الجانبين بقي المسجد الأقصى تحت سيطرة الوقف الإسلامي المقدسي وحظرت الحكومة الإسرائيلية على اليهود الصلاة داخل المسجد الأقصى. أما حارة المغاربة المهدومة، فأقامت الحكومة الإسرائيلية مكانها ساحة لاحتشاد المصلين اليهود، وكذلك بادرت الحكومة الإسرائيلية حفريات أثرية على طول السور الغربي للمسجد الأقصى من جانبه الخارجي. ويسمى هذا المشروع بأنفاق هاكوتل. تقسيم المسجد الأقصى كشفت بعض وسائل الإعلام عن مقترح تم طرحه من قبل موشيه كتساف بتقسيم المسجد الأقصى بين المسلمين واليهود من جهة أخرى قام أريئيل شارون خلال مواجهات انتفاضة الأقصى بطرح خطة انفصال كحل نهائي يتم مباشرتها رسم الحدود النهائية لإسرائيل من جانب واحد، مثل هذا الإجراء يتطلب إيجاد حدود مقبلة لدى اليهود حيث يجب وجود موطئ قدم في مدينة القدس حتى يقام عليها «الهيكل المزعوم». في تاريخ 11 أبريل 2005 حمل شارون نص خطة الانفصال إلى واشنطن. ومع بدء تطبيق هذه الخطة في عامي 2005-2006 توافق اليمين الإسرائيلي مع الحركات الاستيطانية المتطرفة على حل نهائي يؤدي إلى تقسيم المسجد الأقصى بين اليهود والمسلمين.
الْجَانِبَيْنِ بَقِيَ الْمَسْجِدُ الْأَقْصَى تَحْتَ سَيْطَرَةِ الْوَقْفِ الْإِسْلَامِيِّ الْمُقَدَّسِيِّ وَحَظَرَتِ الْحُكُومَةُ الْإِسْرَائِيلِيَّةُ عَلَى الْيَهُودِ الصَّلَاةَ دَاخِلَ الْمَسْجِدِ الْأَقْصَى. أَمَّا حَارَةُ الْمَغَارِبَةِ الْمَهْدُومَةِ، فَأَقَامَتِ الْحُكُومَةُ الْإِسْرَائِيلِيَّةُ مَكَانَهَا سَاحَةً لِاحْتِشَادِ الْمُصَلِّينَ الْيَهُودِ، وَكَذَٰلِكَ بَادَرَتِ الْحُكُومَةُ الْإِسْرَائِيلِيَّةُ حَفْرِيَّاتٍ أَثَرِيَّةً عَلَى طُولِ السُّورِ الْغَرْبِيِّ لِلْمَسْجِدِ الْأَقْصَى مِنْ جَانِبِهِ الْخَارِجِيِّ. وَيُسَمَّى هَذَا الْمَشْرُوعُ بِأَنْفَاقِ هَاكُوتِل. تَقْسِيمُ الْمَسْجِدِ الْأَقْصَى كَشَفَتْ بَعْضُ وَسَائِلِ الْإِعْلَامِ عَنْ مُقْتَرَحٍ تَمَّ طَرْحُهُ مِنْ قِبَلِ مُوشيه كَتْسَاف بِتَقْسِيمِ الْمَسْجِدِ الْأَقْصَى بَيْنَ الْمُسْلِمِينَ وَالْيَهُودِ مِنْ جِهَةٍ أُخْرَى قَامَ أَرِيئِيل شَارُونَ خِلَالَ مُوَاجَهَاتِ انْتِفَاضَةِ الْأَقْصَى بِطَرْحِ خُطَّةِ انْفِصَالٍ كَحَلٍّ نِهَائِيٍّ يُتَمَّ مُبَاشَرَتُهَا رَسْمَ الْحُدُودِ النِّهَائِيَّةِ لِإِسْرَائِيلَ مِنْ جَانِبٍ وَاحِدٍ، مِثْلَ هَذَا الْإِجْرَاءِ يَتَطَلَّبُ إِيجَادَ حُدُودٍ مُقَبَّلَةٍ لَدَى الْيَهُودِ حَيْثُ يَجِبُ وُجُودُ مَوْطِئِ قَدَمٍ فِي مَدِينَةِ الْقُدْسِ حَتَّى يُقَامَ عَلَيْهَا «الْهَيْكَلُ الْمُزْعُومُ». فِي تَارِيخِ 11 أَبْرِيلَ 2005 حَمَلَ شَارُونَ نَصَّ خُطَّةِ الْانفِصَالِ إِلَى وَاشِنْطُن. وَمَعَ بَدْءَ تَطْبِيقِ هَذِهِ الْخُطَّةِ فِي عَامَيْ 2005-2006 تَوَافَقَ الْيَمِينُ الْإِسْرَائِيلِيُّ مَعَ الْحَرَكَاتِ الْاستِيطَانِيَّةِ الْمُتَطَرِّفَةِ عَلَى حَلٍّ نِهَائِيٍّ يُؤَدِّي إِلَى تَقْسِيمِ الْمَسْجِدِ الْأَقْصَى بَيْنَ الْيَهُودِ وَالْمُسْلِمِينَ.