كرئيسا لجورجيا كان من بعض النواحي أكبر تحد من مهنته السابقة كوزير خارجية للاتحاد السوفياتي. وواجه العديد من الأعداء، البعض منهم من الذين يتذكرون حملاته ضد الفساد والقومية في زمن الاتحاد السوفياتي. اندلعت الحرب الأهلية في غرب جورجيا عام 1993 بين أنصار «غامسخورديا» و«شيفرنادزه» لكنها أنتهت بفعل التدخل الروسي إلى جانب شيفرنادزه وموت رئيس جورجيا السابق غامسخورديا في 31 ديسمبر/كانون الأول 1993. تعرض شيفرنادزه إلى محاولتي أغتيال في أغسطس/اب 1995 وفبراير/شباط 1998 وقد وجهت أصابع الاتهام إلى بقايا حزب غامسخورديا.. وواجه حركات إنفصالية أيضا في أقليم أبخازيا وإقليم أوسيتيا الجنوبية أدت إلى مقتل 10,000 شخص تقريبا، بالإضافة إلى قيام حكم ذاتي مستقل بشكل قاطع في أقليم أجاريا. سببت الحرب الروسية في الشيشان على حودود جورجيا الشمالية خلافا كبيرا بين جورجيا وروسيا، حيث إتهم شيفرنادزه بإياء الفدائيين الشيشانيين ودعم الانفصاليين الجورجيين في عمليات الانتقام. الخلاف الاخر كان سببه علاقة شيفرنادزه الوثيقة بالولايات المتحدة، التي رأته كموازنة بالنسبة إلى التأثير الروسي في منطقة القوقاز الإستراتيجية. تحت إدارة شيفرنادزه
كَرَئِيسًا لِجُورْجِيَا كَانَ مِنْ بَعْضِ النَّوَاحِي أَكْبَرَ تَحَدٍّ مِنْ مِهْنَتِهِ السَّابِقَةِ كَوَزِيرٍ خَارِجِيَّةٍ لِلِاتِّحَادِ السُّوفِيَاتِيِّ. وَوَاجَهَ العَدِيدَ مِنْ الأَعْدَاءِ، البَعْضُ مِنْهُمْ مِنَ الَّذِينَ يَتَذَكَّرُونَ حَمَلَاتِهِ ضِدَّ الفَسَادِ وَالقَوْمِيَّةِ فِي زَمَنِ الاتِّحَادِ السُّوفِيَاتِيِّ. انْدَلَعَتِ الحَرْبُ الأَهْلِيَّةُ فِي غَرْبِ جُورْجِيَا عَامَ 1993 بَيْنَ أَنْصَارِ «غَامْسْخُورْدِيَا» وَ«شِيفِرْنَادْزِه» لَكِنَّهَا أَنْتَهَتْ بِفِعْلِ التَّدَخُّلِ الرُّوسِيِّ إِلَى جَانِبِ شِيفِرْنَادْزِه وَمَوْتِ رَئِيسِ جُورْجِيَا السَّابِقِ غَامْسْخُورْدِيَا فِي 31 دِيسْمْبَر/كَانُون الأوَّل 1993. تَعَرَّضَ شِيفِرْنَادْزِه إِلَى مُحَاوَلَتَيْ أَغْتِيَالٍ فِي أُغُسْطُس/آبِ 1995 وَفِبْرَايِر/شُبَاطِ 1998 وَقَدْ وُجِّهَتْ أَصَابِعُ الاتِّهَامِ إِلَى بَقَايَا حِزْبِ غَامْسْخُورْدِيَا.. وَوَاجَهَ حَرَكَاتٍ إِنْفِصَالِيَّةً أَيْضًا فِي أَقْلِيمِ أَبْخَازِيَا وَإِقْلِيمِ أُوسِيتِيَا الْجَنُوبِيَّةِ أَدَّتْ إِلَى مَقْتَلِ 10,000 شَخْصٍ تَقْرِيبًا، بِالْإِضَافَةِ إِلَى قِيَامِ حُكْمٍ ذَاتِيٍّ مُسْتَقِلٍّ بَشَكْلٍ قَاطِعٍ فِي أَقْلِيمِ أَجَارِيَا. سَبَّبَتِ الحَرْبُ الرُّوسِيَّةُ فِي الشِّيشَانِ عَلَى حُودُودِ جُورْجِيَا الشَّمَالِيَّةِ خِلافًا كَبِيرًا بَيْنَ جُورْجِيَا وَرُوسِيَا، حَيْثُ إِتُّهِمَ شِيفِرْنَادْزِه بِإِيَاءِ الفِدَائِيِّينَ الشِّيشَانِيِّينَ وَدَعْمِ الانفِصَالِيِّينَ الجُورْجِيِّينَ فِي عَمَلِيَّاتِ الانتِقَامِ. الخِلافُ الآخرُ كَانَ سَبَبُهُ عِلَاقَةُ شِيفِرْنَادْزِه الوَثِيقَةُ بِالْوِلاَيَاتِ المُتَّحِدَةِ، الَّتِي رَأَتْهُ كَمُوَازَنْةٍ بِالنِّسْبَةِ إِلَى التَّأْثِيرِ الرُّوسِيِّ فِي مَنْطِقَةِ القَوْقَازِ الإِسْتِرَاتِيَجِيَّةِ. تَحْتَ إِدَارَةِ شِيفِرْنَادْزِه