للقلعة يعود إلى فترة الحكم الأسباني وفترة فرسان القديس يوحنا الذين سلمهم الإسبان المدينة عند خروجهم منها سنة 1530م، وقد بنى الإسبان بالقلعة برجين: البرج الجنوبي الغربي والبرج الجنوبي الشرقي والذي يعرف باسم (حصن سان جورج)، وكان بينهما فتحات لوضع المدافع حسب الأساليب المتبعة في القرن السادس عشر الملادي، وقد أضاف فرسان القديس يوحنا برجا اخر بالقلعة في الزاوية الشمالية الشرقية، يعرف باسم (برج سانتا باربرا)، وكان يبدو واضحا من الخرائط التي تعود للقرن السابع عشر، أن السراي كانت محاطة بقناة مائية من جميع الجهات، وكان مدخلها يقع عند الجدار الجنوبي. أما اسم الحمراء الذي اكتسبته فكان نتيجة لأن الإسبان طلوا جدرانها الخارجية باللون الأحمر. السراي تحت حكم الأتراك استولى الأتراك على القلعة سنة 1551م، فقاموا بعدة إضافات بها، وحول (مراد اغا) الكنيسة التي كانت داخل القلعة.
لِلْقَلْعَةِ يَعُودُ إِلَى فَتْرَةِ الْحُكْمِ الْأَسْبَانِيِّ وَفَتْرَةِ فُرْسَانِ الْقِدِّيسِ يُوحَنَّا الَّذِينَ سَلَّمَهُمُ الْإِسْبَانُ الْمَدِينَةَ عِندَ خُرُوجِهِمْ مِنْهَا سَنَةَ 1530م، وَقَدْ بَنَى الْإِسْبَانُ بِالْقَلْعَةِ بُرْجَيْنِ: الْبُرْجُ الْجَنُوبِيُّ الْغَرْبِيُّ وَالْبُرْجُ الْجَنُوبِيُّ الشَّرْقِيُّ وَالَّذِي يُعْرَفُ بِاسْمِ (حِصْنِ سَانْ جُورْج)، وَكَانَ بَيْنَهُمَا فَتْحَاتٌ لِوَضْعِ الْمَدَافِعِ حَسَبَ الْأَسَالِيبِ الْمُتَّبَعَةِ فِي الْقَرْنِ السَّادِسِ عَشَرَ الْمِلَادِيِّ، وَقَدْ أَضَافَ فُرْسَانُ الْقِدِّيسِ يُوحَنَّا بُرْجًا آخَرَ بِالْقَلْعَةِ فِي الزَّاوِيَةِ الشَّمَالِيَّةِ الشَّرْقِيَّةِ، يُعْرَفُ بِاسْمِ (بُرْجِ سَانْتَا بَارْبَرَا)، وَكَانَ يُبْدُو وَاضِحًا مِنَ الْخَرَائِطِ الَّتِي تَعُودُ لِلْقَرْنِ السَّابِعِ عَشَرَ، أَنَّ السَّرَايَ كَانَتْ مُحَاطَةً بِقَنَاةٍ مَائِيَّةٍ مِنْ جَمِيعِ الْجِهَاتِ، وَكَانَ مَدْخَلُهَا يَقَعُ عِندَ الْجِدَارِ الْجَنُوبِيِّ. أَمَّا اسْمُ الْحَمْرَاءِ الَّذِي ٱكْتَسَبَتْهُ فَكَانَ نَتِيجَةً لِأَنَّ الْإِسْبَانَ طَلَّوا جُدْرَانَهَا الْخَارِجِيَّةَ بِالْلَّوْنِ الْأَحْمَرِ. السَّرَايُ تَحْتَ حُكْمِ الْأَتْرَاكِ اسْتَوْلَى الْأَتْرَاكُ عَلَى الْقَلْعَةِ سَنَةَ 1551م، فَقَامُوا بِعِدَّةِ إِضَافَاتٍ بِهَا، وَحَوَّلَ (مُرَادُ آغَا) الْكَنِيسَةَ الَّتِي كَانَتْ دَاخِلَ الْقَلْعَةِ.