كمدير لنظم المعلومات بين عامي 1985 – 1989 عمل كمدير تنفيذي لمركز المعلومات ودعم اتخاذ القرار بمجلس الوزراء بين عامي 1989 – 1996. عمل كنائب لرئيس المجلس الاستشاري للمركز بين عامي 1996 – 1999 الرقم القومي وقد شهدت هذه المرحلة قيامه بالإشراف على تخطيب وتنفيذ العديد من البرامج والمشروعات القومية، منها المشروع العملاق لتنفيذ الرقم القومي على مستوى مصر. شغل الدكتور نظيف أيضا منصب رئيس المجلس التنفيذي للمركز الإقليمي لتكنولوجيا المعلومات والذي قام أثناء تولية لرئاسته بتنفيذ مشروعات أخرى على المستوى
كَمُدِيرٍ لِنُظُمِ الْمَعْلُومَاتِ بَيْنَ عَامَيْ 1985 – 1989 عَمِلَ كَمُدِيرٍ تَنْفِيذِيّ لمَرْكَزِ الْمَعْلُومَاتِ وَدَعْمِ اتِّخَاذِ الْقَرَارِ بِمَجْلِسِ الْوُزَرَاءِ بَيْنَ عَامَيْ 1989 – 1996. عَمِلَ كَنَائِبٍ لِرَئِيسِ الْمَجْلِسِ الْاِسْتِشَارِيِّ لِلْمَرْكَزِ بَيْنَ عَامَيْ 1996 – 1999 الرَّقْمِ الْقَوْمِيِّ وَقَدْ شَهِدَتْ هَذِهِ الْمَرْحَلَةُ قِيَامَهُ بِالإِشْرَافِ عَلَى تَخْطِيبِ وَتَنْفِيذِ الْعَدِيدِ مِنَ الْبَرَامِجِ وَالْمَشْرُوعَاتِ الْقَوْمِيَّةِ، مِنْهَا الْمَشْرُوعُ الْعِمْلَاقُ لِتَنْفِيذِ الرَّقْمِ الْقَوْمِيِّ عَلَى مُسْتَوَى مِصْرَ. شَغَلَ الْدُّكَتُورُ نَظِيفٌ أَيْضًا مَنْصِبَ رَئِيسِ الْمَجْلِسِ التَّنْفِيذِيِّ لِلْمَرْكَزِ الْإِقْلِيمِيِّ لِتِكْنُولُوجِيَا الْمَعْلُومَاتِ وَالَّذِي قَامَ أَثْنَاءَ تَوَلِّيَةِ لِرِئَاسَتِهِ بِتَنْفِيذِ مَشْرُوعَاتٍ أُخْرَى عَلَى الْمُسْتَوَى