเป็นองคชาต ส่วนขยายอวัยวะเพศและทางเดินปัสสาวะด้านในโตขึ้นห่อรอบองคชาต และเชื่อมต่อกันตรงเส้นกลางเป็นท่อปัสสาวะ ความคล้ายคลึงกันของสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช่การปรับตัว ไม่สามารถอธิบายด้วยปรากฏการณ์วิวัฒนาการเบนเข้า
และดังนั้น จึงเป็นตัวสนับสนุนที่น่าเชื่อถือสำหรับทฤษฎีการสืบเชื้อสายร่วมกันสากล
หลักฐานเช่นนี้มาจากกรดอะมิโนและลำดับดีเอ็นเอ
คือโปรตีนที่มีโครงสร้างสามมิติเช่นเดียวกันไม่จำเป็นต้องมีลำดับกรดอะมิโนที่เหมือนกัน
ดังนั้น ความคล้ายคลึงกันที่ไม่จำเป็นของลำดับจึงเป็นหลักฐานว่าสืบทอดเชื้อสายมาร่วมกัน มอสส์, เฟิร์น และพืชบางชนิดที่คล้ายกันมีอับเซลล์สืบพันธุ์ (gametangia) เป็นอวัยวะสืบพันธุ์ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของแกมีโทไฟต์ (gametophyte) ดอกไม้ของพืชดอกสร้างละอองเรณูและเซลล์ไข่ ทว่าอวัยวะเพศอยู่ข้างในแกมีโทไฟต์ภายในละอองเรณูและออวุล (ovule) พืชจำพวกสนก็ผลิตโครงสร้างการสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศข้างในแกมีโทไฟต์ภายในลูกสนและละอองเรณู โดยลูกสนและละอองเรณูเองไม่ใช่อวัยวะเพศ การสืบพันธุ์มีทั้งแบบปฏิสนธิภายในและปฏิสนธิภายนอกร่างกาย ตัววัยอ่อนมีรูปร่างเหมือนวัยรุ่นและตัวเต็มวัย แต่มีเหงือกและมีโครงสร้างของร่างกายบางประการที่เกี่ยวข้องกับการอาศัยอยู่ในน้ำอยู่ เช่น มีครีบหาง มีช่องเปิดเหงือก และไม่มีเปลือกตา ไม่มีกระดูกแมคซิลลา และโครงสร้างเนื้อเยื่อชั้นผิวหนังแตกต่างจากตัวเต็มวัย ซึ่งทั้งหมดนี้จะแปรสภาพเป็นของตัวเต็มวัยเมื่อวัยอ่อนเปลี่ยนรูปร่าง เพดานปากของวัยอ่อนแปรเปลี่ยนสภาพเมื่อเปลี่ยนรูปร่างเช่นเดียวกัน ซึ่งเป็นลักษณะเฉพาะของสัตวครึ่งบกครึ่งน้ำในอันดับนี้ หลักฐานสำคัญอีกอย่างก็คือมันเป็นไปได้ที่จะสร้างต้นไม้วิวัฒนาการชาติพันธุ์ (phylogenetic trees) หรือ "พงศาวลี" ของสปีชีส์อย่างละเอียดลออ
ที่แสดงหมวดหมู่และบรรพบุรุษร่วมกันของสปีชีส์ที่ยังมีชีวิตอยู่ทั้งหมด
เช่น งานศึกษาปี 2553 วิเคราะห์ข้อมูลพันธุกรรมที่มีอยู่โดยใช้สถิติ
แล้วสร้างต้นไม้วิวัฒนาการชาติพันธุ์ ซึ่งแสดง "หลักฐานเชิงปริมาณที่เข้มแข็ง โดยการทดสอบแบบรูปนัย สำหรับความเป็นเอกภาพของชีวิต"
อย่างไรก็ดี มีนักวิชาการที่ไม่เห็นด้วยกับข้ออ้างว่าเป็น "การทดสอบแบบรูปนัย"
เพราะไม่พิจารณาวิวัฒนาการเบนเข้า แม้เจ้าของงานจะได้ตอบโต้ข้อคัดค้านการใช้คำนี้
ทั่วไปแล้ว ต้นไม้เยี่ยงนี้จะสร้างโดยใช้การเปรียบเทียบทางสัณฐานวิทยา เช่น รูปร่างที่ปรากฏ สภาพของเอ็มบริโอ เป็นต้น
แต่เร็ว ๆ นี้ ก็ยังสามารถสร้างต้นไม้ด้วยข้อมูลโมเลกุล คือเทียบความคล้ายความต่างของลำดับยีนและลำดับโปรตีน
วิธีการเหล่านี้ทั้งหมดแสดงผลที่คล้ายกันถึงแม้ความแตกต่างของยีนจะไม่มีผลต่อสัณฐานรูปร่างภายนอก
ความเข้ากันได้ของต้นไม้ที่สร้างโดยข้อมูลต่าง ๆ จึงเป็นหลักฐานที่เข้มแข็งของการสืบทอดเชื้อสายร่วมกันที่เป็นมูล